我国西部6省9地牛带绦虫rDNA-ITS1序列测定及分析

目的利用分子生物学技术鉴定我国6省9地是否存在牛带绦虫亚洲亚种。方法取成虫标本孕节2~3片,酚氯仿法提取DNA,PCR法扩增rDNA-ITS1片段,并纯化、克隆此片段后作序列测定。利用BioEdit,clustalx,PHYLIP,Treeview软件处理后构建系统发育树。结果广西融水(RS)、宾阳(BY)牛带绦虫标本与贵州都匀(DY),云南大理(DL)牛带绦虫标本序列基本一致,同源性为98%~99%;新疆乌什(WS)、西藏拉萨(LS)、内蒙古(NM)、云南西双版纳(BN)牛带绦虫标本与贵州从江(CJ)牛带绦虫标本序列基本一致,同源性为98%~99%。系统发育树显示:RS、BY、DL和DY标本遗传距离较近;WS、LS、CJ、NM和BN标本遗传距离较近。而两组间遗传距离较远。结论RS、BY、DL和DY四地存在牛带绦虫亚洲亚种;WS、LS、CJ、NM和BN五地存在传统牛带绦虫。     

云南兰坪地区带绦虫rDNA—ITS PCR—RFLP分析

目的对云南兰坪地区带绦虫种类进行鉴定。方法分别选取云南兰坪地区带绦虫(LP株)、猪带绦虫(ZD株)、牛带绦虫(ND株)和都匀亚洲带绦虫(DY株)成虫孕节3片(ZD株、ND株、DY株均为标准对照),抽提基因组DNA,PCR扩增rDNA-ITS片段,用限制性内切酶Dde I对扩增片段作酶切分析。结果LP株rDNA-ITS片段PCR扩增产物经Dde I酶切后的图谱与DY株一致,与ND株和ZD株均不同。结论云南兰坪地区带绦虫(LP株)与DY株相似,同属于亚洲带绦虫。PCR-RFLP适用于带绦虫病的流行病学调查和临床诊断。     

日本血吸虫和斯氏并殖吸虫的rDNA-ITS2遗传多态性研究

目的 分析日本血吸虫和斯氏并殖吸虫的核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因的遗传变异.方法 采集2种吸虫成虫标本,提取其基凶组DNA,PCR特异性扩增rDNA-ITS2基因并测序;Clusterx软件进行多序列对比;MEGA 4软件计算遗传距离,NJ法和MP法构建系统进化树;DNAsis软件对rDNA-ITS2序列片段进行模序分析.结果 2种方法构建的遗传系统进化树基本结构相似,日本血吸虫与斯氏并殖吸虫间存在较远的遗传距离,但二吸虫ITS2序列间有42.7%的相似性.利用DNAsis软件在日本血吸虫和斯氏并殖吸虫的rDNA-ITS2序列中发现AP_2_CS6、bHLH_CS和CAP_site 3种相同的转录因子.结论 日本血吸虫和斯氏并殖吸虫虽然在rDNA-ITS2基因水平上存在明显种间差异,但在rDNA-ITS2序列、转录因子方面具有重要的相似性.     

3个仙草品系核糖体DNA-ITS序列分析

目的为仙草资源的分子标记和仙草品种选育提供参考。方法采用克隆测序法,测定仙草3个品系的核糖体DNA-ITS序列。结果 3个仙草品系的ITS序列存在2个碱基差异,分别在ITS1区段的第355位和在ITS2区段的第578位。结论 3个仙草品系间既有差异又有较近的亲缘关系,序列结果已登录到NC-BI。     

巴戟天与常见混伪品的rDNA-ITS序列分析及其分子鉴定

目的比较巴戟天与常见混伪品之间的rDNA-ITS碱基序列的差异及其规律,同时为巴戟天及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记。方法对巴戟天及其常见混伪品的rDNA-ITS进行了PCR扩增、测序,并运用CLUSTALX、MEGA软件对该区进行序列分析。结果测定了巴戟天及其混伪品的rDNA-ITS区序列,包括ITS1、5.8S和ITS2全长序列以及18S、26S部分序列。巴戟天与假巴戟天、羊角藤在ITS1和ITS2区的差异性分别为2.9%~5.8%和2.9%~4.2%,而与虎刺在ITS1和ITS2区的差异性则为21.2%和18.9%。根据ITS序列特征构建的系统树,混伪品假巴戟天与羊角藤首先聚类,然后与巴戟天聚在一起,而虎刺则单独聚为一支。结论rDNA-ITS序列可作为巴戟天与混伪品的一种较好的分子指纹图谱的标记方法。     

Novel genetic diversity within Anopheles punctimacula s.l.: Phylogenetic discrepancy between the Barcode cytochrome c oxidase I (COI) gene and the rDNA second internal transcribed spacer (ITS2)

Anopheles punctimacula s.l. is a regional malaria vector in parts of Central America, but its role in transmission is controversial due to its unresolved taxonomic status. Two cryptic species, An. malefactor and An. calderoni, have been previously confused with this taxon, and evidence for further genetic differentiation has been proposed. In the present study we collected and morphologically identified adult female mosquitoes of An. punctimacula s.l. from 10 localities across Panama and one in Costa Rica. DNA sequences from three molecular regions, the three prime end of the mitochondrial cytochrome c oxidase I gene (3′ COI), the Barcode region in the five prime end of the COI (5′ COI), and the rDNA second internal transcribed spacer (ITS2) were used to test the hypothesis of new molecular lineages within An. punctimacula s.l. Phylogenetic analyses using the 3′ COI depicted six highly supported molecular lineages (A–F), none of which was An. malefactor. In contrast, phylogenetic inference with the 5′ COI demonstrated paraphyly. Tree topologies based on the combined COI regions and ITS2 sequence data supported the same six lineages as the 3′ COI alone. As a whole this evidence suggests that An. punctimacula s.l. comprises two geographically isolated lineages, but it is not clear whether these are true species. The phylogenetic structure of the An. punctimacula cluster as well as that of other unknown lineages (C type I vs C type II; D vs E) appears to be driven by geographic partition, because members of these assemblages did not overlap spatially. We report An. malefactor for the first time in Costa Rica, but our data do not support the presence of An. calderoni in Panama.     

