利用神经网络集成预测MHC-Ⅰ类分子结合肽

目的：利用神经网络集成（NNE）预测MHC-Ⅰ类分子结合肽。 方法： 基于HLA-A*0201编码的MHC-Ⅰ类分子结合肽数据库（含有628个9聚物）及其结合能力分类，利用NNE分别对具有无、低、中和高4类亲合性的结合肽进行分类预测；同时还进一步利用T细胞真实表位集（含50个表位）评估了NNE的预测性能。 结果： 集成数为12的NNE对上述分类的平均预测命中率可达0.8,而且NNE对潜在T细胞表位的预测能力也较高，约84%的真实表位归于高和中等亲合性的潜在抗原肽一类。 结论： 可以利用神经网络集成预测MHC-Ⅰ类分子结合肽，并进而预测相应的T细胞表位。经适当修改，NNE预测工具可扩展为能涵盖任意长度的Ⅰ类分子结合肽甚至可扩展到Ⅱ类分子结合肽的预测。     

行瘀清热胶囊对大鼠前列腺成纤维细胞增殖及凋亡的影响

目的观察行瘀清热胶囊对大鼠前列腺成纤维细胞增殖及凋亡的影响。方法取健康SD大鼠前列腺组织进行成纤维细胞的原代培养并传代增殖,选用第3～6代细胞,制备行瘀清热胶囊含药血清,于酶标仪490 nm波长处测定吸光度（A）值,计算药物对成纤维细胞的相对抑制率,并以流式细胞仪分析行瘀清热胶囊对前列腺成纤维细胞的凋亡率的影响。结果行瘀清热胶囊能抑制前列腺成纤维细胞增殖;流式细胞仪分析显示行瘀清热胶囊含药血清使成纤维细胞凋亡率增高较为明显。结论行瘀清热法防治慢性前列腺炎的机制与抑制前列腺组织成纤维细胞增殖、促进成纤维细胞的凋亡有关。     

生物信息学预测GPIIb/IIIa抗体CTL、Th的混合表位

背景：GPIIb/IIIa是特发性血小板减少性紫癜患者最常见的血小板糖蛋白,已证实该蛋白独特型抗体结合血小板后会激活补体,破坏血小板。 目的：以GPIIb/IIIa抗体为靶抗原,应用生物信息学软件对其CTL、Th细胞表位进行多参数预测。 设计、时间及地点：开放性实验,于2008-03/08在珠江医院血液科实验室完成。 材料：GPIIb/IIIa抗体的氨基酸序列由GENBANK公司提供。 方法：分别应用SYFPEITHI,RANKPEP,BIMAS,SVMHC,PREDEP,MHCPRED,PROPRED软件对人和鼠源的血小板糖蛋白GPIIb/IIIa抗体蛋白进行HLA-A*0201,HLA-A*1101,HLA-A*2401限制性表位预测,经去除能引起自身免疫的已发表的多肽,取前者覆盖后二者的多肽为混合CTL表位,再联合软件predTAP、TAPPred的TAP结合预测结果,以及NetChop、MAPPP、PAProC软件的蛋白酶切位点预测结果,取能包含二者的多肽为CTL修正表位。用基于肽MHC-Ⅱ结合的算法Syfpeithi,RANKPEP,Mhcpred,HLAPRED进行HLA-DR的Th表位预测,最后取Th表位覆盖CTL修正表位,得到CTL、Th细胞混合表位。 结果：从1 740条多肽中筛选出5条人源抗人血小板糖蛋白GPIIb/IIIa抗体的CTL、Th细胞混合表位肽,即Anti-GPIIb/ IIIa-Human的第1-15,24-38,50-64,65-81,109-121位;筛选出5条鼠源抗人血小板糖蛋白GPIIb/IIIa抗体的CTL、Th细胞混合表位肽,即Anti-GPIIb/IIIa-Mice的第1-15,26-40,46-60,68-82,93-107位。 结论：根据血小板糖蛋白GPIIb/IIIa抗体预测的CTL、Th细胞优势抗原表位,可用于制备特异性抗体,可成为特发性血小板减少性紫癜新疫苗研究的靶点。     

丹参酮ⅡA对前列腺成纤维细胞增殖及胶原表达的影响

目的研究丹参酮ⅡA对转化生长因子-β1(TGF-β1)诱导的前列腺成纤维细胞增殖及Ⅰ、Ⅲ型胶原表达的影响,初步探讨丹参酮ⅡA是否具有治疗前列腺组织纤维化的潜力。方法通过消化法原代培养和差速贴壁法纯化获得PrF,分别用5 ng/mL的TGF-β1和不同质量浓度的丹参酮ⅡA(25、2.5、0.25mg/L)对其进行处理,噻唑蓝(MTT)比色法检测细胞增殖活性,半定量反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)检测Ⅰ、Ⅲ型胶原基因的表达。结果 5 ng/mL TGF-β1可明显诱导PrF的增殖及Ⅰ、Ⅲ型胶原基因的表达(P<0.01)。25、2.5、0.25 mg/L质量浓度的丹参酮ⅡA均能显著抑制TGFβ1诱导的细胞异常增殖(P<0.05或P<0.01),且呈良好的量效关系。25 mg/L的丹参酮ⅡA对Ⅰ、Ⅲ型胶原基因的表达有抑制作用(P<0.01)。结论丹参酮ⅡA可抑制TGF-β1诱导的PrF异常增殖和Ⅰ、Ⅲ型胶原基因的表达,具有抗前列腺纤维化的潜力。     

