深圳市2010年HIV-1分子流行病学调查

目的了解2010年艾滋病病毒-1型（HIV-1）毒株亚型在深圳市的流行情况,为预防和控制HIV在本市的流行提供有价值的资料。方法收集2010年深圳市HIV-1确认为阳性的样本150例,应用巢式聚合酶链反应（nested-PCR）技术,对该样本膜蛋白基因（env基因）和核心蛋白（gag基因）进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果共有128份样本获得分型结果,其中CRF01_AE重组株占63.3%（81/128）,B’亚型占14.1%（18/128）,CRF07_BC重组株占13.3%（17/128）,CRF08_BC重组株占7.0%（9/128）,C亚型占0.8%（1/128）,A1亚型占1.6%（2/128）;CRF01_AE重组株以吸毒传播、异性性传播和同性性传播为主,分别占其感染人群的23.5%、45.7%和30.9%,CRF07_BC、CRF08_BC重组株以异性性传播和同性性传播为主,分别占各感染人群的41.2%、58.8%和66.7%、33.3%%,B’亚型主要分布在性传播、献/输血和母婴传播人群。本文首次在吸毒人群中发现A1亚型。结论 2010年深圳市的HIV-1是以CRF01_AE重组株、B’亚型、CRF07_BC和CRF08_BC重组株为主要流行毒株,也存在A1和C亚型;CRF01_AE重组株是各传播途径人群中的主要流行株,并且CRF01_AE重组株在各人群中所占的比例高于国内其他地区。     

深圳市528例HIV-1感染者的分子流行病学特征

目的 研究深圳市HIV-1病毒亚型、传播途径的分布特征,为艾滋病的整体防控工作提供帮助.方法 采集528例HIV-1病毒感染阳性病例的流行病学信息及标本,运用逆转录巢式聚合酶链反应方法对病毒基因进行扩增、测序,确定基因亚型,并进行统计分析.结果 528例HIV-1感染者中86.6％为性传播途径感染.528份样本中共发现CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、CRF02_ AG等4种毒株及B、B’、C、A1等4种亚型,其中以CRF01_AE、CRF07_BC、B为主要流行毒株或亚型,其构成情况为54.5％(288/528)、25.0％(132/528)、9.3％(49/528).CRF01_AE在男男同性恋感染者、异性性途径感染者、吸毒感染者的构成比分别为51.2％、59.3％、66.0％.结论 深圳市HIV-1感染者以性传播途径为主.病毒型别呈现多样性特征,性传播、吸毒感染人群中以CRF01_AE为主要流行毒株,血液途径感染人群以B亚型为主要流行毒株.     

深圳市HIV-1毒株的流行状况

目的了解深圳地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)毒株亚型及流行情况,分析其传染来源和传播规律。方法应用巢式聚合酶链反应技术,对122例在深圳市发现的HIV-1感染者外周血单个核细胞中的env基因和gag基因进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果122份样本中共存在CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC3种重组毒株以及B'、B、C3种亚型,其在所有分析样本中的比例分别为45.1%(55/122)、31.1%(38/122)、6.6%(8/122)、14.8%(18/122)、1.6%(2/122)和0.8%(1/122)。CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC、B和B'亚型间的组内离散率分别为(4.455±1.478)%、(2.997±1.345)%、(4.380±2.024)%、(5.186±2.487)%和(4.869±2.638)%,与部分国内和国际参考株01AE.TH.90.CM240、97CNGX-9F、CN.97.C54A、B.US.83.JRFL、RL42核苷酸序列间的离散率分别为(5.228±0.823)%、(3.634±1.073)%、(4.233±1.119)%、(4.950±2.564)%、(5.795±2.198)%。CRF07_BC和CRF08_BC亚型以吸毒人群为主,CRF01_AE重组亚型以性途径和吸毒人群为主,B和B'亚型主要分布在静脉吸毒、性传播和献/输血人群。结论深圳地区有3种亚型和3种重组亚型HIV-1毒株流行,CRF01_AE、CRF08_BC重组亚型和B'亚型为主要流行毒株,CRF01_AE是性传播人群中的主要流行毒株,CRF08_BC和CRF01_AE是静脉吸毒人群中的主要流行毒株。     

