辽宁省首次检出G9型A组轮状病毒

目的了解辽宁省A组轮状病毒的感染情况,为轮状病毒的预防控制提供科学依据。方法采集辽宁省沈阳、大连、丹东、阜新4个市门诊及住院疑似病毒性腹泻患者粪便标本135份,采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测轮状病毒抗原,阳性标本用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增A组轮状病毒VP7基因和VP4基因,RT-PCR产物进行核苷酸碱基序列的测定和比对,并构建VP7基因遗传进化树。结果 135份粪便标本中,共检测出A组轮状病毒阳性标本21份;A组轮状病毒G基因分型:G9型15株,G3型2株,G2型1株,G1型1株,未分型2株;P基因型分型:P[8]型20株,P[4]型1株;G/P基因型组合以G9P[8]为主共15株,G3P[8]2株,G1P[8]1株,G2P[4]1株,G/P[8]2株。结论辽宁省首次检出G9型A组轮状病毒,主要流行G/P基因型组合为G9P[8]。     

腹泻患儿轮状病毒感染G、P基因型分析

目的研究急性腹泻患儿A群轮状病毒感染的流行情况。方法采用ELISA试剂盒检测筛选轮状病毒抗原阳性标本,收集并进行PCR检测VP4、VP7型别。结果经ELISA试剂盒检测,350份标本中检出126份轮状病毒抗原阳性,检出率为36.00%,G分型以G3型为主(63.49%),其次为G1型(19.05%),P分型以P8型为主(61.11%),其次为P4型(18.25%)。结论轮状病毒是儿童急性腹泻的主要病原体之一,G3、P8为主要流行株。     

秋冬季婴幼儿轮状病毒感染分子流行病学调查

目的监测2010年云南昭通地区秋冬季腹泻患儿感染轮状病毒的流行趋势,了解流行毒株的基因型特征。方法 2010年9—12月在云南省昭通市第一人民医院采集94份就诊的腹泻患儿粪便,应用胶体金法、逆转录聚合酶链式反应及PAGE电泳等方法,对样品进行轮状病毒抗原检测,其中8份阳性样品进行VP7基因测序分析及基因型分型。结果腹泻病患排泄物中轮状病毒抗原阳性比例为54.3%(51/94);8份轮状病毒基因序列分析,其中7份为G1型,1份为G3型;核苷酸同源性分析发现检测样品中轮状病毒主要与在中国辽宁、印度和泰国发现的流行株相似。结论 2010年昭通地区秋冬季患儿腹泻主要由轮状病毒引起,其中以G1型为主,其次为G3型。     

玉环市2岁及以下儿童轮状病毒腹泻调查

目的了解≤2岁儿童轮状病毒腹泻发病情况,为建立轮状病毒监测系统提供依据。方法于2016年12月—2017年4月主动入户或电话随访玉环市玉城街道、坎门街道和大麦屿街道≤2岁儿童,并向其监护人了解每周腹泻情况,于24 h内采集腹泻儿童粪便标本进行轮状病毒检测和基因分型。结果 2016年12月—2017年4月期间平均监测1 907人,发生腹泻302例次,腹泻发病率为158.36/1 000人年。共检测粪便标本277份,检出轮状病毒阳性60份,阳性率为21.66%;轮状病毒腹泻发病率为31.46/1 000人年。中度腹泻患者的轮状病毒阳性率为40.00%,高于轻度腹泻患者的15.45%(P0.05)。0～3月龄儿童发生腹泻25例次,无轮状病毒腹泻病例;3～24月龄儿童发生腹泻277例次,轮状病毒腹泻60例次,不同月龄组轮状病毒腹泻发病率比较,差异无统计学意义(P0.05)。轮状病毒基因G分型以G9为主,47例次占78.33%;P分型以P [8]为主,58例次占96.67%。结论玉环市2岁及以下儿童轮状病毒腹泻发病率为31.46/1 000人年,以G9P [8]型为优势流行株。     

