使用GEO数据集分析驱动蛋白KIF2C在膀胱癌中的表达及临床意义

目的 通过基因表达汇编公共数据库,探讨驱动蛋白家族成员2C（kinesin family member 2C,KIF2C）在膀胱癌患者中的表达,探索其表达与临床病理特征的联系,评价KIF2C对膀胱癌术后患者预后评估的意义。方法 检索并下载美国国立生物技术信息中心的肿瘤公共数据集,对表达谱资料和临床信息进行分析,利用基因集富集分析受KIF2C调控的相关基因集。结果 KIF2C在膀胱癌组织中的表达水平高于其在正常膀胱组织中的表达(P<0.000 1)。膀胱癌患者疾病进展、T分期、N分期和肿瘤分级,KIF2C的高、低表达组之间均有显著性差异(P<0.05)。KIF2C高表达患者的肿瘤特异性生存期及总生存期显著低于低表达患者(P<0.05)。KIF2C高表达样本富集了与核糖体蛋白质、多梳蛋白、内源性核糖核酸酶、E2F转录因子、抑癌基因RB有关的基因集。结论 KIF2C与膀胱癌的多个病理指标相关,有作为判断膀胱癌患者预后的标志物和治疗肿瘤的靶标的潜力。     

基于GEO数据库分析AURKB在膀胱癌中的表达及其临床意义#br# #br#

目的探讨基因表达汇编（GEO）数据库中膀胱癌组织的极光激酶B（AURKB）基因的表达情况及其与膀胱癌临床病理特征和预后的关系。 方法收集NCBI的GEO数据库的膀胱肿瘤公共数据集,下载膀胱癌组织AURKB表达数据和临床病理参数。分析AURKB表达与膀胱癌临床病理特征（性别、年龄、侵袭性、T分期、N分期、M分期和疾病分级）及复发转移和预后的关系,利用基因富集分析（GSEA）法分析受AURKB调控的相关基因。 结果AURKB 在膀胱癌组织中的表达水平为9621±0085,高于正常膀胱组织的7691±0059,差异有统计学意义（P＜005）;膀胱癌组织AURKB表达与性别、侵袭性、T分期、疾病分级和进展有关（P＜005）,与年龄、N分期、M分期和复发无关（P＞005）;AURKB高表达组的5年总生存率和5年肿瘤特异性生存率分别为52226％和70256％,均低于低表达组的70112％和90687％,差异有统计学意义（P＜005）。GSEA结果显示AURKB高表达样本富集了有丝分裂、E2F转录因子、G2M检查点、MYC信号通路、未折叠蛋白反应和有丝分裂纺锤体相关的基因集。 结论AURKB在膀胱癌中高表达,与膀胱癌的多个临床病理特征相关,且有作为判断膀胱癌患者预后的标志物和治疗分子靶标的潜能。     

应用R软件的robumeta程序包实现基于鲁棒方差估计的Meta回归分析

robumeta是R软件中用来进行非独立效应量鲁棒方差估计的Meta分析方法。传统的Meta回归分析方法不具备处理非独立效应量之间未知且复杂的相关性的能力。robumeta程序包提供了一种使用不同加权算法进行大样本和小样本鲁棒方差估计(Robust variance estimation,RVE)的Meta回归分析的方法。过去的RVE只适用于大样本,而robumeta程序包对传统的鲁棒方差估计进行了一定的调整,使RVE同样适用于小样本。本文以实例介绍了用robumeta程序包实现鲁棒方差估计的Meta回归分析方法的数据准备、执行运算、汇总结果及绘制图形的全部功能。     

基于文献计量学的PBL教学法研究现状分析

目的　系统分析以问题为基础的学习（problem-based learning,PBL）的相关文献,了解PBL的现状和发展趋势,为PBL进一步的改进、创新和应用提供参考。方法　计算机检索web of science数据库,搜集公开发表的PBL相关文献,检索时限从建库到2018年3月19日。利用文献计量学方法和R语言tm程序包等进行分析。结果　共筛选出5 710篇文献,发表于77种期刊,1976年至2018年PBL相关文献的发表量呈上升趋势,多数文献作为论著（article）发表,作者来自全世界84个国家或地区,5 710篇文献的总被引次数为54 768次,平均被引用的次数为9.59次。研究方向集中于医学教育、保健科学、工程学。结论　PBL已经广泛应用于各学科,尤其是医学教育领域。但研究的质量和深度尚需提高。     

