基于TCGA数据库分析ALAS1在肝癌中的表达及临床意义

目的基于TCGA数据库分析ALAS1在肝癌中的表达及临床意义。方法从TCGA数据库中下载肝癌组织和正常肝组织的RNASeq数据以及临床数据和预后数据,分析ALAS1 mRNA在肝癌组织和正常肝组织中的表达差异以及肝癌中ALAS1基因表达水平与临床病理特征及预后的相关性。LinkedOmics数据库分析与ALAS1表达相关的基因。GSEA软件分析预测ALAS1可能的调控信号通路。结果肝癌组织中ALAS1 mRNA表达水平(12.39±1.20)显著低于正常肝组织(13.93±0.72),差异具有统计学意义(t=8.87,P<0.01)。ALAS1 mRNA的表达水平与性别、T分期以及AJCC分期显著相关(χ2分别为31.39、6.86和6.77,P均<0.01),而与年龄、N分期和M分期无相关。生存分析表明,低表达ALAS1患者的生存期显著低于高表达患者。此外,ALAS1表达与POR、SORD、AQP9基因呈显著正相关(r分别为0.70、0.68和0.67,P均<0.01),而与PKM2、VEGFB、PLCB3基因呈显著负相关(r分别为-0.65、-0.60和-0.60,P均<0.01)。ALAS1的功能分析显示,低表达样本显著富集到细胞周期、T细胞受体信号通路、GnRH信号通路以及趋化因子信号通路等基因集。结论ALAS1基因可能作为肝癌临床预后评估的指标以及靶向治疗的新靶点。     

基于生物信息学分析F2R基因在胃癌中表达与免疫浸润的临床意义

目的探究凝血因子II(凝血酶)受体(F2R)的在胃癌中的表达与免疫细胞浸润情况,探索F2R在胃癌中预后价值及其生物学功能。方法从TCGA数据库中下载胃癌中F2R基因表达谱数据及患者的临床病理信息,使用R4.0.2软件提取F2R在胃癌组及正常对照组的表达量数据,比较两组间F2R的表达差异。利用Kaplan-Meier法分析F2R表达与患者预后的相关性,并利用GEPIA对此进行验证。使用Cox回归分析F2R表达与胃癌患者临床预后相关性。利用GSEA富集分析预测F2R在胃癌中参与的信号通路。使用TIMER2.0分析了F2R表达与免疫浸润之间的关系。结果 F2R在胃癌样本中表达显著上调(P<0.05);生存分析显示F2R高表达组的总体生存率显著高于低表达组,差异均有统计学意义(P<0.05);F2R的表达也与肿瘤组织学分级、临床分期和及肿瘤状态相关,是胃癌的独立预后因素(HR=1.303,95%CI:1.076~1.578,P<0.05)。富集分析结果显示,F2R基因主要富集在MTOR信号通路、MAPK信号通路和癌症通路等。免疫浸润分析结果显示F2R表达与CD4+T细胞、CD8+T细胞、巨噬细胞相关(Rho>0.5,P<0.05)。结论 F2R在胃癌中表达显著上调,可作为胃癌患者的独立预后因子,且与免疫浸润有关。     

PFKFB4、CXCL8与宫颈癌临床病理特征的关系及在预后评估中的临床价值

目的 探讨6-磷酸果糖-2-激酶/果糖-2,6-二磷酸酶4(PFKFB4)及CXC趋化因子配体8(CXCL8)在宫颈癌(CESC)组织中的表达,构建CESC不良预后预测模型并分析其临床应用价值。方法 选取2018年1月至2019年12在南京医科大学附属妇产医院接受根治性手术的62例CESC患者作为研究对象。采用免疫组织化学法检测组织中PFKFB4、CXCL8水平,并分析其与CESC临床病理特征的关系,Kaplan-Merier生存曲线分析PFKFB4、CXCL8表达对CESC生存情况的影响,多因素Logistic回归模型评估CESC不良预后的危险因素,并由此构建风险预测模型并转化为风险评分体系,采用受试者工作特征(ROC)曲线评价模型预测CESC不良预后的效能。结果 CESC组织中PFKFB4和CXCL8表达水平高于正常对照组织,差异有统计学意义(P<0.05),并且PFKFB4和CXCL8表达水平升高,患者的生存率降低(Log-rank P=0.028、1.5×10^-5);PFKFB4、CXCL8表达水平在不同TNM分期、肿瘤分化程度、宫颈浸润深度及淋巴结...     