北京地区2007-2008年G9型A组人轮状病毒VP7和VP4基因分析

目的 了解北京地区2007-2008年检测到的G9型A组人轮状病毒外壳蛋白VP7和VP4的基因特征.方法 选取经过轮状病毒核酸杂交方法检测为G9型轮状病毒的12份儿童腹泻患儿的粪便标本,应用针对VP7全长基因的特异引物对进行RT-PCR扩增,对所获得的VP7全长基因进行克隆和测序,将所获得的序列与GenBank中的G9型原型病毒株和近期流行株的VP7基因进行序列和种系进化分析;经巢式PCR对G9型的VP4进行P基因分型.结果 12株G9型轮状病毒经VP7基因的序列比较分析得到确认.P基因分型结果显示北京地区近年来存在G9P[8]和G9P[6]型两种组合的轮状病毒感染.序列和种系进化分析发现北京G9型株VP7基因与世界范围内近期流行的G9型株一样都属于进化分支Ⅲ,彼此间的核苷酸和氨基酸同源性较高,而与国内最早报道的G9型T203进化关系较远,且北京G9P[8]和G9P[6]型株分别与国内近期报道的新疆G9P[8]和G9P[6]型株及相应的武汉G9型株VP7基因,在氨基酸位点上存在一些共同的氨基酸残基取代.结论 北京地区近年存在G9P[8]和G9P[6]两种不同基因组合的G9型轮状病毒感染,需要进一步加强对G9型轮状病毒的分子流行病学监测.     

2009年长春地区婴幼儿病毒性腹泻的病原学监测分析

目的研究2009年长春婴幼儿病毒性腹泻的病原学特点。方法 2009年1-12月在长春市儿童医院共采集腹泻患儿的粪便标本419份,对其进行轮状病毒、杯状病毒、肠道腺病毒和星状病毒的检测分析。结果 419份标本中,采用ELISA法检测出轮状病毒184例,阳性率为43.91%(其中G基因型分型151例,以G3型为主,占64.24%);P基因型分型118例(其中以P8型为主,占92.37%);G/P优势组合型以G3P8为主,占48.75%(78/160)。采用RT-PCR法检测杯状病毒阳性67份,阳性率为15.99%;肠道腺病毒阳性8份,阳性率为1.91%;星状病毒阳性8份,阳性率为1.91%。结论轮状病毒是2009年长春地区婴幼儿病毒性腹泻的主要病原体,主要血清型为G3P8型;杯状病毒、星状病毒和肠道腺病毒也是重要的病原体。     

中国1998～2004年G9型轮状病毒分子流行病学研究

目的研究中国流行的轮状病毒(Rotavirus,RV)G9型毒株的分子流行病学特征。方法在中国9个地区收集5岁以下腹泻患儿粪便标本,应用酶联免疫吸附试验(ELISA)方法检测RV,对阳性标本用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)分型,选择G9型毒株进行VP7基因全长克隆测序和分子流行病学分析。结果1998~2004年共检测出RV1 268份,其中45份为G9型(3.5%),昆明最多(34/45),其次是兰州(8/45)、长春(2/45)、卢龙(1/45),北京、郑州、杭州、福州、广州未检测到G9型毒株。对35份G9型标本进行P分型鉴定:15份为P[8]型,12份为P[6]型,5份为P[4]型,1份为P[8 4]混合型,2份未能分型。中国1998~2000年以P[8]G9毒株流行为主,而2001年后以P[6]G9毒株为主。22株G9型病毒VP7基因序列比对结果表明,中国流行的G9型毒株彼此同源性高,同属G9第3亚型。结论中国流行的RV G9型株与世界各地的流行株同源性较高,国内传播范围扩大的趋势值得关注。     

安徽省婴幼儿腹泻轮状病毒G/P分型分析

目的了解安徽省婴幼儿腹泻轮状病毒的基因型别分布特点。方法对2011年1～12月收集的5岁以下住院婴幼儿腹泻粪便标本307份,采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测轮状病毒抗原,阳性标本运用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)进行G型和P型分型。结果 307份粪便标本中轮状病毒阳性率为15.64%(48/307);G3型为优势株,占47.91%(23/48),G9型占27.08%(13/48),G1型占16.67%(8/48),混合G型感染占14.58%(7/48),G2型占6.25%(3/48),G4型占2.08%(1/48);P基因型中最常见为P[8],占62.67%(32/48),P[4]占8.33%(4/48);G3P[8]优势组合占47.91%。结论引起安徽地区婴幼儿腹泻的轮状病毒G3P[8]是主要优势流行株,G9型为次之的优势株且存在混合G型感染。     

柳城县婴幼儿腹泻轮状病毒流行特征分析

目的研究柳城县婴幼儿腹泻轮状病毒(RV)G型和P型的分型.方法2010年1~4月收集柳城县5个医疗机构就诊的婴幼儿腹泻粪便标本237份,采用A群轮状病毒诊断试剂盒(胶体金法)进行初筛,对RV初筛阳性标本用聚丙烯酰胺凝胶电泳、酶联免疫吸附及逆转录-聚合酶链反应进行RV检测和G、P分型.结果初筛检出89份阳性标本,阳性率37.55%;复检检出71份阳性标本,在71份阳性标本中G型分型为G1型8株(11.27%),G2型5株(7.04%),G3型38株(53.52%),G4型2株(2.82%),G9型10株(14.08%),混和型3株,未定型5株; P型分型为 P[8]型60株(84.51%),P[4]型5株(7.04%),P[6]4株(5.63%),P[9],P[10]型未检出,混合型1株,未定型1株,G型与P型组合以G3P[8]最常见,G9P[8]、G1P[8]、G2P[4]次之.结论柳城县婴幼儿RV流行型别以G3P[8]为主.     

