基于TCGA数据库挖掘UBE2C在肾透明细胞癌中的表达及预后意义

目的:通过研究泛素偶联酶E2C（ubiquitin-conjugating enzyme E2C,UBE2C）在肾透明细胞癌（kidney renal clear cell carcinoma,KIRC）组织中的表达,阐明其对KIRC早期诊断及预后的影响。方法:利用Oncomine、GEPIA数据库和人类蛋白质表达图谱（The Human Protein Atlas,HPA）分析UBE2C在KIRC组织中mRNA和蛋白质水平的变化。运用LinkedOmics和GEPIA数据库阐述UBE2C表达与KIRC临床病理学参数的相关性及对预后的影响。在String－DB数据库中探索UBE2C基因在细胞信号转导通路中的位置以及与其关系密切的上下游基因。结果:UBE2C的mRNA在KIRC中表达增加,并且与KIRC病理分级、TNM分期呈正相关,且与种族和人种相关（P＜0.05）。我们应用TCGA分析的结果显示:高水平UBE2C是KIRC总生存率和无病生存率不良的独立预后因素（P＜0.01）。IHC结果证实,与正常肾组织相比,KIRC中UBE2C的蛋白表达量显著升高（P＜0.05）。与UBE2C相关的蛋白有ANAPC10、ANAPC11、ANAPC2、ANAPC4、ANAPC5、AURKA、AURKB、CCNB1等,可能参与细胞周期检查点及蛋白泛素化等细胞功能。结论:通过TCGA数据库信息挖掘发现,UBE2C在KIRC组织中呈高表达,且与患者生存期有关,将为后续的肾癌研究提供重要的理论依据。     

SEMA6D在肾透明细胞癌中的预后价值和分子机制探索

目的 探讨信号素-6D (SEMA6D)在肾透明细胞癌(KIRC)中的表达、临床预后价值及调节KIRC的相关分子机制。方法 首先通过USCS、TCGA数据库及临床试验研究SEMA6D在KIRC肿瘤组织和正常组织中的表达。接着,通过分层分析比较SEMA6D的表达与临床病理特征及启动子甲基化的关系。通过Cox比例风险回归模型分析SEMA6D在KIRC患者中的预后价值。利用LinkedOmics数据库研究SEMA6D调控KIRC的潜在分子机制。应用GSCALite数据库对SEMA6D及其互作蛋白进行了肿瘤通路活性分析。最后,使用CIBERSORT算法研究SEMA6D表达与免疫细胞浸润之间的相关性。结果 SEMA6D在多种肿瘤中差异表达并与患者预后相关(P<0.05)。SMEA6D的mRNA和蛋白表达水平在KIRC中下调(P<0.05)。KIRC中SEMA6D的mRNA表达和启动子的甲基化水平与组织学分级、病理分期和N分期有关(P<0.05)。单因素和多因素Cox回归分析显示,SEMA6D是KIRC患者总生存期(OS)的独立预后因素(P<0.05)。功能富集分析结果表明...     