核不均一核糖核蛋白C在肺腺癌中的表达及对临床预后预测价值

目的探讨核不均一核糖核蛋白C(HNRNPC)在肺腺癌(LUAD)中的表达及对临床预后的意义。 方法通过癌症基因组图谱数据库(TCGA)及临床蛋白质组肿瘤分析协作组(CPTAC)公共数据库,收集535例LUAD患者的临床病理资料、HNRNPC mRNA表达数据及111例LUAD患者HNRNPC蛋白表达数据,通过基因型-组织表达数据库(GETx)收集288例健康人肺组织HNRNPC mRNA表达数据。以HNRNPC mRNA中位数值为界值,将LUAD患者分为高表达组和低表达组,利用R语言比较LUAD组织与正常肺组织HNRNPC mRNA及蛋白水平的差异,分析HNRNPC mRNA高低表达与患者临床病理特征及预后的关系。运用受试者工作特征(ROC)曲线分析HNRNPC表达对LUAD的诊断价值;通过基因集富集分析(GSEA)HNRNPC调控的相关信号通路。 结果HNRNPC mRNA在LUAD组织中的表达明显高于正常组织,差异具有统计学意义(均P<0.01);LUAD组织中HNRNPC蛋白水平也显著上调(P<0.05)。HNRNPC表达水平与LUAD患者吸烟史、临床分期、T分期、远处转移有关(均P<0.05)。Log-rank检验结果显示,HNRNPC高表达组LUAD患者中位生存期(42.3个月)明显低于低表达组患者(59.9个月),差异具有统计学意义(P<0.01)。多因素Cox回归分析显示,淋巴结转移和HNRNPC mRNA表达水平是LUAD患者预后的独立影响因素。ROC曲线示HNRNPC mRNA表达水平对诊断LUAD具有一定的预测效能,AUC为0.843,95%CI：0.817~0.869。GSEA功能富集分析示Ras相似物GTP酶(Rho GTPases)途径、TP53信号途径、DNA损伤修复、细胞周期及M期调控在HNRNPC高表达组明显富集。 结论HNRNPC在LUAD组织中表达显著上调,高表达患者预后不良,HNRNPC可能是评估LUAD患者诊断与预后的新的潜在生物学分子标志物。     

核仁蛋白16在肺腺癌中的表达及其临床意义

目的探讨核仁蛋白16(NOP16)在肺腺癌(LUAD)中的表达及其临床意义。 方法收集并比较癌症基因组图谱数据库(TCGA)中445例LUAD和54例正常肺组织样本NOP16 mRNA表达水平的差异,收集、验证并比较基因表达综合数据库(GEO)中226例LUAD和20例正常肺组织样本NOP16 mRNA表达水平的差异;采用Wilcoxon秩和检验和Kruskal-Wallis H检验比较不同临床病理特征的LUAD患者NOP16 mRNA表达水平的差异;通过Kaplan-Meier法评估NOP16在LUAD中的预后价值;采用基因集富集分析(GSEA)探讨NOP16在LUAD中可能参与的生物学通路;通过肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库评估NOP16 mRNA表达水平与肿瘤浸润性免疫细胞(TIICs)的关系。 结果在LUAD中NOP16 mRNA表达水平明显高于正常肺组织(P<0.01),且不同临床分期、T分期、N分期的LUAD患者NOP16 mRNA表达水平均差异有统计学意义(均P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析表明NOP16 mRNA的高表达与LUAD患者的不良预后相关(P<0.05)。GSEA显示在NOP16高表达组,核糖体、DNA复制、错配修复、p53信号通路被显著富集(P<0.05,FDR<0.25)。在LUAD中,NOP16 mRNA表达水平与B细胞(r＝－0.22)、CD4⁺ T细胞(r＝－0.25)、CD8⁺ T细胞(r＝－0.12)、中性粒细胞(r＝－0.18)、巨噬细胞(r＝－0.27)和树突状细胞(r＝－0.25)的浸润丰度均呈负相关(均P<0.01)。 结论NOP16有望成为LUAD诊断和预后评估的生物标志物以及免疫治疗的新靶点。     

