2016年4月—2022年3月深圳市和济南市流感病原学监测及流行特征

目的 分析在新型冠状病毒肺炎流行背景下,2016年4月—2022年3月国内深圳市和济南市流感流行特点,了解我国南北方地区流感流行差异。 方法 使用深圳市和济南市国家级哨点医院2016—2022监测年度流感样病例(ILI)和流感病原学监测资料,分析流感流行特征和趋势。 结果 2016—2022监测年度深圳市和济南市国家级哨点医院的门急诊病例中流感样病例百分比(ILI%)分别为2.25%、3.45%。两地区ILI%最高的年份均为2021—2022监测年度。ILl年龄构成均以0~4岁为主(分别占40%、46%)。按月分析两地区流感病毒分离阳性率与ILI%变化的相关性,两者趋势均存在正相关(r=0.238,P<0.05;r=0.425,P<0.001)。两地区不同监测年度流感优势毒株型别均不相同,呈交替变化,但每年流行的型别及高峰期的优势毒株型别基本一致。 结论 2020—2021监测年度即新型冠状病毒肺炎流行初期,深圳市和济南市流感活跃程度明显低于往年平均水平且流行毒株型别单一,其余监测年度基本符合我国南、北方地区流感流行特征。     

2018年济南市14株柯萨奇病毒A组6型VP1基因特征分析

目的 分析济南市导致手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)的柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6, CVA6)分离株VP1基因特征及氨基酸变异。方法 2018年济南市HFMD常规监测病例样本经实时荧光RT-PCR检测,随机选择部分CVA6核酸阳性样本进行细胞分离鉴定,扩增阳性分离株VP1基因序列并进行同源性比较、氨基酸变异及系统进化分析。结果 2018年共检测652份样本,其中CVA6核酸阳性率为47.85%（312/652）,远高于人肠道病毒A组71型（human enterovirus A 71, EV71）（7.06%, 46/652）和柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16, CVA16)（8.44%,55/652 ）,为济南市HFMD最主要病原体。通过细胞分离成功获得14株CVA6病毒,经VP1基因系统进化分析显示,济南市CVA6分离株均为基因D5亚型,VP1基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为94.2%~100%和98.0%~100%,与2017年广东株（GenBank 登录号MG385796、MG385815）、广西株（GenBank 登录号MH018512）、云南株（GenBank 登录号LC413143）及2014年江西株（GenBank 登录号KY913482）等亲缘关系较近。VP1蛋白主要存在V174I等位点变异,与国内流行的D5亚型基本一致。结论 2018年CVA6病毒为导致济南HFMD的主要病原,与广东、广西、云南和江西等省分离株亲缘关系较近,属于我国目前流行的基因D5亚型。     

济南市轻重症手足口病患儿肠道病毒71型结构蛋白基因特征分析

目的 比较分析济南市轻重症手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病原肠道病毒71型(enterovirus 71, EV71)结构蛋白基因及氨基酸变异情况。方法 对2017年济南市轻重症手足口病患儿EV71细胞分离株结构蛋白基因序列进行RT-PCR扩增测序,应用EditSeq和MegAlign等软件对结构蛋白基因进行序列拼接及核苷酸、氨基酸同源性比对,应用Mega 5.2软件构建VP1基因系统进化树。结果 轻重症患儿EV71分离株结构蛋白基因核苷酸和氨基酸同源性分别为93.0%～98.8%和99.0%～99.8%,均属于C4a基因亚型。经VP1基因同源性分析,济南市EV71分离株与2017年江苏株（GenBank ID: MG520666,同源性99.3%）、2015年河南株（KU744452,同源性99.2%）、2015年北京株（KU376386,同源性99.2%）及2016年山东潍坊株（MG588036,同源性99.0%）亲缘关系较近。死亡患儿EV71分离株VP1蛋白出现E145Q突变,重症EV71分离株分别出现VP1蛋白A19V、T101I,VP3蛋白M150I突变。结论　济南市轻重症HFMD患儿EV71分离株均属于C4a亚型,与江苏、河南、山东及北京等地的EV71株亲缘关系较近,其VP1蛋白145位氨基酸残基可能是影响病毒毒力的重要位点。     

济南市发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒基因组特征分析

目的 分析济南市发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(Severe fever with thrombocytopenia syndrome bunyavirus, SFTSV)基因组特征。方法 通过参考文献并对引物进行矫正,获得SFTSV全基因组序列。应用DNAstar 7.1、MEGA等软件对基因组序列进行基因位点、遗传进化、同源比对分析,建立L、M、S片段基因系统进化树。结果 成功获得7株济南市SFTSV全基因组序列,每株分离株基因组全长均为11 490 bp,其中L片段6 368 bp,M片段3 378 bp,S片段1 744 bp。济南市SFTSV属C基因型C3分支。与湖北、河南及山东省泰安和青岛市基因序列同源性高,呈现出明显地域性特点。核苷酸变异以碱基转(颠)换为主,2018年SFTSV分离株共存在0.03%氨基酸突变位点,2019年存在0.02%氨基酸突变位点,2020年存在0.11%氨基酸突变,2020年较2018、2019年明显增多。 结论 利用测序方法测定的济南市SFTSV,其基因组序列分析表明与我国流行的SFTSV相近,氨基酸序列突变有增多趋势,需密切关注其致病力、毒力及传播力的改变。     

2016 - 2018年济南市涉禽环境禽流感病毒监测与分析

目的 了解济南地区涉禽环境中禽流感病毒及其亚型分布和流行特征，为济南地区禽流感疫情防控提供科学依据。方法 采集2016 - 2018年济南市涉禽外环境样本，采用实时荧光定量 PCR 法检测禽流感病毒核酸，使用 Epi Info软件进行数据分析。结果 2016 - 2018年济南市禽流感外环境共采集3 837份样本。FluA检出阳性率为11.13%，其中H5. H7. H9亚型禽流感阳性率分别为3.18%、0.76%、8.55%；活禽农贸市场、大型家禽养殖场、集中散养户FluA阳性检出率分别为15.08%、2.81%、1.84%；案板涂抹物、清洗禽类污水、禽类饮用水、笼具涂抹物、禽类粪便中FluA阳性检出率分别为17.49%、14.53%、13.92%、9.83%、7.17%；济南市中心城区和非中心城区检出FluA阳性检出率分别为14.50%和5.23%；济南市不同月份FluA阳性检出率分别为1 - 3月17.69%、4 - 6月11.10%、7 - 9月5.52%、10 - 12月10.55%。不同流感病毒亚型、监测场所、样本类型、地区间和季节月份的样本FluA阳性检出率差异均具有统计学意义（χ2值分别为278.243、114.031、38.682、62.440、56.147；均P＜0.001）。结论 济南地区外环境中禽流感病毒以 H9 亚型为主；活禽农贸市场依然是感染禽流感的危险场所；加强秋冬季济南市中心城区活禽农贸市场的消毒力度和卫生管理，以降低人群感染的风险。