湖州市散发急性胃肠炎病例诺如病毒检测结果分析

目的分析湖州市散发急性胃肠炎病例诺如病毒感染的分子流行病学特征。方法选取2014年7月—2015年6月湖州市某哨点医院873例散发急性胃肠炎病例为研究对象,采用实时荧光定量RT-PCR方法对病例粪便标本进行诺如病毒核酸检测,选取部分阳性标本进行核苷酸序列测定,确定诺如病毒基因型并作流行病学分析。结果 873份腹泻粪便标本,检出诺如病毒核酸阳性256份,阳性率为29.32%;其中GⅠ型2份,GⅡ型254份。选取核酸浓度较高的169份PCR扩增阳性产物进行序列分析,结果显示:2株GⅠ型诺如病毒分属于GⅠ.7和GⅠ.Pb/GⅠ.6基因型;167株GⅡ型诺如病毒共存在10种基因亚型,以GⅡ.P17/GⅡ.17(65.27%)和GⅡ.Pe/GⅡ.4(28.74%)基因型为主,其他基因型有GⅡ.21、GⅡ.3、GⅡ.2、GⅡ.6、GⅡ.7、GⅡ.13、GⅡ.P7/GⅡ.6和GⅡ.P12/GⅡ.4,重组株出现频率高。诺如病毒感染的发病高峰为10月至次年3月。结论诺如病毒是湖州市散发急性胃肠炎病例的主要病原菌之一,其中GⅡ.P17/GⅡ.17型是流行的优势株。     

2013年海盐县诺如病毒流行株的监测和基因型分析

目的了解2013年海盐县诺如病毒流行株基因型谱分布。方法 2013年收集170例腹泻患者粪便标本,利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测诺如病毒核酸,挑选部分毒株进行核苷酸序列测定并构建系统进化树。结果检测170例腹泻患者粪便标本,诺如病毒阳性24份,检出率为14.12%;其中诺如病毒GⅠ基因组1份,占4.17%,序列测定为GⅠ.2基因型;GⅡ基因组23份,占95.83%,选4株进行序列测定,比对结果 1株属于GⅡ.4基因型2006b变异株,3株属于GⅡ.4基因型Sydney变异株。结论 2013年海盐县诺如病毒流行株基因型呈现多样性,以GⅡ.4 Sydney变异株为优势流行株,首次检出GⅠ基因组。     

2011年-2013年珠海市诺如病毒胃肠炎暴发的病毒分子流行病学分析

目的研究珠海市诺如病毒胃肠炎暴发的分子流行病学特征及流行株基因型的演化情况。方法收集珠海市2011年-2013年28起胃肠炎暴发疫情患者肛拭子标本619份,采用荧光逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)定性检测诺如病毒RNA,按要求选取部分诺如病毒RNA阳性标本扩增诺如病毒衣壳蛋白,进行测序及同源性分析。结果其中17起疫情由诺如病毒感染引发,检测阳性率为19.55%(121/619);选取诺如病毒RNA阳性标本57份进行测序分型,成功分型的标本为47份,全部为No V GⅡ,14株为GⅡ.4型(其中5株为GⅡ.4 2006b,另外9株为GⅡ.4/Sydney_2012);12株属于GⅡ.3型;3株属于GⅡ.5型;18株属于GⅡ.6型。结论珠海市诺如病毒引起的食物中毒流行株属于GⅡ组,但基因亚型存在多样性,并且在短时间内造成多处暴发疫情,提示该状况将是今后防控监测的重点。     

2012-2014年湖南省感染性腹泻哨点医院儿童诺如病毒感染及基因型别分析

目的 了解湖南省感染性腹泻哨点医院儿童诺如病毒的感染状况及基因型别。 方法 2012年1月-2014年12月采集湖南省哨点医院腹泻患儿的粪便标本,应用诺如病毒特异性引物进行扩增,选择扩增阳性产物进行基因测序和进化分析。 结果 936份粪便标本RT-PCR检测诺如病毒核酸,阳性100份,阳性率10.68%。对40份诺如病毒核酸阳性标本进行基因序列测定与分析,38份为GⅡ型,其中31份为GⅡ.4型。在31株GⅡ.4型中,Sydney 2012和GII.4 Den Haag 2006b各栓出14株。 结论 2012-2014年湖南省哨点医院儿童腹泻病例中诺如病毒的感染率较高,GⅡ.4是优势株,其中GⅡ.4 sydney 2012和Den Haag 2006b是主要型别。     