MMP-11在膀胱癌中的表达及临床意义

目的:探究MMP-11基因表达的在膀胱癌(BC)中的临床意义,并研究MMP-11推动BC发生、发展的机制。方法:从GEO数据库中下载BC基因表达数据集GSE13507,分析MMP-11在BC中的表达情况及MMP-11与BC的临床病理相关性和预后相关性;利用基因富集分析(GSEA)方法,分析MMP-11高表达样本的富集基因及MMP-11调控的相关通路。结果:MMP-11在BC中的表达水平明显高于其在正常膀胱组织中的表达水平(P=0.008);MMP-11高表达的BC患者在疾病进展(P=0.026)、T分期(P=0.001)、N分期(P0.000 1)及分级(P0.000 1)方面明显比MMP-11低表达组差;MMP-11高表达组BC患者的肿瘤特异性生存期明显差于MMP-11低表达组(P=0.000 2),MMP-11高表达组BC患者的总生存期亦有差于MMP-11低表达组的趋势(P=0.088 4);MMP-11高表达样本富集了与未折叠蛋白反应、精子形成、G2M检查点、MYC信号通路、E2F信号通路、MTORC1信号通路、有丝分裂纺锤体形成、血管生成、糖酵解、胆固醇平衡、PI3K/AKT/mTOR通路、炎症反应相关的基因集。结论:MMP-11在BC中高表达,且与BC的恶性程度和疾病进展相关,高表达MMP-11的BC患者临床预后更差。因此MMP-11或可作为潜在的判断BC患者预后的标志物和治疗BC的靶标。     

DRGs相关文献计量学分析

系统分析疾病诊断相关分组（Diagnosis Related Groups,DRGs）相关文献,了解DRGs的整体情况和发展趋势,为后期DRGs应用和研究提供参考。方法基于Web of Science数据库,检索该数据库截止到2018年7月18日的DRGs相关文献,利用文献计量学方法和R语言tm程序包等进行分析。结果共筛选出1 263篇文献,分别发表于492种期刊,文献数量一开始呈急剧上升趋势,在1986年达到峰值后有所回落,但从1992年开始又呈波动上升趋势,60.49%的文献作为论著（Article）发表,作者来自全世界54个国家或地区,1 263篇文献的总被引次数为16 043次,平均被引用的次数为12.70次。结论近年来DRGs的应用受到关注,研究涉及领域广泛,但研究的质量和深度尚待提高。     

利用GEO数据集分析UBE2T在肺癌中的表达及临床意义

目的 探究UBE2T基因在肺癌中的表达情况及其与肺癌的临床病理特征和预后的关系。方法 搜索NCBI的GEO数据库中的肺癌公共数据集,下载肺癌组织中的UBE2T表达数据和临床病理信息。分析UBE2T的表达与肺癌临床病理特征（年龄、T分期、N分期、M分期和病理分型）和复发、预后的关系。运用GSEA方法分析受UBE2T调控的基因。 结果 UBE2T在肺癌组织的表达水平高于正常组织的表达水平,差异有统计学意义（肺癌组织表达水平1.222±0.1214,正常组织表达水平-1.645±0.0783,P<0.05）;肺癌组织UBE2T的表达与T分期、N分期、病理分型和复发有关（P<0.05）,与性别、年龄和M分期无关（P>0.05）。UBE2T 高表达组的5年总生存率和5年无病生存率分别为32.672%和27.513%,分别低于低表达组的66.767%和62.019%,差异有统计学意义（P＜0.05）。GSEA结果显示UBE2T 高表达样本富集了MYC信号通路、DNA修复因子、有丝分裂纺锤体、G2M检查点、mTORC1复合物、E2F转录因子和有丝分裂相关的基因集。结论 UBE2T在肺癌组织中高表达,且与肺癌的多个临床病理特征有关,有潜力作为肺癌判断预后的标志物和治疗的靶向分子。