PFKFB3在结肠癌患者中的表达及其临床意义

目的:检测6-磷酸果糖激酶-2/果糖双磷酸酶-2同工酶3(PFKFB3)在大样本结肠癌患者中的表达情况及其临床意义。方法:用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和免疫组化法分别检测156例结肠癌患者癌和癌旁组织中PFKFB3的mRNA和蛋白表达水平,分析其与结肠癌临床病理特征及预后的关系。结果:PFKFB3的mRNA和蛋白表达在114例(73.1%)患者的结肠癌组织中高表达。结肠癌组织中PFKFB3的mRNA水平高表达与脉管内癌栓形成、淋巴结转移和TNM分期相关(P0.05)。PFKFB3 mRNA高表达患者的生存期短于低表达患者(P0.05)。结论:PFKFB3在结肠癌患者癌组织中高表达,PFKFB3的mRNA水平高表达与患者恶性表型及不良预后相关。     

miR-532-3p靶向SERPINE1调控细胞外基质受体互作通路抑制结肠腺癌细胞增殖和迁移

目的 本研究旨在明确miR-532-3p/SERPINE1在结肠腺癌中的具体调控机制。方法 利用TCGA数据库筛选差异表达的mRNA,随后通过mirDIP、miRWalk数据库分析并确定上游调控基因miRNA。GSEA数据库进行富集通路的分析。实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time quantitative PCR,qRT-PCR)、细胞计数试剂盒(Cell Counting Kit-8,CCK-8)实验、克隆形成实验、划痕愈合、Transwell、蛋白质免疫印迹(Western blot,WB)研究SERPINE1及上游基因对结肠腺癌增殖、迁移、侵袭的调控机制。结果 SERPINE1在结肠腺癌细胞和组织中显著高表达,而miR-532-3p呈显著低表达。SERPINE1与结肠腺癌患者的预后不良有关,能促进结肠腺癌细胞增殖、迁移和侵袭。SERPINE1显著富集在细胞外基质受体互作通路。miR-532-3p靶向负调控SERPINE1的表达,回复实验表明miR-532-3p/SERPINE1调控细胞外基质受体互作通路影响结肠腺癌细胞的恶性进展。结论 miR-532-3p作为SERPI...     

基于TCGA数据库分析ANO1在结肠癌中的表达及临床意义

目的研究ANO1基因在结肠癌中的表达情况,进一步分析ANO1对结肠癌患者生存及预后的影响。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获得结肠癌mRNA表达谱数据和相应的临床信息,分析ANO1的差异表达及其与临床病理因素的相关性;进一步探索ANO1表达量对结肠癌患者预后的影响,利用基因集富集分析(GSEA)预测可能与ANO1密切相关的信号通路。结果结肠癌肿瘤组织中ANO1相对表达量明显高于癌旁组织(P<0.01);ANO1表达水平与N分期即淋巴结转移情况有关(P<0.05),与年龄、性别、肿瘤分期,以及肿瘤是否突破肌层、是否存在远处转移均无相关性(P>0.05);ANO1高表达患者总生存期明显缩短(P<0.05);Cox多因素分析可见年龄及ANO1表达状态是结肠癌患者不良预后的独立影响因素(P<0.05);ANO1高表达样本富集至钙离子信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、WNT及多个癌症相关通路等基因集。结论ANO1在结肠癌肿瘤中高表达是患者不良预后的指标,且与淋巴结转移情况明显相关。ANO1有望成为结肠癌重要的预后标志物。     

