C57 BL/6J小鼠肝脏中mPer1基因CpG岛甲基化分析

目的 建立分析C57 BL/6J小鼠肝脏组织mPer1基因启动子区甲基化状态的亚硫氢酸修饰法,检测mPer1表达峰、谷对应的甲基化状态.方法 利用实时定量PCR方法检测mPer1基因表达时相特点,并利用亚硫氢酸修饰法对小鼠肝脏组织mPer1基因启动子区域CpG岛和E-box甲基化情况进行了研究.结果 C57 BL/6J小鼠肝脏组织mPer1基因表达有显著波动性,表达高峰位于ZT13.低谷位于ZT01.序列分析显示mPer1基因启动子区含有CpG岛,并且该CpG岛覆盖与mPer1波动性表达密切相关的顺式元件E-box1和E-box2.亚硫氢酸修饰测序结果 显示,mPer1基因启动子区CpG岛和E-box均呈低甲基化或非甲基化状态.不同时间点mPer1基因CpG岛甲基化频率无显著变化(P=0.458).结论 肝脏中mperl基因启动子区CpG岛和E-box均为开放状态,可以与时钟相关转录因子结合.甲基化不参与调节mPer1基因的节律性表达.     

食管鳞状细胞癌中MT-3基因表达与启动子区CpG岛甲基化相关性

目的:使用启动子区CpG岛的甲基化特异性PCR(MSP),分析食管鳞状细胞癌中MT-3基因表达与启动子区CpG岛甲基化的相关性。方法:对MT-3基因启动子区的用MSP检测方法,并以DNA甲基转移酶(DNMT)抑制剂5-氮2'-脱氧胞(5-aza-CdR)分别处理食管鳞状细胞癌组织及HET-1A细胞株,检测MT-3基因启动子区甲基化状态变化,Western blot检测蛋白表达。结果:食管鳞状细胞癌组织中MT-3基因启动子区呈甲基化状态,HET-1A细胞株MT-3基因启动子区呈非甲基化状态。采用5'-Aza-dC去除食管鳞状细胞癌组织中MT-3基因启动子区甲基化后,金属硫蛋白3表达水平上升了9.2倍。结论:MT-3启动子区CpG岛甲基化可能是导致金属硫蛋白3低表达的重要机制,其结果则导致食管癌发生。     

HCC患者GSTP1基因启动子区CpG岛甲基化状态研究

目的 检测人原发性肝癌（HCC）中抑癌基因GSTP1的启动子区CpG岛甲基化的状况，并探讨其在肝癌发生中的作用。方法 以已知的GSTP1基因启动子区CpG岛甲基化阳性的乳腺癌细胞株MCF-7为阳性对照，以11例正常人外周血单核细胞（PBMC）DNA为阴性对照，用甲基化特异性PCR（MSP）的方法对26例肝细胞癌患者的癌、远癌组织中GSTP1基因启动子区CpG岛甲基化的状态进行检测。结果 在26例原发性肝癌中GSTP1基因启动子区CpG岛甲基化在癌组织为88％（23／26），在远癌组织中为69％（18／26）；而在11例正常人外周血单核细胞均为甲基化阴性。结论 抑癌基因GSTP1基因启动子区CpG岛高甲基化可能是肝癌发生早期的分子事件，在人原发性肝癌的发生发展中具有重要的作用。     

白血病细胞雌激素受体α启动子CpG 岛甲基化状态的实验研究

目的 检测3种白血病细胞Jurkat、Molt-4、HL-60的雌激素受体α(estrogen receptorα,ERα)基因启动子ERα-A、ERα-B CpG岛甲基化状态,初步探讨ERα启动子区的甲基化状态以及与白血病发病机制的可能联系.方法 应用甲基化特异性PCR技术(MSP)检测3种白血病细胞株与正常人外周血单个核细胞ERα启动子区ERα-A 和ERα-B启动子区CpG岛甲基化状态.结果 白血病细胞株ERα-A 和ERα-B均出现甲基化条带,为全甲基化状态;正常人外周血单个核细胞ERα-A 和ERα-B CpG岛呈现非甲基化状态.结论 ERα基因启动子ERα-A 和ERα-B CpG岛的甲基化状态有可能成为白血病新的分子诊断标记物.     

