基于全基因组测序的耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不动杆菌耐药基因、毒力因子及同源性分析

摘要：目的 通过应用全基因组测序(whole genome sequencing, WGS)技术分析某三级医疗机构耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不 动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB)的耐药基因、毒力因子及同源性。方法 收集该院2020年1月至3月 重症监护病房(Intensive care unit, ICU)、神经外科分离的11株医院感染CRAB菌株，通过二代测序平台进行全基因组测序, 应用 基因组流行病学中心(Center for genomic epidemiology, CGE)ResFinder 4. 0软件分析其耐药基因型，并应用MORPHEUS在线制作 热图，应用毒力因子数据库(virulence factors of pathogenic bacteria, VFDB)VFanalyzer软件筛选毒力因子，应用MLST软件检测菌 株的ST型，应用Kaptive软件检测荚膜型，应用CSI Phylogeny 1. 4软件及FigTree v1. 4. 4软件构建最大似然树(maximum likelihood tree, MLT)以分析其同源性。结果 11株CRAB对亚胺培南、美罗培南、头孢菌素、环丙沙星均呈现耐药，而对阿米卡星、左氧 氟沙星耐药的菌株株数较少。11株CRAB共检测出18种耐药基因，11株同时携带碳青霉烯酶耐药基因blaOXA-23和blaOXA-66，β-内酰 胺酶耐药基因以blaTEM-1D和blaADC-25为主，大部分菌株携带多种外排泵相关耐药基因及抗菌药物修饰酶耐药基因。11株CRAB均携 带多种毒力因子，包括外膜孔蛋白、脂多糖、生物膜、外排泵、磷脂酶和效应蛋白等，如OmpA、Lps、Csu、Pga、Ade、Plc、 Bas、Bau、Ent、Hem、Aba、Bfm、Pbp和Kat等。11株CRAB均为ST2-K22型，同源性分析结果显示C组内同源性关系相近，存 在院内传播的可能。结论 该院CRAB的耐药性、毒力特征复杂多样，同源性分析显示该院存在1种优势克隆株，该克隆株有医 院内传播的风险。     

某院2015-2019年肺炎克雷伯菌的耐药性及耐药基因分析

摘要：目的 分析某院临床分离的肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KP)耐药情况及耐药基因,指导临床规范使用抗菌药物。方法 收集该院2015-2019年临床分离的2416株肺炎克雷伯菌,使用VITEK-2 Compact系统对临床分离株进行细菌鉴定,药敏试验采用MIC法和K-B纸片扩散法,采用WHONET 5.6软件对菌株的标本来源、科室分布、检出率及耐药率进行统计,采用SPSS 26.0软件对5年期间菌株的检出率、耐药率进行比较及趋势分析,选取2019年内科重症监护病房(Intensive care unit,ICU)的19株耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CR-KP),通过二代测序平台对其进行全基因组测序(whole genome sequencing, WGS),运用丹麦技术大学(DTU)基因组流行病学中心(CGE)(https://cge.cbs.dtu.dk/services/ResFinder/)的ResFinder 4.0工具进行耐药基因筛查,运用MORPHEUS(https://software.broadinstitute.org/morpheus/)在线制作耐药基因热图。结果 2015-2019年临床标本共分离出2416株KP,主要来自痰液、尿液,分别占51.7%(1249/2416)、11.3%(273/2416),科室主要分布于内科ICU、外科ICU,分别占23.2%(561/2416)、19.1%(461/2416)。每年KP的分离率呈上升趋势(χ2趋势=18.190,P＜0.001),其对常用抗菌药物的耐药率呈逐年升高趋势,除对替加环素的耐药率无法统计外,对其他各类抗菌药物的耐药率差异均有统计学意义(P＜0.001),对亚胺培南、美罗培南耐药率分别从2015年的2.9%、3.0%上升至2019年的16.0%、13.7%。5年间共检出354株CR-KP,主要来自痰液、尿液,分别占43.8%(155/354)、10.7%(38/354),分布较高的科室为外科ICU、内科ICU,分别占14.4%(51/354)、10.2%(36/354),每年的检出率呈上升趋势(χ2趋势=46.176,P＜0.001),其对各类抗菌药物的耐药率呈逐年升高趋势,除对庆大霉素的耐药率差异无统计学意义(P=0.105)、对替加环素的耐药率差异无法统计外,对其他各类抗菌药物的耐药率差异均有统计学意义(P＜0.05)。采用WGS技术对19株CR-KP进行分析,共筛查出15种耐药基因,主要包括β-内酰胺酶耐药基因(blaKPC-2)、喹诺酮类耐药基因(qnrS1)、磷霉素耐药基因(fosA)、四环素耐药基因(tetA)、氯霉素耐药基因(catA2)以及氨基糖苷类耐药基因(aadA2b、rmtB)等。结论 该院KP、CR-KP的耐药情况日趋严重,CR-KP同时携带多种耐药基因,耐药表型多样化。运用WGS结合生物信息学分析技术研究细菌耐药机制,有助于耐药菌防控措施的精准实施,未来将成为耐药菌研究的主流技术之一。     

