中国流行性乙型脑炎病毒基因型及分布

流行性乙型脑炎(乙脑)是由乙脑病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)经蚊媒传播的一种中枢神经系统感染的急性传染病。JEV为病毒性脑炎的主要病原体,该病毒感染后主要破坏人体中枢神经系统(CNS)细胞,包括星形胶质细胞和神经元,表现为急性脑病症状,病死率高,部分幸存者会遗留中枢神经系统后遗症。全球有30亿人口生活在乙脑流行区,主要流行于亚洲,以中国、印度和东南亚地区流行较为严重。为充分认识JEV基因型在中国的流行病学特点,现就中国     

Rapid and High-throughout Identification of Recombinant Bacteria with Mass Spectrometry Assay

Objective To construct a rapid and high-throughput assay for identifying recombinant bacteria based on mass spectrometry. Methods Matrix assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry （MALDI-TOF MS） techniques were used to identify 12 recombinant proteins （10 of Yersinia pestis, 1 of Campylobacter jejuni and 1 of Helicobacter pylori）. A classification model for the various phase of recombinant bacteria was established, optimized and validated, using MALDI-TOF MS-CIinProTools system. The differences in the peptide mass spectra were analyzed by using Biotyper and FIexAnalysis softwares. Results Models of GA, SNN, and QC were established. After optimizing the parameters, the GA recognition model showed good classification capabilities： RC=100%, mean CVA=98.7% （the CVA was 96.4% in phase 1, 100% in phase 2, 98.4% in phase 3, and 100% in phase 4, respectively） and PPV=95}. This model can be used to classify the bacteria and their recombinant, which only requires 3.7x103 cells for analysis. The total time needed is only 10 min from protein extraction to reporting the result for one sample. Furthermore, this assay can automatically detect and test 96 samples concurrently. A total of 48 specific peaks （9, 16, 9, and 14 for the four stages, respectively） was found in the various phase of recombinant bacteria. Conclusion MALDI-TOF MS can be used as a fast, accurate, and high-throughput method to identify recombinant bacteria, which provide a new ideas not only for recombinant bacteria but also for the identification of mutant strains and bioterrorism pathogens.     

云南省剑川县鼠疫疫源地分离菌株基因组多态性

目的 阐明云南剑川野鼠疫源地鼠疫菌种群的演化及其与云南省其他疫源地菌株之间的遗传进化关系。方法 按不同时间、不同疫点、不同分离源,随机选取24株剑川分离鼠疫菌进行研究;采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)进行基因组多态性分析;以DFR+CRISPRs聚类分析划分簇,再以MLVA26对簇进行聚类分析。结果 24株剑川菌株中,20株菌聚为一个簇(剑川野鼠鼠疫簇);2017年疫情分离3株菌位于丽江野鼠鼠疫簇,与丽江菌株(2017LZ)存在2个位点的差异(N2577,M23);剩余1株为一个独立株;50年代菌株与其邻近的80年代菌株间位点差异未超过3。结论 剑川原野鼠疫源地的发现时间可往前推至上世纪50年代,同时疫情还波及过家鼠和人群;剑川县境内存在2种类型的野鼠疫源地,其鼠疫防控具有复杂性,应继续加强鼠间鼠疫的动态监测。     

云南省不明原因发热病人钩端螺旋体病调查

目的掌握云南省不明原因发热病人钩体病的感染状况,为制定有效的预防控制措施提供科学依据。方法选择4个钩体病重疫区县,开展基本情况调查,不明原因发热病人和对照人群血清抗体水平测定,以及不明原因发热病人全血钩体分离培养等。结果4个疫区县为年平均气温高、雨量充沛的亚热带、热带季风气候区。共检测不明原因发热病人全血,血清690份,对照人群血清400份。不明原因发热病人血清抗体阳性率2．46％、抗体几何平均滴度1：173．01,从全血中分离出钩体菌株3株,检出率0．44％,三个指标均明显高于对照人群。结论不明原因发热病人中有一定比率的人是因为感染钩体而引起的发热,并非原因不明。在钩体病流行地区的不明原因发热病人中开展钩体病筛查,有利于疾病的诊治和减少患者的病痛。做好钩体病常规疫情监测的同时,也应加强对不明原因发热病人的主动监测。     

首株分离自云南元谋猫的鼠疫噬菌体裂解谱及基因组学特性研究

  目的  以云南元谋鼠疫疫源地指示动物猫中分离到的一株鼠疫噬菌体为研究对象，通过观察其形态，并对其裂解谱及基因组特性进行研究，进一步丰富云南省鼠疫噬菌体数据库。  方法  将鼠疫疫苗株EV76作为宿主菌，采用双层琼脂平板法从云南省鼠疫疫源地指示动物猫肛拭子中分离纯化噬菌体并测定其效价，利用透射电子显微镜观察其形态，单层平板法观察鼠疫噬菌体YMM68对66株菌在室温（约18～22 ℃）、28 ℃、37 ℃的裂解能力，提取该株鼠疫噬菌体的DNA进行二代测序，并利用生物信息学软件分析其基因组的特征与功能。  结果  分离得到一株鼠疫噬菌体，将其命名为YMM68。 该株鼠疫噬菌体噬菌斑清晰、大小均一，直径在（0.7～1.4）mm，透射电子显微镜观察其具有正二十面体头部和收缩性的尾部，其在室温（18～22 ℃）、28 ℃、37 ℃ 3个温度下均能裂解受试的鼠疫菌，还能裂解福氏志贺菌2a，其余的受试菌株不能被裂解。 鼠疫噬菌体YMM68的基因组全长46 902 bp，G＋C含量为50%，并发现YMM68的基因组上共编码71个蛋白，不编码tRNA基因，未发现抗生素抗性基因。  结论  首次从云南元谋鼠疫疫源地指示动物猫中分离到一株鼠疫噬菌体，该株鼠疫噬菌体属于肌尾噬菌体，具有一定的裂解宽度，根据其裂解谱特性及基因组特性研究，具有一定的潜在应用价值。     