2018—2022年焦作市<18岁人群感染诺如病毒基因分型分析

目的 了解焦作市2018—2022年<18岁人群诺如病毒的流行株基因型及同源性。方法 收集2018—2022年焦作市<18岁人群腹泻病例粪便标本,提取RNA,通过荧光定量PCR方法,检测诺如病毒GⅡ型,筛选出阳性标本,应用RT-PCR扩增RdRp部分基因片段和VP1全长基因片段,RT-PCR阳性扩增产物进行基因测序,分析流行株基因型并构建系统进化树。结果 共采集2 453份粪便标本,检出诺如病毒GⅡ阳性394份,含8个基因亚型,依次为GII.P16/GII.2(占35.79%)、GII.P17/GII.17(占34.26%)、GII.P16/GII.1(占14.97%)、GII.P12/GII.3(占6.60%)、GII.Pe/GII.4(占3.55%)、GII.P8-GII.8(占2.28%)、GII.P7-GII.6(占1.27%)、GII.P7-GII.14(占1.27%)。结论 2018—2022年焦作市<18岁人群诺如病毒感染为多基因型毒株共同流行,可能加速新的基因重组型毒株出现,需加强关注。     

GII.17型诺如病毒流行及进化特征的研究进展

人诺如病毒(Human Norovirus,HNoV)是单链正股RNA病毒,属于杯状病毒科诺如病毒属,是引起非细菌性急性胃肠炎的主要病原。近几十年来,GⅡ.4基因型诺如病毒是全球最主要的流行基因型,而GⅡ.17基因型很少报道。2013年以来,GⅡ.17基因型诺如病毒引起的感染增多,并在我国及日本等亚洲国家和地区引起暴发流行。研究显示此次GⅡ.17基因型诺如病毒的暴发流行是因其基因进化形成新的变异株导致,变异株在衣壳区P2结构域发生的突变导致其抗原性及组织血型抗原结合特性发生了重要变化。本文主要通过回顾GⅡ.17基因型诺如病毒的相关研究文献,对其流行及进化特征进行了综述。     

一起诺如病毒所致急性胃肠炎的病原学调查

目的确定天津市一起水源性急性胃肠炎暴发的致病原。方法采集病例粪便标本,饮用深井水标本,采用荧光定量(Real-time PCR)检测病毒核酸,包括轮状病毒、杯状病毒、星状病毒和肠道腺病毒,阳性标本进行逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增及测序分析。对粪便标本进行常见肠道致病菌的检测。结果采集粪便标本33份,检出诺如病毒GⅠ型阳性5份(15.2%),诺如病毒GⅡ型阳性12份(36.4%),诺如病毒GⅠ型、GⅡ型均阳性3份(9.1%)。经测序分析1株GⅠ型为GⅠ/14基因型;4株GⅡ型中,2株为GⅡ/8型,1株为GⅡ/6型,1株为GⅡ/2基因型。轮状病毒(A,B,C组)、札如病毒、星状病毒、肠道腺病毒和肠道致病菌检测均为阴性。3份饮水标本中轮状病毒(A,B,C组)、诺如病毒(GⅠ型,GⅡ型)、札如病毒、星状病毒、肠道腺病毒检测均为阴性,常见肠道致病菌检测结果均为阴性。结论本次水源性急性胃肠炎暴发系由诺如病毒GⅠ型/Ⅱ型混合感染引起。     

