大林姬鼠中汉坦病毒的分离及M片断全基因序列分析

目的研究吉林省疫区大林姬鼠中携带的汉坦病毒的分子生物学特征，并探讨其分子进化规律。方法应用直接免疫荧光、RT-PCR法进行分型检测；阳性鼠肺标本用Vero-E6细胞分离病毒；测定汉坦病毒CJilin 93株的M片断序列，并进行同源性比对和进化树分析。结果从58份大林姬鼠肺组织标本中共检测到4个阳性标本，从中分离出2株病毒：CJilin 89和CJilin 93；测序结果显示CJilin 93株M基因全长3577bp，编码一个含有1135氨基酸的G蛋白前体(GPC)。序列分析表明CJilin 93株与分离自黑线姬鼠的Bao14株核苷酸序列同源性为97．2％，氨基酸同源性为99．4％；而与同样分离自俄罗斯远东地区大林姬鼠的AMR系病毒的同源性较远。系统发生树表明CJilin 93株和Bao14株最为接近，共处于同一分支。结论在俄罗斯远东地区和我国东北地区的大林姬鼠中携带不同种系的汉坦病毒。     

汉坦病毒M、S基因分型及种系进化分析

摘要：目的 探讨湖南省肾综合征出血热（HFRS）患者及宿主动物黑线姬鼠携带汉坦病毒的基因型别及序列特征。方法 应用免疫荧光试验（IFA）对鼠肺标本进行粗筛,提取IFA阳性鼠肺组织及HFRS患者血清总RNA,设计汉坦病毒M、S基因特异性引物,应用RT-PCR技术进行扩增,回收阳性扩增产物并克隆到pMD-18 T载体进行序列测定,将所测序列与国内外HTNV及SEOV病毒株序列进行核苷酸同源性分析,应用MEGA5.0.4软件构建M、S基因种系进化树。结果 IFA阳性鼠肺标本荧光显微镜下可见散在的黄绿色针尖大小样颗粒; RT-PCR法扩增汉坦病毒M、S基因,HTNV通用引物可见490bp与593bp的阳性条带;阳性产物进一步应用HTNV分型引物进行M、S基因检测,分别扩增出一约242bp与276bp大小的条带;SEO 型特异性M、S基因片段内侧引物扩增反应均为阴性;编号为Hunan01、Hunan02、Hunan03的M、S基因序列与HTNV型84FLi株、SN7株的同源性最高,与SEOV型Gou3株的同源性最低;种系进化分析表明,Hunan01、Hunan02、Hunan03为汉坦病毒H5亚型。结论 湖南省存在HTNV型感染病例与宿主动物,基因分型技术能进一步对病毒亚型进行鉴定。     

深圳市肾综合征出血热疫源地宿主动物汉坦病毒分离株的基因分型

目的 对深圳市肾综合征出血热(HFRS)疫源地进行宿主动物汉坦病毒分离,研究分离株的基因分型.方法 采用幼龄长爪沙鼠接种和Vero-E6细胞培养的方法进行汉坦病毒分离,用直接免疫荧光实验进行鉴定.应用型特异性引物进行反转录一套式PCR分别扩增M片段G1、G2区、S片段,并测定核苷酸序列,进行同源性比对和进化树分析.结果 从深圳市褐家鼠肺中成功分离到2株汉坦病毒,命名为SZ2082和SZ2083,经反转录一套式PCR扩增并进行序列测定显示为第2型汉城病毒型(SEOV).通过对3个基因片段序列比较分析发现,SZ2082和SZ2083部分M和S片段核苷酸序列完全一致.M片段G1、G2区核苷酸序列与SEOV国际代表株80-39的同源性分别为96.7%、95.0%,与第1型汉滩病毒型(HTNV)型国际代表株76-118的同源性仅为75.9%、70.3%.S片段与SEOV80-39和HTNV76-118比较,核苷酸同源性分别为95.7%和69.7%,与M片段的结果相似.通过M片段G2区的分析发现,SZ2082与BjFT01、Beijing-Rn、Guang199、HN71-L处于同一分支,同源性为99.0%～99.7%.结论 在深圳市分离到汉坦病毒,通过鉴定其属于汉城型病毒S2亚型.     

