重症急性胰腺炎病人外周血细菌DNA分子谱图

目的:构建重症急性胰腺炎(SAP)病人外周血细菌DNA分子谱图,探讨细菌易位与SAP感染并发症形成的潜在联系。方法:30例SAP病人纳入本研究,依据病情分为脓毒症组、脓毒症休克组和感染组,每组10例。收集病人外周血,提取DNA,PCR扩增后行变性梯度凝胶电泳,对明显条带进行切胶回收和测序,确定细菌种属。结果:脓毒症休克病人外周血细菌DNA阳性率为100%,均由3种以上细菌组成,超过一半病人细菌达5~8种,最常见细菌为大肠杆菌、凝结芽孢杆菌、恶臭假单胞菌、铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌,阳性率均超过40%。脓毒症病人外周血细菌DNA阳性率为90%,由2~4种细菌构成,常见细菌为恶臭假单胞菌、福氏志贺菌、金黄色葡萄球菌和屎肠球菌,阳性率为20%~60%。感染组病人外周血细菌DNA阳性率为70%,多为单一种类细菌。结论:不同病情SAP病人外周血细菌谱图有显著差异,多细菌易位可能在全身性感染形成起重要作用,加深了我们对SAP脓毒症发生机制的理解,为临床感染预防和治疗提供参考。     

基于16SrDNA测序的肥胖儿童肠道菌群变化分析

目的 通过16SrDNA测序研究肥胖儿童肠道微生物的组成及变化特点,为后期相关研究奠定基础。方法 于2017年4月-2018年4月选取肥胖儿童及正常体重儿童共59例,收集粪便,采用16SrDNA扩增子测序的方法检测儿童肠道菌群组成。结果 肥胖组儿童和正常体重组儿童的肠道微生物多样性差异无统计学意义(P>0.05),但分布规律和数量差异有统计学意义(P<0.05)。在门水平中厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门是儿童肠道微生物群落中最丰富的菌群。其中疣微菌门数量在正常体重组显著高于肥胖组儿童。在属水平,发现多尔氏菌数量在肥胖组儿童肠道内显著高于正常体重组儿童,嗜黏蛋白阿克曼氏菌数量在正常体重组儿童显著高于肥胖组儿童。结论 肠道菌群分布规律和数量的改变与肥胖的发生有密切联系。     

基于16S rDNA测序技术分析新生儿败血症肠道菌群特征研究

目的基于16S rDNA测序技术分析新生儿败血症肠道菌群特征。方法临床标本收集及处理:收集医院新生儿败血症手术患儿及确诊的新生儿败血症非手术患儿粪便(肠内容物),同时搜集匹配对照患儿粪便(肠内容物),采用基于细菌16s rDNA高通量测序的方法分析两组患儿细菌组成差异;利用PICRUSt技术对两组患儿肠道菌群功能进行预测;采用LC-MS与GC-MS平台对两组患儿细菌代谢产物进行分析。结果新生儿败血症肠道菌群发生变化,变形菌门增加,厚壁菌门减少;基因功能预测结果显示患儿脂类物质(尤其是丙酸及丁酸)合成能力以及有害异物代谢能力不如对照组患儿,差异有统计学意义(P<0.05)。LC-MS代谢组学分析结果证实败血症患儿与对照组患儿肠内容物代谢产物有明显差异,差异最显著通路为丁酸酯类物质的合成。GC-MS靶向代谢组学结果进一步证实败血症患儿肠道乙酸(371.4μg/g)及丁酸(49.3μg/g)含量低于对照组患儿的乙酸(1242.9μg)及丁酸(107.9μg)含量,两组比较差异均有统计学意义(均P<0.05)。结论基于16s rDNA高通量测序技术为研究肠道菌群铺平了道路,通过PCR扩增将所有含有保守序列的微生物片段进行扩增、捕获,再根据细菌的变异序列(即每种细菌所特有的序列)进行测序分析及比对,以确定细菌的种属;相较于DGGE技术,高通量测序对样本DNA含量要求更低。     

自发性腹膜炎肠道菌群的变化研究

目的 基于16S rDNA基因测序技术分析自发性腹膜炎患者肠道菌群变化。方法 采集自发性腹膜炎患者和健康人粪便DNA标本,利用Illumina Miseq测序平台,对肠道菌群16S rDNA V4-V5可变区测序,对比自发性腹膜炎患者与健康人肠道菌群多样性的差异。结果 自发性腹膜炎患者与健康人群肠道菌群存在差异。自发性腹膜炎组以变形菌门、厚壁菌门和梭杆菌门为主,健康组以拟杆菌门为主。且前者肠道菌群丰富度较后者降低。结论 自发性腹膜炎患者肠道菌群组成结构和丰富度与健康人不同,存在多种条件致病菌的增多和有益菌的减少。     

