利用表达谱芯片数据筛选不同表达丰度的内参基因

目的 基于表达谱芯片的检测结果,筛选多个内参基因,用于小家鼠肝脏组织中具有不同表达丰度基因的定量检测。方法 应用表达谱芯片技术,完成小鼠肝脏组织的表达谱检测;依据基因表达丰度将基因分为3组,并进一步通过变异系数（coefficient of variation,CV）组内筛选候选内参基因;采用实时荧光定量PCR技术（real-time quantitative polymerase chain reaction,qPCR）和geNorm软件确定内参基因。结果 表达谱芯片成功采集超过60000个小鼠肝脏组织中转录本的表达量数据,并将之分为低、中、高3个组合。最终筛选了低表达Casp2和Lrrc14、中表达Nrd1和Trpc4ap、高表达Atp5a1和Clu,共6个内参基因。结论 基于表达谱芯片数据筛选的6个内参基因,可适用于qPCR技术准确定量小家鼠肝组织转录组中不同表达丰度基因的表达量。     

构建基于荧光多重cPCR的小鼠基因拷贝数检测方法

目的： 建立基于竞争性聚合酶链式反应(competitive polymerase chain reaction, cPCR)小鼠基因拷贝数变异（copy number variaitons, CNVs）的检测方法，用于检测“野生来源小家鼠一号染色体替换系”群体（Population of specific chromosome 1 substitution strains, PCSSs）的CNVs。 方法：选取小鼠一号染色体上11个CNVs位点，及7、9和X染色体上各1个内对照位点，分别构建克隆质粒为竞争性粒模板，应用cPCR技术，建立荧光通用引物多重cPCR 检测方法。结果：多重cPCR 方案适用于小鼠一号染色体上11个CNV位点的拷贝数检测，且能准确检测X染色体的拷贝数。结论：实现小鼠快速、高通量的CNVs检测，可准确检测小鼠1号染色体中11个CNV位点的拷贝数变异。     

甲型H1N1流感病毒感染致病候选基因的鉴定

目的 通过C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)亲本品系小鼠流感感染后相关表型及杂交子代BXD小鼠肺脏转录本数据的系统性分析进行基因筛选,以找到在流感病毒感染中发挥作用的候选基因。方法 共选取41个BXD小鼠及亲本品系B6和D2的雌性小鼠,在8～12周龄之间给予流感病毒甲型鼠肺适应株(H1N1,PR8M)得到相关表型及基因表达量数据,对基因表达量进行聚类分析及加权基因共表达网络分析,构建模块特征值与小鼠病毒载量的相关性,经表达数量性状座位分析,皮尔逊相关性分析,结合全基因组关联研究(GWAS)、小鼠基因组信息学(MGI)、国际小鼠表型联合会(IMPC)三个基因数据库中的信息分析筛选流感病毒感染相关的候选功能基因及确定该基因的遗传调控方式;最后将挑选出的基因进行通路富集分析。结果 通过聚类分析和加权基因共表达网络分析,将24 219个基因分为23个模块;通过模块与表型的相关性分析,发现MEred、MEgreen、MEmagenta模块与感染密切相关,将其作为核心模块;对核心模块基因通过KEGG和MPO富集分析,结果显示流感病毒相关基因显著参与MAPK信号通路、TNF信号通路等多个...     

野生小鼠来源1号染色体替换系小鼠的生长表型与血液生化检测

目的 分析野生小鼠来源1号染色体替换系小鼠群体的生长表型与血液生化指标,探讨替换系群体的QTL定位潜力。方法 以染色体替换系近交后代小鼠为研究对象,测定其体重、体长、尾长、血液生化、内脏器官重量等表型数据,统计其与C57BL/6差异显著性。结果 发现替换系小鼠在多个指标上与C57BL/6具有显著差异。外部表型上与C57BL/6相比,体重有显著差异的有括B6-Chr1KM和B6-Chr1TW,体长有显著差异的有B6-Chr1CM雌鼠和B6-Chr1SMX雄鼠,尾长有显著差异是所有替换系群体雌鼠;少部分品系在心脏、肾脏和脑部重量上存在与C57BL/6的显著差异（P＜0.05）;生化指标上,丙氨酸转移酶B6-Chr1CM雌鼠显著偏高,碱性磷酸酶B6-Chr1HZ雌鼠显著偏高、B6-Chr1KM雄鼠显著偏低,总胆红素B6-Chr1CM雄鼠、B6-Chr1SMX雄鼠和B6-Chr1HZ雄鼠显著偏高,甘油三酯B6-Chr1SMX雄鼠显著偏高,总胆固醇B6-Chr1TW雄鼠显著偏高。此外,B6-Chr1KM小鼠在体重、尾长、碱性磷酸酶、心脏重量、肾脏重量、脑部重量6个指标上与C57BL/6表现出有显著的差异,具有统计学意义（P＜0.05）。结论 培育的野生小鼠来源的1号染色体替换系群体在部分表型上与C57BL/6具有显著差异,具备作为QTL定位的遗传资源潜力。     

中国野生小鼠来源1号染色体替换系缺失突变的发掘及功能注释

目的 建立非酒精性脂肪性肝纤维化小鼠模型,观察其病变及炎症因子的表达情况.方法 20只雄性C57BL/6J小鼠随机分成对照组、非酒精性脂肪性肝纤维化模型组.对照组小鼠予以蛋氨酸-胆碱充足(MCS)饲料喂养,模型组小鼠予以蛋氨酸-胆碱缺乏(MCD)饲料喂养造模.于造模8周末处死小鼠.观察肝脏组织病理学变化,检测小鼠血清草氨酸氨基转移酶(AST)、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)肿瘤坏死因子-α(TNF-∞、白细胞介素-6(IL-6)水平.结果 造模8周末,模型组小鼠体质量显著下降.肝组织病理学观察显示严重肝脂肪变,肝细胞水肿,可见点灶状坏死及淋巴细胞浸润,局灶见界面肝炎,汇管区扩大,纤维组织增生.模型组小鼠肝脏炎症活动度得分和纤维化得分均显著高于对照组(P＜0.01).模型组小鼠血清ALT、AST、TNF-α、IL-6与对照组比较显著升高,而TG和TC水平显著下降(P＜0.01).结论 小鼠经MCD饲料喂养8周出现严重肝脂肪变、肝纤维化和炎症因子高表达,表明成功诱导小鼠非酒精性脂肪性肝纤维化模型.该方法造模简单,成模快,存活率高,适合用于非酒精性脂肪性肝纤维化发病机制和药物干预等方面的研究.