浙江省杭州地区手足口病病原谱分析和肠道病毒71型VP1基因分析

[目的]分析杭州地区手足口病的病原谱构成,并对肠道病毒(EV)71型的VP1基因进行核苷酸和氨基酸的序列的比对分析,了解杭州地区EV71的基因特征。[方法]采集98份手足口病确诊病例的粪便标本,用EV71和柯萨奇病毒A组(CoxA)16型特异性引物进行逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定,并选择6例EV71检测结果阳性的标本进行病毒分离并进行VP1基因的特异性扩增并进行测序,结合EV71各亚型的代表株构建系统进化树,并对VP1蛋白的氨基酸序列进行分析。[结果]通过RT-PCR特异性检测,发现EV71阳性结果22份,阳性率为22.4%;CoxA16阳性结果27份,阳性率为27.6%。测序结果表明6株EV71之间的VP1基因核苷酸同源性为92.2%～98.5%,氨基酸同源性为99.0%～100%。通过与各代表亚型进行核苷酸同源性比较后发现此次分离得到的EV71病毒都属于C4亚型。6株EV71与部分亚型代表株间在BCloop区域的氨基酸序列存在着差别,而SP70区域的氨基酸序列则完全一致。[结论]在手足口病患者中,由EV71感染引起的比例越来越大;此外,此次在杭州地区分离的EV71病毒都属于C基因型的C4亚型,尚没有证据说明此次在杭州地区分离的6株EV71毒株的毒力有增强。     

浙江5个地区2010~2012年沙门菌流行特征及分子分型研究

摘要：目的：了解浙江部分地区沙门菌感染的流行病学特点,为防治提供科学依据。 方法：收集浙江省杭州、宁波、嘉兴、衢州、绍兴5个地区2010~2012年临床分离的沙门菌94株,对其进行血清分型、K-B纸片法药物敏感性试验。用二重PCR法检测毒力岛基因invA和毒力质粒基因spvB,并进行多位点序列分型;用多位点序列分型软件Dna SP version 5.0对7个管家基因进行核苷酸多态性分析。 结果：94株沙门菌共测出18种血清型,其中肠炎沙门菌29株（30.9%）,鼠伤寒沙门菌27株（28.7%）,甲型副伤寒沙门菌10株（10.6%）,纽波特沙门菌和伊鲁慕沙门菌各5株（5.3%）,猪霍乱沙门菌4株（4.3%）,伤寒沙门菌和婴儿沙门菌各2株（2.1%）,其余10种血清型均各分离到1株。94株沙门菌耐药率最高的为氨苄西林47株（50.0%）,耐药率最低的为头孢吡肟1株（1.1%）;非耐药菌株占所有菌株的46.8%（44/94）。毒力岛基因invA和毒力质粒基因spvB阳性率分别为97.9%（92/94）和45.7%（43/94）。94株沙门菌经MLST分析分为24种ST型,以ST11型菌株最多,占29.8%（28/94）;上报网站http://mlst.ucc.ie/mlst/新ST型5型,分别为ST1746、ST1747、ST1748、ST1749和ST1750。 结论：浙江5个地区临床分离的沙门菌以肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为主,质粒毒力基因spvB在这两种主要血清型中有较多的分布。94株沙门菌的耐药情况尚好,非耐药株数量接近半数。血清分型与多位点序列分型存在一定的联系。     

浙江省急性腹泻患儿中肠道病毒检测分析研究

目的 探讨浙江省急性腹泻患儿的常见病毒组成.方法 采集5岁以下（≤5岁）急性腹泻患儿的811份粪便标本,采用ELISA方法检测A组轮状病毒（RV）,应用多重PCR方法同时检测B/C组RV、诺如病毒（NoV）、札如病毒（SaV）、肠道腺病毒（AdV）、星状病毒（AstV）,并利用RT-PCR对RV的阳性标本进行G、P分型.结果 811份粪便样本中,RV、NoV、SaV、AdV 及AstV总的阳性比例分别为25.52%、18.37%、4.44%、2.71%和1.23%;65份（8.01%）混合感染标本中以RV和NoV混合感染所占比例最大（56.92%）; 116份RV的G/P分型中,G3型（37.93%）、G1型（32.75%）和P[8]型（57.76%）是RV的优势型别,且G3/P[8]（27.59%）是混合感染最主要的组合.结论浙江省五种常见腹泻病毒及其混合感染的流行状况,为临床治疗和疾病监测提供参考价值.     

2009~2012年杭州地区甲型H1N1流感病毒HA与NA基因的进化分析

摘要：目的：研究杭州地区2009年至2012年甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）与神经氨酸酶（NA）的基因进化特征,分析该病毒的遗传变异和抗原的分子水平转变。 方法：用RT-PCR分别扩增甲型H1N1流感病毒HA基因和NA基因片段并进行测序,用DNAMAN和MEGA 4.0生物信息学软件对HA和NA基因序列进行进化分析。 结果：建立的RT-PCR可成功检测HA(C)、HA(D)和NA基因,遗传进化分析结果表明,杭州地区甲型H1N1流感病毒的HA与NA氨基酸序列的亲缘系数与WHO推荐的病毒株及国内代表株的同源性均为98.9%~100%;三维构象结果表明,HA编码的蛋白质有5个位点发生改变,而NA编码的蛋白质仅发生2个位点改变。 结论：2009年至2011年杭州地区甲型H1N1流感病毒HA和NA基因序列与世界范围内流行的病毒参考株具有高度同源性,但HA与NA蛋白质表位存在某些氨基酸位点的改变。     

