应用DNA微阵列技术快速鉴定分枝杆菌菌种

目的利用DNA微阵列的高通量、高效性,建立一种快速、简便的分枝杆菌分子菌种鉴定方法,为临床医师正确诊断提供依据。方法以DNA直接测序法为对照,通过PCR-SSCP和DNA微阵列技术分析28种分枝杆菌标准菌株、9种非分枝杆菌和465株分枝杆菌临床分离株的菌种。结果应用DNA微阵列技术分析28种分枝杆菌标准菌株和9种非分枝杆菌菌株,特异性100％。465株分枝杆菌临床分离株中,经16S rRNA PCR-SSCP初步菌种鉴定,256株为结核分枝杆菌复合群,应用DNA微阵列分析,显示与分枝杆菌属探针M和结核分枝杆菌复合群探针a杂交阳性,两种鉴定方法结果一致;209株PCR-SSCP初步鉴定为非结核分枝杆菌的分离株,经芯片分析,68株为龟分枝杆菌龟亚种和脓肿亚种,46株为胞内分枝杆菌,34株为堪萨斯、瘰疬、胃和猿猴分枝杆菌复合群,31株为偶然分枝杆菌,16株为戈登分枝杆菌,3株为鸟分枝杆菌,2株为海和溃疡分枝杆菌复合群,1株为土分枝杆菌, 1株为迪氏分枝杆菌,1株为草分枝杆菌;另6株只与探针M杂交,经测序显示5株为胞内分枝杆菌,但其基因序列与标准菌株不完全相同,1株为新金色分枝杆菌,芯片上无鉴定该菌种的探针。结论用DNA微阵列可简便、快速、灵敏、特异地将大多数分枝杆菌鉴定到种,提高分枝杆菌病的正确诊断率,指导临床合理治疗。     

应用DNA微阵列技术快速鉴定分枝杆菌菌种

目的 利用DNA微阵列的高通量、高效性,建立一种快速、简便的分枝杆菌分子菌种鉴定方法,为临床医师正确诊断提供依据.方法 以DNA直接测序法为对照,通过PCR-SSCP和DNA微阵列技术分析28种分枝杆菌标准菌株、9种非分枝杆菌和465株分枝杆菌临床分离株的菌种.结果 应用DNA微阵列技术分析28种分枝杆菌标准菌株和9种非分枝杆菌菌株,特异性100%.465株分枝杆菌临床分离株中,经16S rRNA PCR-SSCP初步菌种鉴定,256株为结核分枝杆菌复合群,应用DNA微阵列分析,显示与分枝杆菌属探针M和结核分枝杆菌复合群探针a杂交阳性,两种鉴定方法结果一致;209株PCR-SSCP初步鉴定为非结核分枝杆菌的分离株,经芯片分析,68株为龟分枝杆菌龟亚种和脓肿亚种,46株为胞内分枝杆菌,34株为堪萨斯、瘰疬、胃和猿猴分枝杆菌复合群,31株为偶然分枝杆菌,16株为戈登分枝杆菌,3株为鸟分枝杆菌,2株为海和溃疡分枝杆菌复合群,1株为土分枝杆菌,1株为迪氏分枝杆菌,1株为草分枝杆菌;另6株只与探针M杂交,经测序显示5株为胞内分枝杆菌,但其基因序列与标准菌株不完全相同,1株为新金色分枝杆菌,芯片上无鉴定该菌种的探针.结论 用DNA微阵列可简便、快速、灵敏、特异地将大多数分枝杆菌鉴定到种,提高分枝杆菌病的正确诊断率,指导临床合理治疗.     

