1例阿萨姆类芽胞杆菌感染病例调查分析

目的对贵州省黔西南州兴义市患者关节液中分离的疑似土拉弗朗西斯菌（土拉菌）进行鉴定。方法将患者关节液中分离的1株革兰阴性菌（经全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测，此菌株为土拉菌），接种到土拉菌选择性培养基上进行初步筛选。 对新鲜培养的菌株进行土拉菌特异抗原乳胶凝集检测；并用16S rRNA的两对引物27f和1492r、8-27f和1500r对菌株进行菌种鉴定。 采集患者血清，分别采用玻片法和试管法进行土拉菌特异抗体乳胶凝集检测。结果该菌在土拉菌选择性培养基上不生长。 土拉菌特异抗原乳胶凝集检测为阴性，采用玻片法和试管法进行土拉菌特异抗体乳胶凝集检测，均为阴性。 用两对引物扩增分别得到1 379 nt和1 429 nt的片段，经测序和比对分析，该菌株与阿萨姆类芽胞杆菌GPTSA 11的16S rRNA基因具有高度一致性，覆盖率为100%，E值为0。 两个片段均含有类芽胞杆菌属特有的保守信号序列PAEN 515F和PAEN 862F。结论该病例排除土拉菌感染，为阿萨姆类芽胞杆菌引起感染，是首例阿萨姆类芽胞杆菌感染的临床病例。     

粪便样本中志贺菌分离培养方法的优化

  目的  优化从腹泻患者粪便标本中分离培养志贺菌的方法。  方法  使用EC肉汤和志贺菌增菌液对129份粪便样本进行增菌培养,采用普通PCR方法检测ipaH基因,使用木糖赖氨酸去氧胆酸钠琼脂（XLD）培养基、麦康凯琼脂（MAC）以及沙门志贺菌培养基（SS）等选择性培养基分离培养志贺菌。 使用志贺菌参考菌株,进行模拟增菌培养,利用荧光定量PCR方法分析不同增菌液的增菌效果。  结果  利用志贺菌增菌液在厌氧条件下增菌后的样本,ipaH基因阳性率（55.81% vs. 38.76%,P<0.01）和菌株分离率（26.36% vs. 37.21%,P>0.05）均高于EC肉汤。 除了XLD培养基,使用MAC以及SS等选择性培养基,能够提高菌株分离率。 福氏志贺菌在厌氧条件下增菌,能提高菌的含量（Ct值降低）,但对宋内志贺菌的影响不明显。  结论  对腹泻患者粪便样本进行选择性增菌,结合分子生物学方法,使用2～3种不同选择性培养基进行分离培养,可能是提高志贺菌分离率的有效方法。     

银色棒状杆菌健康携带株耐药性及毒力基因分析

  目的  首次从健康人呼吸道分离到银色棒状杆菌,可进一步探究这一细菌的耐药性和致病性获得此种细菌更加全面的信息。  方法  采用生化鉴定和16S rRNA全长基因序列分析法对2020年大学生健康体检中采集的咽拭子样本进行银色棒状杆菌的分离鉴定,同时对鉴定菌株进行抗生素耐药性测定、基因组测序和耐药基因、毒力基因分析。  结果  从717份健康大学生咽拭子分离到5株银色棒状杆菌。 药敏结果表明这5株菌均对青霉素、莫西沙星、庆大霉素耐药;4株菌对环丙沙星、克林霉素耐药,存在多重耐药情况。 基因组序列分析发现,对克林霉素耐药的菌株均含有耐药基因erm(X),分离菌株携带有Sigma A、GroEL(Hsp60)/Cpn60.2、Nucleoside diphosphate kinase（NDK）、EF-Tu、 MprA/B、 DtxR以及Irp6和 HmuTUV等毒力因子,致病性分析结果表明5株银色棒状杆菌均携带glyA1、mihF、CarD等10个与结核分枝杆菌的毒力密切相关的基因。  结论  首次从健康人咽部分离到银色棒状杆菌,其携带耐药及毒力基因。     

一例Y群ST-23克隆群脑膜炎球菌肺炎病例报告

  目的   了解广东省广州市1例脑膜炎奈瑟菌引起的肺炎病例的流行病学、病原学以及临床特征。  方法   收集病例的临床诊疗经过及流行病学调查资料,对医院分离的菌株进行生化鉴定、乳胶凝集、血清分群、PCR分型、全基因组测序及体外药敏试验,确定脑膜炎奈瑟菌的分群及基因型。  结果   患者临床症状为咽痛、发热、气促、精神疲倦等,无头痛、恶心、意识障碍,无脑膜炎刺激征,全身未见出血点、皮疹。 胸部计算机体层摄影术显示肺部感染。 从病例血培养中分离到的菌株经鉴定为Y群脑膜炎奈瑟菌, 基因组测序显示其序列型为ST-1655（属于ST-23克隆群）。 该菌株对青霉素、头孢噻肟、头孢曲松等10种抗生素敏感。  结论   该病例是广州市首例Y群脑膜炎奈瑟菌引起的肺炎病例,基因分型与广东省分离到的境外流行株一致,应警惕ST-23克隆群的潜在危害,同时应加强对其他脑膜炎球菌性疾病的监测工作。     

