西藏小型猪MSTN基因分子克隆及序列分析

目的扩增西藏小型猪的肌肉生长抑制素(MSTN)基因编码区全长序列,并对序列进行生物信息学分析。方法提取西藏小型猪肝脏组织的RNA,反转录成为c DNA,利用RT-PCR方法扩增MSTN基因编码区全长序列,将纯化的片段与pMD19-T载体连接,转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆并测定其序列,利用生物信息学方法分析其序列特征,并与其他12种物种构建系统进化树。结果西藏小型猪MSTN基因编码区全长1128bp,编码375个氨基酸,氨基酸序列同源性分析表明,与版纳微型猪MSTN氨基酸序列相似性最高,为99%。结论 MSTN基因西藏小型猪除了与鸡和斑马鱼亲缘关系较远外,与人、犬、版纳微型猪、绵羊、山羊、牛、马、黑猩猩、大鼠、小鼠的关系都较为接近,其中与版纳微型猪的亲缘关系最为接近。     

猪带绦虫成虫凝溶胶蛋白基因的生物信息学分析

目的：分析猪带绦虫（Taenia solium）成虫凝溶胶蛋白（gelsolin,GEL）基因及编码蛋白的结构和功能。方法：利用生物信息网站美国国家生物技术信息中心（NCBI）和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPASY）中生物信息学分析工具,并结合其它分析软件,从获得的猪带绦虫成虫全长cDNA质粒文库的表达序列标签（EST）中识别凝溶胶蛋白基因,分析该基因的结构并预测其编码蛋白质的结构和功能特征。结果：猪带绦虫成虫凝溶胶蛋白基因与细粒棘球绦虫凝溶胶蛋白的一致性为88%,相似性为93%;全长1 514 bp,编码区为167~1 263 bp,编码365个氨基酸,无各种亚细胞定位序列,具有多个潜在的磷酸化位点,蛋白在溶液中性质稳定。结论：应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cDNA质粒文库中筛选出了猪带绦虫凝溶胶蛋白cDNA全长序列并预测其结构与功能。     

白纹伊蚊细胞色素P450 CYP6N3基因分子进化机制初探

为了初步探讨白纹伊蚊细胞色素P450 CYP6家族新基因分子进化机理,根据已获得的白纹伊蚊溴氰菊酯抗性株一新的细胞色素P450CYP6基因cDNA片段,设计反向引物,进行5’-cDNA末端快速扩增（rapid　amplification　of　cDNA　ends,RACE）;以正向引物进行3’-RACE。然后分别进行克隆、测序和鉴定。根据获得白纹伊蚊CYP6家族新成员全长cDNA序列,运用PC/GENE软件分析其5’-UTP区DNA序列相似性及编码区氨基酸残基相似性、构建系谱树。结果获得的3个全长序列中5’-UTP区DNA序列完全相同;编码区氨基酸残基相似性为3/497或4/497个氨基酸差异,而且此种差异均位于蛋白质功能非保守的基因区域;构建的系谱树显示CYP6N3基因与冈比亚按蚊CYP6N1-2亲缘关系最近,而与致倦库蚊的CYP6E1、CYP6F1亲缘关系较远。说明白纹伊蚊CYP6N3基因较致倦库蚊的CYP6E1、CYP6F1基因更为古老;白纹伊蚊CYP6N3各等位基因变异体是通过整个CYP6N3基因座的新近复制而产生。     

牛带绦虫成虫谷胱甘肽S-转移酶基因的生物信息学分析

目的:分析牛带绦虫成虫谷胱甘肽S-转移酶(GST)基因结构并预测其编码蛋白的结构和功能。方法:利用生物信息学网站如NCBI和ExPASY系统中的生物信息学分析工具,并结合其它分析软件,分析该基因的结构并预测其编码蛋白质的结构和功能。结果:该基因全长908 bp,编码区为135～771 bp,编码212个氨基酸,无各种亚细胞定位序列;与猪带绦虫GST的一致性为93%,相似性为96%;预测3个主要的抗原表位33～53 aa,62～68 aa,179～184 aa位于空间结构上相距较远的分子表面。结论:从牛带绦虫成虫cDNA文库中筛选出GST基因,预测为胞浆型蛋白,可能具有较好的免疫学诊断抗原应用前景。     

猪带绦虫CDC37基因及其蛋白结构特征的生物信息学分析

目的:分析和预测猪带绦虫细胞分裂周期蛋白37( Ts CDC37)基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究.方法:利用生物信息学网站所提供的有关基因和蛋白序列和结构功能分析工具,以及专业的生物信息学软件包,从猪带绦虫成虫全长cDNA质粒文库中识别CDC37基因,对猪带绦虫CDC37基因编码的蛋白质进行生物信息学分析.结果:该基因全长1 203 bp,编码400个氨基酸,为全长基因.Genebank中与日本血吸虫的cell division side 37 homolog蛋白的一致性最高,达60％.相对分子量理论预测值为46802.5 ku,预测其有6个主要的B细胞抗原表位,无亚细胞定位序列.结论:应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了猪带绦虫CDC37基因全长序列并预测得到其结构与功能方面信息.     