酒泉地区婴幼儿腹泻的A组轮状病毒分子基因特征研究

目的采用基因分型方法调查研究酒泉地区婴幼儿A组轮状病毒（rotavirus，RV）腹泻的基因分型特点。方法对2001年11月至2002年12月酒泉地区收集的腹泻婴幼儿324份粪便标本，电脑随机抽样选取204份采用酶联免疫吸附试验（enzyme—linked immunosorbant assay，ELISA）和逆转录聚合酶链反应（RT—PCR），进行轮状病毒病原检测，扩增A组轮状病毒VP4和VP7基因，并对阳性标本进行基因分型。结果酶联免疫吸附试验法测得204份粪便标本的A组轮状病毒阳性率为54．9％（112／204）。对酶联免疫吸附试验呈阳性的标本进行逆转录-聚合酶链反应法检测A组轮状病毒G，P基因型，结果表明，酒泉地区流行的A组轮状病毒主要基因型为G3P[8]型（50．0％），其余依次为G1P[4]（15．8％）、G3P[4]（15．8％）、G1P[8]（10．6％）、G2P[4]（2．6％）和G1G3P[4]（2．6％）、G1G3P[8]（2．6％）。结论A组轮状病毒是酒泉地区婴幼儿非细菌性腹泻的主要病原，其中G3P[8]型是主要基因型。     

昆明市儿童医院1998～2001年轮状病毒哨点监测分析

目的 了解昆明市轮状病毒腹泻的流行状况。方法 以昆明市儿童医院为哨点监测,监测对象为5岁以下腹泻住院患儿,收集患儿的临床资料和粪便标本进行轮状病毒的检测和分型。病毒检测用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)和酶联免疫吸附试验(ELISA),毒株分型用ELISA和/或反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)。结果 3年监测中共收集466份腹泻患儿的粪便标本,轮状病毒的检出率为52.8％(246/466)。轮状病毒感染97％发生于2岁以下儿童。感染有明显的季节性,10～12月份是流行季节。对204份轮状病毒阳性标本进行G分型,G1型为流行优势株,占47.5％,其次为G2型(17.6％)、G3型(15.7％)G9型(4.9％)和G4型(1.0％)。P基因型以P[4]、P[8]和P[6]型为常见。最常见的P-G组合型是P[4]G2,占34.1％(14/41),其次是P[8]G1和P[6]G9,分别占29.3％(12/41)和12.2％(5/41),还有其他7种不常见的P-G组合的毒株类型。结论 轮状病毒是昆明地区儿童腹泻住院的主要病原,毒株呈现型的多样性,应该开发和应用轮状病毒疫苗预防控制其流行。     

深圳市2010－2015年轮状病毒腹泻流行特征分析

目的 分析深圳市轮状病毒腹泻的流行病学及病原学特征,为今后开展科学防控及探索研究方向提供依据。 方法 对“中国疾病预防控制信息系统”中上报的RV 腹泻病例信息和深圳市病毒性腹泻病原谱哨点监测系统数据进行分析。 结果 深圳市2010－2015年共报告轮状病毒腹泻113 823例,逐年发病率为150.17/10万、186.55/10万、147.08/10万、298.82/10万、146.76/10万和149.76/10万,平均为179.86/10万,2013年为最高峰。疫情每年约10月开始上升,11－12月为发病高峰;具有明显地区聚集特征,宝安、龙华等流动人口聚集的郊区高发,南山、福田等市区以及东部沿海大鹏新区低发;以男性为主,占61.8%;年龄以2岁以下为主,占83.2%。实验室病原学哨点监测阳性率月度分布趋势与疫情流行趋势一致;2011－2015年P基因型以P8为主,G血清型逐渐经过2011年G9为主,演变为2012年G9、G1和G3三足鼎立,至2013年高峰期以G1为主,2014年后又以G9为主。 结论 2010－2015年深圳市轮状病毒腹泻疫情总体平稳,但G血清型流行株的变化与疫情大幅波动有关。应加强流动人口聚集地区轮状病毒腹泻防控工作,重视轮状病毒分型监测和免疫策略探索。     

