2017年云南省流感病毒监测及甲型H1N1流感病毒血凝素基因特征分析

目的 了解2017年云南省流感病毒的流行情况和甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）基因分子特征。方法 对2017年云南省流感监测哨点医院采集的21 672份标本使用real - time RT - PCR方法检测流感病毒,核酸阳性标本使用MDCK细胞进行病毒分离,采用血凝素凝集试验及抑制试验进行病毒抗原性分析。选取12株抗原性变异较大的甲型H1N1流感毒株进行基因测序,使用MEGA软件分析其HA基因特征。结果 2017年共检出流感核酸阳性标本2 372份,分离出流感毒株1 180株,全年共有2个流行高峰,H3亚型和甲型H1N1亚型交替成为优势株,BY亚型和BV亚型共同流行。毒株分离高峰与ILI%高峰基本一致。甲型H1N1流感病毒ＨＡ基因无明显变异,疫苗株仍具有保护作用。结论 继续加强监测力度,提高监测敏感性并做到及时预警,控制流感流行风险。     

2018-2019年宁夏甲型H1N1流感病毒血凝素基因组序列分析

目的 了解宁夏2018-2019流感监测年度流感病毒病原学检测情况,分析甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因特征。方法 采用real time RT-PCR方法对流感监测哨点医院采集的流感样病例（ILI）标本进行核酸检测;对阳性标本进行毒株分离;提取甲型H1N1毒株的RNA,采用RT-PCR方法扩增HA片段并测序,利用生物信息软件对测序结果进行比对分析。结果 宁夏流感网络实验室检测咽拭子标本共5214份,核酸检测阳性数为760份,其中甲型H1N1阳性数为485份,占总阳性数的63.82%,分离出甲型H1N1毒株 161株。宁夏分离毒株与疫苗株A/Califaoria/07/2009不在同一进化分支,同源性为92.6%~96.3%;与疫苗株A/Michigan/45/2015(H1N1)为同一进化分支,同源性为96.6%~98.1%。与疫苗株A/Califaoria/07/2009比较,抗原位点、受体结合位点及其他位点均有变异,除毒株 A/Ningxia_Xixia/SWL1176/2019(H1N1)第222位氨基酸发生D222G变异外,其他甲型H1N1流感毒株均未发生D222G变异。所有毒株增加糖基化位点162NQT,个别毒株糖基化位点增加2~3个。结论 宁夏2018 -2019年度流感优势毒株为甲型H1N1毒株。序列分析表明甲型H1N1病毒发生了不同程度的变异,在抗原特异性、毒力和感染性上有可能已经发生变化,需要及时更换疫苗株成分。     

赣州市2014年甲型H1N1流感病毒奥司他韦耐药株的筛查结果

目的分析2014年赣州市甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因第275位氨基酸变异情况,掌握其耐药特性,为甲型H1N1流感防治提供参考。方法收集赣州市流感监测哨点医院采集的流感样病例鼻咽拭子标本,采用狗肾传代细胞(MDCK)对标本进行病毒分离,对分离的24株甲型H1N1流感病毒进行核酸提取,采用一步法逆转录-聚合酶链反应(One-step RT-PCR)扩增病毒NA基因部分片段,采用限制性内切酶片段长度多态性分析(RFLP)方法,分析扩增的部分NA基因第275位是否发生组氨酸(H)到酪氨酸(Y)的突变。结果 2014年赣州市24株甲型H1N1流感病毒NA基因第275位氨基酸均为组氨酸,未发生变异。结论 2014年24株毒株均对Oseltamivir敏感,One-step RT-PCR-RFLP方法筛查甲型H1N1流感病毒Oseltamivir耐药株简便可行。     

郴州市2009年流感病原学监测及A(H1N1)NA基因特征研究

[目的]了解2009年郴州市流感病毒流行株的病原学特征,为流感防控提供科学依据。[方法]采集哨点医院ILI咽拭子标本,用MDCK细胞进行病毒分离,采用HA和HI试验对流感病毒进行分型鉴定;采集暴发疫情ILI咽拭子用PCR法检测流感病毒核酸;随机抽取4、10月份的季节性A(H1N1)流感毒株进行NA基因测序,测序结果与国内各省市流行株及WHO推荐的北半球疫苗株作同源性比对,绘制种系进化树。[结果]分离哨点医院监测标本2284份,阳性254份:其中季节性A(H1N1)109株、A(H3N2)97株、甲型H1N130株、B型18株;PCR检测3024份标本,甲型H1N1核酸阳性1002份,阳性率33.13%;BLAST比对结果显示,4、10月份的季节性A(H1N1)毒株与2009年WHO推荐的北半球疫苗毒株A/Brisbane/59/2007的核酸同源性分别为99%和98%;种系进化分析结果表明4月份分离株与疫苗株亲缘关系最近,而10月份分离株较4月份分离株已明显发生变异。[结论]2009年郴州市甲型流感病毒异常活跃,其中1～6月季节性A(H1N1)为优势毒株,7～9月A(H3N2)为优势毒株,10～12月甲型H1N1为优势毒株,且出现甲型H1N1流感大流行。季节性A(H1N1)病毒在流行过程中NA基因已经发生了一定的变异,有必要持续跟踪和监测其变异情况。     