安徽省医务人员血源性职业暴露上报情况及影响因素分析

目的 了解安徽省医务人员发生血源性职业暴露后的上报情况,分析上报的影响因素,为提高医务人员职业暴露正确处置率提供参考依据.方法 2019年4月1日至30日以安徽省医疗机构医务人员作为调查对象,采用问卷调查的方法,收集一般人口学特征、暴露发生的经历以及相关影响因素等信息,以是否上报为因变量进行多因素logistic回归分析.结果 共发放调查问卷33185份,回收有效问卷33156份.锐器伤和血/体液暴露后的上报率分别为27.41％和24.43％.单因素分析结果显示,不同年龄、医院级别、文化程度、职称水平、职业、是否遵循标准预防、操作前查看患者免疫十项报告、培训次数职业暴露上报率比较,差异有统计学意义(P<0.05).多因素logistic回归分析显示,职业暴露后影响上报率的因素为职业、医院级别、文化程度、是否遵循标准预防、操作前查看患者免疫十项报告及培训次数(P<0.05).结论 安徽省医务人员职业暴露发生后上报率较低.应加强对医务人员职业暴露正确处置知识专项培训,提高医务人员职业暴露预防和上报意识.     

三种消毒方法对医院物体表面消毒效果观察

目的探索一次性季铵盐卫生湿巾应用于医院环境物体表面消毒的实用性。方法使用一次性季铵盐卫生湿巾和含氯消毒剂、75%乙醇对医院环境物体表面进行消毒,于3 min、4 h、6 h细菌学采样,检测合格情况;评价清洁床单元的耗时和操作依从性。结果使用3种消毒剂进行物体表面消毒前,基线、消毒后3 min、4 h、6 h细菌采样合格率差异均无统计学意义。一次性卫生湿巾和传统方法对床单元的清洁平均时间分别为411 s和559 s。一次性季铵盐卫生湿巾的操作依从率明显高于传统方法。结论一次性季铵盐卫生湿巾消毒效果良好,并可提高工作效率和操作依从性,是一种比较理想的医院环境物体表面消毒方法。     

烟雾病的磁共振诊断价值

目的:探讨MRI和MRA对烟雾病的诊断价值.方法:随机对3700例行MRI头颅检查的患者行常规T1WI、T2WI、FLAIR、DWI扫描及头颅MRA扫描,对患者的临床资料及磁共振成像(MRI)表现和磁共振血管成像(MRA)表现进行分析.结果:在3700例样本中,有21例表现颈内动脉床突段、眼段、海绵窦段及大脑前动脉、大脑中动脉主干狭窄或闭塞,并伴有大脑缺血性改变或脑梗死表现,1例脑梗死合并脑出血.结论:MRA是诊断烟雾病的重要筛查及诊断方法,MRI和MRA相结合对该病的正确诊断有较大价值.     

重症监护病房耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的耐药基因型及系统进化分析

目的 通过分析某三甲医院重症监护病房（ICU）的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）的耐药基因及系统进化关系，为耐药菌防控的管理提供参考依据。方法 收集安徽医科大学第二附属医院2018年3―7月ICU住院病人分离的19株CRKP，使用VITEK-2 Compact系统进行细菌鉴定及药敏试验，应用Illumina Hiseq 2500平台进行全基因组测序（WGS），应用MLST软件测定ST型，应用Kaptive软件检测荚膜型，应用Staramr软件筛查菌株的耐药基因，应用Ridom SeqSphere+软件进行cgMLST分型及最小生成树（MST）的构建，并应用CSI Phylogeny 1.4软件及FigTree v1.4.4软件构建最大似然树（MLT），以分析其系统进化关系。结果 19株CRKP除了对替加环素敏感，对其他常用抗菌药物均呈现耐药，19株CRKP均携带blaKPC-2耐药基因，均属于ST11-KL64型，MST图中以AY7007、AY7003为中心聚集为一簇，cgMLST分型均为CT1774型，MLT图显示分为四组克隆型，组内亲缘性关系相近。结论 该院ICU分离的CRKP...