Circ＿0032821/miR-936/CEP55调控轴在胃癌组织中的表达及与临床特征之间的关系

目的 通过生物信息学技术构建胃癌相关circRNA的内源竞争性RNA(ceRNA)调控网络并探讨其临床意义。方法 挖掘基因表达图谱(GEO)数据库中差异表达的环状RNA(circRNA)、微小RNA(miRNA)、信使RNA(mRNA),Cytoscpe软件构建circRNA、miRNA、mRNA之间的ceRNA调控网络,并对差异表达的mRNA进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书数据库通路富集分析,最后利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库的343个胃癌组织标本和30个正常组织标本的临床资料对ceRNA网络中的mRNA进行生存分析和表达验证,筛选其中重要的circRNA-miRNA-mRNA调控网络。在胃癌组织中对ceRNA的表达进行初步验证,并分析其与临床特征之间的关系。结果 构建的circRNA-miRNA-mRNA调控网络中包含6个circRNA、4个miRNA和21个mRNA。根据TCGA数据库中胃癌患者临床资料分析和表达验证,ceRNA网络中CEP55和CCDC80与患者生存预后相关,CEP55在胃癌肿瘤标本中的表达显著高于正常组织标本中的表达,差异有统计学意义(P<...     

基于生信数据库探究E2F3在上皮性卵巢癌中的表达及临床意义

目的 探讨转录因子E2F3在上皮性卵巢癌(EOC)中的表达及临床意义。方法 在癌症基因组图谱(TCGA)数据库及基因表达数据库(GEO)中分析E2F家族成员在EOC组织与正常组织中的表达差异及临床意义，同时借助生物信息数据库预测E2F3的转录调控靶点。应用RT-qPCR和Western blot检测EOC及对照组中转录因子E2F3及其靶基因的mRNA及蛋白表达水平。结果 TCGA数据信息结合GEO测序结果提示，与对照组相比在EOC中E2F1、E2F3呈现显著高表达(P<0.05),且均具有良好的诊断价值(AUC=0.964、AUC=0.967),E2F3高表达组中患者预后较差。联合JASPAR及Cistrome DB数据库预测E2F3转录调控靶基因ERCC1,且二者呈负相关(R=-0.243、P<0.001)。与对照组相比，EOC中E2F3与ERCC1的mRNA及蛋白表达水平均显著增高(P<0.05)。结论 转录因子E2F3可靶向调控ERCC1,在EOC中呈现高表达，且与预后不良相关，可作为EOC早期诊断和治疗的潜在靶点。     

基于长链非编码RNA的表达谱特征构建乳腺癌患者预后的风险模型

目的构建长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)表达特征的乳腺癌患者预后的预测模型。方法分析癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库1081例乳腺癌患者的转录组测序数据中LncRNA表达图谱及临床特征,对TCGA数据库中112对配对的乳腺癌及正常乳腺组织的转录组测序数据进行差异表达分析和单因素分析筛选得到差异表达且与乳腺癌患者预后显著相关的LncRNA(DELncRNA),利用DEseq2包进行差异表达分析(为减弱批次效应,测序数据已用DESeq函数标准化)。1081例乳腺癌患者被分成两组:训练集(541例)和验证集(540例)。将DELncRNA纳入Cox比例风险回归模型,在训练集中筛选和建立多LncRNA预后模型并对模型进行比例风险假定检验(proportional hazards assumption,PH假定检验),计算多基因风险评分,并基于此将患者分为高风险组和低风险组,采用Kaplan-Meier方法进行生存分析,并用验证集540例患者的数据进行验证。评价该模型在TCGA数据库肺鳞癌和肝细胞肝癌等患者中的预后评估价值。基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)分析LncRNA影响患者生存的具体机制。结果转录组测序分析筛选得到2815个差异表达基因,其中与乳腺癌患者预后显著相关的LncRNA共91个(P<0.05)。利用541例训练集乳腺癌患者的91个DELncRNA表达数据进行Cox回归分析,构建了基于5个LncRNA的Cox比例风险回归模型(训练集AUC=0.746,验证集AUC=0.650):AC004551.1、MTOR-AS1、KCNAB1-AS2、FAM230G和LINC01283,并进行PH假定检验(P=0.388)。K-M生存分析发现,训练集中高风险组的生存明显差于低风险组(中位生存时间:7.049年与12.21年,HR 0.367,95%CI 0.228~0.597,P<0.001),在验证集中高风险组患者生存时间也明显短于低风险组(中位生存时间:7.57年与10.85年,HR 0.412,95%CI 0.214~0.793,P<0.001)。在TCGA其他癌种中也得到相似的预测结果:肺鳞癌(HR 0.604,95%CI 0.383~0.951,P=0.007)及肝细胞肝癌(HR 0.551,95%CI 0.307~0.987,P=0.011)。GSEA结果提示,上述5个LncRNA的表达模式与肿瘤细胞的细胞周期调控有关。结论基于AC004551.1、MTOR-AS1、KCNAB1-AS2、FAM230G和LINC01283表达谱构建的预后模型可用于预测乳腺癌患者的预后,有利于进一步指导临床治疗。     