亳州市2013年甲型H1N1流感病毒基因分析

目的分析亳州市2013年一所学校流感暴发疫情甲型H1N1流感病毒基因及抗原变异情况。方法从132名具有流感症状的学生当中随机采集10份标本,用Realtime RT-PCR方法鉴定甲型H1N1流感病毒,对阳性标本接种MDCK细胞,分离流感病毒,并对甲型H1N1流感病毒株进行血凝素（HA）作基因测序,分析基因及氨基酸位点变异情况。结果 10份标本中Realtime RT-PCR鉴定有8份为甲型H1N1流感病毒核酸阳性,病毒分离培养6份阳性,并对其进行基因测序,HA基因与疫苗株同源性为98.4%,HA基因氨基酸变异分析显示,有多个位点发生变异。结论此次暴发的甲型H1N1流感病毒的基因组HA序列与我国及其他国家的甲型H1N1流感病毒具有较高的同源性,HA基因氨基酸序列发生变异情况,需密切关注甲型H1N1的流行状况。     

2017 - 2018年山东省甲型H1N1流感病毒耐药性分析

目的 调查山东省2017 - 2018流感监测年度甲型H1N1流感病毒对神经氨酸酶抑制剂（NAI）的耐药情况,分析其神经氨酸酶（NA）基因特征。方法 选取山东省2017 - 2018流感监测年度分离的20株甲型H1N1流感病毒进行生物学耐药实验,检测病毒对奥司他韦和扎那米韦的药物敏感性。提取病毒核酸后对NA基因进行测序,利用生物信息学软件分析NA基因上与耐药有关的氨基酸位点及其基因变异情况。结果 选取的20株甲型H1N1流感病毒全部对奥司他韦和扎那米韦敏感,对奥司他韦的IC50平均数为0.37 nM（0.15～0.89 nM）,对扎那米韦的IC50平均数为0.28 nM（0.14～0.78 nM）。NA基因测序结果也没有发现导致耐药的突变位点。结论 山东省的甲型H1N1流感病毒对NAI敏感,临床上可继续使用此类药物对流感患者进行治疗。     

吉林省2018-2020年甲型H3N2亚型流感病毒耐药基因分析

目的掌握2018-2020年吉林省内H3N2亚型流感流行株对金刚烷胺类药物以及神经氨酸酶抑制剂类药物的耐药情况,为流感的临床治疗及预防控制提供参考依据。方法选取甲型H3N2亚型流感毒株34株,对M2和NA基因进行PCR扩增,测序后对耐药位点进行分析。结果 2018-2020年吉林省分离到流感毒株981株,其中甲型流感病毒毒株934株,乙型流感毒株47株。在分离到的甲型流感病毒毒株中,57.49%为H1N1pdm亚型毒株,39.61%为H3N2亚型毒株。对34株H3N2亚型流感病毒测序结果显示M2基因S31N耐药位点上发生了突变;在NA耐药相关基因位点E119V、Q136K、D151A、I222V、H274Y、R292K、N294S均未发生突变。结论吉林省2018-2020年以甲型流感流行为主。34株甲型H3N2亚型流感病毒均对金刚烷胺类药物耐药,但仍对神经氨酸酶抑制剂敏感。     

甲型H1N1流感病毒抗原HA基因进化分析

目的 分析甲型H1N1流感病毒抗原HA基因的突变和分子进化树.方法 由河南省各市(地)疾病预防控制中心和流感监测哨点医院采集流感患者咽拭样本,从咽拭样本中分离甲型H1N1流感病毒毒株,选择20株提取病毒RNA,设计引物运用逆转录-聚合酶键反应(RT-PCR)技术扩增编码HA蛋白的基因序列,测序分析核酸和编码的蛋白序列突变位.结果 分离到51株新型H1N1流感病毒;扩增20株HA编码基因,18株成功扩增到HA编码基因,2部分基因片段分别为1 024 bp和654 bp,与预期大小相符;BLAST分析结果显示,在中国多个地区分布有甲型H1N1流感病毒HA基因433 T/C(N端145 S/P)突变株,进化树分析结果显示,这一位点的突变有可能是来自于猪-人之间相互感染.结论 甲型H1N1流感病毒抗原HA基因在中国内地传播期间个别氨基酸位点发生了突变,但是抗原性未改变.     