应用基因芯片技术检测结核分枝杆菌链霉素耐药性的研究

目的研制一种新型DNA芯片,用于快速检测结核分枝杆菌耐链霉素rpsl和rrs基因突变。方法根据结核分枝杆菌rpsl和rrs基因序列设计探针并制作DNA芯片,用TAMRA(四甲基罗丹明)标记的引物扩增结核分枝杆菌rpsl和rrs基因突变热点的片段,与DNA芯片杂交,同时以聚合酶链反应-单链构象多态性(polymerase chain reaction-single stranded conformation polymorphism,PCR-SSCP)和DNA测序法为对照。结果144株结核分枝杆菌临床分离株中,42株链霉素敏感株的PCR-SSCP和DNA芯片杂交结果与结核分枝杆菌标准株完全相同;102株链霉素耐药株中有79株检测到rpsl基因突变77.5%(79/102),其中74株为43位密码子AAG→AGG突变,5株为88位密码子AAG→AGG突变;rrs基因突变5%(5/102),4株为513位密码子A→C突变,1株为516位密码子C→T突变,均与PCR-SSCP和DNA芯片杂交结果一致,余18株未检测到突变。结论用DNA芯片可快速、特异地检测出大多数结核分枝杆菌耐链霉素分离株的rpsl和rrs基因突变,可用于临床耐药性的检测,指导临床用药。     

DNA芯片技术检测结核分枝杆菌耐药基因

目的应用DNA芯片杂交技术快速检测临床分离株中结核分枝杆菌对异烟肼（INH）、利福平（RIF）、链霉素（SM）和乙胺丁醇（EMB）的耐药性,并评价其临床应用价值。方法采用DNA芯片技术,将固定于硝酸纤维素膜上的四种药物常见耐药基因的特异性探针,与结核分枝杆菌临床分离株生物素标记的聚合酶链反应产物进行杂交,共对97株临床分离株进行检测,并将结果与绝对浓度法药敏试验结果进行比较。结果INH、RIF、SM和EMB的耐药基因检出的灵敏度分别为89．6％、98．6％、81．8％和88．2％,特异度分别为93．3％、100％、100％和100％。结论简便快速敏感的DNA芯片杂交方法适用于临床批量结核分枝杆菌耐药性的初筛。     

结核分枝杆菌耐喹诺酮临床分离株gyrA基因突变的研究

目的 了解结核分枝杆菌喹诺酮(quinolones)耐药株耐药基因突变情况，评价其应用价值。方法 通过16S rRNA聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术分析77株分枝杆菌临床分离株；通过PCR-SSCP和直接测序技术分析结核分枝杆菌的gyrA基因突变的情况。结果 75株为结核分枝杆菌复合群。30株喹诺酮敏感株的gyrA基因的SSCP图谱中，11株与H37Rv相同，19株与卡介苗相同；与卡介苗gyrA基因的SSCP图谱相同的敏感株95位密码子为ACC，与H37Rv该图谱相同的敏感株95位密码子为AGC。45株喹诺酮耐药株中，34株(75．6％)gvrA基因SSCP图谱泳动异常，对25株泳动异常、出现频率较高耐药株测序证实15株(44．1％)为94位密码子GAC→GGC突变；10株(29．4％)为90位密码子GCG→GTG的突变。结论 结核分枝杆菌耐喹诺酮与gyrA基因突变有关，PCR-SSCP可能成为测定结核分枝杆菌耐喹诺酮类药基因型的快速、简便的方法。     

结核分枝杆菌耐药基因检测及临床应用

全球约有三分之一的人感染过结核分枝杆菌(TB),每年因结核分枝杆菌感染死亡的病例达100多万[1].我国是结核病高负担国家,肺结核病患者达500万,占全球总数的1/4.耐多药结核分枝杆菌(MDR-TB)和广泛耐药结核分枝杆菌(XDR-TB)感染已经对结核病防控工作构成严峻挑战,全球每年880多万新发结核分枝杆菌感染病例中,约有65万感染MDR-TB,我国高达9.3％[2-3].结核分枝杆菌耐药可以通过药物敏感试验和基因突变检测,前者检测表型耐药,后者检测基因型耐药.基因型耐药检测简便快速,关于基因型耐药与表型耐药,以及不同药物浓度下的表型耐药与基因型耐药的关系鲜见报道.本研究对120株结核分枝杆菌进行了表型耐药与基因型耐药的检测,并分析了新发现的与利福平耐药有关的rpoC基因,现将结果报道如下.     