检测外周血中BRCA1基因甲基化水平对乳腺癌的意义

目的探讨乳腺癌患者外周血BRCA1基因启动子区甲基化的意义。方法选择32例乳腺癌患者为病例组,采用1∶1配对原则选择32名健康志愿者为对照组,均取外周血,提取基因组DNA,用焦磷酸测序技术检测BRCA1基因启动子区CpG岛甲基化状态。结果 (1)32对样本,平均年龄49.94岁,患者年龄与BRCA1基因启动子区CpG岛高甲基化状态无关(P>0.05);32例女性乳腺癌患者中,浸润性导管癌30例,髓样癌1例,组织分级多为2、3级;(2)病例组BRCA1基因C片段各甲基化位点明显高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05),B片段各位点甲基化程度比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论通过检测外周血的BRCA1基因启动子区CpG岛甲基化水平可能可以预测早发性乳腺癌,进一步提出可能性的预防措施或干预,以减少患乳腺癌的风险。     

胃癌患者hMLH1基因启动子区CpG岛甲基化状态及其与蛋白表达的关系

目的：探讨胃癌组织中hMLH1基因启动子区CpG岛甲基化及蛋白的表达与胃癌生物学行为的关系,并分析hMLH1基因启动子区CpG岛甲基化与其蛋白表达的相关性。方法：采用甲基化特异性PCR（methylation-specific PCR,MSP）技术和免疫组织化学SP法检测45例患者胃癌组织、正常胃组织中hMLH1基因启动子区CpG岛甲基化情况及蛋白的表达。结果：hMLH1基因启动子区CpG岛在胃癌及正常组织中的甲基化阳性率分别为33.3%和0（P〈0.05）;hMLH1蛋白在胃癌及正常组织中的阳性率分别为57.8%和95.2%（P〈0.05）;hMLH1基因启动子区CpG岛甲基化及蛋白的表达与胃癌的临床病理参数无关（P〉0.05）;hMLH1基因启动子甲基化与hMLH1蛋白表达呈明显的负相关（P〈0.05）。结论：hMLH1基因启动子区CpG岛的异常甲基化是引起蛋白表达缺失的主要原因,hMLH1蛋白表达缺失与胃癌的发生有关。     

哈萨克族食管癌中survivin基因启动子区CpG岛及全基因共构建真核表达载体

目的构建survivin基因启动子区CpG岛及全基因共构建真核表达载体,研究survivin基因启动子区的甲基化状态对该基因表达及功能的影响。方法采用PCR方法从新疆哈萨克族食管癌的cDNA表达阳性的标本中扩增出survivin基因,以阳性组织基因组DNA扩增出survivin基因启动子区CpG岛,survivin基因经双酶切后与真核表达载体pEGFP-N1相连,并转入甲基化酶缺陷的大肠杆菌E.coliER1793中扩增。经测序正确后,将重组质粒及survivin基因启动子区CpG岛用HindⅢ酶切,连接后再次转入E.coliER1793中扩增。将重组质粒转染至食管癌细胞株Eca-109中,荧光显微镜观察结果。结果 DNA测序证明获得了包含ORF全长的survivin基因及其启动子区CpG岛,并将双序列成功克隆入真核表达载体pEGFP-N1中。转染后荧光显微镜下观察到绿色荧光蛋白。结论成功构建真核表达载体,为进一步探讨survivin基因启动子区CpG岛甲基化状态对该基因在哈萨克族食管癌细胞株中的表达及功能的影响奠定了基础。     