江西省汉坦病毒分离及其S和M基因特征分析

目的 对2011年江西省采集的鼠肺标本进行汉坦病毒的分离鉴定,了解分离病毒株的基因特征。方法 采用Vero-E6细胞对阳性鼠肺标本进行病毒分离,采用直接免疫荧光法和RT-PCR方法对毒株进行鉴定。扩增分离株的S、M片段基因进行克隆测序。运用DNAstar软件包和MEGA3.1软件对序列进行分析。结果 从15份标本分离到2株来自褐家鼠的汉城型汉坦病毒。对其中1株病毒的S、M片段进行了克隆和序列测定,其中S片段含1 772个核苷酸,编码429个氨基酸;M片段含3 651个核苷酸,编码1 133个氨基酸。经核苷酸和氨基酸同源性分析,新分离株与国内外汉城型病毒核苷酸同源性94.8 %~98.0%,氨基酸同源性98.2%~99.6%。与汉城型标准株80-39株相比,S片段仅1个氨基酸位点发生变异;M片段有9个氨基酸位点发生变异,糖基化位点的数目和位置没有发生变化。结论 从江西省褐家鼠分离到两株汉城型病毒,病毒基因变异较小,型别相对稳定。     

江西省汉坦病毒分离及其S和M基因特征分析北大核心CSCD

目的对2011年江西省采集的鼠肺标本进行汉坦病毒的分离鉴定,了解分离病毒株的基因特征。方法采用Vero-E6细胞对阳性鼠肺标本进行病毒分离,采用直接免疫荧光法和RT-PCR方法对毒株进行鉴定。扩增分离株的S、M片段基因进行克隆测序。运用DNAstar软件包和MEGA3.1软件对序列进行分析。结果从15份标本分离到2株来自褐家鼠的汉城型汉坦病毒。对其中1株病毒的S、M片段进行了克隆和序列测定,其中S片段含1 772个核苷酸,编码429个氨基酸;M片段含3 651个核苷酸,编码1 133个氨基酸。经核苷酸和氨基酸同源性分析,新分离株与国内外汉城型病毒核苷酸同源性94.8%~98.0%,氨基酸同源性98.2%~99.6%。与汉城型标准株80-39株相比,S片段仅1个氨基酸位点发生变异;M片段有9个氨基酸位点发生变异,糖基化位点的数目和位置没有发生变化。结论从江西省褐家鼠分离到两株汉城型病毒,病毒基因变异较小,型别相对稳定。     

首次从我国大绒鼠中检测到类似Tula样汉坦病毒

目的了解云南省鼠类携带汉坦病毒情况及其分子特征。方法在居民区和野外捕鼠,用直接免疫荧光试验检测鼠肺中汉坦病毒抗原,阳性鼠肺用RT-PCR法扩增汉坦病毒汉滩型和汉城型的S基因片段,并进行核苷酸序列测定和分析。结果 2006年9-10月在云南省泸西县共捕获鼠类4属6种267只,其中居民区146只,优势鼠种为黄胸鼠;野外121只,优势种为大绒鼠。居民区鼠类汉坦病毒带病毒率为0.85%(1/117),阳性鼠为黄胸鼠;野外鼠类汉坦病毒带病毒率为6.67%(6/90),阳性鼠为大绒鼠和高山姬鼠。对7份阳性鼠肺作RT-PCR扩增,结果从来自大绒鼠的LX378标本中检测到汉滩型病毒S片段核酸,其序列分析结果显示与Tula汉坦病毒Koziky/5276Ma/94株(AJ223601)核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为81%、89.8%,而与汉滩型76-118株、汉城型L99株的核苷酸(氨基酸)同源性分别为73.9%(80.9%)、74.4%(77.9%)。结论首次从我国大绒鼠中检测到类似Tula样汉坦病毒的核酸序列,有关该类汉坦病毒在云南的分布、宿主动物和致病性以及全基因序列特征尚需进一步研究。     

应重视肾综合征出血热的特殊临床表现和早期诊断线索

肾综合征出血热（HFRS）在我国又称流行性出血热,简称出血热,是由汉坦病毒引起的一种自然疫源性疾病,啮齿类动物特别是鼠类为其自然宿主和主要传染源。世界上有30多个国家发现HFRS,我国是HFRS流行最严重的国家,每年发病人数占世界汉坦病毒感染病例的90％以上。我国大陆除青海省与新疆维吾尔自治区外,各省、自治区、直辖市均有病例发生,台湾也有汉坦病毒感染病例报道。本病在我国主要分为姬鼠型和家鼠型两种类型,其中黑线姬鼠、黄颈姬鼠和大林姬鼠为姬鼠型出血热的主要宿主动物和传染源;褐家鼠为家鼠型出血热的主要宿主动物和传染源。目前我国存在姬鼠型、家鼠型和家鼠姬鼠混合型3种疫区,20世纪90年代以来,家鼠型疫区逐渐扩大,而且正在发生部分姬鼠型疫区向混合型疫区、混合型疫区向家鼠型疫区演变。     