基于TCGA数据乳腺癌组织UBE2T表达临床意义分析

目的 既往研究发现,泛素结合酶E2T(ubiquitin-conjugating enzyme E2T,UBE2T)在多种肿瘤中表达升高,然而UBE2T在乳腺癌中是否存在高表达及意义尚不清楚.本研究探讨UBE2T表达水平在乳腺癌中的临床意义和可能的机制.方法 从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库下载正常乳腺组织和乳腺癌组织中UBE2T基因mRNA二代测序数据及临床信息资料,分析UBE2T mRNA表达水平与乳腺癌临床病理学参数的相关性及对预后的影响.采用Cox回归多因素分析探讨影响乳腺癌患者预后的因素,采用基因集富集分析(gene set enrichment analy-sis,GSEA)方法预测UBE2T可能的调控通路.结果 UBE2T mRNA在乳腺癌组织中表达量为9.28~3963.54,中位374.18,显著高于正常乳腺组织中UBE2T表达量8.54~216.13,中位40.44,差异有统计学意义(P<0.001),而且UBE2T表达水平与乳腺癌患者年龄、分子分型、T分期、TNM分期、雌激素受体(estrogen receptor,ER)、孕激素受体(progesterone receptor,PR)和人表皮生长因子受体2(human epidermal growth factor receptor 2,HER2)状态以及病理类型存在显著相关,均P<0.05.进一步分析发现,UBE2T低表达的患者生存预后优于UBE2T高表达的患者,χ2=7.490,P=0.006.Cox多因素分析结果表明,年龄、分子分型、N分期、M分期和UBE2T表达水平等均是影响乳腺癌患者预后的独立预后因素,P<0.05.GSEA分析表明,UBE2T低表达的组织中存在RIGGINS_TAMOXIFEN_RESIST-ANCE_DN信号通路(FDR=0.199,P<0.001)和ERB2_UP.v1_DN路通(FDR=0.235,P<0.001)相关基因富集.结论 乳腺癌组织中存在UBE2T mRNA水平表达上调,而且UBE2T的表达水平与患者临床病理因素显著相关,其高表达是乳腺癌预后不良因素,其可作为预后判断的分子标记,是潜在的治疗靶点.     

UBE2T在原发性肝癌中的表达及临床意义

目的 分析泛素结合酶E2T(Ubiquitin-conjugating enzyme E2T,UBE2T)在原发性肝癌中的表达及其与肝癌患者临床病理学参数和预后的关系。方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载正常肝组织和肝癌组织中UBE2T基因mRNA二代测序数据及临床病理资料,分析UBE2T在癌组织和正常组织中的表达差异,阐明UBE2T mRNA表达水平与肝癌患者临床病理学参数的相关关系。采用Kaplan-Meier进行预后分析,利用Cox比列风险回归模型研究与肝癌患者预后相关的因素,并根据基因集富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA)结果预测UBE2T参与肝癌发生、发展的可能调控通路。结果 UBE2T mRNA在肝癌组织中表达明显高于癌旁组织(P＜0.01);UBE2T高表达与Grade分级、TNM分期、有无血管侵袭等密切相关(P＜0.01),且提示肝癌患者的预后不良;TNM分期、血管侵袭、UBE2T表达水平均是影响肝癌患者预后的独立危险因素。结论 UBE2T的高表达与肝癌患者的临床病理因素及预后显著相关,可以作为潜在的判断肝癌患者预后的标志物和肿瘤治疗的靶标。     

STMN1及UBE2C在胃癌组织中的表达及其临床意义

目的:通过检测STMN1及UBE2C基因在胃癌组织中的表达,探索其表达与临床病理因素间的关联及两基因表达间的关联。方法:采用免疫组化的方法检测180例胃癌病理标本及对应180例正常胃部黏膜标本中STMN1及UBE2C基因的表达情况。结果:STMN1在胃癌组织中的阳性表达率为85.6%,而在正常组织中阳性表达率为26.1%(P＜0.05),STMN1的表达与患者性别、年龄及肿瘤分化程度无明显相关性,而与TNM分期、淋巴结转移及Lauren分型明显相关（P＜0.05)。UBE2C在胃癌组织中的阳性表达率为73.3%,而在正常组织中阳性表达仅为24.4%(P＜0.05),UBE2C的表达与患者性别、年龄及肿瘤分化程度均无显著相关,而与淋巴结转移、TNM分期及Lauren分型关联性显著(P＜0.05)。Logistic多因素分析表明,淋巴结转移、Lauren分型、TNM分期与STMN1及UBE2C表达相关(P＜0.05)。STMN1与UBE2C基因表达呈正相关(r=0.288,P＜0.05)。结论:STMN1的表达与胃癌的产生、进展、浸润及转移密切相关,UBE2C可能通过PI3K/Akt信号通道调节STMN1。     

