我国新分离盖塔病毒的部分基因组分子特征研究

目的 通过分子生物学方法研究我国山东省2008年分离的盖塔病毒(DY0824)基因组分子生物学特征.方法 应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增出结构区基因和3' UTR片段,连接到载体中进行序列测定,然后用Clustal X1.83和MegaAlign软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,用Mega4软件绘制系统发生树.结果 DY0824病毒株衣壳蛋白由804个核苷酸组成,编码268个氨基酸,与国内外其他分离株的核苷酸同源性为95.4%～99.9%,氨基酸同源性为97.4%～100%.E2蛋白全长1266个核苷酸,编码422个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.8%～99.5%,氨基酸同源性为97.6%～100%.该病毒3' UTR由401个核苷酸组成,存在3个重复序列.结论 山东省新分离盖塔病毒衣壳蛋白和E蛋白基国与该病毒原型分离株相比分别存在7个和10个氨基酸差异位点,病毒3'UTR区域存在多个核苷酸差异位点.     

江西省流行性乙型脑炎病毒的分离与鉴定

目的调查江西省的虫媒病毒分布状况,在当地采集蚊虫标本进行病毒分离与鉴定。方法 2008-2009年夏季在江西省共选择8个标本采集点,使用诱蚊灯采集蚊虫标本,通过组织培养法分离病毒,并对病毒分离物进行血清学和分子生物学鉴定;利用生物信息学技术对新分离病毒的序列进行分析,完成同源性和系统发生分析。结果 2008年采集到3属3种共计11916只蚊虫标本;2009年采集到4属5种共计5905只蚊虫标本;共分离到4株病毒,经鉴定均为流行性乙型脑炎(乙脑)病毒;新分离乙脑病毒与基因Ⅰ型乙脑病毒的同源性最高,系统进化结果显示,4株乙脑病毒均属于基因Ⅰ型。结论在江西省分离到基因Ⅰ型乙脑病毒,与上海市和浙江省分离株进化关系较近。     

云南中缅边境一起输入性登革热暴发的分子流行病学研究

目的调查云南中缅边境一起输入性登革热流行状况及其流行病毒株的分子流行病学特点。方法采集医院就诊和口岸入境人员中登革热、疑似登革热和不明原因发热患者血清标本并进行流行病学调查,采用ELISA检测登革病毒IgM抗体,RT-PCR检测登革病毒核酸,核酸阳性标本进行登革病毒PrM．C和NS,区的基因核苷酸序列测定和分析。结果2008年7—11月在云南省瑞丽市共采集急性期患者血清标本103份,经登革病毒IgM抗体和核酸检测,49例确诊为登革热。其中除1例为当地感染病例,其余48例均为输入性病例,其中18例来自缅甸木姐市居民,30例为中国居民到缅甸经商或务工返回后发病者。从缅甸输入病例血清中获得2株病毒(RLB61和RLC31)的PrM．C和NS,区基因核苷酸序列,同源性和系统进化分析表明,RLB61株为登革l型病毒,RLC31株为登革3型病毒,与东南亚登革病毒流行株具有较近的亲缘关系。结论经血清学和分子流行病学证实瑞丽市边境地区发生输入性登革热暴发,并间接证实缅甸木姐市2008年存在登革l和3型病毒流行。     

三峡库区仔猪血清流行性乙型脑炎病毒抗体调查

目的掌握三峡库区监测哨点仔猪中流行性乙型脑炎(乙脑)病毒IgG抗体达到50%的时间段,为当地乙脑的防控提供理论依据。方法在三峡库区的湖北省秭归县、重庆市万州区、涪陵区和渝北区共4个监测点采集仔猪血清,采用酶联免疫吸附试验检测仔猪血清乙脑病毒IgG抗体,采用间接免疫荧光法检测仔猪血清乙脑病毒IgM抗体。应用SPSS12.0统计软件进行统计学分析。结果4个监测点中,重庆市万州区和渝北区仔猪在5月初感染乙脑病毒,5月中旬乙脑病毒IgG抗体阳性率达到50%以上;重庆市涪陵区、湖北省秭归县仔猪在5月下旬感染乙脑病毒,6月中旬达到50%以上。其中猪场中的仔猪乙脑病毒抗体阳性率高于散养猪(χ2=43.797,P0.05)。结论三峡库区监测点仔猪乙脑病毒IgG抗体50%阳转时间出现在5月中旬到6月中旬之间。     

湖北省新分离的二株乙型脑炎病毒全基因组序列特征分析

目的 对2008年湖北省新分离的2株乙型脑炎(简称乙脑)病毒进行全基因组序列测定和分析,了解当地乙脑病毒株的分子生物学特性.方法 病毒复苏鉴定后,使用覆盖乙脑病毒全基因组的16对特异性引物,RT-PCR法扩增乙脑病毒HBZG08-09株和HBZG08-55株的全基因组片段,直接测序拼接获得全基因组序列.使用ClustalX 1.83、MegAlign、Mega 4和Genedoc 3.2等生物学软件进行序列比对、核苷酸和氨基酸同源性分析、系统进化分析及氨基酸位点差异分析.结果 新分离的2株乙脑病毒基因组全长均为10 965个核苷酸,从97位到10 392位为开放阅读框,编码3432个氨基酸,2株间的全基因组核苷酸和氨摹酸间源性分别是98.2%和99.7%.进一步的基因型研究显示HBZG08-09株和HBZG08-55株均属于基因Ⅰ型乙脑病毒.2株病毒与我国近年来在河南及浙江的乙脑病毒分离株进化关系最近.与目前使用的减毒活疫苗株SA-14-14-2相比较,HBZG08-09株全基因组共存在82个氨基酸差异,HBZG08-55株存在84个氨基酸差异.但影响毒力或抗原的关键氨基酸位点未发生改变.结论 新分离的2株乙脑病毒均属于基因Ⅰ型,与疫苗株相比关键氨基酸位点未见变异.     

2009年江西省新分离流行性乙型脑炎病毒株全基因组分子生物学特性研究

目的对2009年分离自江西省蚊虫标本的流行性乙型脑炎(乙脑)病毒JX0939株进行全基因组序列测定,分析其基因组特征。方法使用针对乙脑病毒全基因组测序引物进行PCR扩增基因组片段,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列。利用生物信息学软件进行核苷酸序列及氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析。结果新分离乙脑病毒JX0939株基因组全长10965个核苷酸,从97位到10392位,共10296个核苷酸编码一个开放阅读框,编码3432个氨基酸。与GenBank中登录的所有59株乙脑病毒全基因组序列比较发现,其核苷酸总体差异率为1%～17%,氨基酸总体差异率为0.1～5%。与目前使用的减毒活疫苗株SA-14-14-2株相比较,只有88%的核苷酸同源性,全基因组共存在1237个核苷酸差异,83个氨基酸差异。提取GenBank登录的及本实验室测定的不同省份的乙脑病毒全基因组序列,进行全基因组序列系统进化分析显示JX0939株属于基因1型乙脑病毒。结论新分离的乙脑病毒JX0939株属于基因1型,与2007年中国分离株SH17M-07进化关系最接近,与疫苗株SA-14-14-2相比关键位点氨基酸未见变异。