中国7市家蝇rDNA-ITS2基因分析

目的:分析我国7市家蝇的rDNA-ITS2基因.方法:采集北京、吉林、长春、成都、南京、湖北荆州和养殖7市8个家蝇样本,形态鉴定. 依据Drosophila melanogaster的nrRNA序列,设计扩增不同地区家蝇rDNA-ITS2基因的引物,PCR扩增不同地区家蝇基因组,获特定基因片段,SSCP分析. 将PCR扩增不同地区家蝇rDNA-ITS2片段克隆于pMD-18T载体,序列测定,采用Clustal W软件在线分析不同地区家蝇rDNA-ITS2序列,用MegAlign(4.0)软件的UPMGA方法构建系统发育树. 结果:我国7市8个家蝇样品的rDNA-ITS2基因均获约360 bp阳性扩增区带. SSCP分析8个家蝇样品的rDNA-ITS2的SSCP电泳DNA迁移率均有一定差异. Clustal W比对分析不同地区的8个家蝇rDNA-ITS2基因序列间存在一定差异. 同源性为75%,而其中部分地区家蝇样品rDNA-ITS2序列同源性高,家蝇(长春、吉林、养殖),三者之间的同源性为98.0%～99.1%;家蝇(成都、南京、广州、荆州)之间的同源性为99.1%～99.7%. 系统聚类分析显示,发育树共分成2支,1支是家蝇(北京与养殖)关系密切,先聚为一类,然后与家蝇(长春)再聚类;另1支是家蝇(成都与荆州)关系密切,最先聚类,然后与家蝇(南京)聚类,再与家蝇(广州)聚类,最后与家蝇(吉林)聚类. 结论:应用PCR-SSCP和rDNA-ITS2基因序列分析揭示我国不同地区家蝇基因组序列存在一定差异.     

长江下游3省湖北钉螺不同地理种群的群体遗传结构研究

目的 目的 对长江下游江西、 安徽和江苏3省湖北钉螺的不同地理种群进行群体遗传结构分析, 以探讨rDNA?ITS分 子标记在钉螺扩散路径监测中的应用价值。 方法 方法 采集3省9个种群的钉螺样本, 提取基因组DNA, PCR特异性扩增rD? NA?ITS基因并克隆测序, 统计分析群体间的遗传分化系数 （Fst ）、 遗传距离和种群遗传多样性等参数, 利用单倍型构建家系 网络图。结果 结果 9个种群共获得有效序列93条, 检测到78个单倍型, 平均单倍型多样性、 核苷酸多样性分别为0.988和 0.012 88, 表明钉螺种群的遗传多样性水平较高; 其遗传变异主要来自群体内, 种群间遗传距离为0.001 6～0.002 3, 显示钉 螺种群间遗传分化程度较高; 家系网络图显示所有单倍型虽可形成3个主要的家系分支, 但各地理种群在家系网络图中无 明显分化。结论 结论 长江下游江西、 安徽和江苏3省沿长江分布的湖北钉螺群体遗传多样性主要存在个体间, 群体间未形成 明显的遗传分化。rDNA?ITS分子标记在钉螺扩散路径监测中的应用价值值得进一步探讨。     

不同地区不同生境按蚊种群的分子鉴定及rDNA-ITS2序列分析

对采自安徽、江苏、湖南、广西、云南及海南等地区的人房、牛棚、稻田、山区等不同生境的按蚊,按照文献合成引物,用PCR方法进行分子鉴定;并对各种群的ITS2序列测序后,与GenBank所得赫坎按蚊复合体近缘种群按蚊的ITS2序列进行比对分析.结果显示,采集的不同地区不同生境的按蚊均为中华按蚊,此次采集没有采到嗜人按蚊;现场...     

阴道毛滴虫ITS序列多态性与甲硝唑耐药性

目的 探讨临床不同分离株阴道毛滴虫核糖体DNA基因转录间隔区(rDNA ITS)序列多态性与甲硝唑抗性表型之间的相关性.方法 采用微孔板法检测39株达到纯培养的阴道毛滴虫虫株对甲硝唑敏感性,同时设计rDNA-ITS区特异引物进行PCR扩增并测序.结果 39个虫株中,甲硝唑敏感虫株20株,耐药虫株19株;PER扩增获得ITS区和5.8 S特异片段长度为285 bp.经DNAStar MegAlign比对显示,仅在ITS1区存在唯一点突变,即C66T突变.39个虫株中有8株具C66T突变,其中6株来自甲硝唑敏感虫株,2株来自甲硝唑耐药虫株.经Fisher确切概率检验,χ~2=0.108,P>0.05.结论 阴道毛滴虫临床分离株ITS区C66T突变与甲硝唑抗性表型无明显相关性.