以组队模式考核450名新型冠状病毒核酸检测人员技能的结果分析

目的以组队检测模式调查当前在应对疫情防控中大量培训的新型冠状病毒核酸检测后备人员的技术能力,考查团队检测效率,为后续有重点地提高核酸检测人员技能水平、提升整体应对疫情的检测能力提供数据依据。方法从全省各地市医疗机构、疾控中心和第三方实验室的PCR岗位证名单中按一定比例随机抽调450人,每15人1组,共组建30支组队,按照团队合作模式对每个人的实验技术、检测知识储备以及团队的多个方面进行竞技与考核。按新型冠状病毒核酸检测全过程,分为试剂配制考点、核酸提取A步骤和B步骤考点以及核酸扩增考点,按照每个考点的评分细则给每个选手的实验操作进行评分;设置个人面试,分为PCR结果解读和综合理论论述,对每位选手的理论知识进行考核。结果 2020年培训的新证人员各项成绩均低于2019年以前培训的老证人员,且内部差异明显;移液器吸样不准、出现加样错误和手套污染样本的失误率分别为30.30%、21.10%和17.20%,移液器走位不规范、加样超时和未确认加样的失误率分别为34.4%、22.5%和15.0%。组队最终检测结果的准确性与组队的技术成绩呈正相关。队伍前期组织过1~3 d集训的地市成绩显著高于没有组织过集训的地市。结论对2020年新培训的新证人员要加强理论培训,尤其加强PCR结果解读的技术培训。提前开展核酸检测机动队的演习,磨合团队配合,落实技术和流程,确保在疫情出现最初就具备高效检测的能力。     

2011~2013年杭州市手足口病病原谱流行特征及柯萨奇病毒A16型VP1区基因变异研究

目的了解杭州市手足口病病原谱流行特征及柯萨奇病毒A16型(CA16)分离株的VP1基因变迁规律。方法采集杭州市2011~2013年手足口病患者的2 197份临床标本,用通用引物进行肠道病毒实时荧光定量RT-PCR检测,对阳性标本进行分型,对部分CA16感染阳性重症患者标本测定VP1基因序列并进行同源性比对和系统进化树分析。结果杭州地区肠道病毒通用型核酸检出率为56.0%(1 317/2 197),肠道病毒71(EV71)、CA16和其他肠道病毒的检出率分别为24.1%(530/2 197)、13.9%(306/2 197)和22.8%(501/2 197)。在咽拭子和粪便标本中EV71检出率均最高,分别为23.9%(301/1 258)和23.6%(148/627),而在疱疹液标本中其他型肠道病毒检出率最高,为32.6%(76/233),脑脊液标本中无CA16检出。咽拭子标本和粪便标本在发病初期的检出率较高,发病后第5天和第6天后检出率低于发病初期检出率,而脑脊液和疱疹液不同病程阶段的检出率无统计学意义。9株CA16分离株VP1基因的核苷酸同源性为90.8%~99.7%,分属于B1b亚型和B1a亚型。结论 2011~2013年杭州地区手足口病患者主要病原体以EV71和CA16为主,样本类型和采样时间是影响肠道病毒检出率的重要原因。杭州地区CA16毒株VP1区基因的变异程度较低,需进一步加强开展手足口病的监测。     

2013~2014年杭州地区手足口病柯萨奇病毒A6型和A10型VP1基因特征分析

目的了解2013~2014年杭州地区手足口病病原谱的分布,并对其病原基因特征进行分析。方法采集2013年3月至2014年4月手足口病患儿标本1 340例,提取病毒核酸,通过逆转录和PCR扩增肠道病毒VP1序列并测序,经Blast比对确定病毒基因型。对柯萨奇病毒A6型(CA-A6)和A10型(CA-A10)VP1全长序列进行同源性比对分析,并构建系统进化树。结果1 340例手足口病患儿标本中,肠道病毒检出阳性率为81.43%(1 090/1 340)。其中,CV-A6阳性率为41.04%,取代EV-71(14.48%)成为杭州地区检出阳性率最高的肠道病毒;CV-A10检出率(8.51%)也高于CV-A16(3.81%),列于第三位。同源性比对及系统进化分析显示,2013~2014年的25株CV-A6病毒核苷酸同源性为89.0%~99.7%,主要分布于G、H基因亚型;15株CV-A10病毒核苷酸同源性为95.3%~99.9%,分布于F、G基因亚型。结论 2013~2014年杭州地区儿童手足口病的主要病原体发生重大变化,CV-A6病毒成为最主要病原,CV-A10病毒也存在潜在威胁,需加强对其他肠道病毒的持续监测和分子特征分析。     

2009年全国手足口病暴发早期发现方式分析

手足口病(HFMD)是由多种肠道病毒引起的常见传染病[1].2009年,全国共报告手足口病患者115万余例,死亡354例,发病数排在丙类传染病的第一位[2].当前,手足口病已成为我国高度关注的传染病之一,本研究旨在对全国手足口病暴发的主要发现方式进行分析.