一例Y群ST-23克隆群脑膜炎球菌肺炎病例报告

  目的   了解广东省广州市1例脑膜炎奈瑟菌引起的肺炎病例的流行病学、病原学以及临床特征。  方法   收集病例的临床诊疗经过及流行病学调查资料,对医院分离的菌株进行生化鉴定、乳胶凝集、血清分群、PCR分型、全基因组测序及体外药敏试验,确定脑膜炎奈瑟菌的分群及基因型。  结果   患者临床症状为咽痛、发热、气促、精神疲倦等,无头痛、恶心、意识障碍,无脑膜炎刺激征,全身未见出血点、皮疹。 胸部计算机体层摄影术显示肺部感染。 从病例血培养中分离到的菌株经鉴定为Y群脑膜炎奈瑟菌, 基因组测序显示其序列型为ST-1655（属于ST-23克隆群）。 该菌株对青霉素、头孢噻肟、头孢曲松等10种抗生素敏感。  结论   该病例是广州市首例Y群脑膜炎奈瑟菌引起的肺炎病例,基因分型与广东省分离到的境外流行株一致,应警惕ST-23克隆群的潜在危害,同时应加强对其他脑膜炎球菌性疾病的监测工作。     

我国重庆市1例尼泊尔输入Delta变异株新型冠状病毒肺炎病例的流行病学调查

  目的  分析我国重庆市1例尼泊尔输入新型冠状病毒肺炎（COVID-19）病例的流行病学特征,为制定境外输入防控策略提供参考。   方法  对病例和密切接触者开展现场流行病学调查,采集咽拭子、鼻咽拭子等呼吸道标本,采用实时荧光RT-PCR方法检测新型冠状病毒（SARS-CoV-2）核酸,开展SARS-CoV-2全基因组测序,采用化学发光法检测SARS-CoV-2特异性IgM和IgG抗体。   结果  该病例为COVID-19普通型,尼泊尔输入,病例回国前72 h内2次SARS-CoV-2核酸检测和2次IgM抗体检测均为阴性,回国入境在机场海关上述检测均为阴性,集中隔离第5天SARS-CoV-2核酸检测阳性,基因测序为B.1.617.2进化分支,为Delta变异株,与近期印度流行的SARS-CoV-2变异株属同一进化分支。 病例入院后第1天IgM抗体阴性、IgG抗体阳性。  结论  Delta变异株传播快,外防输入不能松懈,国家及地区应分级精准防控。 在入境、转运、集中隔离等闭环管理环节做好个人防护,集中隔离要做好院感防护、医学观察及病毒核酸及抗体检测,疫苗需及时完成全程接种,同时针对入境人员选择采集鼻咽拭子标本。     

我国首例感染Y群脑膜炎奈瑟菌CC23病例的实验室分析

目的对广东省首例Y群流行性脑脊髓膜炎病例及其密切接触者进行病原学及分子分型分析。方法对分离自患者及171例密切接触者咽拭子的菌株,进行生化、血清鉴定、荧光聚合酶链式反应（PCR）及多位点序列分型（MLST）检测。结果生化、血清鉴定以及PCR检测结果均显示,该分离自患者的菌株为Y群脑膜炎奈瑟菌（Nm）菌株,MLST结果分析其属于ST-23克隆群（CC23）,从171份密切接触者咽拭子中分离到1株Y群Nm,4株B群Nm。 Y群Nm属于CC23,4株B群Nm中1株为ST-11110型,无克隆群归类,2株可能属于ST-4821克隆群,1株为ST-5664,属于ST-4821克隆群。结论该病例为广东省首例Y群流脑病例,也是我国首例由Y群CC23引起的流脑病例,提示今后需进一步加强Y群流脑的病原学监测。     

