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基因表达的自然变化广泛存在于人类和其他有机体中。事实上,基因表达值常常会受到遗传因素的影响。本文将基因表达阵列(microarray)和遗传连锁分析结合起来,从而发现可能存在的影响基因表达的标记位点。我们采用Dr.Robert C.Elston和他的研究小组开发的遗传流行病学的统计分析系统SAGE(statistical analysis for genetic epidemilolgy)中的TDTEX[transmission/disequilibrium(exact)]模块实现。 相似文献
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人类基因组由一些较长的,G+C含量相对均匀的DNA片段组成,也就是我们所说的isochore结构。Isochore结构与许多重要的生物学特征相关,如:基因密度、CpG岛等,关于这些已有系统的研究。我们使用基于Z曲线理论的基因组序列分段算法,在单核苷酸精度的水平上定位了人类基因组56个isochore的边界,共得到79个独立的边界。我们发现在这79个边界中,45.6%的isochore边界在与17个脊椎动物基因组比对时,显示出明显的保守性,比如:某段高保守的序列在isochore边界处转换为一段弱保守或者完全不保守序列。另外isochore边界附近的序列组成高度保守。通过和已被实验证实的复制开关点附近的序列相比较。有理由推断这79个isochore边界都有可能是人类基因组中的复制开关位点,这一点有待实验验证。 相似文献
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目的通过生物信息学分析研究两种膀胱癌亚型(基底样膀胱癌和管腔型膀胱癌)之间不同的分子调控机制和分子特性,为更准确地区分膀胱癌亚型和探索潜在的治疗靶点提供帮助。方法利用稳健的多芯片平均算法将由22个基底样膀胱癌和132管腔型膀胱癌样本组成的数据集进行标准化,并选择其中前1000个具有最高标准差的基因进行两种亚型的差异表达基因分析。将得到的差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。此外,选择前100个差异表达基因构建蛋白质互作网络。结果得到基底样和管腔型膀胱癌差异表达基因共742,其中基底样亚型上调的基因405个,下调的基因337个。GO富集分析显示差异表达基因显著富集在细胞外区基质、趋化性、炎症等功能上,KEGG通路富集显示差异表达基因显著富集在细胞外基质受体相互作用的通路上。构建的蛋白质互作网络显示重要的hub蛋白质为LNX1、MSN和PPARG。结论本研究得到的基底样和管腔型膀胱癌亚型分子机制的区别主要体现在细胞外区域的分子作用机制、细胞趋化性和炎症反应等,基因LNX1、MSN和PPARG为区别两种膀胱癌亚型的特征基因。 相似文献
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决策树是数据挖掘分类方法的一种。本文以1号染色体上的HSPA6基因表达作为性状,应用数据挖掘技术的决策树算法对1号染色体上的50个SNP标记进行特征提取,并与逐步多元线性回归和逐步Logistic回归的连锁定位进行比较,结果显示三种方法均发现SNP标记位点rs107868,提示该标记位点附近可能存在影响HSPA6基因表达水平的性状位点。 相似文献
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家族聚集性表示一个性状在同家族会比不同家族出现的更多,是研究人类复杂疾病的常用方法。本文通过对Centre d’Etude du Polymorphisme Humain(CEPH)家族的4个家系54个个体的家族相关分析[1],研究5个基因DDR1,HSPA6,PAX8,UBELL和ESRRA在家族间的共表达。结果显示,这5个基因分别在父母-子女对和(外)祖父母-(外)祖孙女对中共表达多,而在兄弟姐妹对中共表达较少。这说明基因表达作为数量性状具有遗传性。 相似文献
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