广州管圆线虫Ⅳ期幼虫cDNA文库的筛选及EST序列分析

目的 筛选和鉴定广州管圆线虫未知基因序列,丰富该虫的基因序列数据,为寻找诊断或药物靶点分子提供实验依据.方法 构建广州管圆线虫Ⅳ期幼虫cDNA噬菌体文库,随机挑选单个噬菌斑,提取噬菌体DNA进行PCR,扩增其插入的cDNA片段并对PCR产物进行序列测定;采用生物信息学方法对表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列进行分析.结果 获得了51条广州管圆线虫基因的EST序列,并提交至GenBank,这些基因包括半乳糖凝集素10,半乳糖凝集素140,表皮蛋白,CRE-RPS-24蛋白等.序列分析结果提示,表皮蛋白和CRE-RPS-24蛋白可能为具有诊断价值的抗原分子,值得进一步研究.结论 获得51条广州管圆线虫基因序列,为进一步研究广州管圆线虫致病机制及候选抗原分子提供了新的序列信息.     

基于核酸扩增的检测方法灵敏地检测临床B组链球菌及序列分型

目的 B组链球菌是引发孕妇和新生儿致病的常见原因。方法本文验证了qPCR的高灵敏性,并进一步检测841例临床阴道拭子样本,并与细菌培养法作比较,采用Sanger测序对阳性样本进行序列分型。结果 qPCR法能够检测低至10拷贝/反应的靶分子,临床样本检测时,qPCR法共检出182例阳性(阳性率为21.6%),其中有69例阳性为细菌培养法检测阴性样本,这显示qPCR法优于细菌培养法,且细菌培养法会造成假阴性风险。70例阳性样本分型测序结果显示,主要亚型有9例,ST687亚型11例(15.71%),ST19亚型5例(7.14%),ST485和ST197各4例(5.71%),ST17、ST862、ST316、ST456及ST43各3例(4.29%),测序显示在中国广州地区共检出34种亚型,其中ST687、ST19、ST485、ST197、ST17、ST862、ST316、ST456及ST43等共9个型别占55.71%,其余25种型别占比44.29%。结论由于不同亚型可能存在致病性的差异,因此,这种序列分型方式也可能为临床个体化诊治提供一定的证据。     

草酸钙结石晶体对人近曲肾小管上皮细胞蛋白质表达谱的影响

目的探讨肾结石草酸钙晶体对人近曲肾小管上皮细胞蛋白质表达谱的影响,筛选差异表达蛋白质并初步探讨肾结石与肾损伤的关系。 方法选取临床经结石成分分析为草酸钙的肾结石标本,充分研磨后配制草酸钙晶体悬液,处理人近曲肾小管上皮细胞HK-2,提取总蛋白并通过SDS-PAGE对蛋白质量进行鉴定,通过BCA法测定蛋白浓度,然后通过TMT标记定量蛋白质组学分析法筛选实验组和对照组蛋白质表达谱的差异,最后通过生物信息学的方法进行聚类分析、GO富集分析以及差异基因相关的蛋白质相互作用网络分析。 结果草酸钙晶体对HK-2细胞显示出明显的细胞毒性,细胞生长速度减慢且引起细胞形态以及培养基PH值发生显著改变。TMT标记定量蛋白质组学分析结果显示经草酸钙晶体处理后的HK-2细胞中差异表达的蛋白分子共1 141个,其中上调表达的699个,下调表达的442个。生物信息学分析结果提示这些差异蛋白在细胞外复合体、细胞器以及多种细胞学过程中发挥重要作用;差异蛋白共表达网络分析发现在细胞骨架维持（ACTB,CFL1）和细胞特殊功能如分泌和加帽中起作用的蛋白（MYH9,MYH14）关系最为密切。 结论草酸钙结晶对人肾上皮细胞蛋白质表达有显著影响,并且这些差异表达的蛋白质分子可能与肾结石的形成以及肾损伤有关。