浙江省2006-2007年暴发性胃肠炎中诺如病毒的分子流行病学分析

目的 分析浙江省2006-2007年暴发性病毒性胃肠炎中诺如病毒感染的分子流行病学特征.方法 收集监测期间暴发性病毒性胃肠炎疫情患者的粪便标本及相关流行病学资料.采用RT-PCR及荧光定量RT-PCR检测诺如病毒.随机选掸部分阳性标本扩增部分多聚酶区和衣壳蛋白片段,进行序列测定,结合诺如病毒I(GI)、Ⅱ(GⅡ)基因型参考株进行进化分析.结果 诺如病毒感染暴发性胃肠炎共5起,发生时间均集中于9-12月,送检标本63份,诺如病毒检测阳性45份.序列分析结果显示,浙江省诺如病毒序列与诺如病毒GⅡ/4型参考株同源性最高,其中与北京2006年、荷兰2006年诺如病毒GⅡ/4型变异株最为接近,核苷酸同源性分别为99.7%和98.5%～99.0%.诺如病毒与北京、荷兰流行的GⅡ/4型变异株处于同一分支.结论 诺如病毒是浙江省病毒性腹泻暴发疫情的重要病原体,流行时间集中于秋季,其流行株为GⅡ/4型变异病毒株.     

无锡一起诺如病毒感染性腹泻病原基因测序分析

目的对无锡一起诺如病毒急性胃肠炎疫情进行病原基因测序分析,以确证其病原体,并对其基因进行分型。方法采用荧光定量PCR法对74份疫情病例样本进行诺如病毒RNA检测,在阳性标本中取3份病毒样本和1份日常监测检出的诺如病毒Ⅱ型阳性标本,经RT-PCR扩增,然后纯化、测序和进化树分析。结果 74份疫情样本中的17份样本测出诺如病毒Ⅱ型RNA,阳性率23%;其中3株疫情病毒和1株日常哨点医院腹泻病监测所得的Ⅱ型诺如病毒的ORF1-ORF2连接区序列与DNA Data Bank of Japan(DDBJ)中的GII.4参考株Lordsdale病毒(Lordsdale virus,LV)同源性最高,达95%。结论序列测定结果证实这起无锡急性胃肠炎疫情是诺如病毒感染所致,其病毒基因型为GⅡ.4型。     

广西壮族自治区首次检出的GⅡ.4型诺如病毒N/S区基因特征

目的 了解广西壮族自治区一起感染性腹泻疫情中GⅡ.4型诺如病毒(Norovirus)的基因特征.方法 采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应,对采集于这起疫情的34份粪便标本进行诺如病毒核糖核酸(RNA)的检测,并对随机选取的1份阳性样本进行N/S区核苷酸序列测定和分析,并构建系统进化树.结果 34份粪便标本中,有29份检测诺如病毒RNA阳性,阳性率为85.3%.随机选取的1株诺如病毒株(LC17株)的N/S区核苷酸序列与GⅡ型所有亚型参考株相比,其与第4亚型(GⅡ.4型)的参考株--Lordsdale/1993/UK株的核苷酸序列同源性为93.3%,在遗传进化树图中,与GⅡ.4型株病毒在一簇.与早年流行的GⅡ.4型流行株同源性为94.7%～96.5%,与国内外2006年流行株同源性为98.2%～98.6%,但与1株广州株相比,同源性仅为94.7%.结论 此次感染性腹泻疫情是由诺如病毒GⅡ.4型感染所致,其病毒基因型在广西壮族自治区是首次发现和报导.GⅡ.4型毒株在不断的进化,并在核甘酸序列特征和毒株地域分布上表现出多样性,需加强对诺如病毒的分子流行病学研究,了解基因型的分布,鉴别其来源和传播途径,对控制诺如病毒感染有重要意义.     