2014－2021年北京市麻疹风疹实验室网络运转情况分析

  目的  分析2014—2021年北京市麻疹风疹实验室网络运转状况,综合各项指标评价网络运行质量。  方法  汇总2014—2021年北京市麻疹风疹实验室网络病例诊断、病原学分析、病毒基因型、职能考核等结果数据,综合网络运转情况进行统计分析。  结果  网络共包括21家实验室,其中市级疾病预防控制中心1家、区级疾病预防控制中心16家、医疗机构4家,各级实验室按职责和检测时限有序分工。 2014—2021年网络实验室共检测疑似麻疹或风疹病例血清样本12 229份,麻疹阳性率19.32%,风疹阳性率7.10%;核酸样本8 100份,麻疹阳性率23.72%,风疹阳性率8.63%。 麻疹病毒基因型测序1 705株,分型发现H1a基因型1 687株、D8基因型11株、B3基因型2株、疫苗株5株;风疹病毒基因型测序37株,其中1E基因型13株、2B基因型24株。 网络每年开展质量控制和技术培训,各实验室职能考核成绩良好。  结论  北京市麻疹风疹实验室网络运转良好,并通过持续技术提升提高了实验室诊断敏感性和监测能力,同时通过严格的质量控制保证了实验室数据准确高效,为北京市麻疹消除和风疹防控提供有力的技术保障。     

2019年冬季青岛市手足口病患者感染柯萨奇病毒A组16型基因特征分析

  目的  调查2019年冬季青岛市妇幼医院和中心医院手足口病（HFMD）住院患儿病原感染情况,分析柯萨奇病毒A组16型（Cox A16）基因进化特征。  方法  收集2019年冬季青岛地区HFMD住院患儿104份咽拭子,采用实时荧光定量PCR进行肠道病毒核酸检测。 使用肠道病毒通用分型引物扩增阳性样本,扩增序列测序后进行Blast比对。 设计Cox A16 VP1全长引物,通过半巢式PCR扩增测序,使用DNAStar进行核苷酸和氨基酸的基因分析,使用MEGA软件构建进化树。  结果   HFMD住院患儿的咽拭子样本肠道病毒总体阳性率为57.7%（60/104）。 其中Cox A16阳性率为30.8%（32/104）,Cox A6阳性率为26.9%（28/104）。 对32份Cox A16阳性的样本进行VP1区全长扩增、测序并进行比对和同源性分析,其核苷酸同源性为87.0%～100%,氨基酸同源性为98.3%～100%。 系统进化分析表明,32株Cox A16中有17株为Cox A16 B1a基因型,另外15株为Cox A16 B1b基因型。  结论  引起2019年冬季青岛地区住院HFMD的病原体之一是Cox A16,且同时流行Cox A16的B1a和B1b型。     

百日咳鲍特菌MALDI-TOF MS谱库的扩展及鉴定效果评价

目的对基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术鉴定百日咳鲍特菌谱库进行扩展。方法采用Microflex LT软件,用经全基因组测序确认的9株百日咳鲍特菌和1株副百日咳鲍特菌构建蛋白质指纹谱库,对布鲁克数据库进行扩展。对标准菌株ATCC 29213、ATCC 25922、ATCC 700603、ATCC 27853进行MALDI-TOF MS鉴定,评价扩展库的准确性。选取6株百日咳鲍特菌,每个菌株取3个菌落分别用MALDI-TOF MS鉴定,评价试验的精密度。采用36株临床分离株验证扩展谱库对百日咳鲍特菌的识别能力,并进行扩展库前后鉴定结果比较。结果成功构建9株百日咳鲍特菌和1株副百日咳鲍特菌参考谱库,并扩展现有布鲁克数据库Taxonomy(5989)数据库为Taxonomy(5989+)。扩展库准确鉴定4株标准菌株ATCC 29213、ATCC 25922、ATCC 700603、ATCC 27853,对鲍特菌鉴定无干扰;6株百日咳鲍特菌的重复鉴定符合率为100%,精密度良好。用于外部验证的36株菌经扩展后数据库鉴定,种水平鉴定率达86.1%。结论百日咳鲍特菌质谱库的扩展提升了地区性分离菌株鉴定能力。     