广东省HIV/HCV共感染者及单纯HIV感染者HIV-1基因亚型分析

目的了解广东地区HIV/HCV共感染患者和单纯HIV感染患者的感染途径及HIV-1病毒基因亚型分布特征,为艾滋病的治疗与预防提供实验室数据。方法采用巢式RT-PCR对广东地区51例HIV/HCV共感染患者和48例单纯HIV感染患者HIV-1 ENV基因c2v3区域及GAG基因p17区域进行扩增,PCR产物测序后所获得序列进行HIV-1病毒基因亚型分析。结果 HIV/HCV共感染患者主要感染途径为静脉注射毒品,约占82%,其HIV-1有4种基因亚型,不同亚型以及比例分别为CRF01_AE(54.9%)、CRF07_BC(33.3%)、CRF08_BC(4%)和B’型(7.8%),CRF01_AE亚型为经静脉注射毒品感染的HIV/HCV共感染患者的主要HIV-1基因亚型,约占54.7%;单纯HIV感染患者主要感染途径为性,约占77%,其HIV-1有5种基因亚型,不同亚型及比例分别为CRF01_AE(77.1%)、CRF07_BC(10.4%)、CRF08_BC(6.2%)、B’型(4.2%)和B型(2.1%),CRF01_AE亚型为经性途径感染的单纯HIV感染患者的主要HIV-1基因亚型,约占78.4%。结论广东省HIV/HCV共感染患者和单纯HIV感染患者中流行的HIV-1病毒基因亚型呈现多样性,尽管HIV/HCV共感染患者的主要感染途径与单纯HIV感染患者的不同,但HIV-1病毒主要基因亚型相同。     

江苏省HIV耐药警戒线的调查

目的:了解江苏省开展艾滋病抗病毒治疗以来,耐药毒株的传播情况和亚型分布?方法:通过横断面调查,采集17~25岁HIV-1感染者的全血样品,测定HIV-1pol区编码蛋白酶和逆转录酶基因的序列,提交到斯坦福大学HIV在线耐药数据库中鉴定耐药位点?用MEGA4.0软件构建进化树,分析亚型?结果:47份样品中,没有发现HIV-1的耐药株?共有CRF01_AE?B?CRF07_BC和CRF08_BC 4种亚型流行,CRF01_AE是主要流行的亚型,占59.6%,其次为B亚型,占25.5%?结论:江苏省还未发现耐药株的传播,个体治疗前尚不需要进行耐药性检测?在江苏省流行的HIV-1亚型与2006年相比,已经发生了显著变化,为掌握目前江苏省HIV-1的亚型分布,应对近2年发现的HIV感染者进行分子流行病学研究?     

HIV-1感染者不同人群的亚型分析

目的 研究河北省2008年新确认的HIV-1感染者不同人群的亚型分布情况.方法 选取2008年新确认的HIV-1感染者,利用分子生物学方法进行分型后,对不同人群的亚型分布情况进行分析, 探讨不同HIV-1感染者人群的亚型分布比例有无差异.结果 在58例已确定亚型的HIV-1感染者中,来源于性传播、吸毒、血液和不详4种不同的人群,包含了B、CRF01_AE、CRF07-BC、CRF08-BC和C 5种亚型.在这4种人群中,性传播途径的人群以B亚型(42.1%)和CRF01_AE(34 2%)为主,但是5种亚型的毒株均存在;血液传播途径中,均为B亚型;在吸毒人群中,均为CRF07_BC亚型;不详人群中亚型相对较复杂,包含了C亚型除外4种亚型.结论 河北省HIV感染者亚型的分布具有明显的人群特点.     

无偿献血人群中HIV-1感染者env基因序列特征研究

目的 分析我国无偿献血人群艾滋病病毒I型（HIV-1）感染者病毒亚型及env基因C2-V4区序列特征。方法 针对我国13个省市献血人群筛选的115例HIV-1阳性标本,扩增HIV-1的env基因C2-V4区片段并测序;构建最大似然树（Maximum Likelihood）分析不同亚型env基因序列的进化关系;分析该基因区序列变异以及2G12、PGT135、PGT128中和表位特征。结果 从115例HIV阳性标本中成功扩增C2-V4区76份,经测序分析发现HIV-1基因亚型7种,其中,亚型CRF01_AE和CRF07_BC所占比例最高,分别占46.0%（35/76）和39.5%（30/76）,其他亚型CRF08_BC、B、CRF65_CPX、CRF59_01B、CRF61_BC所占比例分别为5.3%（4/76）、5.3%（4/76）、1.3% （1/76）、1.3% （1/76）、1.3% （1/76）。V3环顶端四肽存在GPGQ、GPGR、GPGK、GQGR四种类型,辅助受体以CCR5（90.8%）为主。97.1%的CRF01_AE毒株分别缺失2G12和PGT135抗体识别的相关糖基化位点,而CRF07_BC毒株100%缺失2G12抗体识别相关的糖基化位点,80%毒株未缺失PGT135抗体识别相关的糖基化位点。结论 我国献血人群HIV-1感染者以CRF01_AE和CRF07_BC为主要流行毒株;各毒株亚型V3顶端四肽以GPGQ变异型为主,且主要使用CCR5为辅助受体;2G12、PGT135及PGT128中和抗体表位呈现不同程度的变异。该研究为进一步开展针对献血人群的艾滋病预防与控制提供了参考数据。     

Gene analysis of HIV-1 gag gene in blood donors in Guangzhou.

