基于CDDP标记铁皮石斛抗性种质筛选与多样性研究

目的利用CDDP标记技术对43份铁皮石斛Dendrobium officinale野生和栽培种质进行初步抗性筛选和遗传多样性分析,为铁皮石斛产业以及优良品种筛选保护提供理论基础。方法从21条CDDP引物中筛选出产物清晰、多态性好的引物对供试材料基因组DNA进行扩增。结果 16条引物共扩增出了151条带,其中多态性条带144条,多态性比率95.7%,表明供试材料具有丰富的遗传多样性。种群遗传多样性结果表明,3个种群多态性位点比例(PPL)为65.56%~82.12%,种群间基因分化系数(Gst)为0.110 2,基因流(Nm)为4.035 4,说明人为选择亦可能促进铁皮石斛的遗传多样性。结论铁皮石斛人工栽培种具有丰富的遗传多样性,同时统计结果分析表明,43份材料中可以初步筛选出8份具有潜在优良抗性的植株。     

不同居群美花石斛种质资源的RAPD分析

目的分析不同居群美花石斛种质资源的遗传多样性、濒危现状以及亲缘关系。方法利用RAPD分子标记技术和方法对不同居群美花石斛进行检测;通过计算遗传相似系数建立其聚类分析图。结果从117个随机引物中,共筛选出8个有效引物,对8个美花石斛居群进行RAPD-PCR扩增,共扩增出287个条带,平均每个引物的扩增条带为35.88个;287个条带共占据78个位点,其中11个位点是8个居群的共有位点,67个为多态位点,多态性比率达85.95%;8个居群的相似性系数在0.149~0.517。结论美花石斛遗传多样性水平低于铁皮石斛种内遗传多样性水平;美花石斛的濒危原因与人为过度采收、种子自然萌发力弱和遗传多样性水平较低有一定的关系;美花石斛8个居群比较自然地向3个方向演化发展,并形成3个分支;美花石斛系统演化规律与其地理分布的相关性有待于进一步研究。     

滇皖产区铁皮石斛居群SSR分子身份证的构建

目的:建立滇皖产区铁皮石斛SSR指纹图谱,并构建不同居群的SSR分子身份证。方法:使用生物信息学方法分析铁皮石斛(Dendrobium officinale)全基因组SSR(Simple sequence repeat)序列,获得SSR位点,使用Primer Premier 5.0软件设计引物并进行PCR扩增,选择高多态性引物进行遗传多样性分析并建立SSR指纹图谱代码,使用二维码生成器表述铁皮石斛居群的分子身份证。结果:共获得91 653个SSR位点,平均分布距离为15.44 kb。据此开发了75对SSR引物,筛选出32对多态性丰富、带型清晰的引物,对11个滇、皖产区的铁皮石斛居群进行遗传多样性分析,共得到117个多态信息位点,平均每个SSR引物多态信息含量(PIC)为0.62,变化范围为0.22~0.80;铁皮石斛不同居群进行亲缘关系聚类表明11个铁皮石斛居群可分为三支,与种质来源分布相一致。筛选出4对多态性高、带型清晰易于统计的引物组合,建立不同居群铁皮石斛的SSR指纹图谱库和不同居群的分子身份证。结论:SSR分子身份证可为今后铁皮石斛的品种鉴别提供准确、可靠的方法和溯源信息平台。     

黄芩种群遗传多样性初步研究

分析中药黄芩道地性与遗传多样性。方法:用随机扩增的DNA多态性分析(RAPD)方法,对13个居群62个黄芩Scutellariabaicalensis和并头黄芩S.scordifolia样本,进行遗传多样性及黄芩居群遗传变异测定。结果:用14个随机引物,共获得114个条带,其中多态性条带112条。黄芩在物种水平上的多态性条带比率(PPB)值为95.5%,居群水平的平均PPB值为41.9%。黄芩样本RAPD聚类分析(UPGMA)没有表现出明显的分支,但显示出与地理位置有关三个类群。分子方差分析(AMOVA)显示,黄芩居群间的遗传变异占总变异的18.83%,居群内变异占81.17%。结论:首次在分子水平上证明黄芩道地性与遗传变异和地理环境有关系,并提出黄芩栽培选种的策略应该是最大限度地保持其遗传多样性。     