河北省某县0～24月龄婴幼儿轮状病毒腹泻监测结果分析

目的 了解河北省正定县轮状病毒腹泻的流行状况,为轮状病毒疫苗的临床试验设计提供数据支持。 方法 以河北省正定县7个乡镇所有常居0～24月龄婴幼儿为监测对象,于2016年12月—2017年3月进行主动监测,收集腹泻患儿粪便样本,检测轮状病毒抗原,并对阳性标本进行毒株分型。 结果 共监测0～24月龄婴幼儿2 017名,腹泻发病率为16.26%(328/2 017),轮状病毒检出率为14.41%(47/326);轮状病毒腹泻发病率为2.33%(47/2 017),其中18～20月龄组发病率最高,为5.20%,发病率随月龄增长呈上升趋势(χ²_趋势=9.948,P=0.002);监测月份轮状病毒腹泻发病率分别为1.26%、0.54%、0.25%、0.25%,差异有统计学意义(χ²=24.684,P＜0.001)。47份阳性标本中,G血清型以G2为主,所占比例为74.46%;P基因型以P[4]为主,占比为72.34%;G/P组合以G2P[4]为主,占72.34%。轮状病毒引起的腹泻中、重度率为23.40%,其他原因引起的腹泻中、重度率为11.03%,差异有统计学意义(χ²=5.52,P=0.019)。 结论 监测区域轮状病毒腹泻发病率在24月龄之前随月龄增长总体呈上升趋势,其引起的腹泻要比其他原因引起的腹泻更加严重,G2P[4]为主要流行株。     

Whole genome characterization of feline-like G3P[8] reassortant rotavirus A strains bearing the DS-1-like backbone genes detected in Vietnam, 2016

While conducting rotavirus gastroenteritis surveillance in Vietnam, two G3P[8] rotavirus A specimens possessing an identical short RNA electropherotype were detected. They were RVA/Human-wt/VNM/0232/2016/G3P[8] and RVA/Human-wt/VNM/0248/2016/G3P[8], and recovered from 9 and 23 months old boys, respectively. The patients developed diarrhoea within one-week interval in March 2016 but in places >100 km apart in northern Vietnam. Whole genome sequencing of the two G3P[8] rotavirus A strains revealed that their genomic RNA sequences were identical across the 11 genome segments, suggesting that they derived from a single clone. The backbone gene constellation was I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2. The backbone genes and the VP4 gene had a virtually identical nucleotide sequences with identities ranging from 99.2 to 100% to the corresponding genes of RVA/Human-wt/VNM/1149/2014/G8P[8]; the prototype of recently-emerging bovine-like G8P[8] reassortant strains in Vietnam. On the other hand, the VP7 gene was 98.8% identical with that of RVA/Human-wt/CHN/E2451/2011/G3P[9], and they were clustered together in the lineage represented by RVA/Cat-tc/JPN/FRV-1/1986/G3P[9]. The observations led us to hypothesise that one of the bovine-like G8P[8] strains bearing the DS-1-like backbone genes reassorted with a locally circulating FRV-1-like strain to gain the G3 VP7 gene and to emerge as a thus-far undescribed feline-like G3P[8] reassortant strain. The identification of feline-like G3P[8] strains bearing the DS-1-like backbone genes exemplifies the strength and necessity of the whole genome sequencing approach in monitoring, describing and understanding the evolutionary changes that are occurring in emerging strains and their interactions with co-circulating strains.     

Genome analysis of a G9P[23] group A rotavirus isolated from a dog with diarrhea in China

Genotype G9 is an emerging genotype among species A rotavirus (RVA) circulating in humans and pigs worldwide. In this study, an RVA strain designated RVA/Dog-tc/CHN/SCCD-A/2017/G9P[23] was isolated in cell culture from a pet dog stool sample with acute diarrhea, and its whole genome was sequenced. The genotype constellation of SCCD-A was G9-P[23]-I5-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1. All genome segments except the VP1 gene were closely related to the genes from porcine RVA strains or porcine-like human RVA strains. On the other hand, the VP1 gene clustered in a distinct lineage only with that of a G5P[6] porcine-like human RVA, preventing the identification of the exact host species origin, but very unlikely to be originated from human RVA. In addition, phylogenetic analysis showed that the G9 VP7 gene of SCCD-A clustered into a novel sublineage within the lineage III of G9. This first isolation of a G9P[23] RVA from a pet dog may justify the exploration of the role dogs play in the interaction of RVA circulating in pigs and humans.     

