基于肿瘤基因组图谱数据库探索性筛选潜在泛癌生物标志物

目的: 基于肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库筛选潜在泛癌生物标志物,为多种肿瘤的诊断和预后评估提供帮助。方法: 利用“GDC Data Transfer Tool”和“GDCRNATools”软件包获取TCGA数据库,完成数据整理,将13种肿瘤纳入研究。以错误发现率(false discovery rate, FDR) <0.05且差异倍数(fold change, FC) >1.5作为差异表达标准,筛选在13种肿瘤中均上调或均下调的基因和微小RNA(microRNAs,miRNAs)。利用受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve, ROC曲线)的曲线下面积(area under the curve, AUC)、最佳截断值及对应的灵敏度和特异度反映诊断价值。利用Kaplan-Meier法计算生存概率后进行对数秩(log-rank)检验并计算风险比(hazard ratio, HR)反映预后评估价值。利用DAVID工具对差异表达基因进行GO (Gene Ontology)、KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析。利用STRING和TargetScan工具对差异表达基因和miRNAs进行调控网络分析。结果: 共发现48个基因和2个miRNAs在13种肿瘤中均差异表达,其中25个基因均表达上调,23个基因和2个miRNAs均表达下调。多数差异表达基因和miRNAs区分病例和对照的能力较好,AUC、灵敏度和特异度可达0.8~0.9。生存分析结果显示,差异表达基因和miRNAs与多种肿瘤患者的生存显著相关,且多数上调基因是患者生存的危险因素(HR>1),而多数下调基因是患者生存的保护因素(0<HR<1)。GO和KEGG富集分析显示,差异表达基因多富集于与细胞增殖有关的生物学事件。在调控网络分析中,共13个基因和2个miRNAs存在调控和相互作用关系。结论: 在13种肿瘤中均差异表达的48个基因和2个miRNAs可能作为潜在泛癌生物标志物,为多种肿瘤的诊断和预后评估提供帮助,并为发展肿瘤治疗的广谱靶点提供线索。     

硫氧还蛋白对氢醌细胞毒性的抑制

目的　氢醌引起细胞凋亡 ,可能是通过降低细胞内巯基水平及升高活性氧水平改变细胞内氧化还原状态。鉴于硫氧还蛋白在维持细胞氧化还原状态平衡上也起着重要作用 ,本研究探讨人硫氧还蛋白(hTRX)对氢醌细胞毒作用有无影响。方法　采用脂质体法 ,将真核表达质粒pVP2 2 hTRX和pVP2 2分别转入人胚肾细胞中 ,并将获得的G4 18抗性单克隆细胞株hTRX12和VP2 2细胞进行Western印迹法分析。分别用荧光探针DCFH DA法、碘化丙啶染色法及MTT法测定活性氧水平、凋亡率及细胞存活率。结果　用不同浓度氢醌处理hTRX12细胞与VP2 2细胞 ,hTRX过度表达可降低氢醌所致的活性氧水平升高 ,降低氢醌诱导的凋亡 ,抑制氢醌的细胞毒性。另外 ,用重组人硫氧还蛋白 (rhTRX)与氢醌同时处理未转染人胚肾细胞 ,也可观察到类似结果。结论硫氧还蛋白可对抗氢醌的细胞毒性 ,其机制可能是通过降低氢醌所致活性氧升高及维持细胞内巯基水平     

羟桂皮酸衍生物的体内和体外抗致突变作用

本文研究了植物中天然存在的邻香豆酸、对香豆酸、咖啡酸和香豆素对SOS诱导和脂质过氧化的体外抑制,对环磷酰胺致小鼠骨髓微核和精子畸形的影响,及其可能的机理。以丝裂霉素C(MMC,40μg/ml)和UV(30w,距离30cm,照射15秒)为阳性物诱导PQ35菌株的SOS反应。抗MMC实     

用中国仓鼠V79细胞代谢协作试验筛选致畸物及其可靠性

维生素A和硫酸镉可显著抑制中国仓鼠V79细胞代谢协作.维生素C则不抑制,预测可靠性初步评价表明,V79细胞代谢协作试验预测致畸性的敏感性为0.75,特异性为0.62,提示本试验有助于预测以抑制间隙接合细胞间通讯为机理的致畸物.可作为一个重要的补充试验被选入预测致畸物的最佳试验组。     

SOS显色反应筛选抗遗传毒物的方法学研究

SOS显色反应是检测细菌SOS反应诱导的遗传毒理学短期试验．本文报告以SOS显色反应筛选抗遗传毒物的方法学研究．我们设计了5种实验①抗致癌性亚硝胺生成，②抗间接致突变物(苯并(a)芘)；③抗直接致突变物(丝裂霉素C)：④抗UV致DNA损伤诱发SOS反应；⑤受试物对半乳糖苷酶（βG）和碱性磷酸酶(AP)活性的影响．     