生物信息学方法鉴定与肾透明细胞癌预后相关的关键基因

目的 采用生物信息学方法鉴定与肾透明细胞癌(KIRC)预后相关的关键基因,并进一步分析其临床意义.方法 通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取肿瘤基因组图谱(TCGA)和基因表达汇编(GEO)中KIRC的基因表达谱数据,提取与正常肾组织差异表达的关键基因,结合TCGA数据库中的生存时间进行预后分析.结果 在TCGA和GEO数据库中共分析得到112个重叠基因,鉴定出10个KIRC关键基因(RAB25、ESRP1、EPCAM、VEGFA、MAL2、GRHL2、AP1M2、GPC3、CP、OCLN),OCLN高表达患者的总生存期(OS)长于OCLN低表达患者,而GPC3、RAB25及GRHL2低表达患者的OS分别长于GPC3、RAB25及GRHL2高表达的患者,差异均有统计学意义(P﹤0.05);OLCN及MAL2高表达患者的无病生存期(DFS)分别长于OLCN及MAL2低表达患者,GPC3及CP低表达患者的DFS分别长于GPC3及CP高表达患者,差异均有统计学意义(P﹤0.05).结论 本研究采用生物信息学方法鉴定出了与KIRC预后相关的关键基因,其中OCLN、RAB25、GRHL2及GPC3与KIRC患者的OS有关,而OLCN、GPC3、CP及MAL2与KIRC患者的DFS有关,这可能成为未来恶性肿瘤治疗的新靶点.     

端粒酶逆转录酶在肝细胞肝癌中的表达及其与预后和免疫细胞浸润的关系

目的 分析端粒酶逆转录酶（TERT）在肝细胞肝癌中的表达及其与预后和免疫细胞浸润的关系。方法 通过癌症基因组图谱-肝细胞癌（TCGA-LIHC）和GSE124535数据集,分析TERT在肝细胞肝癌中的表达水平及其与肝细胞肝癌患者预后的关系。采用基因集富集分析（GSEA）识别与TERT相关的生物学途径。利用单样本基因集富集分析（ssGSEA）算法评估免疫细胞浸润,并分析TERT表达与免疫细胞浸润的关系。结果 在TCGA数据库和GSE124535数据集中,TERT在肝细胞肝癌肿瘤组织中的表达显著高于癌旁组织（均P<0.001）。在TCGA数据库中,TERT高表达肝细胞肝癌患者显示出较差的总生存时间（P=0.037）和无进展间隔时间（P=0.006）。在GSE124535数据集中,TERT高表达肝细胞肝癌患者的无病生存时间较差（P=0.190）。GSEA结果显示,端粒维持和细胞周期通路在TERT高表达组中显著富集。ssGSEA结果显示,TERT高表达组中CD8+T细胞、树突状细胞和自然杀伤细胞浸润水平较低,2型辅助T细胞浸润水平较高（均P<0.05）。结论 TERT高表达可能通过...     

利用GEO数据集分析UBE2T在肺癌中的表达及临床意义

目的 探究UBE2T基因在肺癌中的表达情况及其与肺癌的临床病理特征和预后的关系。方法 搜索NCBI的GEO数据库中的肺癌公共数据集,下载肺癌组织中的UBE2T表达数据和临床病理信息。分析UBE2T的表达与肺癌临床病理特征（年龄、T分期、N分期、M分期和病理分型）和复发、预后的关系。运用GSEA方法分析受UBE2T调控的基因。 结果 UBE2T在肺癌组织的表达水平高于正常组织的表达水平,差异有统计学意义（肺癌组织表达水平1.222±0.1214,正常组织表达水平-1.645±0.0783,P<0.05）;肺癌组织UBE2T的表达与T分期、N分期、病理分型和复发有关（P<0.05）,与性别、年龄和M分期无关（P>0.05）。UBE2T 高表达组的5年总生存率和5年无病生存率分别为32.672%和27.513%,分别低于低表达组的66.767%和62.019%,差异有统计学意义（P＜0.05）。GSEA结果显示UBE2T 高表达样本富集了MYC信号通路、DNA修复因子、有丝分裂纺锤体、G2M检查点、mTORC1复合物、E2F转录因子和有丝分裂相关的基因集。结论 UBE2T在肺癌组织中高表达,且与肺癌的多个临床病理特征有关,有潜力作为肺癌判断预后的标志物和治疗的靶向分子。     