应用PCR-SSCP技术检测痰中结核分枝杆菌katG、rpoB、embB基因突变的研究

目的 应用PCR-SSCP技术检测痰样本中结核分枝杆菌katG、rpoB、embB基因突变,探索其临床应用价值.方法 以结核分枝杆菌标准株H37Rv为对照,应用套式PCR扩增目的基因,并使用SSCP技术直接检测100例耐药患者和10例敏感患者痰样本中结核分枝杆菌katG、rpoB、embB基因突变并进行基因测序,将SSCP结果及测序结果与细菌培养药敏结果进行比较分析.结果 PCR-SSCP直接检测痰样本中的结核分枝杆菌katG基因突变的敏感性和特异性分别是55.9%和70.0%,rpoB为76.0%和90.0%,embB为46.4%和60.0%.结论 PCR-SSCP操作快速、简单,敏感性和特异性较高,可用来直接检测临床痰样本中结核分枝杆菌katG、rpoB、embB基因突变.     

某高级中学结核病爆发分离菌株的实验室鉴定

目的鉴定从某中学结核病爆发分离菌株的种属。方法对2006年5—8月,辽宁省某高级中学发生的10例痰检阳性病例中的3份痰标本分离的菌株经表型鉴定方法;传统生化方法;扩增hupB基因、dnaA-dnaN 和NTF-1区;Spoligotyping 以及MIRU基因分型;16S rRNA基因、16S-23S ITS和hsp65基因测序以及hsp65基因限制性酶切分析进行鉴定。结果临床分离株经生化方法初步鉴定1份为结核分枝杆菌复合群和2份为非结核分枝杆菌,随后经表型鉴定和扩增hupB基因、dnaA-dnaN 和NTF-1区;Spoligotyping 以及MIRU基因分型,说明属于结核分枝杆菌复合群的菌株为结核分枝杆菌北京基因型现代株,MIRU基因型为223325173533。经16S rRNA基因、16S-23S ITS和hsp65基因测序以及hsp65基因限制性酶切分析说明属于非结核分枝杆菌的菌株为猪分枝杆菌。结论本次从结核病爆发累及病人的标本中分离出结核分枝杆菌北京基因型现代株和猪分枝杆菌,猪分枝杆菌在暴发流行中的意义尚需进一步研究。     

新疆喀什地区结核分枝杆菌分离株氧氟沙星耐药基因gyrA突变位点分析

目的了解新疆喀什地区、石河子地区及华东地区结核分枝杆菌临床分离株对氧氟沙星的耐药性,分析耐药相关基因gyrA喹诺酮耐药决定区(QRDR)突变的位置及类型,以比例法药敏试验为参照,评价DNA测序技术检测氧氟沙星耐药的效率。方法采用比例法药敏试验检测191株结核分枝杆菌临床分离株对氧氟沙星药物的耐药性;对喹诺酮类药物耐药相关基因gyrA的QRDR区进行扩增与测序,分析耐药相关突变位点。以药敏试验结果为标准,通过Kappa值评价DNA测序和药敏试验在结核分枝杆菌临床分离株氧氟沙星耐药检测的一致性。结果 191株临床分离株结核分枝杆菌中16株为氧氟沙星耐药株,氧氟沙星总耐药率为8.37%。对gyrA基因QRDR区域扩增后测序,共发现4个位点存在突变;分别是第56、74、90、94位密码子。其中,第56位密码子处由CTC→CTG,为同义突变。74位密码子突变均发生在喀什分离株,由GCC→GTA,氨基酸由Ala突变为Val;90位密码子由GCG→GTG,氨基酸由Ala突变为Val;94位密码子突变占临床分离株耐药位点突变的71%,共发现GAC→TAC、GAC→GCC、GAC→GGC3种突变类型,第94位氨基酸Asp分别突变为Thr、Ala、Gly。与药敏试验结果比较,DNA测序对结核分枝杆菌临床分离株氧氟沙星耐药检测具有高度一致性(Kappa=0.895)。结论 gyrA基因第74、90、94位密码子的突变与结核分枝杆菌对氧氟沙星药耐药有关,喀什分离株存在74位新突变位点。用DNA测序技术分析结核分枝杆菌gyrA基因氧氟沙星耐药相关突变对判断结核分枝杆菌氧氟沙星类药物耐药性具有较高的灵敏度和特异性,可为结核分枝杆菌氟沙星耐药性诊断提供依据。     

诱导结核分枝杆菌耐katG基因突变过程的分析

目的 在体外建立诱导结核分枝杆菌耐异烟肼药物产生的全过程,分析结核分枝杆菌产生耐药的机理.方法 对结核分枝杆菌强毒株(H37RV)进行诱导试验,与30株临床耐异烟肼药物分离株共同做聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)和序列分析.结果 在第7代H37RV的PCR-SSCP电泳出现异常,经测序证实发生kat...     