石斛属几种植物遗传关系的SRAP和RAPD比较分析

目的 利用SRAP和RAPD两种分子标记技术对9份石斛种质进行遗传多样性研究.方法 用40对SRAP引物组合和36个RAPD引物分别对供试石斛的基因组DNA进行扩增.结果 SRAP引物组合共扩增条带1 977条,多态性比率为90.2%,遗传相似系数GS值变化范围为0.330 2～0.789 2.RAPD引物共扩增出281条带,多态性比率为87.1%,GS值变化范围为0.494 2～0.773 1.利用两种标记得到的聚类结果存在一定的差异,SRAP聚类结果与传统的基于形态特征建立的分类结果比较一致,较好地体现了供试品种的亲缘关系、地域特性.在9个石斛供试种间,SRAP的标记指数MI值(16.46)是RAPD标记MI值(3.67)的4.5倍,表明SRAP具有更大的标记效率.结论 两种标记皆可有效应用于该属植物种质资源的遗传多样性分析.而SRAP标记在石斛的遗传多样性与亲缘关系的研究中,则表现出了极大的优越性.     

黄芩种群遗传多样性初步研究

分析中药黄芩道地性与遗传多样性。方法：用随机扩增的DNA多态性分析（RAPD）方法，对13个居群62个黄芩Scutellaria baicalensis和并头黄芩S.scordifolia样本，进行遗传多样必琢黄芩居群遗传变异测定。结果：用14个随机引物，共获得114个条带，其中多态性条带112条。黄芩在物种水平上的多态性条带比率（PPB）值为95.5%，居群水平的平均PPB值为41.9%，黄芩样本RAPD聚类分析（UPGMA）没有表现出明显的分支，但显示出与地理位置有关三个类群。分子方差分析（AMOVA）显示，黄芩居群间的遗传变异占总变异的18.83%，居群内变异占81.17%。结论：首次在分子水平上证明黄芩地性与遗传变异和地理环境有关系，并提出黄芩栽培选种的策略应该是最大限度地保持其遗传多样性。     

陕西秦岭地区三叶木通遗传多样性的AFLP分析

目的利用扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记技术对陕西秦岭地区6个天然居群的三叶木通种质进行遗传多样性分析。方法利用10对引物组合对111份三叶木通种质进行AFLP扩增,并评估遗传多样性。结果 AFLP扩增结果共产生221条清晰的条带,其中多态性条带132条,占59.7%。6个三叶木通居群间遗传分化系数为0.505,基因多态性指数为0.185。在Nei’s遗传距离0.13处,6个天然居群被聚为4个类群。结论陕西秦岭地区三叶木通天然居群遗传多样性水平较低,居群内与居群间的遗传变异程度基本相同。     

珠子草遗传多样性的ISSR分析

目的对分布于我国及缅甸、老挝30个居群的珠子草进行遗传多样性分析,为珠子草遗传连锁图谱构建、种质资源保存及遗传育种等研究提供一定的理论依据。方法采用ISSR分子标记技术,对采自我国云南、广西、广东、福建、海南及缅甸、老挝共30个珠子草居群进行多态性和聚类分析。结果从60个ISSR引物中筛选出23条进行扩增,共扩增得到条带158条,其中共有条带43条,多样性条带115条,多态位点百分率(PPB)为72.78%,Nei’s基因多样性(H)为0.483 2,Shannon’s多态性信息指数(I)为0.676 0,多态性较高。结论我国珠子草居群大致分为沿海及内陆两大类,个别居群呈现明显的居群特异性,种质资源遗传多样性较高。     

不同栽培居群广藿香的种内遗传多样性研究

目的:探讨广藿香不同栽培居群的遗传多样性和种内分化水平,寻找有效地鉴定不同居群广藿香DNA指纹特征方法。方法:从80个随机引物中筛选出14个具较高多态性检测能力的引物。用这14个随机引物对5个栽培居群的广藿香进行了的分析,对得出的结果应用PopGen32软件进行计算和聚类分析。结果:实验测出84个位点,其中单态位点17个,占20.24%;多态位点67个,占79.76%。分析结果表明,同一种内不同栽培居群间存在明显的遗传分化。结论:应用RAPD选择特定引物对广藿香遗传多样性的分析及不同居群的鉴定是可行的。RAPD技术为广藿香遗传种质资源的鉴定和分类提供了新的途径。     