斯氏弓形杆菌基于基因组序列遗传特征分析

  目的  获得斯氏弓形杆菌的遗传特征,并对其耐药基因及毒力相关基因进行预测分析。  方法  对本实验室分离培养的8株斯氏弓形杆菌进行基因组测序并从NCBI和PATRIC数据库中下载全部已完成基因组测序的15株斯氏弓形杆菌的全基因组序列,应用生物信息学软件对23株不同地域、不同宿主来源的斯氏弓形杆菌进行遗传特征分析。  结果  23株斯氏弓形杆菌中仅3株菌携带耐药基因,且均为β-内酰胺类抗生素耐药基因。 所有菌株均含有与免疫逃避、侵袭及运动等相关的毒力基因。 与其他菌种弓形杆菌常见的10种毒力基因比对分析发现,本研究中所有斯氏弓形杆菌菌株均含有ciaB、tlyA、cj1349、pldA和mviN基因,2株菌（CNAS12-1和F28）含有iroE基因,均不携带另外4种毒力基因。 21.7%（5/23）的菌株包含Ⅵ型分泌系统（T6SS）基因簇,且其与弯曲菌属内的T6SS存在基因组成及排列的差异。  结论  斯氏弓形杆菌有较高的遗传多样性,部分菌株可能有潜在的耐药和致病特征。     

基于16S rRNA和gyrB基因的施万菌种水平鉴定分析

  目的   构建基于16S rRNA和gyrB基因对施万菌(Shewanella)进行种水平鉴定的方法,比较2个基因的鉴定能力差异。   方法   利用DnaSP 6.0软件对施万菌16S rRNA 和gyrB 基因的信息位点数及其百分比、核苷酸多态性值、平均G＋C含量、非同义突变率与同义突变率的比值（Ka/Ks）、Tajima检验进行基因多态性分析。 用MEGA 6.06软件的邻接距离矩阵法对90株测试菌株和54株模式菌株构建16S rRNA 和gyrB 基因的进化树。 用MEGA 6.06软件的Kimura’s 2-parameter模型,确定90株测试菌株的菌种后,计算16S rRNA 和gyrB 基因的遗传距离和序列相似性。 比较两者对施万菌种水平鉴定能力差异。   结果   16S rRNA和gyrB基因序列相似性平均值分别为95.0%、80.8%。 在16S rRNA基因进化树中,S. marinintestina和S. sairae、S. livingstonensis和S. vesiculosa的进化分支几乎完全相同,gyrB基因则能在种水平将所有菌株区分开。 16S rRNA基因的种内和种间相似性范围小。   结论   与16S rRNA基因相比,gyrB基因能够更准确的用于施万菌的种水平鉴定。     

2016-2019年江苏省南京市人感染副溶血弧菌分子特征分析

  目的  了解江苏省南京市副溶血弧菌临床分离株的分子特征,为其防控提供参考。  方法  收集2016—2019年从腹泻和食物中毒患者分离的副溶血弧菌临床分离株并进行血清型分型,运用聚合酶链式反应（PCR）方法检测菌株的tlh、tdh、trh、toxRS/new、ORF8五种毒力基因,采用多位点序列分型（MLST）对菌株进行分子分型分析。  结果  2016—2019年共收集93株临床分离株,菌株优势血清型为O3∶K6（65/93,69.9%）,均携带tlh基因,73株属于tdh+trh- toxRS/new+的大流行菌群,非大流行菌群菌株中有5株为tdh-trh-非致病株。 共检出13个ST型,以ST3为主（68/93,73.1%）。  结论  南京地区副溶血弧菌以O3∶K6、ST3型大流行菌群菌株为主,非大流行菌群、非致病株并存。     

2019－2020年浙江省湖州市副溶血弧菌临床分离株特征分析

  目的  了解2019—2020年浙江省湖州市腹泻患者副溶血弧菌分离株的特征。  方法  对2019—2020年分离自腹泻患者的109株副溶血弧菌进行血清学分型,采用荧光PCR方法检测其毒力基因,采用微量肉汤稀释法检测其耐药性,并利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对其进行分子分型。  结果  109株分离株的优势血清型为O3∶K6（72株）。 所有分离株均携带tlh基因,仅2株菌携带trh基因。 108株菌产生72种PFGE带型,不同带型的相似系数为19.10%～100%。 分离株对磺胺甲恶唑的耐药率最高（63.30%）,其次为氨苄西林（49.54%）。  结论  加强腹泻患者副溶血弧菌分离株的持续监测有助于开展副溶血弧菌引起的食源性疾病的风险评估,为其引起的肠道疾病防控及临床治疗用药提供参考。     