DNA指纹技术检测耐多药结核分枝杆菌的应用研究

目的应用结核分枝杆菌DNA指纹技术,了解耐多药结核分枝杆菌的基因型状况并探讨耐多药结核病的分子流行病学。方法以结核分枝杆菌插入序列IS6110序列为模板,设计一对特异外向引物,建立一种结核分枝杆菌DNA指纹技术方法,对临床标本中分离的220株耐多药结核分枝杆菌进行DNA指纹基因分析。同时对实验数据进行聚类分析,进行耐多药结核病分子流行病学研究。结果根据结核分枝杆菌DNA指纹图谱分析,220株耐多药结核分枝杆菌均产生特征DNA指纹图谱,DNA指纹图谱变异很大。每一菌株DNA指纹的拷贝数介于3至18之间。其中大部分菌株,即205株（93.2%）包含613个拷贝,平均为11个带。这205株DNA指纹图谱中,162株为特异的,提示它们在流行病学上是独立的。有58株（26.4%）指纹图谱组成了15个簇,每簇28株,它们的IDNA指纹图谱相同,可能代表了近期的传播。尤其是在此DNA指纹图谱中,其中分子量为200 bp扩增带频率最大,在220株耐多药结核分枝杆菌均出现。结论结核杆菌DNA指纹技术检测可应用耐多药结核分枝杆菌DNA指纹图谱分型,并可用于耐多药结核病分子流行病学调查。     

探讨荧光定量PCR在结核菌检测中的应用

目的探讨荧光定量PCR技术在检测临床标本中结核分枝杆菌的应用价值。方法通过荧光定量PCR技术鉴定350株临床分离株，进行结核分枝杆菌的菌种鉴定和定量分析，同时进行抗酸染色和培养法。结果荧光定量PCR、染色和培养法阳性检出率分别为38．8％（128／330），21．8％（72／330），29．7％（98／330），提高阳性检出率（涂阴）16．97％（56／330），菌种鉴定特异性实验符合率为100％。结论荧光定量PCR技术是一种快速、敏感、特异性强的结核分枝杆菌辅助诊断方法。     

应用PCR-SSCP技术检测痰中结核分枝杆菌katG、rpoB、embB基因突变的研究

目的应用PCR-SSCP技术检测痰样本中结核分枝杆菌katG、rpoB、embB基因突变,探索其临床应用价值。方法以结核分枝杆菌标准株H₃₇R_V为对照,应用套式PCR扩增目的基因,并使用SSCP技术直接检测100例耐药患者和10例敏感患者痰样本中结核分枝杆菌katG、rpoB、embB基因突变并进行基因测序,将SSCP结果及测序结果与细菌培养药敏结果进行比较分析。结果PCR-SSCP直接检测痰样本中的结核分枝杆菌katG基因突变的敏感性和特异性分别是55.9%和70.0%,rpoB为76.0%和90.0%,embB为46.4%和60.0%。结论PCR-SSCP操作快速、简单,敏感性和特异性较高,可用来直接检测临床痰样本中结核分枝杆菌katG、rpoB、embB基因突变。     

硝酸盐还原试验与反向斑点杂交试验联合检测结核分枝杆菌耐药性

目的 联合检测结核分枝杆菌耐药性,以提高其灵敏度和特异性.方法 对126株已知耐药浓度的结核分枝杆菌耐药株和敏感株分别采用硝酸盐还原试验( Nitrate Reductase Assay,NRA)和反向斑点杂交试验(reverse-dot blot hybridization,RBH),检测其异烟肼(INH)和对利福平(RFP)的耐药性,并将结果将与绝对浓度法结果相比较.结果 硝酸盐还原试验和反向斑点杂交试验联合检测与绝对浓度法比较有高度的一致性(P＞0.05),异烟肼灵敏度95.5％,特异性100％;利福平灵敏度100％,特异性98.1％.结论 硝酸盐还原试验和反向斑点杂交试验联合检测可作为快速结核分枝杆菌耐药性试验方法.     