大连地区在食源性腹泻病例中检出GⅡ.17诺如病毒

目的了解大连地区流行的GⅡ型诺如病毒基因特征及其分布,为预防控制诺如病毒流行提供依据。方法采用荧光定量RT-PCR方法对2015年大连地区哨点医院上送的1 253份食源性腹泻病例粪便标本进行GⅡ型诺如病毒检测,对部分阳性标本进行亚型检测和基因特征分析。结果 1 253份标本中,检出GⅡ诺如病毒20份,阳性率为1.6%,其中8株GⅡ型诺如病毒经ORF1和ORF2连接区扩增和测序,发现5株为GⅡ.17,3株为GⅡ.4。进化树分析发现,本次大连地区检出的GⅡ.17和GⅡ.4分别与2015年韩国株和2015年中国台湾株亲缘关系密切。结论大连地区存在GⅡ.17和GⅡ.4诺如病毒流行,GⅡ.17诺如病毒在大连地区首次被检出。GⅡ.17是否是大连地区的优势流行株,还有待进一步跟踪监测。     

中国2006—2007年诺如病毒胃肠炎暴发及其病原学特征分析

目的 了解中国2006-2007年诺如病毒胃肠炎暴发及其病毒基因型别.方法 收集2006-2007年19起胃肠炎暴发的流行病学资料以及腹泻粪便样本,用RT-PCR方法对201份粪便标本进行诺如病毒、轮状病毒、星状病毒、腺病毒和札如病毒检测,对扩增产物进行序列测定.用Clustal X 1.83和MEGA4.0生物软件对诺如病毒序列进行序列比对和系统进化分析.结果 诺如病毒是引起病毒性胃肠炎暴发的主要病原之一(12/19,63.2%).在12起诺如病毒胃肠炎暴发中,变异株GⅡ-4/2006b是引起暴发的流行优势株(11/12,91.7%),其他型别包括GⅡ-17、GⅡ-6和GⅡ-3.诺如病毒引起的疫情暴发主要集中在冬春季节(12月至4月),发生场所多样,且各年龄组人群均有发病.同时,12起诺如病毒暴发中有2起与其他腹泻病毒混合感染,且在同一起暴发中病原具有病毒多样性和基因型别多样性.结论 诺如病毒是2006-2007年引起胃肠炎暴发疫情的主要病原之一,变异株GⅡ-4/2006b为流行优势株.     

2008年广州市婴幼儿诺如病毒感染流行特征及基因型研究

目的了解广州市5岁以下婴幼儿诺如病毒感染状况及对诺如病毒阳性株进行基因型分析。方法收集广州市2008年5家病毒性腹泻监测点医院的门诊临床诊断为病毒性腹泻的5岁以下患儿临床资料及粪便标本692份,采用ELISA方法检测轮状病毒、腺病毒、星状病毒和诺如病毒抗原,将诺如病毒抗原阳性的标本用RT-PCR方法进行诺如病毒核酸扩增,阳性产物回收、纯化并测序,结合GenBank中的相关序列进行型别流行特点分析。结果 692份标本中,ELISA方法检测4种病毒的阳性率分别为轮状病毒31.9%(221/692)、诺如病毒21.2%(147/692)、腺病毒6.1%(42/692)、星状病毒1.2%(8/692),混合感染占6.8%(47/692)。诺如病毒腹泻病例发病高峰在9—11月份,占51.7%(76/147),2岁以下病例数占91.8%(135/147)。临床症状以腹泻、呕吐、发热、腹痛为主。147份诺如病毒ELISA阳性标本中RT-PCR方法检测诺如病毒核酸阳性率为84.4%(124/147),经测序及与GenBank中的相关序列比对,证实124份均属诺如病毒GⅡ遗传组,其中1份是GⅡ2型,其余均为GⅡ4型,GⅡ4型中又有不同分支。结论诺如病毒是广州市5岁以下儿童病毒性腹泻的常见病原之一,仅次于轮状病毒,常见于2岁以下婴幼儿,流行优势株基因型为GⅡ4型。     