线粒体DNA缺失A549细胞与其母本细胞核蛋白质组差异分析(英文)

目的比较线粒体DNA(mtDNA)缺失A549细胞(Rho0细胞)与其母本细胞(Rho+细胞)核蛋白表达谱,并探讨细胞核对线粒体功能缺陷的应答反应。方法二维凝胶电泳(2-DE)和表面增强激光法解吸电离-飞行时间(SELDI-TOF)蛋白芯片测定Rho0细胞和Rho+细胞核蛋白表达谱,基质辅助激光解吸电离-飞行时间(MALDI-TOF)质谱结合数据库检索鉴定差异表达的蛋白点,Western印迹法测定核磷蛋白和P53表达,激光共聚焦显微镜测定线粒体膜电位。结果 2-DE显示Rho0细胞核中11个蛋白点表达下调,21个蛋白点表达上调。基于NP20蛋白质芯片的SELDI-TOF质谱分析发现4个蛋白质峰在Rho0细胞核中明显下降。其中1个表达下调的蛋白点被鉴定为eIF-6,4个表达上调的蛋白点被鉴定为核磷蛋白,SFRS1,SFRS3和hnRNP G。Western印迹实验结果显示,Rho0细胞中核磷蛋白表达增加。P53和线粒体膜电位(MMP)测定结果显示,Rho0细胞中P53表达高于Rho+细胞,两种细胞MMP基本一致。结论 mtDNA缺失诱导了细胞核蛋白质组改变。Rho0细胞可以作为研究线粒体与核交互作用的模型。     

N-甲基-N'-硝基-N-亚硝基胍对人支气管上皮16HBE细胞周期进程的影响

目的 探讨N-甲基-N’-硝基-N-亚硝基胍(MNNG)对人支气管上皮16HBE细胞周期进程的影响及相关分子机制。方法 16HBE细胞经MNNG处理后，噻唑蓝(MTT)法检测MNNG对16HBE细胞增殖的影响，PI染色检测细胞凋亡，Hoechst 33342和PI双染检测细胞坏死，流式细胞术检测细胞周期分布，在周期变化...     

谷胱甘肽合成抑制对人胚肾细胞的毒作用

目的：研究细胞谷胱甘肽（GSH）合成抑制对人胚肾细胞的影响。方法：用GSH合成特异抑制剂（BSO）抑制GSH合成，从而降低胞内GSH的水平。测定BSO处理不同时间人胚肾细胞内GSH的水平、细胞周期的变化、活性氧水平、细胞凋亡率和细胞存活率。结果：细胞内总GSH水平随BSO处理时间的延长而下降。处理24时，总GSH水平下降至对照的10％，分析发现细胞周期G2－M期增多（P＜0．01），S期减少（P＜0．05）；但活性氧水平、细胞凋亡率及细胞存活率没有明显改变。处理48h时，总GSH水平下降至对照的4％，细胞存活率明显降低（P＜0．01），活性氧水平明显升高（P＜0．01）。细胞凋亡率直到处理72h时升高才能显著性（P＜0．01，n=3），此时细胞内总GSH已基本耗竭。结论：由于GSH水平下降而引起的氧化还原状态失衡可能是凋亡发生的普遍诱导因素。     

环磷酰胺、维生素A和珊瑚提取液发育毒性体内筛选试验

Chernoff/Kavlock试验是近年来发展的发育毒性体内筛选试验。本文利用此试验筛选和预测环磷酰胺(CP)、维生素A(VA)及珊瑚提取液的发育毒性。昆明种小鼠,于孕第6～14日隔日一次染毒。CP10mg/kg/次腹腔注射和VA45mg/kg/次灌胃可引起母鼠体重增长降低、仔鼠出生第1日     

大鼠鼻粘膜上皮细胞微核试验

本文报告了大鼠鼻上皮细胞微核试验。分离的鼻道粘膜以链霉蛋白酶和胶元酶消化得到上皮细胞,细胞产率为每只大鼠3.1×10~6,细胞存活率为71.6%。在涂片上,大鼠鼻上皮细胞可分为纤毛细胞、杯状细胞及其它细胞。大鼠鼻粘膜上皮自发微核率为1.76±1.2‰。以滴鼻法亚急性染毒,甲醛和二甲基亚硝胺可显著增加大鼠鼻上皮细胞微核率,并有剂量-反应关系。