DNA指纹技术检测耐多药结核分枝杆菌的应用研究

目的 应用结核分枝杆菌DNA指纹技术,了解耐多药结核分枝杆菌的基因型状况并探讨耐多药结核病的分子流行病学.方法 以结核分枝杆菌插入序列IS6110序列为模板,设计一对特异外向引物,建立一种结核分枝杆菌DNA指纹技术方法,对临床标本中分离的220株耐多药结核分枝杆菌进行DNA指纹基因分析.同时对实验数据进行聚类分析,进行耐多药结核病分子流行病学研究.结果 根据结核分枝杆菌DNA指纹图谱分析,220株耐多药结核分枝杆菌均产生特征DNA指纹图谱,DNA指纹图谱变异很大.每一菌株DNA指纹的拷贝数介于3至18之间.其中大部分菌株,即205株(93.2%)包含6～13个拷贝,平均为11个带.这205株DNA指纹图谱中,162株为特异的,提示它们在流行病学上是独立的.有58株(26.4%)指纹图谱组成了15个簇,每簇2～8株,它们的IDNA指纹图谱相同,可能代表了近期的传播.尤其是在此DNA指纹图谱中,其中分子量为200 bp扩增带频率最大,在220株耐多药结核分枝杆菌均出现.结论 结核杆菌DNA指纹技术检测可应用耐多药结核分枝杆菌DNA指纹图谱分型,并可用于耐多药结核病分子流行病学调查.     

乙胺丁醇体外诱导结核分枝杆菌耐药性的实验研究

目的研究乙胺丁醇（EMB）体外诱导结核分枝杆菌耐药性,指导临床合理用药。方法对结核分枝杆菌H_（37）Rv实施乙胺丁醇耐药性诱导试验,对诱导菌侏和34株耐药临床分离株进行聚合酶链反应-单链构象多态性（PCR-SSCP）和测序分析（DS）。结果 12株耐药临床分离株和第8代H_（37）Rv诱导株的PCR-SSCP出现异常电泳图谱,DS证实发生embB306 ATG→GTG突变。结论长期间歇低浓度药物刺激能够诱导结核分枝杆菌获得性耐EMB。     

高分辨率熔解曲线技术用于结核分枝杆菌临床分离株异烟肼耐药性的快速检测

目的评价高分辨率熔解曲线分析技术(high-resolution melting curve,HRM)检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性的应用价值。方法 1)通过传统比例法药敏实验对本实验室保存的49株结核分枝杆菌进行异烟肼耐药性分析。2)进一步对该结核分枝杆菌进行异烟肼耐药相关基因KatG基因和inhA基因进行异烟肼耐药决定区测序分析,筛查突变位点。3)根据筛查到的突变位点设计高分辨率熔解曲线分析所用的特异性引物,对异烟肼耐药基因耐药决定区进行高分辨率熔解曲线分析检测DNA突变,评估用高分辨率熔解曲线分析技术对结核分枝杆菌异烟肼耐药性检测的效率。结果 1)比例法药敏结果显示,49株实验菌株中20株为异烟肼耐药株,29株为异烟肼敏感株。2)测序分析结果显示:(1)KatG基因出现了4种突变形式,分别是234单位点突变;234、315双位点突变;234、463双位点突变;234、315、463三位点联合突变。(2)inhA基因检测到3种突变,即-8位、-15位、-152位。3)(1)对耐药株的基因突变进行分析发现:20株异烟肼耐药株中11株存在KatG基因第315位密码子的突变、占异烟肼耐药株的55%;6株存在inhA基因-15(4株)位碱基、-8(1株)位碱基、-152(1株)位碱基的突变,共占异烟肼耐药株的30%;2株同时存在基因KatG315密码子和inhA-15位碱基的突变,占异烟肼耐药株的10%;1株均未检测到KatG基因和inhA基因的突变,占异烟肼耐药株的5%。通过基因突变检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性的敏感性为95%、特异性为100%。(2)用高分辨率溶解曲线检测实验菌株耐药基因突变的结果显示,18株存在基因突变,24株不存在基因突变,检测的灵敏度为94.7%、特异性为80%。(3)以高分辨率熔解曲线检测到突变为耐药的判断标准,检出19株为耐药株,24株为敏感株。以比例法药敏结果为参照,检测的灵敏度为95%、特异性为82.76%。结论高分辨率溶解曲线用于结核分枝杆菌对异烟肼耐药性的检测具有较好的灵敏度,耗时短,在异烟肼耐药结核病的快速诊断方面具有一定的应用价值。     