内蒙古2009年流感病原监测及甲型H1N1流感血凝素基因分析

目的 探讨2009年流感流行病毒型别及亚型在内蒙古流感样患者中的流行情况及病毒型内血凝素(HA)基因变异情况.方法 采集流感样病例咽拭子标本,用Real-time PCR进行样本的检验,阳性标本进行鸡胚病毒分离培养,选取代表性毒株做病毒血凝素(HA)基因测序分析.结果 Real-time PCR方法共检测到阳性标本419份,其中甲型H1N1流感182份,占阳性样本总数的43.44％.对419份阳性样本全部进行鸡胚分离培养,获得阳性毒株162株,阳性分离率为38.66％.经鉴定甲型H1N1 155株,占阳性毒株的95.68％;甲型H1N1与季节性H3N2混合2株,季节性H3N2 4株,B型毒株1株.对其中3株甲型H1N1毒株进行HA测序后分析发现病毒分离株与参比毒株的HA基因序列具有高度同源性.结论 2009年在内蒙古地区流行的主要是甲型H1N1病毒,兼有其他亚型出现.甲型H1N1流感与当年的流行株无大的变异发生.     

内蒙古2009年甲型H1N1流感病原与血清学监测结果分析

目的:分析2009年内蒙古甲型H1N1流感流行特点和健康人群感染状况,为进一步应对流感大流行提供科学依据。方法:采用RT-PCR、Real-time PCR法进行核酸检测,阳性样本进行鸡胚病毒分离培养。人群血清采用血凝(HA)和血凝抑制(HI)试验进行人群抗体检测。结果:全区各网络实验室共检测标本7663份,核酸阳性1543份,阳性率为20.14%。其中季节性H1N1阳性68份,H3N2阳性158份,甲型H1N1阳性957份,B型阳性164份,甲型流感阳性但无法分亚型的192份,混合4份;对本实验室检出的阳性标本509份进一步进行病毒分离培养,结果获得阳性毒株162株,阳性分离率为31.83%。采用血凝(HA)和血凝抑制试验(HI)对分离毒株型别鉴定,结果甲型H1N1份155份,占阳性毒株的96.91%;HI方法检测人群标本472份,抗体阳性95份,阳性率20.13%。结论:内蒙古地区2009年7月以后流行的流感优势株为甲型H1N1流感病毒,高峰出现在10月、11月;人群血清抗体检测表明人群抗体阳性率普遍偏低,学生的抗体水平相对较高。     

广州市甲型H1N1流感病毒的持续进化变异监测

  目的  通过对H1N1流感病毒进行基因进化变异监测,为H1N1流感的科学防控提供研究数据。  方法  对广州市2017-2019年132株H1N1流感病毒进行血凝素(Hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase, NA)基因测序,分析不同流行年度病毒的分子变异特点。  结果  2017-2019年广州市H1N1流行株HA和NA基因均聚为一簇,提示具有相同进化起源。2019年分离株依次由2017年分离株经2018年分离株过度进化而来,呈现较为明显的时间进化趋势。HA基因持续变异的抗原位点主要分布在91、181、202位,其中2018年H1N1流行株HA蛋白抗原位点的变异具有较为明显的多样性。2017和2019年流行株中有3株病毒发生NA蛋白H274Y神经氨酸酶抑制剂的耐药突变。  结论  广州市2017-2019年H1N1流行株与同年度疫苗株的匹配性较好,但病毒基因在持续进化和变异,在抗原位点和耐药位点上不同流行年份表现基因多态性。     

