SYBR Green Ⅰ Real time PCR检测胃癌组织中LIN28基因方法的建立

目的 建立SYBR Green Ⅰ荧光染料实时定量PCR方法,测定LIN28基因在胃癌组织中的表达水平,并进行实验室方法学评价.方法 采用RT-PCR扩增LIN28 基因片段 ,将该片段克隆到质粒载体PMD18-T上, 转化入大肠埃希氏菌(DH5a)中,PCR鉴定后,提取重组质粒,以阳性质粒为模板,建立SYBR-Green I荧光定量PCR标准曲线,以β-actin为内参,运用Rotor-Gene 6000series software做相对定量分析,检测30例胃癌患者的癌组织中LIN28的表达水平.结果 用重组质粒制作的标准曲线循环阈值与模板浓度有良好的线性关系,内参β-actin和LIN28标准曲线相关系数分别为0.999 7和0.999 1,其最低的检测拷贝数为1,LIN28溶解曲线呈单个特异峰.结论 成功地构建了LIN28的原核表达载体.建立的SYBR Green Ⅰ荧光染料实时定量PCR法特异度、敏感度高,稳定性好,可用于定量测定胃癌组织中LIN28的表达水平.     

汉城病毒的TaqMan-BHO探针实时荧光定量检测方法的建立

目的：建立一种汉城病毒实时荧光定量 RT-PCR 快速的检测方法。方法用专业软件设计引物和 TaqMan-BHQ探针,以人工合成 L 基因的片段作为模板,进行实时荧光定量 RT-PCR 研究。结果模板的 Ct 值与模板稀释浓度的对数存在良好的线性关系,标准曲线为Y ＝－3.607X ＋41.84,r2＝0.998,PCR 扩增效率为108.1％,其最低检出限为53.2 copies／μL。结论应用 TaqMan-BHQ1探针的实时荧光 RT-PCR 检测汉城病毒核酸,具有耗时短、灵敏度高等特点。     

应用TaqMan荧光定量PCR技术建立HIV前病毒检测方法

目的建立HIV前病毒荧光定量PCR检测方法。方法常规培养8E5／LAV细胞，收集后计数，提取HIV前病毒核酸，运用实时荧光定量PCR法扩增晚期逆转录基因片段（HIVFL）。结果建立的实时荧光定量PCR技术检测灵敏度可达1拷贝，扩增结果稳定可靠。结论成功建立了HIV前病毒检测方法，为今后筛选和鉴定潜伏感染细胞以及评价抗-HIV药物的治疗效果奠定基础。     

实时荧光定量PCR快速检测百日咳鲍特菌方法学建立及评价

目的 建立实时荧光定量PCR检测百日咳鲍特菌的方法。 方法 以百日咳鲍特菌的重复插入序列IS481为目的基因,设计探针和引物, 以克隆的IS481基因片段为DNA模板,在荧光定量PCR仪上建立实时荧光定量PCR检测方法和标准曲线,并进行灵敏度、重复性、特异性实验。 结果 建立的定量标准曲线阈值循环数（Ct）与模板拷贝数呈良好线性关系(r=0.998);最低检测浓度为10^{2 copies/μl;批内及批间变异系数均小于4%;对临床其他常见呼吸道病原体不出现特异性扩增曲线。 结论 实时荧光定量PCR法检测IS481基因可用于百日咳鲍特菌的快速检测,具有较好的灵敏度、特异性及重复性。}     

检测人细小病毒4的TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立与评价

目的检测血液和原料血浆中人细小病毒4(Parvovirus 4,Parv4)的污染情况,建立Parv4的TaqMan实时荧光定量PCR检测体系。方法将全基因合成的标准品质粒纯化后制备为阳性标准品,从而构建标准曲线并建立检测体系,然后对该检测体系进行方法学评价。结果成功建立了Parv4的检测体系,其标准曲线的相关系数r=0.9997。方法学评价显示,该检测体系的灵敏度达10copies/μl;重复性好,批内重复和批间重复的变异系数均小于2%;特异性良好,以水貂肠炎病毒(MEV)和猪细小病毒(PPV)的核酸样品为模板进行检测时结果为阴性。结论本研究建立的基于TaqMan探针的Parv4荧光定量PCR检测方法可以很好地定量检测血液、原料血浆及血液制品中的Parv4,对于保障输血安全及血液制品的病毒安全性具有重要意义。     