基于NR3C2相关免疫调节基因的乳腺癌预后模型构建与验证

目的通过生物信息学方法分析NR3C2基因在乳腺癌中的免疫作用并构建预后模型。 方法(1)分别以癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的乳腺癌队列和基因综合表达(GEO)数据库中的GSE42568队列作为训练集(113例癌旁样本和1 019例乳腺癌样本)和测试集(17例癌旁样本和104例乳腺癌样本),比较上述2个队列中NR3C2在癌旁样本和乳腺癌样本中的mRNA表达;通过TCGA队列、Kaplan-Meier plotter队列(4 929例乳腺癌样本)分析NR3C2表达对无复发生存期(RFS)的影响。(2)利用基因集富集分析(GSEA)探讨NR3C2潜在的生物学功能,通过单样本基因集富集分析(ssGSEA)定量评估24种免疫细胞,以皮尔森系数计算NR3C2和24种免疫细胞及70个免疫调节基因的相关性。(3)通过多元逐步Cox回归的方法在TCGA队列中构建NR3C2相关免疫调节基因的预后模型,按照中位风险值将TCGA队列分为高、低风险组,比较2组的无复发生存率,采用受试者操作特征曲线(ROC)计算模型的敏感度和特异度,并在GSE42568队列中进行验证;结合其他临床参数,通过多因素Cox回归分析该模型的独立预后性能。(4)在TCGA队列中,基于临床分期和风险值构建列线图,利用校准曲线对其准确性进行评价,通过时间相关曲线下面积(tAUC)比较不同指标预测的准确度。(5)为了验证NR3C2基因在mRNA和蛋白水平上的表达是否一致,本研究另外收集了2021年9月于陆军特色医学中心乳腺甲状腺外科进行手术切除的3例乳腺癌患者的临床组织样本,通过Western blot实验检测其癌旁组织和癌组织中NR3C2的蛋白表达量。 结果(1)TCGA样本分析结果显示：与癌旁组织相比,NR3C2的mRNA表达量在乳腺癌组织中显著下降(2.59±0.43比0.98±0.62,t＝35.990,P<0.001)。在GSE42568队列中,乳腺癌组织中NR3C2的mRNA表达量比癌旁组织显著下降(5.35±1.47比3.32±1.12,t＝7.096,P<0.001)。生存分析结果显示：在TCGA队列、Kaplan-Meier plotter队列中,NR3C2表达和乳腺癌患者的RFS呈正相关(HR＝0.667、0.725,95%CI：0.458~0.972、0.653~0.804,P均<0.050)。(2)GSEA结果提示：NR3C2主要参与JAK-STAT和TGF-β等免疫相关信号通路。相关性分析发现：NR3C2的mRNA表达和19种免疫细胞的浸润程度及43个免疫调节基因的表达均显著相关(P均<0.050)。(3)将上述43个NR3C2相关的免疫调节基因纳入Cox回归分析,构建了13个免疫调节基因组成的预后模型,风险截断值为0.988。生存分析提示在TCGA队列及GSE42568队列中,高风险组的RFS明显低于低风险组(HR＝2.682、2.389,95%CI：1.839~3.910、1.343~4.248,P均<0.010);AUC为0.758、0.618(95%CI：0.662~0.857、0.545~0.758,敏感度：0.833、0.538,特异度：0.614、0.714,P均<0.010)。多因素Cox回归分析发现该模型的风险值可作为乳腺癌独立的预后因子(HR＝1.259、1.163,95%CI：1.187~1.336、1.068~1.266,P均<0.001)。(4)基于临床分期和风险值构建的列线图可以预测乳腺癌患者3年、5年和8年的RFS,校准曲线提示其具有较好的预测准确性,tAUC提示其优于临床分期和预后模型。(5)Western blot实验结果显示：NR3C2的蛋白表达量在乳腺癌组织中显著降低。 结论NR3C2是乳腺癌患者潜在的免疫治疗靶点和预后生物标志物。     