美沙酮对小鼠肠道菌群的影响

目的 通过研究美沙酮对小鼠肠道菌群的影响,探讨美沙酮与机体疾病发生的关系。 方法 将75只小鼠随机分为三组,分别用美沙酮、燕麦β-葡聚糖和生理盐水进行灌胃,28 d后收集小鼠粪便,提取细菌基因组DNA,应用实时荧光定量PCR法对6种细菌进行定量。 结果 美沙酮组总肠道菌群(9.93±0.16 vs. 9.78±0.17)、拟杆菌属(8.84±0.41 vs. 8.46±0.54)、大肠杆菌(7.08±0.21 vs. 6.86±0.05)数量均显著高于生理盐水组(P<0.05)。 结论 美沙酮对小鼠肠道菌群有一定影响,能使小鼠粪便中总肠道菌群、拟杆菌属、大肠杆菌数量增加,肠道微生物定植抗力减弱。     

2016年三地区藏族、蒙古族与壮族10～12岁儿童肠道菌群状况

目的 研究三个地区藏族、蒙古族和壮族儿童的肠道菌群组成结构。方法 于2016年9—10月,采用随机等距抽样方法从西藏巴宜县藏族、内蒙古扎旗蒙古族和广西省南宁上林县壮族3个民族中各选取10～12岁儿童100名,采集其粪便样本进行高通量测序和生物信息学分析,比较3个民族儿童肠道菌群的结构差异。结果 多样性分析结果表明,调查地区的三个民族儿童肠道菌群的多样性和丰富度在两两比较时存在差异。藏族儿童厚壁菌门(Firmicutes, 54.01%)和拟杆菌门(Bacteroidetes, 31.13%)细菌数量占优,在属水平上,普氏菌属(Prevotella,15.72%)和粪杆菌属(Faecalibacterium,15.46%)细菌数量占优;蒙古族儿童厚壁菌门(Firmicutes, 54.89%)、拟杆菌门(Bacteroidetes, 17.85%)和变形菌门(Proteobacteria, 15.99%)细菌数量占优,粪杆菌属(Faecalibacterium,20.84%)和埃希氏杆菌属(Escherichia,17.52%)细菌数量占优;壮族儿童厚壁菌门(Firmicutes, 50...     

学龄前肥胖儿童肠道菌群的变化

目的探讨肥胖儿童肠道菌群的改变及其与儿童体质指数(body mass index,BMI)之间的关系,为进一步研究儿童肥胖的预防及治疗奠定基础。方法于2014年在北京市2所幼儿园选取29例3~6岁的单纯性肥胖儿童及34例性别、年龄相近的正常儿童,采集清晨粪便并从中提取菌群DNA,然后针对16SrRNA的V4-V5区进行PCR扩增,采用二代测序Illumina MiSeq方法在门和属的水平上检测肠道菌群的变化;进而分析其与儿童BMI之间的相关关系。结果肥胖儿童粪便中变形菌门水平(10.75%±2.00%)明显高于正常儿童(6.42%±1.10%)(P<0.05);厚壁菌门(62.41%±11.59%)、拟杆菌门(16.36%±3.04%)、放线菌门(9.28%±1.72%)及乳杆菌属(0.07%±0.01%)、拟杆菌属(3.81%±0.71%)、双歧杆菌属(8.25%±1.53%)及大肠志贺菌属(5.78%±1.07%)与正常儿童之间(62.90%±10.79%、19.19%±3.29%、9.69%±1.66%、0.08%±0.01%、2.73%±0.47%、8.09%±1.39%、3.94%±0.67%)差异均无统计学意义(P>0.05)。相关分析显示,变形菌门水平与儿童BMI水平呈显著正相关关系(r=0.009 5,P<0.05),而其他菌门和菌属与BMI之间无相关性(P>0.05)。结论在所研究的人群范围内,肠道变形菌门比例增加可能在学龄前儿童肥胖发生中起着重要的作用。     