目的 了解广州地区献血人群中人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)亚型的流行规律及其与国际参考株的同源性.方法 从32例经疾控中心用蛋白印迹法确认为HIV-1阳性的无偿献血者的血浆中提取核酸,用RT-PCR进行gag基因扩增,并对扩增产物进行测序和序列分析.结果 32例标本中有3种HIV-1亚型:14例(43.8%)为CRF01_AE重组亚型,其中12例与国际标准株01_AE.CN.2005.05GX156最接近,平均基因距离为0.043 54;2例与国际标准株01_AE.VN.1998.98VNBG6最接近,平均基因距离为0.056 00;13例(40.6%)为CRF07_BC重组亚型,与国际标准株07_BC.CN.2007.07CNBJ550最接近,平均基因距离为0.026 69;5例(15.6%)为01B型,与国际标准株01B.CN.2008.08CYM003最接近,平均基因距离为0.060 42.结论 广州地区献血人群中HIV-1亚型以CRF01_AE和CRF07_BC为主.     

我国口岸出入境人员HIV-1基因亚型分析

目的研究我国口岸检出的人类免疫缺陷病毒I型（HIV-1）感染者的HIV-1 gag区基因序列特征，了解亚型种类，为艾滋病的监控和防制提供科学依据。方法从HIV阳性的出入境人员血浆中提取病毒核酸，之后采用RT-PCR法扩增gag区基因，对该段序列进行测定分析。结果2004～2006年确认的39例HIV阳性标本，根据gag区基因序列系统树分析显示，共有8种亚型，其中12例C亚型，9例CRF01_AE重组，6例CRF07_BC重组，5例CRF08_BC重组，4例B亚型，1例B’亚型，1例CRF02_AG重组和1例A1亚型。结论北京口岸检出的HIV-1亚型种类较为复杂，研究口岸艾滋病病毒的变异特点和传播来源对于我国艾滋病的防治具有重要作用。     

辽宁省99例人类免疫缺陷病毒1感染者gag-pol区基因序列分析

目的 研究辽宁省人类免疫缺陷病毒／艾滋病（HIV／AIDS）患者gag-pol区的基因序列特征。方法采集辽宁省99例HIV-1感染者外周静脉血,提取前病毒DNA,经巢式PCR方法扩增gag—pol区2．6kb片段,与HIVS序列数据库中亚型参考序列共同构建系统进化树以区分亚型,并计算gag—pol区不同编码区域的基因离散率和Ks／Ka比值。结果 在辽宁省99例HIV-1感染者中发现A、B’、B、C、G5种亚型,循环重组型CRF01_AE、CRF03_AB、CRF06_cpx、CRF07_BC、CRF08_BC5种循环重组型和循环重组型间的重组ICR07／08。以B’亚型最多见,其次为CRF01_AE。在gag—pol区内,p17区、p2-p6区基因离散率高于p24区、蛋白酶及逆转录酶编码区。但B亚型p24区基因离散率处于较高水平。CRF07_BC和CRF08_BC在gag-pol各区基因离散率及同义替换、错义替换普遍处于较低水平。各亚型毒株的p2-p6区的Ks／Ka值最低,其均值〈1,而CRF01_AE毒株RT区的Ks／Ka值高达10．45。结论 辽宁省流行的HIV-1 gag—pol区亚型十分复杂。p24、蛋白酶及逆转录酶编码区是更为保守的区域。B亚型毒株的p24区承受较大的正向选择压力,CRF01_AE毒株RT区承受了较大的负向选择压力。CRF07_BC和CRF08_BC传入辽宁省的时间较短,奠基者效应明显。     