广州市2014-2019年H5亚型禽流感病毒流行与基因遗传特征分析

目的 分析广州市H5亚型禽流感病毒流行特点及基因进化和变异特征,为禽流感的防控提供依据。方法 对2014-2019年广州市禽类市场外环境标本进行禽流感病毒核酸检测并分析H5亚型流行情况,随机选取48份（46份来源于环境和2份来源于病例）H5阳性标本进行HA和NA基因测序,应用生物信息学软件分析分子遗传特征。结果 2014-2019年监测的52 284份环境标本中,检出H5亚型阳性标本1 094份,阳性率为2.09%。遗传进化分析显示,HA基因属于Clade 2.3.4.4.C分支,NA基因主要归属于欧亚谱系H6N6进化分支,HA和NA基因的进化以时间聚类为特点,相近年份流行株聚成一个进化分支。分子特征显示,48份毒株裂解位点呈现高致病性分子特点,受体结合位点仍为禽源受体,但普遍发生S123P、S133A和T156A倾向结合人源受体的位点突变。抗原位点变异主要出现在B、E区,并表现时间分布的特点,同一年份流行株常发生与上一年份流行株不同的抗原位点变异。2017年开始所有毒株出现由氨基酸缺失导致的糖基化位点的增加（140-NHT）。结论 广州市禽类市场外环境H5亚型禽流感病毒长期流行,且阳性率占比逐渐升高。测序分析提示,广州市H5亚型禽流感病毒为Clade 2.3.4.4.C分支H5N6高致病性病毒,并且持续进化和变异,特别是普遍出现与人源受体结合能力增强的突变,需加强监测。     

2008—2009年南宁市人季节性H1N1流感病毒神经氨酸酶潜在的抗原位点和抑制剂耐药位点分析

目的了解2008—2009年南宁市人季节性H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的遗传进化特征,探讨NA基因潜在的抗原位点和活性位点(抑制剂耐药性位点)变异规律。方法提取2008—2009年20株H1N1流感病毒RNA,采用RT-PCR扩增病毒NA基因后进行序列测定,通过CTLPred软件预测NA基因上潜在的抗原位点,并对NA分子进化和其重要功能位点的遗传变异进行分析。结果将20株H1N1流感病毒毒株与北半球疫苗推荐株A/Solomon/3/2006和A/Bris-bane/59/2007构建进化树,NA进化树共分成3个类群,10株2008年H1N1流感病毒毒株聚集成分支Ⅱ,10株2009年毒株与疫苗株A/Brisbane/59/2007聚集成分支Ⅰ,A/Solomon/3/2006则独立形成1个分支(Ⅲ)。2008年毒株抗原位点替换频率较高,相对于A/Solomon/3/2006氨基酸替换分布在不同的3个区域的3个位点,分别是N64H、Y100H、L367I;2009年度的毒株抗原决定簇位点相对保守。在已知NA的酶活性位点中,2009年所有毒株均在275位点发生了H>Y的突变,而这种变异在2008年的毒株中未有出现。结论 A/Solomon/3/2006落后于2008年毒株,A/Brisbane/59/2007对应的疫苗在2009年能起到较好的保护作用;大量H275Y耐药株的出现提示在流感病毒监测中应密切关注其耐药位点的变异。     

Oseltamivir-Resistant Influenza A Pandemic (H1N1) 2009 Virus, Hong Kong, China

Resistance to oseltamivir was observed in influenza A pandemic (H1N1) 2009 virus isolated from an untreated person in Hong Kong, China. Investigations showed a resistant virus with the neuraminidase (NA) 274Y genotype in quasi-species from a nasopharyngeal aspirate. Monitoring for the naturally occurring NA 274Y mutation in this virus is necessary.     

长沙市甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因序列分析

目的对长沙市甲型H1N1流感病毒A/changsha/78/2009的神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因进行测序分析,以期了解该病毒的来源及变异情况。方法利用国家流感中心（CNIC）和世界卫生组织（WHO）推荐的NA基因测序引物和CEQTM8000 Genetic Analysis System对2009年长沙市甲型H1N1流感患者阳性鼻咽拭子标本（A/changsha/78/2009）进行测序,测序结果提交至GenBank并利用Lasergene和Mega5软件对测序结果进行氨基酸比对和进化树分析。结果 A/changsha/78/2009 NA基因GenBank登录号为：GQ463958.1,与瑞典斯德哥尔摩甲型H1N1流感病毒分离株A/Stockholm/37/2009（H1N1）核苷酸同源性为100%;进化树分析显示A/changsha/78/2009 NA基因属于欧亚猪流感分支,包含A/changsha/78/2009在内的甲型H1N1流感病毒与A/swine/Spain/WVL6/1991（H1N1）亲缘关系近;A/chang-sha/78/2009与A/swine/Spain/WVL6/1991 NA基因均有7个潜在糖基化位点,A/changsha/78/2009 NA基因未发生H274Y位点突变。结论包含A/changsha/78/2009在内的甲型H1N1流感病毒NA基因可能来源于欧亚猪流感病毒,A/changsha/78/2009病毒对神经氨酸酶抑制剂类药物敏感。     