淡色库蚊抗药性相关基因--NYD-MLC2基因的克隆与分析

目的:获取淡色库蚊抗药性相关基因NYD-MLC2的cDNA全长序列并鉴定其在抗性品系和敏感品系中的表达差异。方法:根据抑制性差减杂交(SSH)结合cDNA芯片分离获得的淡色库蚊抗药性相关NYD-MLC2基因片段序列设计引物,采用快速扩增cDNA末端法(rapidamplificationofcDNAends,RACE)扩增NYD-MLC2基因3′、5′端,经对位拼接获得全长序列,并进行生物信息学分析;荧光定量PCR验证此基因在抗性和敏感品系的表达差异。结果:获得淡色库蚊NYD-MLC2cDNA全长序列,开放阅读框为630bp(GenBank/NCBIDQ140391),编码210个氨基酸。蛋白质序列分析显示,NYD-MLC2与冈比亚按蚊(Anophelesgambiae)一个未知功能的蛋白同源性最高,为91%;实时荧光定量PCR结果显示,NYD-MLC2在淡色库蚊溴氰菊酯抗性品系中的表达量是敏感品系的4.08倍。结论:获得淡色库蚊抗药性相关NYD-MLC2基因cDNA全长序列,并证实其在淡色库蚊溴氰菊酯抗性品系中高表达,提示NYD-MLC2与淡色库蚊溴氰菊酯抗药性相关,值得进一步研究。     

人伴侣蛋白CCTβ亚基全长cDNA的分离与鉴定

目的获得人伴侣蛋白CCTβ亚基全长cDNA序列,为进一步研究伴侣蛋白在蛋白质折叠中的功能提供理论依据.方法采用“同源杂交筛选策略”,运用生物信息学方法结合PCR等分子生物学实验技术,从人cD-NA文库中分离目的片段,并测序鉴定.结果从人的睾丸组织cDNA文库中分离出一条新的cDNA片段,将它与计算机拼接的片段整合后,获得一全长为1935bp的序列,该序列含有一个长1680bp的开放阅读框,编码535个氨基酸,并且在其3'末端有典型的PolyA加尾信号.结论基于从该cDNA推导的蛋白质与小鼠的CCTβ亚基氨基酸序列同源度性达97%,由这个新基因所编码的推导蛋白可能就是人的CCTβ亚基.     

人伴侣蛋白CCTβ亚基全长cDNA的分离与鉴定

目的 获得人伴侣蛋白CCTβ亚基全长cDNA序列,为进一步研究伴侣蛋白在蛋白质折叠中的功能提供理论依据。方法 采用“同源杂交筛选策略”,运用生物信息学方法结合PCR等分子生物实验技术,从人cD-NA文库中分离目的片段,并测序鉴定。结果 从人的睾丸组织cDNA文库中分离出一条新的cDNA片段,将它与计算机拼接的片段整合后,获得一全长为1935bp的序列,该序列含有一个长1680bp的的开放阅读框,编码535个氨基酸,并且在其3‘末端有典型的PolyA加尾信号。结论 基于从该cDNA推导的蛋白质与小鼠的CCTβ亚基氨基酸序列同源度性达97%,由这个新基因所编码的推导蛋白可能就是人的CCTβ亚基。     

亚洲带绦虫烯醇酶基因及其蛋白质的结构与功能

 【目的】 分析和预测亚洲带绦虫烯醇酶基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究?【方法】 利用美国国家生物技术信息中心和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其他生物信息学分析软件包,如Pcgene和Vector NTI suite, 从亚洲带绦虫全长cDNA质粒文库中识别烯醇酶基因及其编码区,分析?预测该基因编码的蛋白质的理化特性?翻译后的修饰位点?功能域?亚细胞定位?拓扑结构?二级结构?三维空间构象等?【结果】 该基因全长1737 bp,编码区为第205～1503 bp,编码433个氨基酸,为全长基因?GenBank中与棘口吸虫烯醇酶氨基酸序列同源性最高,达78%?相对分子量理论预测值为46653.5 Ku?没有质体?线粒体定位序列?预测编码蛋白有1个跨膜区,3个亲水性部位?与吸虫属的烯醇酶进化关系最近? 【结论】 应用生物信息方法从亚洲带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了亚洲带绦虫烯醇酶cDNA全长序列并预测得到其结构与功能方面信息?     

滇重楼环阿屯醇合酶基因的克隆及序列分析

目的 获取滇重楼甾体皂苷合成途径关键酶环阿屯醇合酶基因（PpCAS）的全长cDNA序列,并进行序列分析。方法 利用同源克隆和RT-PCR技术获得PpCAS基因保守片段,采用RACE技术获得PpCAS基因的3’及5’末端序列,并采用生物信息学方法进行序列分析。结果 PpCAS基因全长cDNA为2 309 bp,其开放阅读框（ORF）为2 283 bp,可编码760个氨基酸的蛋白质;PpCAS推导的蛋白质相对分子质量为8.69×10⁴,等电点（pI）为6.54;其氨基酸序列与GenBank中其他植物CAS的同源性在60%～83% PpCAS蛋白。结论 从滇重楼中首次获得PpCAS基因cDNA全长序列,该基因具有CAS同源基因的典型特征。