药用植物党参的RAPD分析

目的:从DNA分子水平上分析甘肃党参主要栽培区的9个栽培居群和4个自然居群的遗传多样性和遗传关系,进而探讨纹党参的来源。方法:从200条随机引物中筛选出14个引物,对217个体进行RAPD扩增并计算多态性条带,再用NTSYS软件聚类分析。结果:14个引物共检测出125个可重复的位点,其中党参及其变种素花党参的多态位点分别为109和106,多态位点百分率为87．20％和84．80％。13个居群聚为两大类:8个党参栽培居群为一类,素花党参包括1个文县栽培居群与4个自然居群为第二类。结论:RAPD分析结果揭示了甘肃栽培的党参和素花党参在居群水平上具有丰富的遗传多样性。8个栽培党参居群间的遗传分化很小,与地理距离存在一定的相关性。在甘肃各地的栽培党参中,仅文县栽培品为素花党参,即正品纹党。     

砂仁遗传多样性的ISSR分析

目的对不同产地、不同表型性状的砂仁Amomi Fructus种质资源进行遗传多样性分析。方法采用简单序列重复区间(ISSR)扩增技术,对来自云南、海南、广东、福建等地区的21个砂仁样品进行遗传多样性及亲缘关系分析;同时,对其中16个阳春砂仁的株高、茎粗、叶片数、叶片大小等部分植物学表型性状进行测定,利用这些数据对各居群砂仁进行聚类分析。结果 ISSR分析结果显示,从60条ISSR引物中筛选出11条用于扩增,共检测出54条DNA条带,多态性位点为22个,多态性条带比率(PPB)可达40.74%,Nei’s基因多样性(H)为0.116 1,Shannon’s多态性信息指数(I)为0.184 2;各居群表型性状差异较小。结论砂仁种质资源的遗传多样性较低。     

不同产地西洋参种质遗传多样性的RAPD和ISSR分析

目的采用RAPD和ISSR分子标记技术对我国10个产地的西洋参Panax quinquefolium的遗传多样性进行分析。方法以人参及加拿大西洋参为对照,采用CTAB法提取基因组DNA,选取13个RAPD随机引物及12个ISSR引物对样品进行PCR扩增,根据条带数目,应用NTSYS-pc2.10e软件采用UPGMA方法进行聚类分析。结果 13条RAPD引物共扩增出97条清晰条带,多态性条带81,多态性百分率为85.51%;12条ISSR引物共扩增出99条清晰条带,多态性条带64,多态性百分率为64.65%;通过聚类分析,RAPD及RAPD+ISSR综合将样品聚为4大类;ISSR将样品聚为2大类。结论 RAPD和ISSR标记构建的样品聚类树状图在分类上稍有差异,但总体趋势一致。人参与西洋参被明显区分开来;在ISSR上,吉林兴参镇与北岗镇西洋参与人参聚为一大类;在生长环境及种植条件影响下,东北部分产地西洋参与加拿大西洋参相比在遗传多样性上有所改变。     

不同产地连翘的DNA指纹图谱构建与聚类分析

目的以不同产地的14批连翘Forsythia suspensa为材料,运用RAPD技术对其进行遗传多样性研究并构建DNA指纹图谱。方法采用RAPD技术,从45条RAPD随机引物中进行筛选,以14批连翘进行DNA指纹图谱的分析研究。结果从45条RAPD随机引物中筛选出11条多态性好的引物,利用这11条RAPD引物进行PCR扩增,共获得80条谱带,平均每个引物扩增出7.27条谱带,其中多态性谱带67条,多态性条带比率为83.8%,是连翘药材资源研究的一种有效分子标记。14批连翘药材间的遗传相似系数(genetic similarity,GS)在0.487 5~0.962 5,表明遗传多样性比较丰富。聚类结果显示遗传多样性与连翘药材来源地有明显的相关性,而且与其亲缘关系较近有关,符合植物种群分布的一般规律。结论以14批不同产地连翘药材资源的RAPD扩增谱带为基础,构建连翘药材资源的DNA指纹图谱并进行聚类分析。     