汉坦病毒四川分离毒株SN7——HTN的新亚型

目的 对四川省社鼠分离株SN7进行生物学和分子生物学鉴定。方法 应用单克隆抗本抗原性分析和空斑减少中和试验（PRNT）和PCR分型方法分析。克隆测定了SN7株的M和S片段基因。并同汉坦病毒其他病毒株进行比较。结果 单克隆抗体5和PRNT，PCR分型方法均无法对SN7株定性，序列分析表明SN7毒株与现有的HTN型毒株M片段同源性为80.2%-87.1%，差异高达12.9%-19.8%；S片段为76.6%-92.0%，差异也高达8%-23.4%，而与SEO毒株M片段的同源性为70.0%-71.6%。S片段为71.0%-72.2%。SN7株病毒可以定型为HTN型病毒。结论 SN7株为HTN型的新亚型毒株。     

2007年浙江丽水地区汉坦病毒的分离与型别鉴定

目的对2007年从浙江省丽水地区肾综合征出血热(hemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS)疫区鼠肺分离的汉坦病毒进行型别鉴定和分子生物学特性研究。方法将汉坦病毒抗原阳性的鼠肺标本接种Vero-E6细胞,分离汉坦病毒。提取病毒总RNA,应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒S基因全片段,克隆入质粒载体,进行核苷酸序列测定及分析,应用DNA STAR软件分析比较,确定病毒型别。结果从疫区7份阳性鼠肺中分离到2株汉坦病毒,经汉坦病毒单克隆直接荧光血清检查和基因序列测定,结果为汉滩型(HTN)病毒,2株病毒与国际标准株76-118(HTN型)和80-39(SEO型)S片段核苷酸的同源性分别为84.7%、84.6%和64.2%、64.0%。结论浙江省丽水地区可能存在以HTN型病毒为主的肾综合征出血热自然疫源地。     

山东省费县秋冬型恙虫病疫源地宿主动物调查研究

目的：搞清山东省费县地区秋冬型恙虫病疫源地宿主动物种类及其携带恙虫病立克次体（Rt）情况。方法：采用生态学方法确定当地优势鼠种；采用病原分离方法和间接免疫荧光法（IFA）证实鼠类自然感染Rt。结果：1995年5月～1997年4月从野外农田共捕获鼠及鼠形动物1044只，其中黑线姬鼠751只，占71．94％；大仓鼠266只，占25：48％；其它鼠种27只，占2．59％；从室内捕鼠23只，均为褐家鼠。从鼠内脏共分离到9株Rt，其中黑线姬鼠5株，大仓鼠3株，褐家鼠1株，血清学分型：除从黑线姬鼠和大仓鼠各分离到1株Karp型Rt外，其余7株均为Gllliam型。共收集鼠血清318份，抗RtIgG阳性率为14．78％（47／318），血清型以Gilliam型为主，但存在Karp及Kato型。结论：黑线姬鼠为当地秋冬型恙虫病疫源地主要宿主，大仓鼠为次要宿主；褐家既为室内Rt宿主。     

黑龙江口岸地区鼠类动物中汉坦病毒感染情况调查

目的 了解黑龙江省中俄边境11个口岸鼠类宿主动物携带汉坦病毒(Hantavirus,HV)状况及其分子流行病学特征。方法 采用夹夜法和鼠笼法捕获鼠类,应用巢式PCR方法对鼠肺样本进行检测,对阳性样本测序并分型,获得序列用MEGA6进行分析。结果 此次调查共捕获鼠类动物346只,经鉴定隶属3科9属11种。检测出汉坦病毒核酸阳性样本17份,平均带毒率为4.90 %,包括汉滩型病毒(Hantaan virus, HNTV)6例,汉城型病毒(Seoul virus, SEOV) 11例,首次在黑龙江口岸东方田鼠中检测到1例SEO型HV。进化分析表明,6株HNT型HV均与HNT型HV原型株76-118亲缘性较远(86.82%~88.43%),分别与HNT型HV株BAO14、HXZ244同源性最高;11株SEO型HV分别与SEO型HV株Gongzhuling97、北京株BjHD01、越南株HaiPhong3-11同源性最高。结论 黑龙江中俄边境口岸宿主动物感染汉坦病毒至少2个类型,相对较高的感染率提示着中俄边境地区开展肾综合征出血热监测和防控的迫切性。     