人类免疫缺陷病毒1型在垂直传播的个体间病毒基因型和准种的差异性的实验研究

目的通过对人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus-1,HIV-1)在垂直传播的个体间病毒基因型和准种的差异性研究揭示HIV-1在垂直传播过程中的变异规律.方法提取HIV-1感染母亲及其子女共4例的血浆中总RNA,通过逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)获得HIV-1包膜蛋白(env)基因的C2-V5区域片段,纯化后装入T载体,转化至Top10大肠埃希菌内增殖,通过蓝白筛选获得阳性克隆,阳性克隆为模板行PCR,产物进行构象敏感性凝胶电泳(conformation sensitive gel electrophoresis,CSGE)分析,挑选优势准种和劣势准种测序.结果第1对母亲准种复杂性较其子女低,母子之间各准种的核苷酸序列高度同源,均为C亚型;第2对母亲准种复杂性较其子女高,母子之间各准种的核苷酸序列高度同源,母子均为AE亚型.结论HIV-1在垂直传播过程中亚型不发生变化,病毒准种在传播过程中可能具有选择性,进入新宿主后因环境变化而被重新筛选,二者可能共同导致优势/劣势准种的变化.此外,母婴之间准种的复杂性与其宿主的免疫状态有关.     

1997～2002年山东省HIV-1流行株env基因序列测定和亚型分析

①目的对1997～2002年间山东地区HIV-1各亚型分离株进行基因分型，了解各亚型的分布及其与传播途径的相互关系。②方法采集1997～2002年间山东省38例HIV-1感染者的抗凝全血标本，用巢式PCR技术扩增外周血单个核细胞中HIV-1前病毒env基因C2～V3区，并对C2～V3区的核苷酸序列进行测定和分析。⑧结果山东省38例HIV-1分离株中存在亚型和重组毒株4种（A、B、C、A／E）。其中A亚型5株，B亚型22株（其中包括泰国B亚型11株），C亚型10株，A／E重组毒株1株。各亚型内的离散率有差异，A、B、c亚型内基因离散率分别为1．5％、8．6％和1．9％。在性乱人群和静脉吸毒人群中以A亚型和C亚型为主；在职业献血和不安全血制品使用者中以B亚型为主。④结论1997～2002年间山东省HIV-1流行特点为A、B、c亚型共存，伴有重组毒株；传播途径复杂，基因变异较大，B亚型仍然为主要流行株。     

伊宁市19例HIV-1感染者gag基因序列分型研究

目的：通过扩增伊宁市维吾尔族HIV-1感染者gag基因片段,确定该民族HIV-1感染者流行株的基因亚型。方法：抽提20例新疆伊宁市HIV-1感染者的血浆标本的RNA,用巢式PCR扩增gag基因片段。将所得到的序列与国际标准株进行比较,确定被检标本的亚型。结果：在20例HIV感染者的血浆标本中,共成功扩增19例gag基因片段,扩增率为95％。经BLAST初步判断和构建进化树并与国际标准株比对确认,19例感染者感染的HIV毒株序列中,发现18例为CRF07_BC亚型,1例为C亚型。19例毒株之间的平均基因距离为0．043±0．003,与3例CKF07_BC亚型国际参考株之间的平均基因距离在0．034±0．004-0．039±0．005之间。结论：新疆伊宁市HIV-1感染者以CRF07_BC亚型为主要流行株。19例序列相互之间以及与3株不同来源的国际参考毒株之间表现出高度的同源性。     

深圳国际旅行人员HIV-1基因型分析

目的监测深圳口岸国际旅行人员中HIV感染者HIV-1亚型的流行状况。方法从69份HIV-1抗体阳性血浆中提取病毒总RNA,通过逆转录和巢式PCR技术扩增HIV—1 gag和p02基因,再对PCR产物进行核苷酸序列测定,并对所获得的序列进行分析来确定基因亚型。结果69份样品中共发现9种HIV-1亚型和重组亚型,其中CRF01-AE重组亚型28份,B亚型21份,CRF02_AG重组亚型4份,C亚型4份,G亚型3份,CRF07_BC重组亚型3份,CRF08_BC重组亚型3份,A1亚型2份,D亚型1份。这些不同亚型的感染者来自包括中国在内的19个不同国家。结论深圳国际旅行人员中HIV-1亚型和重组亚型种类复杂多样,监测国际旅行人员中HIV感染者基因型分布情况,对及时发现新型毒株,预防和控制艾滋病十分重要。     

