Functional study of the different haplotypes cDNA in the coding region of CⅡTA gene

Objective To study the function of 4 different haplotypes cDNA which are constructed by two non-homonymy single nueleotide polymorphism (SNP) sites C19170G (Leu45Val) and C30799G (Ala500Gly) in the coding region of human CⅡTA gene. Methods HeLa cells were transfeeted with eu-karyotic expression vectors containing four different haplotypes cDNA. C Ⅱ TA mRNA and HLA classⅡanti-gen (HLA-DR, DP, DQ) were respectively detected by RT-PCR and indirect cell immunofluoreseence tech-nique in the untransfected and transfeeted with four eukaryotic expression vectors and empty vectors HeLa cells. The quantity of HLA classⅡ antigen were analyzed by flow eytometry. Results No expression of CⅡTA mRNA and HLA class Ⅱ antigen were observed on original HeLa cells and empty vector transfected cells. CⅡTA mRNA expression was emerged, and the expression of HLA class Ⅱ antigen were observed in the HeLa cells transfected with eukaryotic expression vectors containing four different haplotypes cDNA. And there were not significantly different with the levels of HLA class Ⅱ antigen expression among HeLa cells transfected with eukaryotic expression vectors containing four different haplotypes cDNA ( P > 0.05 ). Con-dusion The SNP of Chinese at the sites C19170G(Leu45Val) and C30799G(Ala500Gly) in the coding site of C Ⅱ TA gene did not influence capability of CⅡTA trans-aetivating HLA class Ⅱgene expression.     

应用复合诱导突变分离PCR法检测mtDNA的单核苷酸多态性

目的应用复合诱导突变分离PCR(multiplexed mutagenically separated PCR,MS-PCR)技术、银染分型,建立线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)编码区单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)分型系统,探讨其应用价值。并调查了成都汉族群体mtDNA编码区4个SNP基因座等位基因频率和单倍型分布情况。方法根据SNP基因座(C12705T、A8701G、G8584A、C10400T)设计两条片段相差4个碱基的等位基因特异性引物和一条公共引物,4个SNP基因座复合扩增,PCR产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染显带后确定样本的基因型。结果不同SNP基因座为长度不同的单一谱带,其分型结果与直接测序一致。在成都汉族160名无关个体中,4个SNP基因座C12705T、A8701G、G8584A、C10400T等位基因频率分别为0.3813/0.6187、0.4813/0·5187、0.8250/0.1750、0.4938/0.5062;共检出6种单倍型,单倍型的基因多样性为0.7137。结论建立的MMS-PCR银染分型系统是一种简单、快速、准确、有效的SNP分型方法,对建立mtDNA编码区SNP数据库,研究群体遗传学、进化学和进行法医学个人识别和亲子鉴定有重要意义。     

单核苷酸多态性的研究进展

单核苷酸多态性 (SNPs)是指存在于某一人群或个体基因组内的单个碱基发生突变 ,正是由于这些突变 ,导致了群体与群体及个体与个体之间的差异。许多疾病的易感性、个体的药物敏感性等均与SNPs有关。建立快速高效的SNPs检测方法和强大的数据库 ,能为人类基因组功能研究和SNPs的应用研究提供坚实的基础。     

中国南方汉族和苗族人群hPARP1基因遗传多态性

目的检测人类聚腺苷二磷酸核糖聚合酶1[poly（ADP-ribose）polymerase 1，PARP1]基因的基因型和基因频率在中国南方汉族和苗族人群中的分布。方法收集187名中国南方汉族和210名苗族人的血液DNA，用PCR法扩增hPARP1基因4个外显子，并进行单链构象多态性分析。结果用PCR成功扩增出第12、13、16、17外显子，片段长度分别为253bp、313bp、175bp、362bp，在187名中国南方汉族和210名苗族人群中，分别有3人和9人检测出hPARP1基因第12、13、16和17外显子上各有1种基因突变，分别为Phe548Ser、Ala683Ser、Asp798Tyr、His808Arg。结论中国南方汉族和苗族人群中hPARP1基因第12、13、16和17外显子上存在突变型等位基因。     

Functional study of the different haplotypes cDNA in the coding region of CⅡTA gene