应用巢式RT-PCR结合RFLP、SSCP对山东肾综合征出血热病人血清中HV基因检测和分型研究

目的探讨山东肾综合征出血热重疫区病人血清中HV分子生物学特征,同时寻找准确、简便、迅速的HV检测与分型方法,从而为制定防治决策提供科学根据。方法从山东肾综合征出血热重疫区临沂市费县收集病人早期血清,应用巢式RT-PCR对病人血清中的HV进行基因扩增,采用RFLP、SSCP分型,并进行序列测定与分析。结果48份临床和ELISA检测确诊的HFRS病人血清经巢式RT-PCR扩增后,41份阳性,阳性率85.42%。41份阳性标本巢式RT-PCR产物经HindIII、HinfI酶切后,呈现2种不同的RFLP图谱:33份显示与R22株相似的酶切图谱,应属SEOV型;另外8份显示出与HTN76-118株相似的图谱,属HTNV型,这8份HTNV型标本均为10-12月间收集的病人血清。41份阳性标本巢式RT-PCR产物经SSCP分析,亦呈现2种不同的图谱:33份具有与R22株相似的SSCP图谱,应属SEOV型;而另8份则与HTN76-118株具有相似的SSCP图谱,属HTNV型。对部分扩增产物序列采用系统进化树分析也得出类似的结果:sdp1、sdp2、sdp3与HTN型76-118株亲缘关系相近,属同一簇,而sdp22、sdp37与SEOV型Z37、R22株亲缘关系相近,属另外一簇,这与RFLP和SSCP获得的结果相一致。结论山东肾综合征出血热重疫区病人基因型以SEOV型为主,但在秋冬季节也存在HTNV型。巢式RT-PCR结合RFLP、SSCP法可对HV准确分型,而且简便、迅速,适合于大规模流行病学调查。     

北京市小型兽类鼠疫监测结果

目的了解北京市自然环境中小型兽类种群组成和种群密度,并检测是否存在鼠疫耶尔森氏菌感染。方法根据动植物历史分布资料在门头沟区、延庆县、怀柔区、密云县设立监测点,在2009、2010年用夹夜法捕捉小型兽类并鉴定物种、计算密度。笼捕法捕捉活鼠,心脏取血后进行鼠疫F1抗体检测。结果北京市2009、2010年小型兽类(主要为啮齿类)密度分别为7.01只/100夹次和3.27只/100夹次。捕获小型兽类10种,其中啮齿类动物8种,食虫目1种,食肉目1种。社鼠、大林姬鼠和黑线姬鼠种群密度和构成最高,2009、2010年3种鼠合计占夹夜法全部捕鼠量的93.81%和85.33%。鼠疫血清学检测标本624件,鼠疫耶尔森氏菌F1抗体均为阴性。结论北京市存在已确定的鼠疫可染疫动物社鼠、大林姬鼠和黑线姬鼠,且为优势种群,目前血清学监测结果暂未发现鼠疫菌感染。     

东北边境地区啮齿动物中新埃立克体感染调查及groEL基因序列分析

目的 了解东北地区啮齿动物新埃立克体(Candidatus Neoehrlichia mikurensis,Nm)感染及基因型分布情况。方法 采用巢式PCR检测从辽宁省宽甸、吉林省集安林区及黑龙江省密山耕地捕获的啮齿动物中Nm groEL DNA, 对阳性扩增产物进行测序和遗传进化分析。结果 PCR检测鼠脾标本共181份, 阳性5份,阳性率为2.76%。不同地区及不同鼠种Nm检出阳性率无明显差异。遗传进化分析显示,从宽甸、集安黑线姬鼠和大林姬鼠检出的5份Nm groEL基因序列与俄罗斯亚洲地区以及我国东北地区Nm同源性最高,基因型为ClusterⅠ型。结论 我国东北东部边境地区鼠类存在Nm感染,可能存在Nm自然疫源地。     