SYBRGreen荧光定量PCR检测HTLV-I前病毒tax基因方法的建立

目的建立HTLV—I前病毒tax基因的荧光定量PCR检测方法。方法根据HTLV—Itax基因序列设计引物，将PCR克隆的tax片段链接入质粒载体，经筛选鉴定后，以含有目的片断的质粒为阳性模板建立实时荧光定量检测方法。结果扩增体系的敏感度可达10拷贝／反应。模板浓度在10^5～10^1拷贝／反应时，模板浓度与循环闽值（Q）之间相关性良好，相关系数r=-0，9987，且模板浓度相同的反应管之间具有良好的重复性和稳定性。结论SYBRGreen荧光定量PCR检测HTLV—I前病毒tax基因方法具有简便、快速和灵敏度高等优点，可能在疾病诊断、监测以及血液筛查中具有一定的应用前景。     

TaqMan-MGB荧光定量PCR检测人载脂蛋白A5基因方法的建立及评价

目的建立以TaqMan-MGB荧光探针为特点的荧光定量聚合酶链反应(PCR),用于检测人载脂蛋白A5(apo A5)基因。方法针对人apo A5基因设计特异性引物和TaqMan-MGB荧光探针,以重组克隆质粒pPCR-Script-apo A5为DNA模板,在荧光定量PCR仪上建立TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法和标准曲线,进行灵敏度、重复性、特异性实验。结果建立的定量标准曲线阈值循环数(Ct)与模板拷贝数呈良好线性关系(r=0.998);最低检测浓度为103拷贝/μL;扩增效率(E)为110.2%,且重复性好。结论成功建立检测人apo A5基因的TaqMan-MGB荧光定量PCR。该法具有较好的灵敏度、特异性及重复性。     

荧光定量PCR检测弓形虫基因方法的建立

目的　建立荧光定量PCR检测弓形虫基因的方法,并进行实验室方法学评价。方法　PCR扩增弓形虫 529bp重复序列,经TA克隆后转化入大肠杆菌DH5α中;提取重组质粒鉴定后,作为模板建立荧光定量PCR标准曲线,并做重复性试验和临床标本检测。结果　用重组质粒制作的标准曲线循环阈值与模板浓度有良好的线性关系,相关系数 0. 995,平均试验间变异系数 3. 28%,无非特异性扩增。临床标本检测阳性率为 43. 3%。结论　建立了检测弓形虫基因的荧光定量PCR方法,快速、灵敏、特异的特点适合临床实验室的应用。     

实时荧光定量PCR检测结直肠癌患者粪便肿瘤型M2-PK DNA及临床应用研究

目的建立适用于结直肠癌患者粪便标本肿瘤型M2丙酮酸激酶(M2-PK)DNA检测的实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)方法,分析自建方法的临床应用价值。方法采用PCR方法扩增肿瘤型M2-PK DNA片段(162bp),纯化后采用TA克隆法转入PGM-T载体,构建重组质粒。以重组质粒为模板,建立实时荧光定量PCR检测方法,评价自建方法的敏感性、特异性和重复性。选择2014年1月至2016年6月确诊的结直肠癌患者200例,同期体检健康者100例,采用自建方法对受试者粪便和血清标本进行肿瘤型M2-PK DNA检测,并与酶联免疫吸附法肿瘤型M2-PK检测结果进行比较。结果测序结果证实重组质粒构建成功。自建方法检测肿瘤型M2-PK DNA的灵敏度为10copy/mL,对肌肉型M2-PK DNA和M1型丙酮酸激酶(M1-PK)DNA检测结果为阴性,批内及批间变异系数为0.3%~2.9%。实时荧光定量PCR检测患者粪便标本肿瘤型M2-PK DNA阳性率为92.50%,ELISA检测肿瘤型M2-PK阳性率为80.00%。粪便和血清标本肿瘤型M2-PK DNA实时荧光定量法检测结果与肿瘤病理分期密切相关。结论本研究建立的实时荧光定量PCR法适用于结直肠癌患者粪便标本肿瘤型M2-PK DNA检测,具有特异性强、灵敏度高的特点,可用于结直肠癌早期诊断。     

应用MGB探针检测人乙型肝炎病毒的基因型

目的检测血浆或血清样本中人乙型肝炎病毒HBV的基因型,建立了基于MGB探针的实时荧光定量PCR检测体系。方法在HBV基因组型特异性碱基的聚集区域设计荧光定量PcR引物及探针。为保证特征特异性及高分辨率,选择设计MGB探针,然后将PCR扩增的产物纯化后进行基因克隆．克隆成功后提取的质粒制备为阳性质控品,从而建立完整的MGB探针法的荧光定量PCR检测体系,最后对该检测体系进行方法学评价。结果成功建立了基于MGB探针的HBV荧光定量PCR的基因分型检测体系。方法学评价显示,该检测体系的灵敏度达50IU／mL;重复性好;特异性良好,以多种血浆病毒的核酸样品为模板进行检测时结果全为阴性。结论本研究建立基于MGB探针的HBV荧光定量PCR的基因分型检测方法,可以很好地定性的检测血浆或血清样本及血液制品中的人乙型肝炎病毒HBV的基因型及含量,对于该疾病的临床治疗具有重要的意义。     