贝赫切特综合征患者肠道菌群微生物宏基因组学分析

目的采用宏基因组学分析贝赫切特综合征(BD)患者肠道菌群微生物特征。方法选取2016年1月至2018年1月的BD患者18例,另选取性别、年龄、BMI相匹配的健康人群24例作为对照,收集BD患者与健康人群新鲜粪便提取DNA,进行宏基因组测序及生物信息学分析。结果 BD患者与正常人优势菌群主要是硬壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)。BD患者中Bacteroidetes占4.21%,远低于正常人,BD患者中Proteobacteria占42.80%,远高于正常人;BD患者与正常人胃肠道微生物在属水平上有194个菌属存在差异,在种水平上有887个菌种存在差异;BD患者优势菌包括Collinsella Spp.、Bilophila spp.及Bacteroides spp.等,正常人优势菌包括Clostridium spp. Roseburia spp. Methanogens等。结论 BD患者肠道菌群微生物群发生改变,产乳酸菌Collinsella Spp.和硫酸盐还原菌Bilophila spp.增多,产丁酸菌Clostridium spp.和Roseburia spp.减少,可能为引起BD发病的机制之一。     

肠道微生态与宫颈癌合并放射性肠损伤的临床研究

目的:探讨肠道微生态结构变化与宫颈癌放疗致放射性肠损伤的相关性。方法:以RTOG/EORTC晚期放射损伤分级为依据,将纳入研究34例宫颈癌放疗后病人肠道损伤分为0～4级,将入组病人分为放射性肠损伤组(RG)和无放射性肠损伤组即健康组(HG)。利用Illumina MiSeq高通量测序平台对粪便标本中肠道微生物的16S rRNA基因v4区序列进行测序,使用QIIME 2.0处理测序数据并分析肠道微生物丰富度和多样性,并通过PICRUSt预测了肠道微生物群的功能特征。结果:两组在肠道微生物丰富度、多样性均无显著性差异(P 0.05)。在菌群组成上,筛选出了5个与放射性肠损伤最为相关的菌属,分别为Acidaminococcus(氨基酸球菌属)、Pyramidobacter、Dialister(小杆菌属)、Megasphaera(巨球型菌属),f-Dethiosulfovibrionaceae uncl;在功能代谢上,发现RG肠道微生物群代谢类型出现了适应厌氧环境代谢途径和致病菌相关代谢途径上调的现象。结论:盆腔放射治疗直接或间接引起肠道粘膜受损、修复功能减弱和肠道抑菌能力降低,继而引起肠道微生态失衡。     

强化四周抗结核药物治疗对结核病患者肠道微生态影响分析

目的 分析强化四周抗结核药物治疗对结核病患者肠道微生态的影响。 方法 收集青岛市某医院10名强化四周抗结核治疗结核病患者及10名健康对照组的粪便标本,提取细菌基因组DNA,PCR扩增16S rDNA 的V3~V4区特定序列,用Illumina HiSeq 平台测序。对序列进行操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)聚类和物种注释;通过Alpha多样性反映单个样品物种丰度及物种多样性;通过主坐标分析(principal co-ordinates analysis,PCoA)观察两组之间菌群结构的差异程度;通过比较门和属水平各细菌的相对丰度来描述菌群结构的差异并进一步采用线性判别分析效应量(line discriminant analysis effect size,LEfSe)找出两组的差异菌。采用 Mann-Whitney U检验对两组微生物多样性指数进行比较。 结果 四周抗结核治疗的Alpha多样性指标Chao1指数和Ace指数分别为(140.13±34.73)和(145.18±30.74),显著低于对照组的(196.56±37.12)和(197.62±31.76)(分别U=13.000,P=0.004;U=11.000,P=0.002);抗结核治疗组的Shannon指数为(2.31±0.57),与对照组(2.89±0.46)相比略有降低,但差异未见统计学意义(U=30.000,P=0.143)。基于binary jaccard的PCoA分析显示两组整体菌群结构有显著差异。抗结核治疗组与对照组比肠道菌群组成发生改变,其中厚壁菌门、毛螺菌科的相对丰度明显低于对照组(46.4% vs. 72.4%, χ²=5.491,P=0.019;72.4% vs. 43.1%, χ²=5.851,P=0.016);而拟杆菌门、拟杆菌属的丰度明显高于对照组(39.0% vs. 18.8%, χ²=4.166,P=0.041;31.4% vs. 10.3%, χ²=7.406,P=0.007)。 结论 强化四周抗结核药物治疗可使肠道菌群多样性下降,肠道菌群结构失衡;肠道毛螺旋菌科等丰度减少,拟杆菌属等丰度增加。