桂林市经性传播的HIV-1的流行特征和亚型分析

目的：了解桂林市2008年及以后确诊的经性传播的人类免疫缺陷病毒1型( HIV-1)感染者的流行病学及亚型的分布情况。方法选取样本100例,收集流行病学资料,采集抗凝全血,提取病毒RNA,RT-PCR法行gag基因扩增,对产物进行测序和分析。结果100例样本中男女比例为2．125∶1;青壮年年龄组(20~49岁)患者为54%,>50岁年龄组患者为45%;职业为农民的患者为40%,学生为6%;初中及以下文化水平患者占69%;经异性和同性性接触途径传播的分别为93%、7%。100例样本最终成功扩增得到61例样本的 gag 基因序列, CRF01-AE 重组亚型48例, CRF07-BC重组亚型8例,B亚型5例。结论应更加重视婚检、孕检的艾滋病抗体筛查;关注老年人群经性接触途径感染艾滋病的现象;采取针对低素质人群的有效防治措施;随着主要传播途径和主要亚型的变化,迫切需要对高危人群进行宣传教育和行为干预以阻断HIV/AIDS的流行和传播。     

罗氏HIV-1定量检测引物SK145和SKCC1B的评估及优化

目的：评估罗氏HIV-1检测系统中引物SK145和SKCC1B对不同亚型HIV-1病毒定量检测的广谱性及准确性,并在此基础上对该引物进行优化。方法：下载并分析5个主要HIV-1流行亚型（B、C、A、01_AE、D）在引物SK145和SKCC1B扩增区段的对应序列,从各亚型筛选出所占比例最高的5条序列构建定蛙标准品。用梯度稀释的HIV-1各亚型标准品来评估引物SK145和SKCC1B的扩增效率。为改善引物SK145和SKCC1B对HIV-1不同亚型扩增的准确性和广谱性,我们重新设计了一对简并引物并分析其对不同亚型病毒的扩增效果。结果：引物SK145、SKCC1B对于B亚型病毒的扩增效果最好,而对非B亚型病毒的扩增效果并不理想,简并引物能显著改善对各亚型HIV—1病毒扩增的效果。结论：岁氏引物SK145和SKCCIB不适用于非B亚型HIV-1病毒载量的定量检测,而优化设计的简并引物能改善对各亚型H1V-1病毒的扩增效率,因而可用于中国等HIV-1多亚型共流行国家的HIV-1病毒载量检测。     

深圳地区120株HIV-1膜区和结构蛋白区基因变异分析

目的研究深圳地区HIV-1病毒株在膜区和结构蛋白区基因变异情况,比较不同亚型毒株之间基因离散率的差异。方法收集HIV-1感染者新鲜血浆,提取血浆中HIV-1病毒株RNA,RT-PCR套式扩增env区和gag区基因,基因测序后进行序列比对和分析,构建基因进化树,计算基因离散率。结果各亚型毒株在env区相互之间基因离散率最大的是B亚型和07-BC亚型,最小的是07-BC亚型和08-BC亚型;各亚型毒株在gag区相互之间基因离散率最大的是01_AE亚型和07-BC亚型,最小的是07-BC亚型和C亚型。结论 07-BC、08-BC及C亚型在两个基因片段上基因距离均最近,说明这三个亚型可能有共同的起源。     

Genomic Diversity of Human Immunodeficiency Viruses

Background

Globally circulating strains of human immunodeficiency virus type one (HIV-1) exhibit an extraordinary degree of genetic diversity. Sequences derived from HIV-1 strains have historically been classified on the basis of their phylogenetic relationships. The viruses have been classified into groups, subtypes or clades and circulating recombinant forms (CRFs). Groups were originally named M for main, O for outlier and N for Non-M-Non-O. The identification of subtypes and CRFs provides a means of tracking the dissemination of the pandemic.

Methods

Various methods to study the molecular epidemiology of HIV-1 are virus isolation, cloning, DNA sequencing, restricted fragment length polymorphism of the molecularly cloned and amplified genome (PCR-RFLP), RNase mismatch cleavage analyses of RNA, RNA heteroduplexes derived from culture amplified virus, primer mismatch sensitive PCR to identify specific mutations, single strand conformational polymorphism (SSCP) to localize mutations arising over short regions of env gene, denaturing gradient gel electrophoresis and serological assays based on V3 peptide. Except for PCR-RFLP and denaturing gradient gel electrophoresis, these techniques do not easily allow simultaneous analyses of multiple sequence variants and include the laborious and selective process of virus co-cultivation or molecular cloning prior to analyses. The extensive DNA sequence analyses remain the gold standard for epidemiological investigations.

Conclusions

Both HIV-1 and HIV-2 are present in India. The Indian strains of HIV1 also show diverse subtypes with HIV1 subtype C predominance. Tracking the genetic diversity has implications towards understanding the evolution of the epidemic, immunopathogenesis, natural course of infection, response to therapy and most importantly vaccine design.Key Words: Genetic diversity, Human immunodeficiency virus type one (HIV-1), Subtypes