Calm1基因敲除小鼠脑蛋白质组学特点及临床意义

目的探究钙调蛋白Calm1基因表达改变对小鼠脑组织蛋白表达谱的影响,挖掘与Calm1有密切靶向关系的功能蛋白及信号通路,并分析Calm1在神经系统疾病中的临床意义。方法PCR产物法初步鉴定小鼠基因型。提取野生型(WT,A组)、Calm1敲除杂合型(HE,B组)、Calm1敲除纯和型(HO,C组)小鼠脑组织的总蛋白,利用TMT标记蛋白质定量技术筛选出差异蛋白质(DEPs),再利用生物信息学技术对DEPs进行注释、富集和分析。结果C-A组脑组织中共鉴别出54个DEPs,其中23个上调,31个下调;C-B组鉴别出35个DEPs,其中19个上调,16个下调。GO分析显示,C-A组及其上调和下调的DEPs分别显著富集到多巴胺生物合成过程、蛋白质折叠和三羧酸代谢过程等条目。C-B组及其上调和下调的DEPs分别显著富集到线粒体内膜、突触结构组成、ATP代谢过程等条目。KEGG分析显示,C-A组及其上调和下调的DEPs分别显著富集到多巴胺能突触、坏死性凋亡、柠檬酸(TCA)循环等通路。C-B组及其上调和下调的DEPs分别显著富到神经退行性变途径-多种疾病、肌萎缩侧索硬化症、帕金森病等通路。STRING分析发现C-A组DEPs“Hsp90ab1”、C-B组DEPs“Cox4i1”关联度最高。结论Calm1敲除后显著改变脑组织中蛋白质表达特征并影响多条与神经退行性疾病关系密切的信号通路,这表明钙调蛋白异常表达在神经系统疾病的发病中起到重要作用。     

补肾开窍方通过抑制IRE1/XBP1内质网应激通路发挥对帕金森病模型大鼠的神经保护作用

【目的】探讨补肾开窍方对6-羟基多巴(6-OHDA)诱导的帕金森病(PD)模型大鼠的神经保护作用及可能机制。【方法】将60只SD大鼠随机分为6组,即假手术组、模型组、石菖蒲挥发油组、龟板组、补肾开窍方组、IRE1抑制剂组,每组10只。采用大鼠左脑立体注射6-OHDA法建立PD大鼠模型。造模结束后,石菖蒲挥发油组大鼠给予30 mg/kg石菖蒲挥发油灌胃,龟板组大鼠给予3.77 g/kg龟板液灌胃,补肾开窍方组给予3.77 g/kg龟板液、30 mg/kg石菖蒲挥发油灌胃,IRE1抑制剂组大鼠给予15 mg/kg STF-083110腹腔注射,每日2次,给药30 d。高效液相色谱(HPLC)法测定纹状体内单胺类神经递质多巴胺(DA)的含量,流式细胞术测定中脑内酪氨酸羟化酶(TH)的表达率,蛋白免疫印迹(Western blot)法测定纹状体内葡萄糖调节蛋白78(GRP78)、C/EBP家族同源蛋白(CHOP)、磷酸化需肌醇酶1(p-IRE1)和X盒结合蛋白1(XBP1)的表达。【结果】与假手术组比较,模型组大鼠的自主运动功能、平衡能力与协调性及感觉运动整合功能显著降低(P0.05),单胺类神经递质DA和TH表达显著降低(P0.05),内质网应激(ERS)指标GRP78、CHOP表达及纹状体内p-IRE1、XBP1表达均升高(P0.05)。补肾开窍方可使大鼠的行为学改善,增加脑内DA和TH含量,使ERS指标GRP78、CHOP表达降低,降低纹状体p-IRE1和XBP1水平[与IRE1抑制剂组比较无显著性差异(P0.05)]。【结论】补肾开窍方可能通过抑制ERS的IRE1/XBP1通路对6-OHDA诱导的PD模型大鼠产生神经保护作用。     

基于网络药理学和分子对接技术的抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在物质基础研究

目的通过网络药理学及分子对接技术探寻抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法借助TCMSP检索抗病毒颗粒中板蓝根、连翘、石膏、知母、芦根、地黄、广藿香、石菖蒲、郁金的化学成分和作用靶点。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.6.1构建药材-化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,将药材-化合物-靶点网络中排名前15的成分与新型冠状病毒(SARS-Co V-2)3CL水解酶进行分子对接,同时将比枯枯灵、木犀草素、槲皮素与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果药材-化合物-靶点(基因)网络包含药材8个、化合物75个、靶点255个。GO功能富集分析得到GO条目161个(P0.05),其中生物过程(BP)条目65个,细胞组成(CC)条目36个,分子功能(MF)条目60个。KEGG通路富集筛选得到131条信号通路(P0.05)。分子对接结果显示抗病毒颗粒中比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等核心活性化合物与SARS-Co V-23CL水解酶的亲和力与临床推荐化学药相似。结论抗病毒颗粒中的活性化合物比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等能通过与ACE2结合作用于PTGS2、HSP90AB1、PTGS1等靶点调节多条信号通路,从而可能发挥对COVID-19的治疗作用。     

2010年-2018年甲状腺结节相关SCI论文知识图谱及数据可视化分析

目的:分析2010年至2018年甲状腺结节相关SCI论文，并建模进行定性与定量分析。方法:利用文献计量学中的引文分析、共被引分析、数据可视化、聚类分析等方法，使用CiteSpace分析工具，分析来源于Web of ScienceTM核心合集数据库中有关论文的出版情况、国家、机构、作者、知识基础与研究热点。结果:到2018年10月31日截止，研究了4 618篇论文。发表论文数:美国在国家/地区中排名第一，延世大学在研究机构中排名第一，Kwak JY在所有作者中排名第一。从2010年开始，每年发表的论文数量都在稳步增长，有相当多的论文发表在如《新英格兰杂志》、《THYROID》、《JAMA》、《CELL》等高影响因子的期刊上。甲状腺结节的SCI论文参考文献聚类为6类，分别是papillary-like nuclear feature、current statu、radiofrequency ablation、ultrasound elastography、goiter area、data system。代表研究前沿的关键词是meta-analysis、recommendation、thyroid carcinoma、shear wave elastography与bethesda system。结论:本文通过对国际上甲状腺结节的研究基础、研究热点的分析，阐述了甲状腺结节的研究趋势，为我国医学工作者的研究提供参考。