m6A甲基转移酶样3基因在泛癌中的表达及对肿瘤微环境的影响

目的 分析METTL3在泛癌中的表达及对肿瘤微环境的影响。方法 使用癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）数据库下载各种癌症患者的测序结果及临床资料,分析METTL3基因在各类型肿瘤中的表达以及其与预后、肿瘤微环境相关细胞浸润水平的综合分析。结果 METTL3在大多数恶性肿瘤中表达上调,但仅与肝细胞癌（PFI：HR=2.20,P=8.7e-7）和前列腺癌（PFI：HR=1.65,P=0.02）患者的不良预后关联。METTL3的表达与肝细胞癌和前列腺癌中的调节性T细胞、M2型巨噬细胞和/或成纤维细胞浸润水平以及抑制性免疫检查点基因的表达水平呈显著相关。结论 METTL3的表达与一些类型肿瘤患者的不良预后关联,且与调节性T细胞、M2型巨噬细胞和/或成纤维细胞的浸润以及抑制性免疫检查点基因的表达密切相关。本研究将有助于从临床肿瘤样本的角度理解METTL3在肿瘤发生、发展中的作用,并为肿瘤的靶向治疗提供新策略。     

基于TCGA 和GEO 数据库建立了肝内胆管癌的预后风险模型及验证分析

目的 基于TCGA（ the cancer genome atlas）和GEO（gene expression omnibus）数据库构建肝内胆管癌（intrahepaticcholangiocarcinoma, ICCA）预后风险模型,筛选ICCA 预后相关基因。方法 TCGA 数据库31 例ICCA 组织及9 例癌旁组织数据作为训练集,GEO 数据库30 例ICCA 组织及27 例癌旁组织数据作为验证集,R 软件“DESeq2”包过滤表达有差异的基因,过滤条件:差异倍数绝对值＞ 2,校正P 值＜ 0.05。单因素COX 回归分析筛选两组数据预后差异均有统计学意义的基因,通过LASSO 回归分析构建ICCA 的预后风险模型。计算训练集及验证集风险分数,并根据中值分为高、低风险组,绘制Kaplan-Meier 生存曲线图和时间依赖性受试者工作特征（receiver operating characteristic,ROC）曲线。将风险分数与临床病理信息进行单、多因素COX 回归分析,并绘制列线图展示,综合评价及验证模型效能。利用基因本体论（gene ontology, GO）、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG) 、基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis, GSEA）和单样本基因集富集分析（Single Sample Gene SetEnrichment Analysis, ssGSEA）分析造成高低风险组预后差异的原因。结果 TCGA 数据共筛选出2 922 个差异表达基因,GEO 数据共筛选出3 075 个（均P<0.05）。经单因素COX 回归分析,TCGA 筛选出68 个基因（HR=0.13 ～ 7.2,均P<0.05）,GEO 筛选出413 个基因（HR=0.17 ～ 215.1,均P ＜ 0.05）,两组数据预后差异均有统计学意义的有9个基因:GOLGA7B,MTFR2,TPM2,PIWIL4,EPHX4,PRICKLE1,DIO2,FUT4 和COL4A3（其中TCGA 数据库HR=0.506 ～ 2.760, GEO 数据库HR=0.428 ～ 1.992,均P<0.05）。LASSO 回归成功构建6 基因预后风险模型,模型风险分数=0.464× 表达量MTFR2 ＋ 0.550× 表达量TPM2-0.511× 表达量PIWIL4-0.097× 表达量PRICKLE1 ＋ 0.215× 表达量DIO2-0.313× 表达量COL4A3,训练集中风险分数中值为1.43。Kaplan-Meier 生存分析表明在总生存率上,高风险组低于低风险组（P<0.001）。ROC 曲线提示,1,3,5 年AUC 分别为0.971（cutoff=0.22）,0.921（cutoff=2.33）和0.701（cutoff=1.52）,模型预测能力良好。单因素COX 回归风险分数HR=5.18(95%CI:2.15 ～ 12.49), P<0.001,多因素COX 回归风险分数HR=72.5(95%CI:4.52 ～ 1 162.9), P=0.002。验证集中模型风险分数中值为2.48。Kaplan-Meier 生存分析表明,高风险组生存率低于低风险组（P=0.004）。ROC 结果显示1,3,5 年AUC 分别为0.908（cutoff=3.23）,0.851（cutoff=1.02）和0.752（cutoff=2.70）,单因素COX 回归风险分数HR=2.76(95%CI:1.65 ～ 4.60), P<0.001,多因素COX 回归风险分数HR=4.68(95%CI:2.13 ～ 10.3),P<0.001,风险模型效能得到验证。GO,KEGG,GSEA 和ssGSEA 分析结果表明造成高低风险组预后差异的原因可能与机体免疫反应的抑制有关( 均P<0.05)。结论 此次构建的预后风险模型在评估ICCA患者预后上具有一定的价值,为临床诊疗提供参考。     