蚓激酶抗肺癌细胞A549增殖作用及其机制

目的 研究蚓激酶对肺癌细胞A549的增殖及细胞周期的影响,初步探讨蚓激酶抗肺癌的作用机制.方法 通过MTT法检测不同浓度的蚓激酶作用于A549细胞24 h后对细胞增殖的影响;通过显微镜观察细胞形态变化;流式细胞仪检测蚓激酶对A549的细胞周期阻滞情况;RT-PCR检测蚓激酶对P53基因表达影响.结果 蚓激酶对A549有明显抑制作用,且抑制作用呈浓度依赖性,其半数抑制浓度(IC50)为(54.35 ±2.112) U/mL;A549经蚓激酶作用后形态变化显著,细胞边缘皱缩,漂浮细胞的数目随着药物浓度的增高而增大;蚓激酶阻滞A549细胞周期于S期;RT-PCR检测表明,蚓激酶能明显上调P53基因的表达.结论 蚓激酶在体外能明显抑制肺癌细胞A549的增殖,并阻滞细胞周期于S期,其机制可能与上调P53基因表达有关.     

免疫突触形成过程中T细胞受体的重定向运动:涡旋驱动模型

目的：建立T细胞受体（TCR）在免疫突触形成过程中作重定向（reorientation）运动的机制模型.方法：基于经典流体力学环境中的双分子反应传能原理,提出了T细胞受体的涡旋驱动模型,利用免疫突触内耦合的受体或配体分子作为涡源驱动T细胞受体分子的募集.结果：模型计算的结果表明,在强度及作用频率同时具备一定范围的涡旋连续驱动下,TCR重定向运动速度可达到实验测定的范围（0.04～0.1 μm/s）.结论：本模型证明突触内受体/配体对耦合时通过将其结合自由能转化为细胞内外流体涡旋运动的机械能可能直接提供了TCR重定向运动的驱动力.     

T细胞受体信号转导通路的动力学分析

目的:建立T细胞受体信号转导途径的动力学模型,通过模型仿真揭示T细胞受体信号途径各分子间的动态调控过程,简要分析模型的动力学特性。方法:根据数据库KEGG及相关中英文文献,提取T细胞受体信号转导各条通路相关分子作用的方式及数量关系,利用Matlab7.0的Simulink工具箱构建信号途径的动力学模型并仿真。结果:模型仿真结果与文献符合得较好,能够从数量上反映T细胞受体信号转导途径中各分子间复杂的调控关系,并能通过模型仿真发现和验证该信号途径中的关键节点分子。结论:模型基本反映了T细胞受体信号转导途径的动力学特征,可以作为后续的精确定量关系研究的基础。     

黄花蒿MCS基因的克隆及其序列分析与原核表达

目的 从黄花蒿中克隆MEP途径关键酶2C-甲基-D-赤藓糖醇-2,4-环焦磷酸合成酶(MCS)基因,进行序列特征分析、原核表达以及组织表达的研究.方法 根据黄花蒿MCS (AaMCS)基因EST序列,克隆MCS cDNA及基因组序列.将MCS编码区与表达载体pET-21a(+)重组,构建pET-21a (+)-MCS的原核表达载体并转入大肠杆菌BL21 (DE3),IPTG诱导获得MCS融合蛋白.半定量RT-PCR检测MCS的组织表达情况.结果 AaMCS cDNA全长994 bp,包含681 bp的开放阅读框,编码226个氨基酸,基因全长2 540 bp,包含3个外显子和2个内含子.构建pET-21a (+)-MCS重组质粒,获得稳定的pET-21a (+)-MCS原核表达体系.AaMCS在根、茎、叶、花中均有表达,其中花中表达量较高,根和茎中表达量低.结论 克隆了AaMCS基因,建立pET-2 1a (+)-MCS稳定的原核表达体系,为研究AaMCS蛋白的活性及其功能奠定了基础.     

甲磺酸培氟沙星治疗非淋菌性尿道（宫颈）炎87例

近几年来，在皮肤科临床上非淋菌性尿道（宫颈）炎的发病率有逐年增加的趋势。它主要由沙眼衣原体（CT）和解脲支原体（UU）引起，可单独或混合感染。我所门诊应用甲磺酸培氟沙星（商品名典沙，四川奇力同心制药有限公司生产）治87例非淋菌性尿道宫颈炎患者，取得满意疗效．现报告如下。     

细胞凋亡信号转导通路的动力学模拟

目的： 建立细胞凋亡信号转导途径的动力学模型,通过模型仿真揭示细胞凋亡途径各分子间的动态调控过程,简要分析模型的动力学特性。方法: 根据数据库KEGG及相关中英文文献,提取细胞凋亡各条通路及抗细胞凋亡相关分子作用的方式及数量关系,利用Matlab7.0的Simulink工具箱构建信号途径的动力学模型并仿真。结果: 模型仿真结果与文献符合得较好,能够从数量上反映细胞凋亡信号途径中各分子间复杂的调控关系,并能通过模型仿真发现和验证该信号途径中一些关键节点分子。结论: 本模型基本反映了细胞凋亡信号途径的动力学特征,可以作为后续的精确定量关系研究的理论基础。