哈萨克族食管癌中cdc42启动子区CpG岛及全基因共构建真核表达载体

目的构建cdc42基因启动子区CpG岛及全基因共构建真核表达载体,研究cdc42基因启动子区的甲基化状态对该基因表达及功能的影响。方法采用PCR方法从新疆哈萨克族食管癌的cDNA表达阳性的标本中扩增出cdc42基因,以阳性组织基因组DNA扩增出cdc42基因启动子区CpG岛,cdc42基因经双酶切后与真核表达载体pEGFP-N1相连,并转入甲基化酶缺陷的大肠杆菌E.coliER1793中扩增。经测序成功后,将重组质粒及cdc42基因启动子区CpG岛用HindⅢ酶切,连接后再次转入E.coliER1793中扩增。将重组质粒转染至食管癌细胞株Eca-109中,荧光显微镜观察结果。结果 DNA测序证明获得了包含ORF全长的cdc42基因及其启动子区CpG岛,并将双序列成功克隆入真核表达载体pEGFP-N1中。转染后荧光显微镜下观察到绿色荧光蛋白。结论成功构建真核表达载体,为进一步探讨cdc42基因启动子区CpG岛甲基化状态对该基因在哈萨克族食管癌细胞株中的表达及功能的影响奠定了基础。     

人源肝癌细胞系中甲胎蛋白基因表达及甲基化的研究

目的:了解不同人源肝癌细胞系甲胎蛋白(AFP)基因表达及不同区域甲基化状态,探讨肝癌发生的表达遗传学调控机制。方法:采用亚硫酸氢盐-基因组测序(bisulfite-assisted genomic sequencing,BAGS)技术,检测人源HepG2、SMMC-7721肝癌细胞系和人成纤维细胞中AFP基因启动子区及CpG岛区的甲基化水平,RT-PCR检测基因的表达,并分析相关性。结果:HepG2细胞高表达AFP,SMMC-7721细胞低表达AFP,成纤维细胞不表达AFP;在启动子区,HepG2细胞的非甲基化修饰位点发生率较高,尤其是第一个和第二个CG位点,SMMC-7721细胞的甲基化程度较之高,而成纤维细胞甲基化程度整体很高;在CpG岛区,成纤维细胞的非甲基化修饰位点发生率较高,主要是第6个和第7个CG位点,SMMC-7721、HepG2细胞的甲基化程度较之高。结论:AFP基因启动子甲基化程度与基因表达水平存在负相关,AFP基因CpG岛甲基化程度与基因是否表达有关,AFP基因启动子低甲基化可能是AFP高表达的分子机制。     

3xTg-拟AD小鼠脑内七种时钟基因启动子区甲基化分析

目的 应用新的动物模型,建立一种快速简便的方法检测7种主要时钟基因per1、per2、cry2、clock、npas2、bmal1和bmal2启动子区甲基化状态,探索阿尔茨海默症引起的生理节律紊乱机制。方法 采用甲基化特异性PCR(MSP)法,检测15例3xTg拟阿尔茨海默症(Alzheimer's disease,AD)小鼠和15例转基因阴性对照小鼠全脑7种时钟基因启动子区CpG岛甲基化水平。结果 在转基因阳性小鼠中检测到3例cry2基因、1例clock和1例bmal2时钟基因发生甲基化现象,在对照组小鼠中未检测到时钟基因甲基化。结论 启动子区甲基化这种表观遗传学修饰参与节律基因表达的调控,可能是AD疾病中时钟节律紊乱发生的重要原因。     

Effect of vitrification at the germinal vesicle stage on the global methylation status in mouse oocytes subsequently matured in vitro

Background It is still unclear whether the vitrification procedure itself is associated with the incidence of abnormal DNA methylation during oocytes vitrification.The purpose of this study was to evaluate the epigenetic profile of mouse oocytes,which went through vitrification either at a mature stage or at an immature stage following in vitro maturation （IVM） by analyzing the global DNA methylation.Methods Metaphase Ⅱ （M Ⅱ） stage and germinal vesicle （GV） stage oocytes were collected from adult female mice and were vitrified respectively.The M Ⅱ oocytes were assessed for cryo-survival and global DNA methylation.The GV oocytes were assessed for cryo-survival and only the surviving GV oocytes were cultured in vitro for subsequent assessment of global DNA methylation in mature oocytes.In vivo matured fresh M Ⅱ oocytes without undergoing vitrification were used as control.The level of global DNA methylation in the M Ⅱ oocytes was then examined by immunofluorescence using an anti-5-methylcytosine （anti-5-MeC） monoclonal antibody and fluorescein isothiocyanate （FITC）-conjugated goat anti-mouse IgG under a laser scanning confocal microscope.Results In terms of the effect of vitrification on global DNA methylation status in matured oocytes,in the M Ⅱ-v group,all the examined oocytes （90/90） were found with hypermethylation,including 63.3％ （57/90） of them displaying DNA methylation of a very high level,25.6％ （23/90） with a high level,and 11.1％ （10/90） with an intermediate level,whereas in the GV-v group,all the matured oocytes （129/129） were also examined with hypermethylation,including 67.4％ （87/129） of them displaying DNA methylation of a very high level,23.3％ （30/129） with a high level,and 9.3％ （12/129） with an intermediate level.Statistically,it was similar between both groups,which were similar to the control：68.6％ （83/121） of fresh M Ⅱ oocytes displayed DNA methylation of a very high level,21.5％ （26/121） with a high level,a     