2021年武汉市一起肠炎沙门菌引起的跨区食源性疾病暴发的病原学分析

  目的  对2021年武汉市一起跨区食源性疾病暴发事件进行病原菌的鉴定和溯源分析，查明事件暴发原因。  方法  采集此次食源性疾病暴发事件中相关人员的肛拭子样本、粪便样本和食品样本进行分离培养，用VITEK 2 Compact 全自动微生物鉴定系统鉴定分离到的菌株，并进行血清学分型，耐药性敏感试验；采用脉冲场凝胶电泳法（PFGE）对本次事件的检出菌及近两年本地区临床散发病例的同型别菌株进行分子分型和聚类分析；提取本次事件病原菌和本地区同型别菌株的核酸进行全基因组测序，通过基因注释和序列比对分析病原菌的毒力因子与耐药基因，结合多位点序列分型，变异位点检测和不同地区同型别菌株的全基因组序列构建基于单核苷酸多态性的系统发育树对病原菌进行溯源。   结果  共分离出5株肠炎沙门菌，其中2株来自食物样本，3株来自患者粪便和肛拭子样本。 5株检出菌的PFGE带型完全相同，均对抗生素阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素、头孢唑啉、头孢西丁、头孢呋辛、甲氧苄啶–磺胺甲恶唑耐药，携带相同的耐药基因和毒力因子，均为ST11型。 本次事件检出菌株的序列间仅存在1个突变位点。 检出菌的全基因组序列与本地肠炎沙门菌序列高度相似。   结论  肠炎沙门菌为本次事件的致病菌。经同源性分析，此株病原菌为本地区肠炎沙门菌流行株。 全基因组测序技术可作为PFGE分子分型的补充应用于病原菌的监测和暴发事件调查。     

免提取冻干式百日咳鲍特菌核酸检测方法建立及应用

目的本研究建立快速、便携、特异、敏感的百日咳鲍特菌实时定量PCR(Q-PCR)核酸检侧方法,并初步探索在呼吸道感染患者中百日咳鲍特菌(Bordetella pertussis)检测的应用价值。方法靶基因采用IS481基因,优化反应试剂实现免核酸提取直接扩增,对体系进行冻干处理,简化操作步骤。并对所收集得到的上呼吸道感染者的咽拭子标本进行检测评价。结果本检测体系检出限达到100copies/mL,227例急性上呼吸道感染者的咽拭子标本中,其阳性检出率为3.96%。结论成功建立了高敏感、简便、快速的百日咳核酸检测方法,为百日咳诊断提供了新手段。     

银色棒状杆菌健康携带株耐药性及毒力基因分析

  目的  首次从健康人呼吸道分离到银色棒状杆菌,可进一步探究这一细菌的耐药性和致病性获得此种细菌更加全面的信息。  方法  采用生化鉴定和16S rRNA全长基因序列分析法对2020年大学生健康体检中采集的咽拭子样本进行银色棒状杆菌的分离鉴定,同时对鉴定菌株进行抗生素耐药性测定、基因组测序和耐药基因、毒力基因分析。  结果  从717份健康大学生咽拭子分离到5株银色棒状杆菌。 药敏结果表明这5株菌均对青霉素、莫西沙星、庆大霉素耐药;4株菌对环丙沙星、克林霉素耐药,存在多重耐药情况。 基因组序列分析发现,对克林霉素耐药的菌株均含有耐药基因erm(X),分离菌株携带有Sigma A、GroEL(Hsp60)/Cpn60.2、Nucleoside diphosphate kinase（NDK）、EF-Tu、 MprA/B、 DtxR以及Irp6和 HmuTUV等毒力因子,致病性分析结果表明5株银色棒状杆菌均携带glyA1、mihF、CarD等10个与结核分枝杆菌的毒力密切相关的基因。  结论  首次从健康人咽部分离到银色棒状杆菌,其携带耐药及毒力基因。     

