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1.
人体内定植着数量庞大、结构复杂的微生物群,微生物群之间、微生物群及宿主细胞间存在着复杂的相互作用。互作转录组测序技术(dual RNA sequencing, Dual RNA-seq)可同时分析两个(或多个)互作物种间基因表达的动态变化,并通过互作模型图获得物种间基因的调控关系,得到物种间的相互作用机制。本文就近年来Dual RNA-seq技术在肠道、呼吸道、皮肤及口腔微生物研究中的应用现状及发展前景作一综述。自Dual RNA-seq的概念被引入以来,该技术已被应用于一系列感染模型。在分子水平上直接研究物种间动态相互作用,有助于更好地理解感染过程中病原体和宿主的生理变化,从而揭示潜在的新靶点或生物标志物。但是,Dual RNA-seq目前仍然处于起步阶段,在实验技术方面存在一定的局限性,比如由于物种间的相互作用是动态变化的,最佳实验条件以及采样点的选择以及如何实现实时观测是亟需解决的难题;此外,由于Dual RNA-seq的生物信息学数据量大,如何快速灵活地处理互作信息仍然需要进一步的探索。 相似文献
2.
利用生物信息学技术初步探索芫根调控肠道免疫功能的分子生物学机制。方法 选择雄性SPF级BALB/c小鼠18只,随机分为3组,每组6只。SC1组小鼠每只每次灌胃芫根提取液150 μL,SC2组小鼠每只每次灌胃绞碎芫根原浆悬液150 μL,NC组小鼠每只每次灌胃生理盐水150 μL,连续7 d每日灌胃一次。分别取每组小鼠小肠组织样品提取RNA,总RNA的质检合格后,进行转录组测序。按GO功能和KEGG信号通路对差异表达基因聚类分析揭示差异表达高度富集的免疫相关通路。从免疫角度分析芫根灌胃小鼠小肠组织的基因表达变化情况。结果 转录组测序共检测到27733条 mRNA的表达,SC1组与NC组比较,显著差异表达基因1635个,其中上调差异表达基因1236个,下调差异表达基因399个;SC2组与NC组比较,显著差异表达基因2872个,其中上调差异表达基因2233个,下调差异表达基因639个(P<0.05)。按GO功能和KEGG信号通路聚类分析显示差异表达基因在白介素分泌、干扰素反应、T细胞受体信号通路及维生素和脂肪消化吸收等途径的富集度在两个芫根组中均居于前20位(P<0.01),肠黏膜趋化因子CCL20和巨噬细胞极化标志物CD274等免疫蛋白编码基因差异表达显著且同属于上述多个免疫通路。结论 芫根灌胃小鼠小肠的差异表达基因在白介素分泌、干扰素反应、T细胞受体信号通路、营养物质消化吸收等途径高度富集,提示芫根对肠道免疫系统及肠黏膜功能的调节,其中CD274的表达上调和CCL20的表达下调提示诱导M1型巨噬细胞极化和T细胞活化可能是芫根调控免疫和维护肠道正常结构功能的重要途径。 相似文献
3.
《郧阳医学院学报》2022,(1)
目的:本文旨在探讨中药活性成分葫芦素B(cucurbitacin B,CuB)抑制急性髓系白血病(acute myeloid leukemia, AML)的作用及机制。方法:Western blot、QPCR检测蛋白磷酸酶2A的癌性抑制因子(cancerous inhibitor of protein phosphatase 2A,CIP2A)在AML细胞中的表达水平;CCK-8及台盼蓝拒染法检测CuB对AML细胞增殖的抑制作用;DAPI染色和流式细胞术检测CuB对kasumi-1细胞凋亡的影响;Western blot检测CuB对kasumi-1细胞中CIP2A表达及凋亡蛋白表达的影响;QPCR检测CuB对CIP2A基因转录的影响;PP2A活性试剂盒检测CuB对Kasumi-1细胞中PP2A活性的影响;Western blot检测C-KIT及其下游信号分子的变化;CuB与PP2A抑制剂冈田酸(Okadaic acid, OA)共处理细胞检测CuB抑制C-KIT是否与PP2A活性的再激活有关。结果:CIP2A在t(8;21)AML中高表达并与AML预后不良显著相关。CuB可以显著抑制kasumi-1细胞增殖并诱导其发生caspase依赖性的细胞凋亡,该作用机制可能与CIP2A/PP2A/C-KIT信号通路有关。结论:CuB通过抑制AML细胞中CIP2A的表达并重激活PP2A,使C-KIT及其下游信号失活,进而抑制AML细胞增殖并诱导其凋亡。 相似文献
4.
目的 监测我国主要城市三级甲等医院住院患者分离的无乳链球菌的耐药状况,分析不同标本来源的无乳链球菌的药敏结果及1株无乳链球菌对利奈唑胺不敏感的机制。方法 定点收集全国各个医院147株无乳链球菌,由中心实验室统一用平皿二倍稀释法测定抗菌药物最低抑菌浓度(MIC)、分析药敏结果。参照美国临床和实验室协会(CLSI)或欧洲药敏委员会(EUCAST)2021标准判定细菌敏感率、耐药率。通过聚合酶链反应(PCR)和序列比对分析利奈唑胺不敏感无乳链球菌对利奈唑胺的耐药机制。结果 无乳链球菌对多数菌药物的敏感率较高,对大环内酯类、克林霉素和喹诺酮类耐药率较高;尿标本来源菌株对大多数药物的耐药率略高于生殖道标本来源菌株。在147株无乳链球菌株中,利奈唑胺MIC50与MIC90均为1 mg·L-1,发现1株无乳链球菌利奈唑胺MIC值为8 mg·L-1,对利奈唑胺不敏感。该菌株poxtA、cfr、cfr(B)、cfr(C)阴性,未检出核糖体L蛋白突变,但携带optrA基因和23SrRNA V结构区突变。结论 从整体来看... 相似文献
5.