TPX2在肾透明细胞癌中的表达及其临床意义

目的分析Xklp2靶蛋白(TPX2)在肾透明细胞癌(KIRC)组织中的表达及其临床意义。方法收集2017年7月至2019年6月在蚌埠医学院第一附属医院泌尿外科收治的54例KIRC患者术后组织标本。利用免疫组织化学法检测TPX2在KIRC组织和癌旁组织的蛋白表达。利用TIMER数据库分析TPX2 mRNA在KIRC组织与正常组织的表达差异, 验证免疫组织化学结果。使用UALCAN数据库和Kaplan-Meier plotter数据库对TPX2 mRNA表达与KIRC患者临床分期、分子亚型、淋巴结转移及预后的关系进行分析。通过STRING数据库进行蛋白互作网络构建获得TPX2相关蛋白, 将相关蛋白对应的基因进行KEGG通路富集。利用TIMER数据库对TPX2的表达与免疫细胞浸润、免疫检查点的关系进行研究。结果免疫组织化学结果显示, 癌组织中的TPX2蛋白的阳性表达率(48.15%, 26/54)高于癌旁组织中阳性表达率(20.37%, 11/54)(χ2=9.25, P=0.002)。生物信息学分析结果显示, TPX2 mRNA表达水平在KIRC中显著上调[癌组织:1.89(1.49, 2...     

脑胶质瘤患者血清UBE2C、HIF-1α的水平变化及其意义

目的探讨胶质瘤患者血清UBE2C和HIF-1α水平与脑胶质瘤的临床因素间的相关性。方法收集脑胶质瘤患者80例,同期选择体检健康者55例为对照组。比较2组血清UBE2C和HIF-1α水平。分析血清UBE2C和HIF-1α水平与胶质瘤患者的年龄、性别、肿瘤部位、肿瘤大小、KPS评分及临床分级等临床因素间的相关性。比较1年随访期间死亡病例和存活病例血清UBE2C和HIF-1α水平。结果胶质瘤患者血清UBE2C和HIF-1α均明显高于对照组(P<0.01)。胶质瘤患者血清UBE2C和HIF-1α水平与年龄、性别、瘤灶直径、肿瘤部位无显著相关性(P>0.05),与临床分级和KPS评分有明显相关(P<0.01)。死亡组患者入院血清UBE2C和HIF-1α水平显著高于存活组(P<0.01)。结论胶质瘤患者血清UBE2C和HIF-1α水平显著升高,与胶质瘤的恶性程度联系密切,可能成为临床评价该病患者预后的有效指标之一。     

膀胱癌中TFAP2C的表达及预后相关性分析

目的:应用生物信息学方法和实验验证确定转录因子TFAP2C在人类膀胱癌中的作用。方法:通过TCGA、Oncomine、GEPIA、The Human Protein Altas和Kaplan-Meier Plotter等数据库获得膀胱癌患者TFAP2C的转录信息和生存数据,分析TFAP2C在膀胱癌组织中的表达水平及与预后的关系。在si-TFAP2C转染膀胱癌5637细胞后,利用CCK8和划痕实验检验TFAP2C在膀胱癌细胞中的作用。用STRING数据库构建蛋白互作网络,用R软件对网络中的基因进行GO和KEGG富集分析,通过R软件将TFAP2C在TCGA膀胱癌样本中的表达情况进行GSEA富集分析并作免疫细胞浸润相关性分析。结果:TFAP2C在膀胱癌组织中高表达,且其高表达预示着膀胱癌患者的总体生存率较差（P＜0.05）。划痕和CCK8实验证明了TFAP2C可促进膀胱癌细胞的增殖和迁移(P＜0.05)。GSEA结果显示,TFAP2C的高表达样本富集于蛋白质分泌、有丝分裂纺锤体、PI3K/AKT/mTOR信号通路和mTORC1信号通路(FDR<0.1,|NES|>1,P＜0.05)。KEGG信号通路分析显示:TFAP2C与相关基因主要通路富集于ErbB信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性和膀胱癌等(P＜0.05)。GO功能富集分析显示:TFAP2C与相关基因的生物学过程主要富集于转录共激活因子活性、转录辅助调节因子活性和表皮生长因子受体结合等(P＜0.05)。结论:TFAP2C在膀胱癌中起促癌作用,表达水平上调和预后不良有关,TFAP2C可能是判断膀胱癌预后的生物标志物。     