云南省大理市啮齿动物携带冠状病毒和戊型肝炎病毒的调查

目的 调查云南省大理市啮齿动物冠状病毒(Coronavirus,CoV)和戊型肝炎病毒(Hepatitis E Virus,HEV)感染率。方法 2020年8月~2021年8月在大理市4个乡镇采集啮齿动物样本,采用巢式PCR扩增CoV和HEV的保守序列基因,用生物信息学软件进行同源性与遗传进化分析。结果 共捕获76只啮齿动物属于5属6种,CoV感染动物为褐家鼠(Rattus norvegicus)和黄胸鼠(Rattus tanezumi),感染率分别为40.74%(11/27)、2.38%(1/42);HEV感染动物为褐家鼠和黄胸鼠,感染率分别为14.81%(4/27)、2.38%(1/42)。在银桥镇捕获的2只褐家鼠中同时检测到CoV和HEV,感染率为7.41%(2/27)。基于CoV的部分RNA依赖的RNA酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)的434 bp核苷酸片段分析,11株CoV阳性样本均来自褐家鼠,为α-CoV,与来自中国福建黄毛鼠(Rattus losea)RtRl/FJ2015同源性最高,为99.73%~99.74%;1株CoV阳性样本来自黄胸鼠,为β-CoV,与来自中国云南板齿鼠(Bandicota indica)Ruili66同源性最高,为98.21%。基于HEV的部分RdRp 的340 bp核苷酸片段分析,5株HEV阳性样本均来自褐家鼠,均为HEV-C,与来自中国香港免疫移植病人pt 5株同源性最高,为95.87%~96.21%。结论 云南省大理市啮齿动物中存在CoV和HEV感染,2种病毒的宿主动物与人关系密切,应加强相关病毒的监测与研究。     

我国部分林区鼠中莱姆病螺旋体的分子流行病学调查研究

目的了解我国部分林区鼠中莱姆病螺旋体感染及其基因分型情况。方法应用巢式PCR扩增鼠中莱姆病螺旋体5S-23S rRNA间隔区片段,对阳性产物进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析。结果共检测鼠8属19种455只,感染莱姆病螺旋体的有4属8种26只,感染率为5.71%。内蒙古、黑龙江、浙江、贵州林区鼠的感染率分别为3.45%、4.84%、8.00%、7.14%;其中东北林区(包括内蒙古和黑龙江)棕背鼠平的感染率为9.09%;浙江林区社鼠的感染率为9.26%;未发现新疆林区鼠感染莱姆病螺旋体。RFLP分析结果显示内蒙古、黑龙江林区鼠中莱姆病螺旋体均为B.garinii基因型,而浙江、贵州林区鼠感染的莱姆病螺旋体包括B.garinii和B.valaisiana两种基因型。结论东北林区及浙江林区以B.garinii基因型为主,棕背鼠平、社鼠可能分别是两地林区莱姆病螺旋体的主要储存宿主。     

黑龙江省肾综合征出血热患者血清汉坦病毒致病株分析

目的 对黑龙江省肾综合征出血热(HFRS)患者血清中汉坦病毒(HV)进行分离、扩增,寻找其与国际标准株(76-118株)之间的差异.方法 应用反转录-巢式-聚合酶链反应(RT-nested-PCR),对50例发病不同时期的HFRS患者血清中HV进行分离、扩增,并将扩增产物进行序列测定及同源性分析.结果 发病7 d内患者血清HV检出率为36.36%(8/22),发病8～14 d的患者血清HV检出率为13.04%(3/23),发病15 d以上的5例患者均未检出.选取的7例样本(第1、9、18、31、37、38、44号标本)HV S基因片段序列与76-118株S基因片段的同源性分别为90.24%、86.72%、89.97%、89.16%、86.45%、87.26%和89.43%.结论 发病7 d内患者检出率明显高于其他时期;黑龙江省HV致病株与国际标准株存在一定差异,说明HV除具有宿主依赖性外,还具有地域的影响.     

Prevalence of Bartonella species and 16s rRNA gene types of Bartonella henselae from domestic cats in Thailand.

Prevalence of Bartonella infection among 275 cats in 9 sites from 4 geographical regions (northern area: Chiang Mai; central area: Kanchanaburi, Ratchaburi, and Bangkok; northeastern area: Khon Kaen, Roi Et, Ubon Ratcharthani, and Nakhonratchasima; southern area: Songkhla) of Thailand was investigated. Overall, Bartonella species were isolated from 27.6% (76 of 275) of the cats. The isolation rate varied from 12.8% (5 of 39) in Songkhla (southern area) to 50.0% (26 of 52) in Khon Kaen (northeastern area). Bartonella henselae and B. clarridgeiae were isolated from 82.9% (63 of 76) and 11.8% (9 of 76) of the Bartonella-positive cats, respectively. Coinfection with both species was found in 5.3% (4 of 76) of the bacteremic cats. Of the 67 bacteremic cats from which B. henselae was isolated, 48 (71.6%) and 13 (19.4%) were infected with only Type I and Type II, respectively. Coinfection with both types was observed in 9.0% (6 of 67) of the B. henselae-positive cats. To our knowledge, this is the first report on the presence of Bartonella infection in domestic cats from Thailand, which constitute a large reservoir of Bartonella infection in this country.