荧光定量聚合酶链反应检测基质金属蛋白酶组织抑制因子-1方法的建立

目的　构建含有金属蛋白酶组织抑制因子- 1(TIMP -1)的重组质粒并以其为模板建立荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术检测TIMP- 1的标准曲线,为荧光定量PCR准确检测TIMP- 1奠定基础。方法　提取大鼠星状细胞系HSC -T6的mRNA,经RT- PCR扩增TIMP- 1基因后与pGMT Vector连接,转化到大肠杆菌DH5α,以筛选得到的阳性克隆质粒作为标准品进行梯度稀释,分别用Taqman荧光探针技术和SYBRGreenI荧光染料技术进行荧光定量PCR检测,建立标准曲线,并对两者结果进行了对比。同时进行普通PCR检测,与荧光定量PCR方法检测结果进行比较。结果　重组质粒经PCR扩增及序列测定,表明pGMT- TIMP- 1基因已成功克隆。以不同稀释水平的标准品质粒进行荧光定量PCR扩增, 应用Taqman荧光探针技术建立的标准曲线的线性检测范围为7×104 ~7×108 拷贝,检测灵敏度为7×104 拷贝;应用SYBRGreenI荧光染料技术的线性检测范围为7×106 ~7×108拷贝,检测灵敏度为7×106 拷贝,且熔解曲线显示出现非特异性扩增;两种技术相对于普通PCR技术均具有定量功能。结论　所构建的pGMT- TIMP -1基因荧光定量PCR检测标准品应用Taqman荧光探针技术建立的标准曲线线性关系好, 灵敏度和特异性高,准确可靠,此方法可作为荧光定量PCR检测TIMP -1基因的标准方法。     

基于vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR快速检测创伤弧菌的研究

目的建立基于溶细胞毒素基因vvhA检测创伤弧菌（Vibrio vulnificus）的TaqMan实时荧光定量PCR。方法采用Primer Express软件，设计位于vvhA基因序列保守区的PCR引物和TaqMan探针，建立检测创伤弧菌vvhA基因100bp扩增产物的TaqMan实时荧光定量PCR。采用基因克隆技术，构建作为阳性对照的pMD19-vvhA100重组质粒。以最低扩增循环数（Ct值）、荧光强度增加值（△Rn）为观察指标，对vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR条件进行优化。以不同浓度的创伤弧菌及其它8种细菌DNA和pMD19-vvhA100为模板，对vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR的特异性、敏感性和重复性进行验证。创伤弧菌经腹腔和皮下注射及灌胃感染ICR小鼠，验证vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR对感染小鼠血液、皮下感染组织和肠内容物的检测效果。结果所建立的vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR仅对创伤弧菌DNA或pMD19-vvhA100呈现阳性检测结果，其检测灵敏度可达0．01ng创伤弧菌DNA或10^3个拷贝的pMD19-vvhA100，不同浓度pMD19-vvhA100三次检测结果的SD≤0．79，对腹腔和皮下感染创伤弧菌的小鼠血液、皮下组织标本检测结果均为阳性。结论所建立的创伤弧菌vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR具有快速、稳定、敏感、特异等优点，适合用于临床实验室进行创伤弧菌引起的败血症和创口感染快速诊断。     

寨卡病毒荧光定量PCR检测方法的建立与验证

目的建立基于一步法实时荧光定量PCR技术的寨卡病毒检测方法。方法通过分析寨卡病毒全基因组核酸序列,根据其NS5基因片段,设计特异性引物,构建重组质粒,经体外转录后获得寨卡病毒RNA,即阳性标准品,建立标准曲线,利用RT-PCR方法对检测体系做灵敏性、重复性试验,以寨卡病毒GZ01毒株与Huh7.5.1细胞RNA混合或加入寨卡病毒的血浆标本对本方法测试。结果建立的标准曲线线性关系良好,灵敏度较高,检测下限可达0.1 PFU/mL,标准曲线方程:Y=-3.353X+36.345,相关系数(CV)可达0.999。该方法特异性较好,对登革病毒和丙肝病毒核酸检测无交叉反应,可检出寨卡病毒感染的细胞样品和血浆样品中的寨卡病毒。结论成功建立了1种基于实时荧光定量PCR的寨卡病毒核酸检测的高灵敏性方法。     

人血浆DNA双重实时荧光定量PCR检测法的建立

目的 建立带有内参照的双重实时荧光定量PCR方法检测血浆DNA含量.方法 构建重组质粒DNA作为内参照物,采用共用下游引物的双重实时荧光定量PCR技术同步扩增人看家基因β-actin和重组质粒载体中人工合成DNA序列,定量检测健康成年人血浆DNA含量.结果 本法能在同一个反应管中对目的基因和内参照进行同步扩增,两者的扩增无相互干扰,特异性好;重组质粒DNA的平均扩增效率达90%,β-actin基因的平均扩增效率接近100%;本法批内变异系数（CV）11%,批间CV17%.结论 成功建立含有内参照的双重实时荧光定量PCR方法,可对血浆DNA进行定量检测.     