山西省一起家庭聚集性百日咳病例的实验室诊断

  目的   分析山西省一起百日咳家庭聚集性病例的实验室诊断情况,总结百日咳鲍特菌的病原学及流行病学特点。  方法   对疑似百日咳病例进行病例资料收集,采集病例（患儿）及其密切接触者（母亲）的鼻咽拭子样本进行百日咳鲍特菌分离鉴定及核酸检测,并对菌株进行基因测序分析。  结果   患儿及其母亲鼻咽拭子样本百日咳鲍特菌培养均为阳性,患儿鼻咽拭子核酸检测阴性,母亲鼻咽拭子核酸检测阳性。 菌株基因测序结果显示,多位点序列分型均为ST-2型,属于ST-2 克隆群,与美国国立生物技术信息中心数据库中890株百日咳鲍特菌基因组进行聚类分析,发现与25 株百日咳鲍特菌遗传进化关系较近。  结论   对该起百日咳家庭聚集性病例进行实验室检测确诊,提供了准确的病原学信息,为百日咳的诊断及疫情监测提供参考。     

早孕宫颈拭子166株表皮葡萄球菌耐药性与SCCmec分型

  目的   了解2015－2017年从北京市朝阳区早孕宫颈拭子中分离的166株表皮葡萄球菌耐药性与耐药基因携带情况以及葡萄球菌染色体mec盒（SCCmec）型别,为合理用药及预防感染提供依据。  方法  回顾性分析2015－2017年从北京市朝阳区早孕宫颈拭子中分离的166株表皮葡萄球菌耐药情况,分别采用K-B法对头孢西丁,微量肉汤稀释法对其他11种抗菌药物进行药敏试验,采用聚合酶链式反应（PCR）对红霉素类、喹诺酮类、磺胺类、氨基糖苷类、大环内酯类、四环素类耐药基因和SCCmec的基因型和亚型进行检测,使用SPSS 22.0软件,用χ2检验对表皮葡萄球菌耐药率和耐药基因携带情况进行统计分析。  结果  166株表皮葡萄球菌药敏试验结果对万古霉素100.00% 敏感、对达托霉素93.37% 敏感,对青霉素、苯唑西林、红霉素的耐药率在90%以上,对其他抗菌药物均有不同程度的耐药;多重耐药比例为72.89%;mecA基因携带率45.78%;耐药基因携带率以norA1（100.00%）和norA2（95.78%）较高,其次为msrA（71.08%）;76株mecA阳性表皮葡萄球菌中,以SCCmecⅢ型（40.79%）为主,其次为SCCmecⅤ型（22.37%）。  结论  健康人群早孕宫颈拭子表皮葡萄球菌的携带率超过50%,耐甲氧西林的表皮葡萄球菌菌株比例达24.70%,有必要回溯往期孕期妇女宫颈分泌物携带菌株分型及耐药情况,对多重耐药菌株需长期加大抗生素监管,以减少耐药菌株产生,降低新生儿败血症感染风险。     

肠球菌菌种鉴定方法的探索

目的 选择一种能将肠球菌属鉴定到种水平的快速准确的方法.方法 分别使用生化鉴定方法、16SrRNA基因测序技术、rpoA基因测序技术、基因组杂交技术(DNA-DNA hybridization,DDH)和平均核苷酸相似度(Average nucleotide identity,ANI)对12株肠球菌进行种水平鉴定,并比...     

基于基因组序列的3种沙门菌分子血清分型方法比较研究

目的 比较3种沙门菌分子血清分型方法,获得一种准确度较高的方法用来替代传统的血清凝集技术用于沙门菌血清型判定.方法 对覆盖50个血清型的509株沙门菌提取核酸进行全基因组测序,根据全基因组序列分别利用多位点序列分型(MLST)、SalmonSeroPredicition 以及 SISTR(Salmonella in s...     

云南省思茅地区啮齿动物多杀巴斯德菌分离株毒力测定

目的 对2016年云南省思茅区大面积野鼠死亡事件中分离的多杀巴斯德菌的毒力进行测定.方法 选取在死亡野鼠中分离并经分子鉴定为血清型A型和F型的2株多杀巴斯德菌,采用常规的动物接种试验对2株菌及其混合菌(1∶1)接种Balb/C小鼠,计算各组的半数致死量(LD50).结果 A血清型和F血清型多杀巴斯德菌株及其混合菌株对B...     

dapb1基因对诺卡菌系统分类和物种鉴定方法的建立与评价

目的 评价dapb1基因对诺卡菌属系统分类和物种鉴定的能力.方法 从公共数据库中获得230株菌株(198株诺卡菌属菌株和32株非诺卡菌属菌株)基因组序列,从198株诺卡菌(90株模式菌株、31株标准菌株和77株临床菌株)基因组中提取dapb1基因,采用clustalo进行多序列比对,并用iqtree构建系统发育树.计算...     