一起急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的研究导致本次急性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒的分子流行病学特征。方法对2015年2月7日北京市某旅行团急性胃肠炎暴发疫情病例标本进行实时荧光定量PCR(Real-time PCR)检测,并对感染病例的诺如病毒进行RNA依赖性RNA聚合酶基因(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)和VP1区基因序列的检测和分析。结果 18份便标本经Real-time PCR检出12份GⅡ型诺如病毒阳性标本,RdRp区和VP1区序列扩增各得到11条诺如病毒基因序列。根据RdRp区和VP1区系统进化分析证明感染病例的诺如病毒分型为GⅡ.17型。该病毒株与引起暴发疫情的诺如病毒GⅡ.17型新变异株珠海ZHITHC-12株高度同源,RdRp区和VP1区核苷酸差异分别为0%和0.1%,氨基酸差异均为0%。结论引发北京某旅行团旅客急性胃肠炎暴发疫情的病原体是引起中国2015年暴发流行的诺如病毒GⅡ.17型新变异株。     

2017—2018年成都地区诺如病毒聚集性疫情病原基因型分析

目的 分析2017—2018年成都地区诺如病毒聚集性疫情中病毒基因型构成情况,为疾病防控工作提供依据。方法 选取2017—2018年诺如病毒聚集性疫情标本,对病毒基因RdRp及VP1区片段测序,构建进化树并进行同源性分析。结果 测序结果显示,68份肛拭子标本中 16.2%(11/68)为GⅠ群(包括GⅠ.2、GⅠ.3和GⅠ.5型),83.8%(57/68)为GⅡ群(包括GⅡ.P16-GⅡ.2、GⅡ.P17-GⅡ.17、GⅡ.P8-GⅡ.8、GⅡ.P12-GⅡ.3、GⅡ.P7-GⅡ.6和GⅡ.P15-GⅡ.15型)。2017年以GⅡ.P16-GⅡ.2型为主;2018年GⅠ群及GⅡ.P17-GⅡ.17型均显著增加,同时检出其他4种基因型。各基因型病毒变异不明显,核苷酸同源性为93.4%~100%。结论 2018年成都地区诺如病毒流行株基因型构成较2017年复杂,可能与聚集性疫情增长有关。应持续监测诺如病毒基因型流行情况,及时掌握病毒变异动态,以期提高疾病防控的预警能力。     

丽水市一起学校暴发诺如病毒疫情的实验室基因检测分析

目的测定丽水市一起学校病毒性胃肠炎暴发疫情诺如病毒的RNA聚合酶区(RdRp)和衣壳蛋白区(VP1)基因序列,从分子水平对病原进行分型鉴定。方法收集疫情现场现症患者肛拭子、呕吐物、各类饮用水、可疑食物留样标本总计98份,采用荧光定量PCR方法检测诺如病毒,将阳性标本通过测序引物RT-PCR扩增RdRp和VP1基因序列并测定,通过生物信息学软件进行基因分型鉴定和序列分析。结果共检出诺如病毒阳性4份,阳性检出率为4.08%(4/98),均为GⅡ基因型;RdRp和VP1序列BLAST和种系发生分型结果均显示为诺如病毒GⅡ.4亚型。结论诺如病毒优势流行株GⅡ.4亚型是本次学校病毒性胃肠炎暴发疫情的重要病原体。     

诺如病毒感染与致病机制研究进展

<正>诺如病毒(norovirus,NV)是引起人非细菌性急性胃肠炎疫情暴发和婴幼儿急性腹泻的主要病原体,特别是引起病毒性腹泻暴发的重要病因。诺如病毒可分为7个基因组(GⅠ～GⅦ组),40个基因型。GⅠ、GⅡ、GⅣ组主要引起人类感染,其中GⅠ组有9个基因型,GⅡ有22个基因型,而GⅣ仅有2个基因型。从20世纪90年代至今,GⅡ.4 NV已经逐渐成为了世界范围内的优势流行株,并且造成了至少4次全球性的疾病流行。长期以来,普遍存在着诺如病毒优     