Objective To study the function of 4 different haplotypes cDNA which are constructed by two non-homonymy single nueleotide polymorphism (SNP) sites C19170G (Leu45Val) and C30799G (Ala500Gly) in the coding region of human CⅡTA gene. Methods HeLa cells were transfeeted with eu-karyotic expression vectors containing four different haplotypes cDNA. C Ⅱ TA mRNA and HLA classⅡanti-gen (HLA-DR, DP, DQ) were respectively detected by RT-PCR and indirect cell immunofluoreseence tech-nique in the untransfected and transfeeted with four eukaryotic expression vectors and empty vectors HeLa cells. The quantity of HLA classⅡ antigen were analyzed by flow eytometry. Results No expression of CⅡTA mRNA and HLA class Ⅱ antigen were observed on original HeLa cells and empty vector transfected cells. CⅡTA mRNA expression was emerged, and the expression of HLA class Ⅱ antigen were observed in the HeLa cells transfected with eukaryotic expression vectors containing four different haplotypes cDNA. And there were not significantly different with the levels of HLA class Ⅱ antigen expression among HeLa cells transfected with eukaryotic expression vectors containing four different haplotypes cDNA ( P > 0.05 ). Con-dusion The SNP of Chinese at the sites C19170G(Leu45Val) and C30799G(Ala500Gly) in the coding site of C Ⅱ TA gene did not influence capability of CⅡTA trans-aetivating HLA class Ⅱgene expression.     

基于稀疏表示变量选择方法的影像遗传学数据分析

目的:采用影像遗传学研究方法探索精神分裂症的影像遗传学特征。方法:在传统稀疏回归模型的基础上，改进 了其在不同范数条件下进行变量选择的能力，形成一种基于稀疏表示变量选择算法，并将该算法应用于208 个受试者的 41 236个功能磁共振成像数据和722 177个单核苷酸多态性数据的综合分析。通过对两类数据施加不同的权重因子，并 使用不同的Lp （p=0、0.5、1）范数分别对模型进行求解，筛选出两类数据在不同条件下的显著特征。结果:基因DAOA和 HTR2A在3种范数下均被筛选出。此外，在影像学数据方面，发现中央前回、枕上回、顶下缘角回、角回、内侧和旁扣带脑 回、后扣带回脑区与精神分裂症相关，此发现与先前精神分裂症的临床医学研究结果一致。结论:基于稀疏表示变量选择 方法应用于影像遗传学数据分析是一个有效可行的途径，为今后精神分裂症的影像遗传学研究提供了一种新的研究 思路。     

TNFRSFl3B基因中SNP rsl1078355与中国东北地区颅内动脉瘤的相关研究

目的 探讨肿瘤坏死因子受体13B基因(TNFRSFl3B)中SNPTS11078355 G>A在中国东北地区散发颅内动脉瘤发生中所起的作用.方法 应用PCR-RFLP方法从100例颅内动脉瘤患者和116例健康对照者的外周血中提取TNFRSFl3B基因单核苷酸多态性rsll078355 G>A的基因型,所有数据应用SPSSl3.0统计学软件进行统计.结果 在100例颅内动脉瘤患者中,63%在40-59岁之间;TNFRSFl3B基因SNP rsl1078355 G>A基因型与颅内动脉瘤的发病危险密切相关(P=0.034,OR=1.870);在病例组与对照组之间,性别差异具有明显不同(P=0.036,OR=1.794),女性多于男性;空腹血糖的增高和高血压是颅内动脉瘤发生的危险因素(P相似文献   