2018－2020年上海市B/Victoria系流感病毒的流行特征及基因特性分析

  目的  分析2018 — 2020年上海市分离的B/Victoria系流感毒株与疫苗株的匹配性及基因变异情况。  方法  利用血凝抑制实验,对142株B/Victoria系流感毒株进行了抗原性分析,并选取了63株开展了血凝素（HA）及神经氨酸酶（NA）基因序列分析。  结果  2018 — 2020年上海市流行的B/Victoria系流感毒株主要属于V1A.3分支,少数属于V1A.1分支及未缺失的V1A分支;抗原性分析显示,26.76%的流行株是疫苗株B/Colorado/06/2017鸡胚株的低反应株,与疫苗株相比,V1A.3分支流行株在HA蛋白的120环、150环、160环及190螺旋等关键的抗原决定簇及受体结合关键部位发生了5个氨基酸位点改变。  结论  2018 — 2020监测年度B/Victoria系流行株与世界卫生组织推荐的疫苗株组分B/Colorado/06/2017匹配性不佳,仍需密切监测流行株的谱系及变异情况,为疫苗株的筛选提供可靠的数据。     

2008－2018年北京市人源鼠伤寒沙门菌的耐药与分子分型研究

  目的  分析2008—2018年北京市人源鼠伤寒沙门菌的耐药特征及分子分型特征。  方法  基于肠道病原监测平台收集的分离于2008—2018年的109株人源鼠伤寒沙门菌,采用生化检测试剂条和血清凝集试验进行菌株复核,采用微量肉汤法进行药敏试验,通过聚合酶链式反应方法检测β-内酰胺类、喹诺酮类和大环内酯类药物相关耐药基因,并通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型分析。  结果  北京市鼠伤寒沙门菌对传统抗生素普遍耐药,多重耐药率达52.29%,对临床一线推荐药物环丙沙星、头孢类药物和阿奇霉素的耐药率分别为21.10%,17.43%和1.83%。 还发现了对头孢类药物和环丙沙星共同耐药以及对头孢类药物和阿奇霉素共同耐药的菌株。 耐药基因检测结果显示,耐头孢类药物菌株中,最常见的超广谱β-内酰胺酶基因是bla_TEM-1,其次是bla_CTX-M-14,同时也首次于鼠伤寒沙门菌中发现了bla_OXA-29基因的携带。 环丙沙星耐药主要与gyrA、parC和parE基因的点突变有关。 耐阿奇霉素菌株中未检测出相关耐药基因。PFGE分子分型结果显示,109株菌可分为67个带型,存在包含13株菌的优势带型。  结论  北京市人源鼠伤寒沙门菌耐药形势严峻,PFGE图谱呈多态性分布,相同PFGE带型菌株间具有更相似的耐药谱,需进一步加强肠道病原菌的耐药监测以有效控制耐药性的传播扩散。     

一株mcr-1阳性韦太夫雷登沙门菌的鉴定和药物敏感性特征分析

  目的  鉴定1 株 mcr-1 阳性韦太夫雷登沙门菌并对其耐药特征及机制进行分析。  方法  基于肠道病原监测平台收集的分离于2015年的沙门菌株使用生化检测试验和血清凝集试验进行病原体鉴定和血清型分型,并用聚合酶链式反应方法检测mcr-1基因;使用微量肉汤稀释法进行药敏试验;使用质粒图谱和Southern-blot试验对菌株耐药基因mcr-1进行定位;用质粒接合转移试验验证mcr-1质粒的水平转移能力;提取细菌的质粒进行质粒测序,并对质粒序列进行注释分析及图谱的绘制。  结果  鉴定出1株mcr-1阳性的韦太夫雷登沙门菌,该菌株对多粘菌素耐药。 质粒图谱和Southern-blot结果显示mcr-1基因定位在约30 kb质粒上,质粒接合转移实验结果显示该质粒可以在肠道菌株之间水平转移。 质粒测序分析结果表明携带mcr-1基因的质粒pS68大小为32914 bp,类型为IncX4,该质粒同时携带有5个毒力基因。  结论  加强食源性病原菌监测和mcr-1耐药基因转移的分子流行病学研究,为更好的遏制耐药菌株的流行扩散提供坚实的基础。