基于高通量测序技术的实验动物沙门氏菌检测方法的建立与评价

目的建立基于高通量测序技术的实验动物沙门氏菌检测方法,应用于实验动物沙门氏菌的检测。方法提取小鼠粪便DNA样本,分别针对16S r DNA区域、23S r DNA区域、16S~23S r DNA IS、23S~5S r DNA IS、gyr B优选区域设计通用引物,对各个引物进行测试分析,优化扩增条件并建库,利用Illumina高通量测序技术检测区分42个样本中的沙门氏菌,评价该方法的特异性和稳定性。结果筛选发现沙门氏菌的菌种分类优选区域为gyr B基因,gyr B基因引物序列为FP5’-AACCACCGCAATCAGACCTT3’,FP5’-AGCCACGAAACCTTCACYA-3’。对引物进行优化,确定最佳扩增条件及样品上样量并正式建库,通过高通量测序和序列分析能检测出42个样品中极微量的沙门氏菌,检测方法稳定,灵敏度高,检测限可达0~102的cfu。结论本实验利用高通量测序技术,建立了一套完整检测实验动物沙门氏菌的生物体系,能检测出实验动物体内极微量的沙门氏菌,检测方法稳定性好,灵敏度高,可沿用至其他种类病原微生物的检测。     

基于肺部苦味受体抗哮喘天然活性成分筛选模型的建立与应用

目的构建以肺部苦味受体TAS2R14为靶点的高通量筛选细胞模型,为寻找高效、低毒的新型抗哮喘天然药物奠定基础。方法利用同源重组技术将TAS2R14受体基因插入p LVX-basic质粒,构建p LVX-Ac GFP1-N1-TAS2R14重组载体,并将其转染入HEK293T细胞,建立特异性高表达TAS2R14受体基因的细胞株。利用该细胞模型对120种苦味中药提取物和单体化合物进行高通量筛选。结果建立的模型Z′因子为0.69和0.66,筛选发现陈皮提取物及其药效物质柠檬苦素,白果提取物及其药效物质芦丁、奎宁对TAS2R14受体具有显著的激动作用。结论建立的TAS2R14受体激动剂高通量筛选模型稳定性好、灵敏度高,筛选得到的3种中药单体具有潜在的TAS2R14受体激动活性。     

高脂血症长爪沙鼠转录组的初步检测及代谢性炎症通路的研究

目的　为了弄清饮食诱发的高脂血症长爪沙鼠模型的关键基因及代谢性炎症通路调控网络。方法 利用RNA-Seq测序技术及生物信息学技术对正常组与模型组两个RNA池进行测序和分析。结果　De novo拼接后获得有效长爪沙鼠基因47522个（即>=100bp的unigene）,大小26.9Mb,与GenBank上现在的基因比对结果表明,约82.53%的序列与基因组上的外显子序列同源;诱发高脂血症与正常动物之间共获得21,125 差异基因,其中16087个下调 ,5038个上调,总体上模型组相对于正常组存在较显著的趋势性下调关系（p<0.01）。其中与长爪沙鼠高脂血症代谢性炎症密切相关的通路有8个（p<0.01）,这8个通路所表达的基因中有15个与免疫和炎症相关的基因均显著下调（p<0.01）。结论　RNA-Seq测序和生物信息技术可以作为研究高脂血症动物模型的整体基因转录情况的有力工具,本实验筛选出的关键基因和通路可作为下一步研究的候选基因或操作靶点。     

高脂血症长爪沙鼠模型的转录组检测和代谢性炎症通路的初步研究

目的研究饮食诱发的高脂血症长爪沙鼠模型的关键基因及代谢性炎症通路调控网络。方法利用RNA-Seq测序技术及生物信息学技术对正常组与模型组两个RNA池进行测序和分析。结果 De novo拼接后获得有效长爪沙鼠基因47 522个(即≥100 bp的unigene),大小26.9 Mb,与GenBank中现有的基因比对结果表明,约82.53%的序列与基因组上的外显子序列同源;诱发高脂血症动物与正常动物之间共获得21 125个差异基因,其中16 087个下调,5 038个上调,模型组相对于正常组存在显著的下调关系(P0.01)。其中与长爪沙鼠高脂血症代谢性炎症密切相关的通路有8个(P0.01),这8个通路所表达的基因中有15个与免疫和炎症相关的基因显著下调(P0.01)。结论 RNA-Seq测序和生物信息技术可作为研究高脂血症动物模型的整体基因转录的工具,筛选出的关键基因和通路可作为研究的候选基因或操作靶点。     