我国部分省份（地区）汉族人群HLA-I类基因多态性地区差异分析

目的探讨我国部分省份（地区）汉族人群HLA-I类经典基因座位HLA-A、HLA-B、HLA-Cw位点的群体遗传学特点及其基因频率分布的地区差异。方法选取1014例无关汉族拟行造血干细胞移植治疗患者及其健康家系供者的血液样本,提取基因组DNA后,采用序列特异性引物聚合酶链式反应（PCR-SSP）分型技术进行HLA-A、HLA-B、HLA-Cw位点基因分型,分析不同地区汉族人群及不同种族间的基因频率分布特征。基于文献报道的我国不同地区汉族人群及不同种族的HLA-I类基因频率资料,计算种群间遗传距离（D）,比较不同地区汉族人群及不同种族间遗传距离差异。结果Hard-Weinberg吻合度检验表明,本研究抽样群体适于进行遗传学统计分析。HLA-A位点共检测出14种基因型,最常见的是A^＊02（0.330）、A^＊11（0.240）、A^＊24（0.155）、A^＊33（0.075）;HLA-B位点共检测出27种基因型,最常见的是B^＊13（0.134）、B^＊15（0.143）、B^＊40（0.133）、B^＊46（0.102）;HLA-Cw位点共检测出13种基因型,最常见的是Cw^＊01（0.157）、Cw^＊03（0.247）、Cw^＊07（0.181）、Cw^＊08（0.106）。群体汉族与其他人种间HLA-A、HLA-B基因频率差异均有统计学意义（P〈0.05）;除兰州汉族人群仅同南方汉族、湖南、山东、江苏、台湾汉族人群间HLA-A、HLA-B基因频率差异有统计学意义（P〈0.05）外,其余各地区汉族人群间HLA-A、HLA-B基因频率差异均有统计学意义（P〈0.05）。各地区汉族人群间平均遗传距离D=0.164,辽宁和北方汉族人群间遗传距离（D=0.064）最小,江苏与湖南汉族人群间遗传距离（D=0.299）最大;不同地区汉族人群间遗传距离普遍小于种族间遗传距离。结论我国不同地区汉族人群HLA-I类基因频率分布存在显著差异,但其差异要明显小于世界不同人种间的分布差异。我国汉族人群所特有的HLA-I类基因频率分布格局资料对区域性疾?     

青海高原藏系绵羊鼠疫菌系统发育关系和流行特征的研究

  目的  对青海高原藏系绵羊引发的人间鼠疫疫情流行病学和相关鼠疫菌遗传特征进行研究,为制定出适合青海省藏系绵羊鼠疫防控提供科学依据。  方法  汇总分析青海省1958―2020年藏系绵羊引发的人间鼠疫疫情资料,描述其时间、地区和人群分布及其他流行病学特征;对38株分离自人、藏系绵羊和喜马拉雅旱獭的鼠疫杆菌进行测序,再结合其他参考菌株的基因序列分析菌株的全基因组单核苷酸多态性特征,构建菌株之间的系统发育关系。  结果  1958―2020年共发生藏羊为疫情传染源的人间鼠疫疫情16起,发病69人,死亡42人,病死率60.86%。与藏系绵羊相关的鼠疫杆菌都位于系统发育树的同一进化分支1.IN2中,并具有明显的地域性特征。同一鼠疫事件中人、藏系绵羊和周边喜马拉雅旱獭分离菌株位于同一簇群,与流行病学调查资料相符。  结论  流行病学结合系统发育关系分析,证实了青海省人间鼠疫来自藏系绵羊,而藏系绵羊鼠疫则起源于旱獭。藏系绵羊是青海高原上重要的家畜,因此不应低估藏系绵羊鼠疫的危害。     

宽叶山蒿与艾饮片及其叶绒的特异性PCR鉴别北大核心CSCD

宽叶山蒿为艾的近源种,两者饮片或叶绒混在一起很难鉴别。该研究旨在从分子层面建立一种快速鉴别宽叶山蒿与艾的方法。根据宽叶山蒿与艾的ITS2基因测序结果,使用DNAMAN软件进行序列比对,分析得到在ITS2基因202位存在C/T单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism,SNP);并依据此SNP位点设计特异性引物,建立并优化特异性PCR方法,以此方法进行混样检测验证可行性与稳定性。在特异性PCR条件下,使用特异性引物JNC-F与通用引物ITS3R,艾可以扩增出1条218 bp的特异条带,而宽叶山蒿不能扩增;使用特异性引物KY-F与通用引物ITS3R,宽叶山蒿可以扩增出218 bp特异条带,而艾不能扩增。建立的方法同时可以用于检测饮片及加工品叶绒,使用JNC-F/ITS3R体系可以检测宽叶山蒿中是否混有艾,艾饮片及叶绒的最低检测限均为3%;使用KY-F/ITS3R体系可以检测艾中是否混有宽叶山蒿,宽叶山蒿饮片及叶绒的最低检测限均为5%。模板检出限考察中2个体系对模板的检出限均为5 ng。构建方法可为两者质量控制提供依据,准确检测和判定市场上2种药材是否混用。