基于数据挖掘分析GPX4在胃癌中的表达及临床意义

目的探索谷胱甘肽过氧化物酶4（GPX4）在胃癌中的表达及临床意义。 方法检索收集Oncomine和基因表达谱动态分析（GEPIA）数据库中GPX4 mRNA在常见肿瘤中的表达情况，并分析其在胃癌中的表达及与患者预后的关系。利用cBioPortal在线分析癌症基因图谱（TCGA）数据库中1178例胃癌样本中的RNA测序数据，分析GPX4基因的突变情况及其与预后的关系。利用String数据库预测与GPX4相互作用的蛋白。 结果Oncomine数据库中共收集了459项关于GPX4基因在常见肿瘤及正常组织中的对照研究，其中22项表达差异具有统计学意义（P<0.0001）。GEPIA数据库分析结果显示GPX4 mRNA在胃癌组织中高表达（P<0.01），且与不良的总体生存期及无进展生存期明显相关（P<0.05），但与胃癌的TNM分期无明显相关性（P>0.05）。对TCGA数据库的RNA测序结果分析发现，在1178例胃癌样本中有25例发生GPX4基因变异，总变异率为2.1%。Kaplan-Meier生存曲线分析显示，GPX4基因变异与否，与总体生存期及无进展生存期无明显相关性（P>0.05）。GSR、GSS、GGT1/5/6/7，GSTO2，GRSF1，SOD1/2等蛋白与GPX4有明显的相互作用（P=1.94×10^-7）。 结论利用多种肿瘤基因数据库分析表明，GPX4基因在胃癌组织中变异率低，其mRNA水平高表达与患者不良预后相关，为进一步探究GPX4在胃癌的发生发展中的作用提供了重要理论依据。     

基于TCGA和GEO数据库探讨VCAN基因及其甲基化在胃癌预后判断中的价值

目的 探讨多功能蛋白聚糖基因(VCAN基因)表达和甲基化在胃癌患者预后判断中的价值.方法 通过生物信息学方法分析、研究了VCAN基因的表达及甲基化水平,以及其在预后和免疫方面的意义.此外,通过Meta分析验证VCAN基因在胃癌预后判断中的作用.结果 VCAN基因受到甲基化的负调控,导致其在胃癌组织中高表达.根据癌症基因...