肾透明细胞癌组织中NSUN2的表达及其与临床病理特征和预后的关系

目的:检测NSUN2在肾透明细胞癌(ccRCC)组织中的表达,分析其与临床病理特征、预后之间的关系。方法:收集ccRCC组织蜡块标本及对应的癌旁组织蜡块标本各95例,采用免疫组化法检测NSUN2在两组标本中的表达水平,分析NSUN2与ccRCC患者的临床病理特征关系。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,使用Log-rank检验进行单因素生存分析,Cox回归模型进行多因素生存分析,分析NSUN2表达与ccRCC患者预后之间的相关性。结果:NSUN2在癌组织的高表达率为69.5%,在癌旁组织中的高表达率为15.8%,两组差异有统计学意义(P<0.05)。NSUN2高表达与肿瘤大小(P<0.05)、组织学分级(P<0.05)、淋巴转移(P<0.05)及临床分期有关(P<0.05)。Kaplan-Meier分析显示,NSUN2表达水平与ccRCC患者预后相关(P<0.05)。Cox回归模型显示,NSUN2表达是预测ccRCC预后的独立危险因素。结论:NSUN2在ccRCC组织中高表达,且与ccRCC的临床病理特征、预后相关,可作为ccRCC预后判断的...     

FASN、UBE2C、IGF-1在老年脑胶质瘤组织中的表达及与其预后的相关性

目的 探讨脂肪酸合成酶(FASN)、泛素偶联酶2C(UBE2C)、胰岛素生长因子-1(IGF-1)在老年脑胶质瘤组织中的表达及与其预后的关系。方法 选取60例老年脑胶质瘤患者,采集癌组织与癌旁正常组织,采用免疫组织化学法测定其FASN、UBE2C、IGF-1表达;分析FASN、UBE2C、IGF-1表达与患者临床病理特征的关系;Kaplan-Meier法分析FASN、UBE2C、IGF-1表达与患者预后的关系。结果 癌组织中FASN、UBE2C、IGF-1阳性表达率高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.05);FASN、UBE2C、IGF-1与患者性别、体重指数(BMI)、肿瘤部位无关(P>0.05);FASN、UBE2C、IGF-1与肿瘤分化程度、组织学分级、淋巴结转移有关(P<0.05);Kaplan-Meier法结果显示,FASN、UBE2C、IGF-1阳性表达患者的生存率[37.50%(18/48)、38.46%(20/52)、33.33%(15/45)]低于阴性表达患者[75.00%(9/12)、87.50%(7/8)、80.00%(12/15)]。结论 ...     

lncRNA UCA1在肾透明细胞癌中的表达与临床特征及预后的关系

目的:研究长链非编码RNA（lncRNA）尿路上皮癌胚抗原1（UCA1）在肾透明细胞癌（KIRC）患者癌组织及癌旁正常组织中的表达水平，探讨其与患者临床特征及预后的关系。方法:选取2009年2月至2013年2月在本院诊治并保存完整的KIRC患者癌组织标本56例为KIRC组，同时另取患者配对癌旁正常肾组织（距肿瘤边缘＞5 cm）作为对照组，通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测lncRNA UCA1表达水平，分析lncRNA UCA1表达水平与患者临床特征及预后生存的关系。结果:KIRC患者肾癌组织中lncRNA UCA1表达水平显著高于对照组（P＜0.05）。lncRNA UCA1表达水平与TNM分期、Robson分期和组织分化程度有关（P＜0.05）。lncRNA UCA1高表达组的5年生存率显著低于lncRNA UCA1低表达组（P＜0.05）。lncRNA UCA1高表达是影响KIRC患者不良预后发生的独立危险因素（P＜0.05）。结论:lncRNA UCA1在KIRC患者肾癌组织中高表达，与TNM分期、Robson分期和组织分化程度有关，是影响KIRC患者不良预后发生的独立危险因素。     