2011年西宁地区儿童腹泻病毒流行病学调查

目的:对2011年西宁市腹泻病毒进行流行病学调查,对青海省腹泻病毒流行株和流行趋势进行统计分析,为腹泻病毒引起的腹泻提供实验室资料,更好地控制病毒性腹泻的流行。方法:用巢式PCR和多重PCR方法对西宁地区488例婴幼儿腹泻标本进行腹泻病毒检测。结果:西宁地区腹泻儿童中腹泻病毒的检出率分别为:轮状病毒A组阳性33例(6.76%),其中G9型15例、G3型13例、P6型1例、P8型2例、P9型2例;轮状病毒B/C组阳性3例(0.61%);杯状病毒阳性23例(4.71%),其中扎如病毒17例、诺如病毒GⅡ型6例;星状病毒阳性7例(1.43%)。结论:轮状病毒A组和杯状病毒是西宁地区婴幼儿腹泻的主要病原体之一。     

Impact of rotavirus vaccine on all-cause diarrhea and rotavirus hospitalizations in Madagascar

BackgroundRotavirus vaccine was introduced into the Extended Program on Immunization in Madagascar in May 2014. We analyzed trends in prevalence of all cause diarrhea and rotavirus hospitalization in children <5 years of age before and after vaccine introduction and assessed trend of circulating rotavirus genotypes at Centre Hospitalier Universitaire Mère Enfant Tsaralalàna (CHU MET).MethodsFrom January 2010 to December 2016, we reviewed the admission logbook to observe the rate of hospitalization caused by gastroenteritis among 19619 children <5 years of age admitted at the hospital. In June 2013–December 2016, active rotavirus surveillance was also conducted at CHUMET with support from WHO. Rotavirus antigen was detected by EIA from stool specimen of children who are eligible for rotavirus gastroenteritis surveillance at sentinel site laboratory and rotavirus positive specimens were further genotyped at Regional Reference Laboratory by RT-PCR.ResultsDiarrhea hospitalizations decreased after rotavirus vaccine introduction. The median proportion of annual hospitalizations due to diarrhea was 26% (range: 31–22%) before vaccine introduction; the proportion was 25% the year of vaccine introduction, 17% in 2015 and 16% in 2016. Rotavirus positivity paralleled patterns observed in diarrhea. Before vaccine introduction, 56% of stool specimens tested positive for rotavirus; the percent positive was 13% in 2015, 12% in 2016. Diverse genotypes were detected in the pre-vaccine period; the most common were G3P[8] (n = 53; 66%), G2P[4] (n = 12; 15%), and G1P[8] (n = 11; 14%). 6 distinct genotypes were found in 2015; the most common genotype was G2P[4] (n = 10; 67%), the remaining, 5, G12[P8], G3[P8], G1G3[P4], G3G12[P4][P8] and G1G3[NT] had one positive specimen each.ConclusionsFollowing rotavirus vaccine introduction all-cause diarrhea and rotavirus-specific hospitalizations declined dramatically. The most common genotypes detected in the pre-vaccine period were G3P[8] and G2P[4] in 2015, the post vaccine period.     

National Rotavirus Surveillance in Argentina: High incidence of G9P[8] strains and detection of G4P[6] strains with porcine characteristics

Group A rotaviruses are the most frequently detected viral agents associated with diarrhea in infants and children worldwide. It has been estimated that every year almost 120,000 cases of diarrhea associated with rotavirus occur in children under 5 years old in Argentina. In this work, we present the rotavirus strain diversity detected during the first 2 years of the National Surveillance Network for Diarrheas implemented by the Ministry of Health in Argentina. During 2006 and 2007 a total of 464 rotavirus positive samples were G and P genotyped. The predominant genotype combination was G9P[8] (54.1%), followed by G2P[4] (26.5%) and G4P[8] (4.3%). Of note is that four samples were found possessing the G3 genotype, and two the genotype combination G4P[6]. The phylogenetic analysis of the VP7 gene grouped the Argentinean G9 and G3 strains within the lineages currently circulating in humans worldwide, i.e. lineages III and Ia respectively; however, the sequence and phylogenetic analyses of the VP7, NSP4 and the VP8* fragment from the Argentinean G4P[6] strains suggest a porcine origin. In agreement with this, the phylogenetic tree of the VP7 gene from G4 strains suggests the presence of at least two porcine lineages currently circulating in the Americas. In addition, the inclusion of new sequences available in public databases and the sequences reported in this work allowed us to describe new lineages and sublineages within the G4 and P[6] genotypes.