慢性心力衰竭患者全基因组的甲基化改变

目的研究全基因组甲基化对心力衰竭患者心肌基因表达的影响。方法取心脏移植中供体左心室心肌标本8例作为正常对照组,行心脏移植的心力衰竭患者自身左心室心肌标本14例作为实验组,提取基因组基因通过甲基化DNA免疫共沉淀结合甲基化芯片技术(methylated DNA immunoprecipitation-chip,MeDIP-chip)及基因表达谱芯片进行高通量的快速筛选。然后,得到MeDIP-chip初筛后的2个甲基化异常基因abca4和cd200进行亚硫酸氢钠测序PCR。结果疾病组abca4基因启动子区甲基化率为85.5%,正常组基因启动子区甲基化率为91.2%;疾病组基因启动子区甲基化率比正常组基因启动子区甲基化率低5.7%,心衰组cd200基因启动子区甲基化率为50.5%,正常组基因启动子区甲基化率为57.1%。结论 abca4和cd200启动子区甲基化改变会影响自身的基因表达量。心衰时DNA启动子区甲基化会发生改变,并且DNA启动子区的甲基化会伴随着基因表达量的改变。     

乳腺癌组织中NHERF1、PTEN和ERα蛋白的表达及其临床意义

目的在乳腺癌及癌旁组织中研究钠氢交换子调节因子1(Na+/H+exchanger regulatory factor 1,NHERF1)、PTEN和雌激素受体亚型ERα的免疫组织化学表达情况及其与乳腺癌临床病理分型的关系。方法采用免疫组织化学(SP)法评价乳腺癌组织及癌旁组织中NHERF、PTEN和雌激素受体亚型ERα蛋白表达情况,对其进行比较研究。结果乳腺癌组织中NHERF1和PTEN均呈现弱阳性表达或者不表达,而在癌旁组织中两者均有表达,而且在癌旁组织与癌组织中的表达量的差异有统计学意义(P<0.01)。而ERα的表达量在乳腺癌组织中明显高于癌旁组织(P<0.01)。结论乳腺癌组织中PTEN蛋白的表达水平可能与乳腺癌组织中NHERF1的表达有很大的相关性,雌激素受体在乳腺癌的发生发展过程中起了很重要的作用。     

MT1G 在中晚期肝细胞癌组织中的甲基化状态 及对索拉非尼治疗预后的预测价值

目的 探讨MT1G 在中晚期肝细胞癌组织中的表达和甲基化状态,以及对索拉非尼治疗预后的 预测价值。方法 调取西安交通大学第一附属医院病理室保存的2016 年11 月—2018 年5 月行肝切除术的 86 例中晚期肝细胞癌患者的病理组织蜡块。分别采用免疫组织化学法和甲基化特异性聚合酶链反应（MSP） 检测肝细胞癌组织中MT1G 蛋白的表达和甲基化状态,并分析其与患者临床病理特征的关系。所有患者术 后接受索拉非尼治疗,随访患者停药时间和总生存期。结果 肝细胞癌组织样本MT1G 蛋白阳性表达率低 于癌旁组织[34.88% VS 66.28%],且MT1G 基因启动子甲基化率高于癌旁组织[60.46% VS 37.21%]（P <0.05）。 MT1G 蛋白阳性表达率与MT1G 基因启动子甲基化率呈负相关（r =-0.787,P =0.000）。肝细胞癌组织 MT1G 蛋白表达与肿瘤Child-Pugh 分级、BCLC 分期、术前血清甲胎蛋白水平有关（P <0.05）。MT1G 蛋白 阳性表达患者中位停药时间为15.0 个月,短于MT1G 蛋白阴性表达患者20.0 个月（P <0.05）。MT1G 蛋白阳 性表达患者与阴性表达患者中位生存时间[20.0 个月 VS 25.0 个月] 和总生存率[43.33% VS 60.71%] 比较,差 异无统计学意义（P >0.05）。结论 MT1G 蛋白在中晚期肝细胞癌组织中表达降低,可能与MT1G 基因启动 子过度甲基化有关。而且MT1G 阳性表达预示中晚期肝细胞癌患者接受索拉非尼治疗预后不良。     