CCDC137基因在肝细胞癌组织中表达的临床意义及其对MHCC97H细 胞增殖、迁移和侵袭的影响

目的：分析卷曲螺旋结构域蛋白137（CCDC137）基因在肝细胞癌（HCC）组织中的表达及其与患者临床病理特征和预后的关系,探讨敲低CCDC137基因对肝癌MHCC97H细胞增殖、迁移及侵袭的影响。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载HCC数据集,获得CCDC137基因表达谱和临床资料信息,利用生物信息学方法分析CCDC137基因在HCC组织中的表达水平与患者临床病理指标的相关性以及对预后的影响;用基因集富集分析（GSEA）预测CCDC137基因在HCC中可能调控的信号通路,用Kaplan-Meier法及Log-Rank检验进行生存分析,并运用Cox比例风险回归模型分析影响患者预后的危险因素。采用小干扰RNA技术抑制肝癌MHCC97H细胞中CCDC137基因的表达,用qPCR法、WB法、CCK-8法及Transwell实验分别检测干扰后细胞CCDC137 mRNA和蛋白表达及其对细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。结果：在TCGA数据库检索到的371例HCC患者中,CCDC137 mRNA 表达水平显著高于癌旁组织（P<0.01）,其高表达与肿瘤组织学分级、癌组织分期、T分期等存在显著关联（OR=0.014、0.007、0.047,均P<0.05）,CCDC137高表达的患者OS明显低于CCDC137基因低表达的患者（P<0.05）,多因素Cox回归分析提示CCDC137基因可作为HCC患者的独立预后因子。GSEA结果发现,CCDC137基因高表达的样本存在碱基切除修复和剪接体等多个通路基因集的富集（P<0.01,FDR<0.05）。敲低CCDC137基因后,MHCC97H细胞的增殖、迁移和侵袭能力均显著降低（均P<0.01）。结论：CCDC137基因在HCC组织中高表达,其高表达与HCC的发生发展及预后不良有关。敲低CCDC137基因表达抑制MHCC97H细胞的增殖、迁移和侵袭能力。     

基于TCGA数据库分析FTH1在头颈部鳞状细胞癌中的表达和临床意义

目的 探究重链多肽亚基由铁蛋白重链多肽1(ferritin heavy chain polypeptide 1,FTH1)在头颈部鳞状细胞癌（head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC）中的表达和临床意义。方法 基于癌症基因图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库分析FTH1在HNSCC组织和癌旁组织中的差异表达情况，并分析其表达与肿瘤分期的关系和对总生存的影响。采用Cox比例风险模型评估影响HNSCC患者预后的因素。使用GSEA软件预测FTH1可能参与调控的信号通路。结果 FTH1在HNSCC中高表达，且与肿瘤分期有关（均P<0.05）。FTH1高表达的HNSCC患者总生存率降低（P<0.05）。单因素Cox分析结果显示，高表达的FTH1和肿瘤分期均是影响HNSCC患者的预后因素(均P<0.05)。多因素Cox分析结果显示，肿瘤分期和性别均是影响HNSCC患者的预后因素(均P<0.05)。FTH1的通路富集分析显示，FTH1的高表达样本显著富集到溶酶体、谷胱甘肽代谢、磷酸戊糖途径及癌症通...     