2009-2017年烟台地区甲型(H1N1)pdm09流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的 分析2009-2017年烟台地区甲型（H1N1）pdm09流感病毒流行情况及神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因进化特征。方法 收集2009年8月~2017年8月烟台地区两家哨点医院流感样病例咽试子标本10 236份,狗肾细胞（Madin-Darby canine kidney cell,MDCK）分离流感病毒,血凝抑制实验进行病毒分型。选取甲型（H1N1）pdm09流感毒株43株,扩增NA基因全序列并测序,应用分子生物学软件分析其遗传变异特征。结果 系统发生分析表明大部分烟台分离株属于2、7、6C、6B.1和6B.2基因型;NA蛋白分子多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株相比,6、7基因型增加了44位糖基化位点;6B.1和6B.2基因亚型,减少了386位糖基化位点;运用固定效应似然比模型和内部固定效应似然比模型发现34和386两个正向选择压力位点,NA蛋白酶活性中心位点及周围辅助位点均未发生变异。结论 2009-2017年烟台地区甲型（H1N1）pdm09流感病毒NA基因持续发生变异,仍对神经氨酸酶抑制剂敏感,未来仍应加强流感流行状况和病原基因特征监测。     

2017年广州市16株H3N2流感病毒耐药基因分子特征分析

目的 分析广州市H3N2流感病毒耐药基因遗传进化和变异情况。方法 对广州市2017年H3N2流感病毒进行分离,选择16株病毒对流感病毒耐药相关的NA(Neuraminidase,神经氨酸酶)和M2(Matrix protein 2,基质蛋白2)基因进行序列测定,使用DNA Star和MEGA软件对耐药基因的分子特征进行分析。结果 本研究16株毒株在M2蛋白上均表现为对烷胺类药物耐药,NA蛋白的神经氨酸酶抑制剂作用位点均未发生突变,表现为对神经氨酸酶抑制剂敏感,但监测发现3C.2a.1分支内1株病毒在NA蛋白催化位点发生R224K变异。与疫苗株A/Hong Kong/4801/2014相比,16株毒株抗原位点和潜在糖基化位点都发生较大变异,抗原位点变异多发生在D339N,所有毒株在245位增加了一个糖基化位点NAT。基因进化分析发现,2017年广州市H3N2流感病毒呈现多分支进化特点,提示进化来源较为多样。结论 监测发现3C.2a.1流行分支内出现酶活性位点变异毒株,因此需要重点关注变异株是否会随着3C.2a.1分支的流行而进一步扩散,以及酶活性位点的变异是否会降低病毒对神经氨酸酶抑制剂敏感性。     

2005年广西H1N1亚型流感病毒基因特性研究

目的阐明2005年广西流行的H1N1亚型流感病毒血凝素基因变异情况。方法挑选3株2005年广西流感病毒分离株,进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后使用DNA—STAR分析软件进行进化特性分析。结果HA1区核苷酸序列和氨基酸序列分析表明,与2005年的国际疫苗推荐株A／New Caledonia／20／1999（H1N1）比较,三株分离株的HA1蛋白均含有7个糖基化位点。分离株A／Gx／566／2005发生以下氨基酸位点替换：82T〉K、94Y〉R、145R〉K、165V〉A,208R〉K、251W〉R、266T〉N,其中165位点位于HA1的抗原决定簇上。分离株A／GX／8／2005及分离株A／GX／13／2005发生了以下位点变异：165V〉A、194E〉G、251W〉R、252Y〉F、314V〉A,其中165及194位于HA1抗原决定簇上。结论2005年在广西同时流行着三系不同的H1N1病毒。一系接近国际疫苗推荐株A／New Caledonia／20／1999（H1N1）东部江苏的2000—2002年毒株,一系接近江苏2005—2006年毒株。尤其需要密切关注与疫苗株HA1蛋白发生较大变异一系H1N1,避免此系H1N1病毒的流行和暴发。     

2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因变异情况。方法 选取2017 - 2018年度分离的6株甲型H1N1流感毒株进行全基因测序,利用生物信息学软件对分离株的HA和NA基因进行进化和变异分析,并与北半球疫苗株A/Michigan/45/2015进行对比;采用MEGA（5.05） 软件NJ法构建基因进化树,进行系统进化分析。结果 陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒阳性占比36.85%,流行高峰为2017年12月和2018年1月。6株甲型H1N1流感病毒测序得到的HA、NA序列与疫苗株比对,分别有12、11个氨基酸位点发生变异,其中HA有7个位点变异发生在抗原决定簇,受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定;NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒为优势流行株。目前甲型H1N1流感病毒与WHO推荐的新疫苗株高度同源。