脂联素通过激活p38MAPK信号通路调节大鼠肝星状细胞MMP-13及TIMP-1表达

目的观察外源性脂联素对体外培养的大鼠肝星状细胞系(HSC-T6)细胞脂联素受体1(AdipoR1)表达的调节作用及对细胞内p38MAPK信号通路的影响,并观察该通路是否参与调节脂联素对HSC细胞基质金属蛋白酶-13(MMP-13)、基质金属蛋白酶抑制因子-1(TIMP-1)表达的影响。方法 MTT法观察不同浓度脂联素对HSC生长的影响。荧光定量PCR法检测脂联素作用下HSC-T6细胞AdipoR1、MMP-13、TIMP-1的mRNA表达情况。Western blotting方法检测脂联素作用下HSC-T6细胞信号蛋白p38MAPK的活化及活性和AdipoR1、MMP-13、TIMP-1的蛋白表达情况。结果 0.5μg/mL～2.0μg/mL脂联素处理HSC细胞,各组细胞增生无明显变化。0.5μg/mL、1.0μg/mL、1.5μg/mL脂联素作用下AdipoR1mRNA和蛋白表达增加。1.0μg/mL脂联素处理HSC后,p38MAPK激酶磷酸化水平随时间增加而增高,在120min达最大值,之后又开始下降。不同浓度脂联素处理HSC120min后,p38MAPK激酶磷酸化水平均增加,并具有浓度依赖性。p38MAPK抑制剂SB203580可抑制p38MAPK激酶的磷酸化及活性。脂联素处理组HSC细胞MMP-13mRNA及蛋白表达均较对照组明显增加,而TIMP-1mRNA及蛋白表达较对照组降低,而SB203580可以抑制这种效应。结论脂联素可上调活化肝星状细胞AdipoR1的表达,通过激活p38MAPK信号通路,调节HSC细胞MMP-13及TIMP-1的表达。     

A preliminary study of genes related to concomitant chemoradiotherapy resistance in advanced uterine cervical squamous cell carcinoma

Background Tumor intrinsic chemoradiotherapy resistance is the primary factor in concomitant chemoradiotherapy failure in advanced uterine cervical squamous cell carcinoma. This study aims to identify a set of genes and molecular pathways related to this condition.     

促进甲状腺激素受体和p16抑癌基因甲基化与乳头状甲状腺癌临床病理的关系

目的通过对乳头状甲状腺癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)两种抑癌基因:促甲状腺激素受体(thyroid stimulatinghormone receptor,tshr)和p16启动子甲基化的研究,分析其启动子甲基化与患者临床病理参数之间的关系,寻找PTC的发生机制,并探讨2个抑癌基因在PTC的发生中有无关联性。方法提取50例PTC组织和32例对照组织DNA,进行甲基化修饰,采用甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MSP)检测两种抑癌基因启动子区甲基化的情况;用测序方法证实甲基化的存在;采用SPSS13.0软件分析两种抑癌基因甲基化之间的关联性及两种抑癌基因启动子甲基化和主要的临床病理参数的关系。结果50例PTC中,有34例(68%)tshr基因、27例(54%)的p16基因启动子发生了甲基化;32例对照组中,2个抑癌基因的甲基化分别为7例(21.9%)和5例(15.6%),PTC组2个抑癌基因启动子甲基化率均显著高于对照组,差异有统计学意义(χ2值分别为16.61和12.08,P<0.05);2个抑癌基因相关性分析,tshr和p16之间不存在关联性(r=0.23,P>0.05);两种基因启动子在有淋巴结转移的PTC的甲基化率高于无淋巴结转移的病例(χ2值分别为5.82和5.10,P<0.05)。结论两种抑癌基因启动子甲基化与PTC的发生有关,两种基因启动子甲基化在PTC的发生中可能没有相关性,但在恶性进展中可能发挥一定作用。     