药用峨眉野连遗传多样性的RAPD分析

目的:对峨眉野连进行遗传多样性研究.方法:通过RAPD技术对10个野牛峨眉野连居群共110个个体进行遗传多样性分析.结果:用14个随机引物共扩增出132条清晰条带,其中98条具多态性,平均多态性位点比率为74.24%,Nei's基因多样性指数H=0.286 3,Shannon's多样性指数I=0.362 4,遗传分化指数G_(st)=0.230 5,遗传距离和遗传一致度分别为0.193 1～0.524 5,0.501 6～0.884 3.结论:峨眉野连种水平上具有较高的遗传多样性,遗传变异主要存在于居群内部,遗传多样性与地理关系表现出明显的相关性,RAPD可以作为研究遗传多样性及遗传分化的有效标记.     

药用金荞麦遗传多样性的RAPD分析

目的:对野生金荞麦进行遗传多样性研究.方法:通过RAPD技术对7个野生金荞麦居群共87个个体进行遗传多样性分析.结果:用12个随机引物共扩增出85条清晰条带,其中75条具多态性,平均多态性位点比率为88.24%,Nei's基因多样性指数H=0.310 3,Shannon多样性指数I=0.563 2,遗传分化指数G_(st)=0.192 4.结论:金荞麦种内具有较高的遗传多样性,遗传变异主要存在于居群内部,遗传多样性与地理关系表现出明显的相关性.RAPD可以作为研究遗传多样性及遗传分化的有效标记.     

野生红景天的RAPD和ISSR遗传多样性分析

目的采用RAPD和ISSR分子标记进行野生红景天种间亲缘关系及种内的遗传多样性分析。方法用CTAB法提取基因组DNA,然后通过筛选得到的11个RAPD及11个ISSR引物对不同采集地的4种野生红景天进行遗传多样性分析。结果 11条RAPD引物共扩增出96条条带,多态性百分比为90.62%;11条ISSR引物共扩增出102条条带,多态性百分比为100%。ISSR多态性的检测能力优于RAPD;聚类分析结果表明,ISSR法、RAPD和ISSR联用法均将17个样品聚为3大类;RAPD将样品聚为4大类。结论 2种标记均可用于红景天属植物种间亲缘关系与种内遗传多样性研究;4种红景天种内存在一定的遗传差异,种间基因流较小。     

栀子遗传多样性及遗传分化的RAPD分析

 目的应用随机扩增多态性DNA(random amplifed polymorphic DNA,RAPD)标记技术对栀子8个种群遗传多样性和遗传分化进行研究。方法18种随机引物对92个个体进行检测,应用POPGENE软件和AMOVA软件对结果进行处理。结果共得到120个可重复的位点,其中多态位点75个,多态百分率为62.5%。各种群内多态位点百分率在39.17%～68.83%之间,平均为56.98%。河南南阳(POP1)种群最高,其次是江西新干县野生种群(POP7),最低是江西抚州水栀子种群(POP3)。Shannon指数和Nei指数均反映出栀子各种群具有较高的遗传多样性。Shannon指数为0.431 3,各种群Shannon指数在0.2256～0.380 6之间,Nei指数为0.289 2,各种群Nei指数在0.148 2～0.263 0之间。AMOVA揭示种群内遗传多样性占总遗传多样性的76.05%,而种群间遗传多样性只占23.95%。运用POPGENE也得出种群内遗传变异(69.34%)大于种群间(30.66%)的结论。种群间的遗传分化系数为0.306 6。栀子种群间的基因流为1.130 6,遗传相似度平均为0.129 09,遗传距离平均为0.880 72。根据遗传距离聚类分析,河南南阳种群(POP1)与江西樟树新干种群(POP4,POP5,POP6,POP7)聚为一类,湖南种群(POP8)与江西抚州栀子种群(POP2)聚为一类,江西抚州水栀子种群(POP3)与其他各种群间的遗传关系较远。结论目前,虽然野生资源逐年减少以及多年栽培中的品种选育,栀子遗传多样性仍较丰富,且种群内大于种群间,种群间存在较少的遗传分化。