Ⅰ型胶原α2、鳞状细胞癌相关抗原表达与食管鳞癌的相关性研究

目的探讨Ⅰ型胶原α2(COL1A2)和鳞状细胞癌相关抗原(SCCAg)与临床病理特征的关系。方法TIMER 2.0和GEPIA数据库分析COL1A2在肿瘤及食管癌中的表达,化学发光法检测血清中SCCAg的水平,免疫组化法检测食管鳞癌组织和癌旁正常组织中COL1A2蛋白的表达。生存分析采用GEPIA数据库,基因集富集分析采用GSEA数据库。结果GEPIA数据库分析显示,食管鳞癌中COL1A2的表达高于正常组织(P<0.05),食管鳞癌TNM分期及与COL1A2的表达相关(P<0.05)。SCCAg在食管鳞癌患者中的阳性率为48.6%,其在高分化食管鳞癌患中表达增高(P<0.05)。COL1A2蛋白在食管鳞癌中强阳性率为73.5%,显著高于癌旁组织5.6%(P<0.05)。COL1A2过表达与食管鳞癌分化程度及其临床分期相关(P<0.05)。GEPIA数据库分析显示高表达COL1A2的患者无瘤生存率显著降低(P<0.05)。GSEA分析表明差异基因主要集中在粘着斑通路、细胞外基质结构组分、内质网内腔、细胞外结构组织。结论血清SCCAg的高表达对食管鳞癌诊断及其分化程度预测有一定的应用价值,而食管鳞癌组织COL1A2的高表达与食管鳞癌的进展及预后不良有关,对食管鳞癌的预后的判断有一定的临床参考价值,有望成为食管鳞癌新的治疗靶点。     

基于炎症反应相关基因构建结肠癌预后模型及验证

目的应用生物信息学方法筛选结肠癌预后相关的炎症反应相关差异表达基因, 构建并验证结肠癌预后模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中检索472例结肠癌患者及41名健康人正常结肠组织的RNA测序和临床数据。从国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库中检索结肠癌预后相关基因表达及临床数据。检索时间均为建库至2022年11月。通过基因集富集分析(GSEA)数据库获取200个与炎症反应相关的基因, 将其与TCGA数据库中获得的结肠癌和正常结肠组织的RNA测序基因数据集进行对比, 获得炎症反应相关的差异表达基因。采用Cox比例风险模型分析评估TCGA数据库中与预后相关的差异表达基因, 炎症反应相关的差异表达基因与预后相关的差异表达基因取交集, 获得预后相关的炎症反应相关差异表达基因。通过LASSO Cox回归构建结肠癌预后模型。计算风险评分, 按风险评分的中位值将TCGA数据库结肠癌患者分为低风险(<中位值)和高风险(≥中位值)两组。对两组患者进行主成分分析(PCA), 采用Kaplan-Meier法进行生存分析。基于R软件timeROC程序包分析风险评分预测TCGA数据库结肠癌患者总生存...     

GPM6A在肺癌组织中的表达差异及临床意义

目的:研究糖蛋白6A（GPM6A）在肺癌组织中的表达差异和突变情况，探讨其对临床预后和治疗的价值。方法:利用基因表达数据库(gene expression omnibus，GEO)下载GPM6A基因表达谱资料及临床相关资料。分析GPM6A在肿瘤组织及相匹配的正常组织中的表达差异，研究GPM6A的表达差异与肺癌患者临床病理特征的相关性及其对预后的影响。利用肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas，TCGA)公共数据库对比分析GPM6A基因变异情况。结果:肺癌组织中的GPM6A表达明显低于配对的正常组织（P<0.001），GPM6A表达与肿瘤组织的大小（P<0.05）、病例理分期（P<0.05）相关，肿瘤组织恶性程度越高，GPM6A表达水平越低。在正常组织当中，GPM6A表达水平与患者存在吸烟史（P<0.05）相关，存在吸烟史的患者要比无吸烟史患者GPM6A水平低，但在肿瘤组织中GPM6A表达与吸烟史无相关性。经由建立Cox回归模型发现影响肺癌患者生存预后的独立因素分别为年龄和淋巴结转移（P<0.05）。GPM6A基因拷贝数广泛变异，推测是由于杂合子的缺失导致了GPM6A表达水平降低。结论:在肺癌组织中GPM6A低表达为影响患者预后的不良因素之一，GPM6A可为预测肿瘤发生、转移及判断预后的有效分子标记物。