Intra-individual change over time in DNA methylation with familial clustering

Hans T. Bjornsson, MD, PhD; Martin I. Sigurdsson, MD; M. Daniele Fallin, PhD; Rafael A. Irizarry, PhD; Thor Aspelund, PhD; Hengmi Cui, PhD; Wenqiang Yu, PhD; Michael A. Rongione, BA; Tomas J. Ekström, PhD; Tamara B. Harris, PhD; Lenore J. Launer, PhD; Gudny Eiriksdottir, PhD; Mark F. Leppert, MD; Carmen Sapienza, PhD; Vilmundur Gudnason, MD, PhD; Andrew P. Feinberg, MD, MPH

JAMA. 2008;299(24):2877-2883.

Context  Changes over time in epigenetic marks, which are modifications of DNA such as by DNA methylation, may help explain the late onset of common human diseases. However, changes in methylation or other epigenetic marks over time in a given individual have not yet been investigated.

Objectives  To determine whether there are longitudinal changes in global DNA methylation in individuals and to evaluate whether methylation maintenance demonstrates familial clustering.

Design, Setting, and Participants  We measured global DNA methylation by luminometric methylation assay, a quantitative measurement of genome-wide DNA methylation, on DNA sampled at 2 visits on average 11 years apart in 111 individuals from an Icelandic cohort (1991 and 2002-2005) and on average 16 years apart in 126 individuals from a Utah sample (1982-1985 and 1997-2005).

Main Outcome Measure  Global methylation changes over time.

Results  Twenty-nine percent of Icelandic individuals showed greater than 10% methylation change over time (P < .001). The family-based Utah sample also showed intra-individual changes over time, and further demonstrated familial clustering of methylation change (P = .003). The family showing the greatest global methylation loss also demonstrated the greatest loss of gene-specific methylation by a separate methylation assay.

Conclusion  These data indicate that methylation changes over time and suggest that methylation maintenance may be under genetic control.

     

错配修复基因启动子甲基化和蛋白表达在葡萄胎的发生及恶变中的作用

目的探讨错配修复基因hMLH1和hMSH2启动子甲基化和蛋白表达在葡萄胎的发生及恶变中的作用.方法用甲基化敏感性核酸内切酶HpaⅡ酶切-PCR法,分析正常早孕人流绒毛、部分性葡萄胎(PM)、完全性葡萄胎(CM)和侵蚀性葡萄胎(IM)hMLH1和hMSH2启动子甲基化情况;免疫组化检测hMLH1和hMSH2原位蛋白表达.结果在正常早孕绒毛、PM、CM和IM组织中,hMLH1和hMSH2均表达于细胞滋养细胞,合体滋养细胞大多表达阴性,极少数为弱阳性.正常早孕绒毛组织均未发现hMLH1和hMSH2启动子甲基化,而hMLH1和hMSH2表达全部阳性,阳性率为100%,与PM、CM组织相比,启动子甲基化和蛋白表达均存在显著性差异(P＜0.05).IM中hMLH1和hMSH2启动子甲基化发生率分别为80.0%(12/15)和73.3%(11/15),与PM、CM相比无显著性差异(P＞0.05);IM hMLH1蛋白表达阳性率为54.5%(6/11),与PM、CM相比无显著性差异(P＞0.05);而hMSH2蛋白表达阳性率为36.4%(4/11),明显弱于CM,两者比较有显著性差异(P=0.044).CM和IM组织中hMSH2启动子甲基化与其蛋白表达间存在相关性(P值分别=0.001和0.039).结论hMLH1和hMSH2的高表达对正常细胞滋养细胞基因组的稳定性起着重要的作用;hMLH1和hMSH2启动子甲基化的发生和蛋白表达的缺失参与了葡萄胎的发生.