2015—2020年湖南省感染性腹泻病原学及分子流行病学特征分析

目的 了解湖南省感染性腹泻的病原谱,追踪其分子流行病学演变趋势,为感染性腹泻的综合防治提供科学依据。 方法 通过哨点监测结合暴发疫情监测的方法,收集2015—2020年湖南省感染性腹泻标本,对细菌病原采用细菌培养、生化鉴定进行检测;对病毒病原采用分子生物学方法进行分型鉴定,并对部分PCR阳性标本进行序列测定。 结果 哨点医院主动监测的总阳性率为35.61%,病毒检出率20.26%高于细菌检出率11.26%,混合病原感染检出率为4.09%。细菌病原谱以沙门菌O∶4群鼠伤寒型为主,病毒病原谱以轮状病毒A组G9P[8]型和诺如病毒GⅡ.4Sydney[P31]型感染为主。不同监测、不同年份的病原谱构成及其基因型变迁规律各不相同:哨点医院监测细菌阳性率低而病毒阳性率高时,诺如暴发疫情随之增加;暴发疫情中诺如病毒感染为86.78%,其中69.43%为GⅡ型感染,12.42%为GⅠ型感染,混合感染占3.03%。诺如病毒暴发疫情具有明显季节性,优势基因型为GⅡ.2[P16]占42.97%。 结论 2015—2020年湖南省感染性腹泻病毒类病原体高于细菌类,鼠伤寒沙门菌、A组轮状病毒G9P[8]和诺如病毒GⅡ.4 Sydney [P31]是最主要的病原体和优势血清/基因型;GⅡ.2 [P16]是诺如病毒暴发流行的优势基因型;通过连续哨点监测的数据支持,提前为暴发疫情做好了防控,促成了湖南省感染性腹泻发病率的平稳下降。     

一起诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发的分子流行病学分析

目的了解青岛市某小学暴发的一起急性胃肠炎中诺如病毒感染的分子流行特征。方法将收集到的患者的粪便标本27份,采用RT-PCR方法进行诺如病毒检测,阳性标本进行核苷酸序列测定和遗传进化树分析,确定基因型。结果青岛市2012年12月份暴发的病毒性胃肠炎,27份粪便标本中检测出9株阳性毒株,阳性率为33.33%,其中7株测序成功,2株由于病毒浓度较低而测序失败。检测出的7株阳性毒株进行同源性分析,结果显示所测序列与诺如病毒参考株JX459908_GⅡ-4/Sydney\NSW0514\2012\AU的同源性均为100%,证实为诺如病毒GⅡ型,利用基因进化树分析得出是由GⅡ.4亚型的诺如病毒引起。结论诺如病毒是引起此次急性胃肠炎暴发流行的主要病原体,且引起暴发的流行病毒株属于GⅡ.4型。     

山东省济宁市病毒性腹泻样本诺如病毒分子流行病学与基因特征分析

目的 了解山东省济宁市诺如病毒的分子流行病学特征及诺如病毒的优势基因型,为诺如病毒感染防控提供科学依据。方法 按照《山东省病毒性腹泻监测方案》,2018年1月-2020年12月从山东省济宁市每县(市、区)每月采集3～5份病毒性腹泻标本,进行流行病学调查,采用Real time RT-PCR方法检测诺如病毒GI/GⅡ组,对阳性样本进行基因型别鉴定。结果 共采集粪便标本1 230份,诺如病毒阳性165份(其中GⅠ8份、GⅡ157份),检出率为13.41%(165/1 230)。每年除2月份外,其他月份均检出诺如病毒,以6月、7月检出率高。基因型分别为GⅡ.4型25份,占32.05%;GⅡ.2型18份,占23.08%;GⅡ.6型14份,占17.95%;GⅡ.3型13份,占16.67%。3年间优势毒株不同,2018年为GⅡ.3型9份,占69.23%;2019年为GⅡ.2型14份,占43.75%;2020年为GⅡ.4型17份,占53.13%。结论 山东省济宁市诺如病毒感染6月和7月流行强度较强,以GⅡ组为主,基因型存在多样性,处于动态变化中,以GⅡ.2[P16]型和GⅡ.4[P31]型为主要型别...