6.
7.
目的 探究酸浆苦味A(Physalin A,PA)对骨关节炎的保护作用及作用机制。方法 取5日龄的C57BL/6乳鼠膝关节原代软骨细胞进行传代培养,使用5 ng/mL的白细胞介素-1β(IL-1β)刺激原代软骨细胞以模拟骨关节炎的软骨细胞炎性模型,并使用不同浓度的PA(2.5 μmol/L、5 μmol/L、10 μmol/L)进行干预,具体分组为对照组、IL-1β组、IL-1β+PA(2.5 μmol/L)组、IL-1β+PA(5 μmol/L)组、IL-1β+PA(10 μmol/L)组。Western blot法检测不同组间蛋白聚糖(ACAN)、二型胶原(COL2A1)、基质金属蛋白酶13(MMP13)、Ⅰ型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶(ADAMTS5)、诱导型一氧化氮合酶(iNOS)、环氧合酶2(COX-2)、白细胞介素6(IL-6)和B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、Bcl-2相关X蛋白(Bax)的表达水平。结果 与对照组比较,IL-1β组ACAN、COL2A1蛋白表达水平明显下调(P<0.05),而MMP13、ADAMTS5和iNOS、COX-2、IL-6蛋白表达水平显著升高(P<0.05);相比于IL-1β组,IL-1β+PA(2.5 μmol/L)组、IL-1β+PA(5 μmol/L)组、IL-1β+PA(10 μmol/L)组中ACAN、COL2A1蛋白表达水平逐渐升高(P<0.05),MMP13、ADAMTS5蛋白和iNOS、COX-2、IL-6蛋白表达水平逐渐下降(P<0.05)。此外,相比于对照组,IL-1β组Bcl-2/Bax比值下降(P<0.05);相比于IL-1β组,IL-1β+PA(2.5 μmol/L)组、IL-1β+PA(5 μmol/L)组、IL-1β+PA(10 μmol/L)组中,Bcl-2/Bax比值升高(P<0.05)。结论 PA能通过抗炎和抗凋亡途径发挥保护关节软骨的作用。 相似文献
8.
9.
目的通过体内和体外研究探讨羟基红花黄色素(hydroxy safflower yellow A,HSYA)在大鼠应激性结肠高动力中的作用及其可能的作用机制。方法将15只雄性Wistar大鼠分为3组,分别为:SWAS(假性避水应激)组、WAS(避水应激)组、WAS+HSYA组,每组5只。WAS组和SWAS组大鼠连续10 d每天分别暴露于避水应激和假性避水应激中1 h,建立大鼠模型;WAS+HSYA组大鼠于每天进行避水应激前半小时,以60 mg/kg的HSYA灌胃,而WAS组以相同的生理盐水灌胃,SWAS组则不做处理。整个实验期间,分别记录各组大鼠的每天粪球排出量。于实验第11天,大鼠处死后取近端结肠制备肌条,以张力换能器测定结肠平滑肌肌张力变化。另取正常大鼠离体近端结肠制备肌条,以张力换能器测定结肠平滑肌肌张力变化,当出现一段规律收缩信号后,分别进行其他的相关处理:(1)加入浓度梯度的HSYA溶液(终浓度分别为0.6、1.2、1.8 mol/L),观察并记录其自发性收缩活性变化;(2)用1μmol/L TTX孵育肌条10 min,再以浓度梯度的HSYA溶液处理肌条,观察并记录其自发性收缩活性变化;(3)用30μmol/L Tak-242孵育肌条15 min,再以浓度梯度的HSYA溶液处理肌条,观察并记录其自发性收缩活性的变化。采用SPSS 26.0统计软件、Graphpad 8.0软件对实验所得数据进行分析。结果避水应激诱发大鼠结肠动力亢进。HSYA明显抑制结肠肌条收缩活性,这种作用未被TTX阻断,而TLR4受体拮抗剂Tak-242能显著阻断HSYA对结肠肌条收缩活性的抑制作用。结论 HSYA能逆转应激性结肠动力亢进,这种效应可能与TLR4受体通路有关。 相似文献
10.
目的研究喉癌肿瘤相关成纤维细胞(CAFs)外泌体表达下调的miRNA-656-3p对喉癌细胞生长和侵袭能力的影响以及丹参酮ⅡA对其调控作用。方法将CAFs外泌体miRNA-656-3p表达上调,制备外泌体上清,检测其对喉癌细胞体外增殖、侵袭能力及细胞周期的影响。检测中药提取物丹参酮ⅡA是否具有类似的上调CAFs外泌体miRNA-656-3p表达的作用,其作用后的CAFs外泌体上清是否具有类似的抑制喉癌增殖和侵袭能力的功效。结果过表达miR-656-3p的CAFs外泌体上清能抑制喉癌细胞的体外增殖和侵袭能力,抑制CCND2的表达,并将喉癌细胞阻滞在G0/G1期。而丹参酮ⅡA也可以上调CAFs外泌体中miR-656-3p的表达水平,其作用后的CAFs外泌体能发挥类似的抑制喉癌细胞体外增殖和侵袭的功效。结论喉癌CAFs外泌体miRNA-656-3p的表达下调促进喉癌细胞的生长和侵袭能力,丹参酮ⅡA可上调CAFs外泌体miR-656-3p的表达,通过后者抑制喉癌细胞的生长和侵袭能力。 相似文献