忍冬感冒颗粒的主要药效学试验

目的研究忍冬感冒颗粒的药理作用。方法应用药理学模型对体外抗炎、解热、镇痛、镇咳等药效学进行试验。结果忍冬感冒颗粒能有效抑制毛细血管通透性，降低蛋清性大鼠足跖肿胀百分率；能抑制2，4-二硝基苯酚引起的大鼠体温升高；使热刺激痛阈提高，使扭体潜伏期显著延长，扭体次数明显减少；减少氨水引发的小鼠咳嗽次数，并延长咳嗽潜伏期。结论忍冬感冒颗粒具有清热、止咳、抗炎、镇痛的作用。     

用19个生化基因位点研究普通级Z:ZCLA长爪沙鼠的遗传多样性

实验动物资源是国家生命科学研究的重要科技资源。实验动物资源的共享和充分利用是生物科技创新的基础和保障。有效的共享机制和合理的共享方式是实现实验动物资源共享和充分利用的重要保障,是规范实验动物资源共享行为和确保共享安全的迫切需要。     

兔出血症病毒遗传变异分析及RT-PCR检测方法的建立

目的获得兔出血症病毒（浙江分离株）近20年间遗传变异概况,建立兔出血症病毒的RT—PCR检测方法。方法对1989～2006年间的7株RHDV浙江分离株的衣壳蛋白基因（VP60）进行了克隆与测序,并与国内、外RHDV的基因组序列进行了遗传比对和分析;根据兔出血症病毒株的VP60设计引物,对20只人工感染兔的实质脏器、全血和350只实验兔全血样本进行了检测。结果7株RHDV的VP60基因均由1740个核苷酸组成,编码580个氨基酸。它们与参考序列之间的氨基酸同源性为94.0%～99.8%。系统发生树分析结果显示,RHDV可划分为2个大的基因群,浙江（中国）的RHDV分离株主要集中于C亚群。RT—PCR检测方法表明20只实验兔全部扩出预期条带,而350只实验兔全血检测中出现13只RHDV可疑样本。经血凝抑制试验检测,13例PCR阳性样品中有10个HAI阳性,3个阴性。检测敏感度达100%,特异性为99.12%,经统计检验,kappa=0.865,表明PCR检出RHDV的结果与HAI高度一致。结论RHDV基因群之间的遗传距离有逐渐加大的趋势。我们建立的RT—PCR法可用于RHDV浙江分离株的检测,用RT—PCR检测全血中RHDV方法的建立为活体检测RHDV打下了基础。     

米碎花药效微小核糖核酸的鉴定及其靶基因功能分析

目的筛选米碎花Eurya chinensis茎叶的微小核糖核酸(Micro RNAs,mi RNAs)类药效物质及其靶基因功能分析。方法采用高通量测序法,测定米碎花、正常小鼠和喂食米碎花匀浆液小鼠肝组织及血浆中mi RNAs的表达丰度,并与Gene Bank上的植物mi RNAs数据库比对,结合实时荧光定量PCR(RTFQ-PCR)验证,鉴定吸收进入体内的米碎花mi RNAs。以人类m RNA为靶标,采用Target Scan与Mi Randa预测米碎花mi RNAs的靶基因,并通过基因功能聚类(GO)与KEGG分析靶基因的相关功能。结果共鉴定出5个米碎花mi RNAs可吸收进入体内,其主要在生化过程、细胞成分和分子功能3大区域发挥作用,并影响肿瘤、代谢、炎症等相关信号通路。结论 mi RNAs可能是一类新型的中药药效物质。     

大鼠肝癌模型肝动脉缺血预处理后的介入技术

原发性肝癌是临床常见的肿瘤之一，具有恶性程度高，病情进展快，生存期短，难以治愈的特点。手术是肝癌最有效的治疗手段。但肝癌起病隐匿，不易早期发现，一旦发现多属中晚期，失去手术机会，因此中晚期肝癌治疗效果一直不理想。     

四种独立通风笼具(IVC)的检测

目的比较4种独立通风笼具（individually ventilated cages,IVC）的环境参数。方法参考GB14925-2001的检测方法对分别来自4个厂家生产的4种不同的IVC进行环境检测。结果4种IVC在空气洁净度、落下菌、噪声和照度等4个指标检测数据较为一致;在梯度压差、换气次数、气流速度等3个指标存在较大的差别;而温湿度等指标取决于IVC所处的外部环境。结论目前缺乏国家标准对IVC环境指标进行限定,各厂家所生产的IVC存在差异,需要在此方面加强研究,以促进IVC的标准化,更好的服务于实验动物行业。