一起家庭聚集性发热伴血小板减少综合征疫情的流行病学及病原学分析

  目的   对一起家庭聚集性发热伴血小板减少综合征（SFTS）疫情的流行病学和病原学进行分析,为疾病防控及监测方案的制定提供参考。   方法   对2例SFTS病例开展流行病学调查,对其居家周围的人群及宿主动物进行监测,通过酶联免疫吸附试验（ELISA）和实时荧光定量PCR方法对病例、动物血清及蜱进行血清学和病原学检测,对病例和蜱进行疾病关联分析,对核酸阳性标本进行SFTS病毒的S、M、L基因测序,构建系统进化树。   结果   2例病例SFTS病毒IgM及总抗体均为阳性,其中1例核酸检测阴性。 45份健康人群血清标本中,3份SFTS病毒抗体阳性,6只犬（含病例家养犬）和4只羊血清SFTS病毒总抗体均为阳性,4头猪血清总抗体阴性。 10只蜱中,仅在病例家养犬寄生的蜱标本中检测到SFTS病毒核酸,基因序列测定显示SFTS病例株与蜱株均包含S、M、L片段,两者高度同源,核苷酸同源性为99.9%～100.0%。   结论   本起家庭聚集性SFTS疫情的发生与病例家养犬及其寄生蜱高度关联。     

深圳市一起B群流行性脑脊髓膜炎疫情的调查

目的 调查B群流行性脑脊髓膜炎（流脑）疫情的原因。 方法 于2018年2月22、27日对患者和密切接触者进行流行病学调查,并收集脑脊液、血液和咽拭子样品进行分离培养、PCR检测和二代测序。 结果 在患者血液及其母亲咽拭子中均分离出B群脑膜炎奈瑟菌,多位点序列分型均为ST-3200/CC4821,2株菌的16S rRNA及耐药基因、多肽编码基因的相似性为100%。 结论 该疫情是由健康携带B群脑膜炎奈瑟菌的母亲传播给患者而引起。      

2019年浙江省台州市1例新生儿流行性脑脊髓膜炎病例病原学分析

目的对2019年1月浙江省台州市1例流行性脑脊髓膜炎（流脑）病例及密切接触者进行病原学特征分析,为流行病学调查提供分子溯源依据。方法对患者血液标本、脑脊液标本和10名密切接触者的咽拭子进行脑膜炎奈瑟菌分离,对分离菌进行生化、血清分群鉴定以及体外药敏试验,同时采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点序列分型（MLST）进行分子分型分析。结果从患者血液标本和2名密切接触者咽拭子标本中分离到3株脑膜炎奈瑟菌,患者和1名密切接触者的菌株血清群均为B群,另1名密切接触者的菌株为不可分群。 药敏结果显示,3株菌株对头孢呋辛钠、头孢曲松、美洛培南等敏感,对米诺环素不敏感,对环丙沙星和复方新诺明耐药,对青霉素G和氯霉素中介。 PFGE分型显示,3株菌的相似度为100%,MLST均为ST-5664型,属于高致病性ST-4821克隆群。结论台州市人群中存在高致病性ST-4821克隆群B群脑膜炎奈瑟菌,并引起了感染病例,提示应当加强对本地区健康人群携带情况及菌株分子特征的监测,为流脑感染病原菌的溯源调查与控制提供实验室支持。     

A DNA hybridization test for detection of Bordetella in nasopharyngeal specimens

A cloned Bam H1 fragment of genomic Bordetella pertussis DNA which recognized a frequently repeated sequence in the genome of B. pertussis was used as a probe in a DNA hybridization assay for the detection of Bordetella. Extensive studies on cross-reactivity were carried out in standardized strains and in cultured swab specimens from patients without suspected pertussis. Hybridizations of cultured clinical specimens from 142 patients with suspected pertussis were in complete agreement with the standard identification methods. The recovery rate of B. pertussis from nasopharyngeal swabs was less than 50%. Therefore the possibility to detect low numbers of B. pertussis in solution (nasopharyngeal aspirates) was investigated. The detection limit of direct hybridization by dot-blot technique was 5 x 10(3)-10(4) B. pertussis. Culturing bacteria on membranes placed on agar plates prior to hybridization showed that the detection limit could be lowered to 10(4), 10(2), and 10(1) cfu after 1, 2 and 3 days' culture, respectively. DNA hybridization under these conditions was found to be sufficiently sensitive and specific for further evaluation in clinical specimens for diagnosis of pertussis.     