基于TaqMan探针的幽门螺杆菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的探讨基于TaqMan探针的幽门螺杆菌23SrDNA基因片段的实时荧光定量PCR检测的有效方法。方法根据幽门螺杆菌23SrDNA序列设计引物和探针,构建质粒标准品,建立实时荧光定量PCR体系并进行方法学评价,并对2012年5月至10月收集的100份临床样本进行检测同时应用免疫组化及银染方法进行比较分析。结果建立了检测23SrDNA的实时荧光定量PCR方法：107-102copies/ul范围内均有＂S＂型扩增曲线,最低检测浓度为102copies/ul,标准曲线相关系数为1。对临床其它消化道病原体不出现特异性的扩增曲线。对100份样本进行检测,实时荧光定量PCR能检出31份阳性,而免疫组化方法能检出25份阳性,银染方法能检出28份阳性。结论实时荧光定量PCR方法可成功检测幽门螺杆菌,且该方法具有灵敏度和特异性高及重复性好等优点。     

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒变异株荧光定量PCR检测方法的建立

目的应用荧光定量PCR技术实现高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒变异株的快速鉴定。方法利用所报道的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒变异株Nsp2基因片段设计引物和探针,并对该方法进行特异度、灵敏度、重复性等方面的考察。结果用该方法检测高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒的近源种未发生非特异性扩增,最低检出浓度为1.0×103copy/mL。结论用该荧光定量PCR检测方法检测高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒变异株不仅特异度好、灵敏度高,且快速简便。     

人TIM-1和TIM-3 mRNA实时SYBR Green Ⅰ定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立实时SYBR Green I定量RT-PCR检测人TIM-1和TIM-3mRNA的方法。方法从人外周血单个核细胞提取的总RNA中逆转录扩增人TIM-1和TIM-3的cDNA,将将纯化的人TIM-1和TIM-3的扩增产物分别与pMD18-T Simple载体进行连接,转化宿主菌DH5α,提取重组质粒DNA,PCR鉴定并测序分析。纯化质粒并检测260nm吸光值,确定重组质粒原液的拷贝浓度并以此制备荧光定量PCR梯度浓度标准品,进行实时荧光定量PCR实验。结果建立了TIM-1和TIM-3基因基因mRNA表达实时荧光定量PCR检测方法,检测灵敏度达103拷贝,线性范围为103-107拷贝。阈值循环数(Ct)与PCR体系中起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系,线性相关系数分别为1.00和1.00,扩增效率分别为1.070和1.023,批内及批间变异系数5%。熔解曲线分析表明,产物为特异的单峰。结论我们成功建立检测人TIM-1和TIM-3的实时荧光定量PCR方法,为进一步研究人TIM-1和TIM-3功能奠定基础。     

人肝细胞生长因子mRNA实时荧光PCR定量标准的构建

目的：构建实时荧光定量PCR标准品以定量检测人肝细胞生长因子mRNA的表达。方法：以Trizol裂解抽提法提取新鲜肝组织总RNA。以RT-PCR法制备HGFcDNA目的片段并进行扩增；以A-T载体克隆法将纯化的目的片段与pGEM-TEasy Vector连接成重组质粒并转化E．coli DH5α。采用碱裂解法提取重组质粒，联合用直接PCR、α互补法和氨苄青霉素筛选法、EcoR I限制性酶切和序列分析法鉴定其特异性。用聚乙二醇沉淀法纯化质粒并检测λ260nm吸光度，确定原液的重组质粒拷贝浓度并以此制备FQ-PCR梯度浓度标准品。结果：HGF cDNA目的片段成功制备并获得稳定的重组质粒，保持了目的片段的特异性和序列完整性。结论：成功构建了实时荧光PCR定量标准。     

荧光定量RT-PCR检测AFP mRNA基因表达方法的建立

目的　建立荧光定量RT PCR检测检测AFPmRNA基因表达的方法。方法　提取肝癌细胞株HepG2 的总RNA ,进行RT PCR扩增AFPmRNA特异性片段 ,纯化PCR产物并与pMD 18 T载体连接 ,构建重组质粒。结果　重组的质粒经酶切和测序鉴定 ,目的片段已插入 pMD 18 T载体内。 结论　成功建立荧光定量RT PCR检测AFPmRNA基因表达的方法。