基于miRNA-mRNA调控关系对与Cox回归模型的宫颈鳞状细胞癌预后生物标志物综合分析

目的：探究微小RNA（miRNA）-信使RNA（mRNA）关系对在宫颈鳞状细胞癌（CESC）中的表达,分析其预测CESC预后的意义。方法：利用癌症和肿瘤基因图谱（TCGA）数据库筛选CESC和正常宫颈组织中miRNA和mRNA的差异表达谱,利用miRTarBase、TargetScan和miRDB数据库验证miRNA与靶向mRNA的相互作用关系,并通过Cytoscape软件可视化,采用Kaplan-Meier生存分析确定CESC的预后标志物,构建与CESC预后相关的miRNA-mRNA调控网络,并对筛选出的mRNA进行基因本体功能（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：通过比较CESC组织与正常宫颈组织,共检测到4个miRNA可纳入预后风险评分模型,生存分析筛选出9个与CESC预后相关的差异表达mRNA,最终得到与CESC预后紧密相关的4个miRNA-mRNA调控关系对,hsa-miR-505-5p的靶向mRNA为染色质结构域蛋白8（CBX8）,hsa-miR-142-3p分别靶向Ⅰ型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶3（ADAMTS3）、蛋白酪氨酸磷酸酶受体B（PTPRB）和SEC23同源物A（SEC23A）。生物学功能和通路分析显示,差异表达的mRNA主要在生物学过程和磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、人乳头瘤病毒（HPV）感染的通路中显著富集。结论：miRNA-mRNA关系对与CESC预后相关,可作为今后CESC发病机制研究的新角度以及监测预后的有效指标。     

胶质母细胞瘤患者自噬相关mRNA与lncRNA的预后判断价值

目的 分别构建由自噬相关基因（ATG）与自噬相关lncRNA（ATL）构成的预后模型,预测胶质母细胞瘤（GBM）患者的预后情况,为其个性化诊疗与基础研究提供依据。方法 利用TCGA数据库中GBM的测序与临床数据,通过单因素Cox回归分析筛选差异表达且具备预后价值的ATG与ATL,之后通过多因素Cox回归分析分别构建预后模型,根据模型计算患者风险值并验证其有效性。结果 GBM组织相较正常组织共筛选到72个差异表达的ATG（上调53个,下调19个）和170个ATL（上调102个;下调68个）,单因素Cox回归分析筛选到16个与患者预后相关的ATG和22个ATL,多因素Cox回归分析分别纳入3个ATG与8个ATL构建预后模型。生存曲线显示在2个模型中高风险组生存率远低于低风险组,受试者工作特性曲线证明2个模型均具有较好的预测能力。结论 所构建的2个预后模型可有效预测患者生存情况,并提供个性化诊疗与基础研究参考。     

多形性胶质母细胞瘤患者自噬相关长链非编码RNA预后模型的构建

多形性胶质母细胞瘤(glioblastoma multiforme,GBM)是恶性程度最高的神经系统肿瘤,中位总生存期为9~15个月。自噬是细胞在相关基因的调控下利用溶酶体降解自身受损的细胞器和大分子的过程,其与恶性肿瘤的发生发展密切相关。研究表明 [1],自噬相关长链非编码RNA(autophagy rel...     

基于细胞周期相关基因的胶质瘤患者预后模型构建与验证

目的 探讨细胞周期相关基因在胶质瘤患者中的表达及预后价值。方法 利用CGGA数据库筛选与胶质瘤患者预后相关的细胞周期基因，并基于CGGA与TCGA中胶质瘤患者的临床数据，通过LASSO回归分析，构建预测患者生存情况的预后模型。根据计算公式，区分高低风险组患者，组间进行GSEA富集分析与ssGSEA免疫微环境分析。结果 筛选到10个与患者预后密切相关的细胞周期基因，LASSO回归分析纳入4个基因[细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2C（CDKN2C）、姐妹染色单体分离的PTTG1调控因子（PTTG1）、细胞周期蛋白依赖性激酶2（CDK2）、WEE1 G2检查点激酶（WEE1）]构建预后模型，计算公式为：风险值（risk socre）=（0.008）×CDKN2C表达量+（0.022）×PTTG1表达量+（0.031）×CDK2表达量+（0.127）×WEE1表达量。生存分析显示，高风险组患者生存率低于低风险组，ROC曲线表明，模型在CGGA与TCGA队列中，均具有较好的预测能力。GSEA富集分析显示，高风险组富集到多个细胞周期进程相关的信号通路，提示可能参与胶质瘤的恶性进程。免疫微环境分析表明，高风险组患者的免疫细胞浸润与免疫反应激活程度均高于低风险组。结论 基于细胞周期相关基因的预后模型可较好地应用于胶质瘤患者的预后预测，纳入的关键基因可能是胶质瘤治疗的可靠靶点。 [国际神经病学神经外科学杂志, 2023, 50(4): 15-24]