甘肃省一起幼儿札如病毒GⅠ.2型感染聚集性疫情调查分析

目的 通过对2021年6月甘肃省兰州市某幼儿园发生一起以呕吐、腹泻为主症的聚集性疫情,确定引起本次疫情的病原体。方法 采集发病幼儿肛拭子、食堂、教室等环境标本共44份（17份患儿肛拭子标本和27份环境标本）,运用聚合酶链式反应检测轮状病毒、诺如病毒、肠道腺病毒及札如病毒核酸,肛拭子进行致泻菌分离培养。结果 44份标本未分离到致泻性大肠埃希菌、沙门菌、志贺菌、小肠结肠炎耶尔森菌等致病菌,轮状病毒、诺如病毒、星状病毒及肠道腺病毒核酸检测均为阴性,札如病毒核酸检测到患儿肛拭子阳性11份,其余标本均为阴性。选取其中2份强阳性标本进行全基因组测序,为札如病毒GⅠ.2型,基本局部比对搜索工具（BLAST）结果与2016年深圳市发现的札如病毒全序列相似度在98.96%～98.98%。结论 此次聚集性疫情由札如病毒GⅠ.2型引起,是甘肃首次发现札如病毒引起的暴发疫情,提示应加强病毒性腹泻的监测和防控。     

广东省妊娠合并梅毒母婴传播影响因素分析

  目的   分析广东省梅毒感染孕产妇的特征及其母婴传播影响因素,为广东省消除母婴传播政策制定提供依据。  方法   以2014年1月1日至2021年2月1日广东省发生胎传梅毒的感染孕产妇为病例组,另以同地区、同分娩年度为匹配条件,筛选出未发生胎传梅毒的梅毒感染孕妇为对照组。 对相关危险因素进行单因素和多因素条件logistic回归分析。  结果   多因素条件logistic回归分析显示,同≤20岁年龄组的孕产妇相比,21～25岁（OR=0.537,95%CI:0.341～0.845）、26～30岁（OR=0.43,95%CI:0.272～0.679）、31～35岁（OR=0.322,95%CI:0.202～0.512）和≥36岁者（OR=0.321,95%CI:0.194～0.532）发生母婴传播的风险均较低;既往未发现患梅毒的孕产妇发生母婴传播的风险较高（OR=1.837,95%CI:1.352～2.495）;同在孕期就已经诊断患病的孕产妇相比,产时和产后诊断患梅毒的孕产妇发生梅毒母婴传播的风险均较高（OR=2.026,95%CI:1.472～2.790）、（OR=1.951,95%CI:1.333～2.856）;同孕早期进行治疗的孕产妇相比,孕中期和孕晚期进行治疗孕产妇发生母婴传播的风险较高（OR=3.712,95%CI:1.977～6.970）、（OR=11.531,95%CI:6.363～20.894）。  结论   在消除梅毒母婴传播的工作中需加强对低龄孕产妇梅毒等性病防治的健康教育,提高梅毒防病知识。 妊娠合并梅毒早发现、早诊断、早治疗是降低梅毒母婴传播的关键,通过早期梅毒筛查、诊断和治疗能够有效的降低梅毒母婴传播发生的风险。     

2007－2020年上海市布鲁氏菌分离株分型方法研究

  目的  对2007 — 2020年上海市人间布鲁氏菌分离株进行分子特征分析,了解菌株基因分型和聚类,为布鲁氏菌病（布病）的预防和控制提供依据。  方法  收集2007 — 2020年上海市人感染布鲁氏菌临床分离株20株;采用生化方法和AMOS-PCR进行鉴定;运用多位点序列分型（MLST）、多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）和基于全基因组测序的单核苷酸多态性（SNP）分析3种方法进行分子分型;并与参考株进行聚类分析。  结果  20株布鲁氏菌均为ST8型羊种布鲁氏菌;被MLVA-8分为4个基因型,MLVA-16分为17个基因型,panel 2B具有多态性;SNP分析表明,20株临床分离株亲缘关系较近,与羊种布鲁氏菌聚类。  结论  2007 — 2020年上海市人感染布病分离株主要为ST8型羊种布鲁氏菌,分子分型方法可为上海市布鲁氏菌的溯源研究提供依据。