基于全基因组测序的耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不动杆菌耐药基因、毒力因子及同源性分析

摘要：目的 通过应用全基因组测序(whole genome sequencing, WGS)技术分析某三级医疗机构耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不 动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB)的耐药基因、毒力因子及同源性。方法 收集该院2020年1月至3月 重症监护病房(Intensive care unit, ICU)、神经外科分离的11株医院感染CRAB菌株，通过二代测序平台进行全基因组测序, 应用 基因组流行病学中心(Center for genomic epidemiology, CGE)ResFinder 4. 0软件分析其耐药基因型，并应用MORPHEUS在线制作 热图，应用毒力因子数据库(virulence factors of pathogenic bacteria, VFDB)VFanalyzer软件筛选毒力因子，应用MLST软件检测菌 株的ST型，应用Kaptive软件检测荚膜型，应用CSI Phylogeny 1. 4软件及FigTree v1. 4. 4软件构建最大似然树(maximum likelihood tree, MLT)以分析其同源性。结果 11株CRAB对亚胺培南、美罗培南、头孢菌素、环丙沙星均呈现耐药，而对阿米卡星、左氧 氟沙星耐药的菌株株数较少。11株CRAB共检测出18种耐药基因，11株同时携带碳青霉烯酶耐药基因blaOXA-23和blaOXA-66，β-内酰 胺酶耐药基因以blaTEM-1D和blaADC-25为主，大部分菌株携带多种外排泵相关耐药基因及抗菌药物修饰酶耐药基因。11株CRAB均携 带多种毒力因子，包括外膜孔蛋白、脂多糖、生物膜、外排泵、磷脂酶和效应蛋白等，如OmpA、Lps、Csu、Pga、Ade、Plc、 Bas、Bau、Ent、Hem、Aba、Bfm、Pbp和Kat等。11株CRAB均为ST2-K22型，同源性分析结果显示C组内同源性关系相近，存 在院内传播的可能。结论 该院CRAB的耐药性、毒力特征复杂多样，同源性分析显示该院存在1种优势克隆株，该克隆株有医 院内传播的风险。     

1972—2016年江苏省启东市胃癌死亡流行特征分析

目的分析江苏省启东市1972—2016年胃癌死亡流行特征。方法收集启东市1972—2016年恶性肿瘤死亡登记数据库及历年人口资料, 计算死亡率、中国人口标化率(中标率)、世界人口标化率(世标率)、35～64岁截缩率、0～74岁累积死亡率、累积死亡风险、变化百分比、死亡率年均变化百分比。结果 1972—2016年启东市胃癌死亡例数为15 863例, 占全部恶性肿瘤死亡例数的16.04%, 胃癌死亡率为31.37/10万, 中标率为12.97/10万, 世标率为21.39/10万, 35～64岁截缩死亡率为28.86/10万, 0～74岁累积死亡率为2.54%, 胃癌死亡累积风险为2.51%。男性死亡10 114例, 男性死亡率、中标率、世标率分别为40.53/10万、17.98/10万和30.13/10万;女性死亡5 749例, 女性死亡率、中标率、世标率分别为22.45/10万、8.52/10万和13.92/10万。25岁以下各年龄组的死亡率<1/10万, 死亡率随年龄的增长而升高, 50～岁组达到并超过人群的平均死亡率水平, 80～岁组达到死亡高峰。1972—2016年间胃癌死...     

芦山地震5年后雅安市高血压患者心理卫生问题检出率及其影响因素

目的 了解芦山地震5年后雅安市高血压患者心理卫生问题检出率及其影响因素，为促进地震灾区高血压患者心理健康提供参考。方法 采用分层整群随机抽样方法，于2018年12月选取雅安市高血压患者800例作为研究对象。采用自编居民基本信息调查表收集患者的基本资料，采用12项一般健康问卷（GHQ-12）评定患者近期是否存在心理卫生问题，采用Logistic回归分析其影响因素。结果 回收有效问卷744份（93.00%），检出存在心理卫生问题者79例（10.62%）。单因素分析结果显示，不同婚姻状况（P?0.01）、家庭人均月收入（P=0.012）、是否接受社会救助（χ²=25.194，P?0.01）的高血压患者心理卫生问题检出率差异均有统计学意义。Logistic回归分析显示，未婚/分居/离异/丧偶（OR=3.879，P=0.015）以及接受社会救助（OR=4.705，P?0.01）是高血压患者存在心理卫生问题的危险因素。结论 雅安市高血压患者心理卫生问题检出率较低，未婚/分居/离异/丧偶者以及接受社会救助的高血压患者心理卫生问题可能更突出。     

Special issue “The advance of solid tumor research in China”: Multi-omics analysis based on 1311 clear cell renal cell carcinoma samples identifies a glycolysis signature associated with prognosis and treatment response

In clear cell renal cell carcinoma (ccRCC), glycolysis is enhanced mainly because of the increased expression of key enzymes in glycolysis. Hence, the discovery of new molecular biomarkers for glycolysis may help guide and establish a precise system of diagnosis and treatment for ccRCC. Expression profiles of 1079 tumor samples of ccRCC patients (including 311 patients treated with everolimus or nivolumab) were downloaded from public databases. Proteomic profiles of 232 ccRCC samples were obtained from Fudan University Shanghai Cancer Center (FUSCC). Biological changes, tumor microenvironment and prognostic differences were explored between samples with various glycolysis characteristics. There were significant differences in CD8⁺ effector T cells, epithelial-to-mesenchymal transition and pan-fibroblast TGFb between the Low and High glyScore groups. The tumor mutation burden of the Low glyScore group was lower than that of the High glyScore group. And higher glyScore was significantly associated with worse overall survival (OS) in 768 ccRCC patients (P < .0001). External validation in FUSCC cohort also indicated that glyScore was of strong ability for predicting OS (P < .05). GlyScore may serve as a biomarker for predicting everolimus response in ccRCC patients due to its significant associations with progression-free survival (PFS). And glyScore may also predict overall survival in patients treated with nivolumab. We calculated the glyScore in ccRCC and the defined glyScore was of strong ability for predicting OS. In addition, glyScore may also serve as a biomarker for predicting PFS in patients treated with everolimus and could predict OS in patients treated with nivolumab.     

靶向MLL1-WDR5蛋白-蛋白相互作用抑制剂的研究进展

Mixed lineage leukemia 1(MLL1)是组蛋白甲基转移酶SET家族的成员之一。MLL1与WDR5、RbBP5、Ash2L和DPY-30组成MLL1甲基转移酶复合物调控组蛋白H3的第4位赖氨酸的甲基化水平，对造血系统的发育和血细胞的更新至关重要。部分白血病患者体内存在因MLL1基因易位而产生的致癌蛋白——MLL1融合蛋白，MLL1融合蛋白在发挥其致癌作用时需要功能完整的MLL1酶复合物，故靶向MLL1-WDR5的蛋白-蛋白相互作用成为治疗MLL1融合型白血病的潜在策略。本文对MLL1-WDR5蛋白-蛋白相互作用的生物学机制、结构信息以及抑制剂进行了系统的总结，并结合已报道数据对该领域进行了展望，以期为后续研究提供参考。