结核分枝杆菌环介导恒温扩增（LAMP）快速检测方法的评价

目的 对国内建立的结核分枝杆菌DNA环介导恒温扩增（loop-mediated isothermal amplification, LAMP）快速检测方法进行了介绍和评价。 方法 实验菌株来源于北京结核病胸部肿瘤研究所。以结核分枝杆菌作为研究对象,设计了4 条LAMP 引物特异地识别结核分枝杆菌中 gyr B 基因的6个特殊区域。所有的菌株样本提取DNA作为模板,加入LAMP反应管后,65 ℃恒温反应60 min即可。其结果可以通过肉眼观察到的颜色变化来判断。 结果 实验共验证了79株临床和标准菌株。对于菌株的培养物,LAMP实验的灵敏度为100%,特异度为92%。 结论 结核分枝杆菌LAMP快速检测方法是一种快速、可靠的结核分枝杆菌诊断方法。     

结核/非结核分枝杆菌核酸快速检测方法临床应用价值

目的 评价结核/非结核分枝杆菌核酸快速检测方法的临床应用价值。 方法 应用实时荧光PCR技术对420例标本进行临床试验研究,并与抗酸杆菌涂片和分枝杆菌培养方法对照比较。 结果 结核分枝杆菌核酸检测灵敏度为48.5%（其中菌阳标本灵敏度为95.8%,菌阴标本灵敏度为14.5%）,特异度99.3%,阳性预测值为99.1%,阴性预测值为55.5%;临床试验388例痰标本中检测出1例非结核分枝杆菌核酸阳性,经测序确认,准确率100%;同时对32例非结核分枝杆菌临床分离株进行核酸检测,并经测序确认,准确率100%。 结论 应用实时荧光PCR技术,能实现在1支管内同时进行结核分枝杆菌/非结核分枝杆菌的核酸检测。该方法具有简单快速、特异性好污染性少的特点。可作为实验室辅助检测结核/非结核分枝杆菌核酸方法之一。     

利福平和异烟肼结核分枝杆菌药敏表型和基因型的关系

目的 对利福平（RFP）和异烟肼（INH）进行药敏检测,分析相应的结核分枝杆菌药敏表型与基因型的关系。 方法 对2009年至2012年深圳市第三人民医院结核病门诊和住院的137例结核病患者晨痰标本进行结核分枝杆菌培养,利用膜基因芯片法检测结核分枝杆菌耐药基因的突变情况（基因型检测）,同时以绝对浓度法进行异烟肼和利福平药敏试验（表型检测）,计算两种方法检测结果间的符合率,验证膜基因芯片方法的准确性,用Kappa检验分析两种方法的一致性。 结果137株结核分枝杆菌标本,表型检测利福平和异烟肼耐药率分别为27.01%（37/137）和22.63%（31/137）;基因型检测利福平和异烟肼耐药率分别为26.28%（36/137）和23.36%（32/137）;以绝对浓度法药敏结果为金标准,膜基因芯片检测利福平耐药的敏感度为83.78%(31/37),特异度为94.06%(95/101),符合率为91.97% (126/137),Kappa值为0.79,P<0.05;异烟肼耐药的敏感度为80.65%(25/31),特异度为94.29%（99/105）,符合率为90.51%(124/137),Kappa值为0.73,P<0.05;两种药物药敏结果总符合率为91.24%(250/274)。 结论 结核分枝杆菌耐药性基因型检测和表型检测结果高度一致,且基因型的检测方法能快速准确地检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼的耐药性,有望在临床治疗中广泛应用。