云南省狂犬病病人和犬类感染狂犬病病毒及M基因序列分析

目的 调查云南省部分地区狂犬病病人和疫点犬群携带狂犬病病毒(rabies virus, RABV)状况及RABV膜基质蛋白(matrixprotein, M)基因序列分析,为狂犬病防控提供科学依据。方法 2008-2009年在云南省采集犬脑组织标本606份,狂犬病病人唾液8份,脑脊液1份,用直接免疫荧光试验检测RABV抗原,用RT-PCR检测RABV核酸,对阳性标本进行M基因序列测定和分析。结果 所有标本经检测,RABV抗原和/或核酸阳性16份,其中疫点扑杀的貌似健康犬脑组织3.10%(10/323),狂犬病病人唾液5份、脑脊液1份。狗肉餐馆屠宰犬的脑组织283份均为阴性。云南16株RABV的M基因核苷酸和氨基酸同源性分别为88.5%~100%和85.2%~99.5%。它们与中国人用疫苗株aG核苷酸和氨基酸同源性分别为83.9%~85.7%和82.3%~93.6%;与人用疫苗株CTN181核苷酸和氨基酸同源性分别为99%~99.7%和98.5%~99%。系统进化分析表明,云南16株RABV均属基因Ⅰ型并可分为进化Ⅰ和Ⅱ群并分别与泰国等东南亚国家和相邻省份流行株具有较近的亲缘关系。结论 云南省狂犬病流行与周边省份和东南亚地区的狂犬病传播扩散有一定关系;狂犬病疫点部分貌似健康犬携带RABV并具有传染源意义;云南狂犬病病毒株M基因与我国人用狂犬病疫苗CTN株的同源性和亲缘关系较近,但与aG株同源性存在。     

滇西横断山区家畜体表蜱类调查及鉴定

目的 调查滇西横断山区家畜体表蜱的种类。方法 采集家畜体表寄生的蜱虫,经形态学鉴定后,用PCR法扩增蜱虫样本的16S rRNA、12S rRNA、COI、ITS2的基因片断,测序后进行序列分析。结果 共采集成虫蜱样本1 874只,经形态学鉴定为1科、1属(扇头蜱属Rhipicephalus)、4种,其中微小扇头蜱(R. microplus)1 637只(占87.35%)),镰形扇头蜱(R. haemaphysaloides)218只(11.63%),短小扇头蜱(R. pumilio)11只(0.59%),血红扇头蜱(R. sanguineus)8只(0.43%)。样品分子鉴定结果与形态学鉴定结果一致。系统发育树分析显示,微小扇头蜱Y2 16S rRNA、12S rRNA、COI、ITS2的基因序列分别与来自印度(EU918188)、贵州(KC503259)、马来西亚(KM246873)、贵州(KC503274)的微小扇头蜱在同一分支上,而与以往云南发现的微小扇头蜱不在同一分支;镰形扇头蜱Y5的 16S rRNA、12S rRNA和COI基因序列分别与来自泰国(KC170743)、台湾(DQ003005)和湖南(KM083593)的镰形扇头蜱在同一分支上;短小扇头蜱Y6和Y01 的ITS2基因序列与来自澳大利亚的短小扇头蜱(AF271282)在同一分支上。结论 滇西横断山区家畜体表蜱以微小扇头蜱为优势种,短小扇头蜱为云南境内首次发现。     

云南省2006-2014年恙虫病发病率的聚类分析

目的为了科学地预防和控制云南省恙虫病,对云南省2006-2014年恙虫病的发病率(人时)进行聚类分析,为降低其发病率提供科学依据。方法收集云南省疾病报告系统的恙虫病资料,采用Q型聚类分析云南省16个州(市)恙虫病发病率进行评判分类,同时结合分类结果进行恙虫病的地理分布描述。结果云南省16个州市都有恙虫病分布。根据聚类分析结果,将云南省恙虫病分成3个区:1类区为高发地区,是保山市、德宏州、临沧市和西双版纳州;2类区为次发地区,是楚雄州、红河州、玉溪市、丽江市、大理州、普洱市和昆明市;3类区为低发地区,是文山州、怒江州、昭通市、曲靖市和迪庆州。结论保山市、德宏州、临沧市和西双版纳州是云南省恙虫病的高发地区,重点地区应进行重点防控。     

云南省2005-2012年肾综合征出血热流行现状

目的 为了科学的预防和控制云南省肾综合征出血热,对云南省2005-2012年肾综合征出血热流行现状进行综合分析。方法 用描述性的流行病学和统计学方法对收集自云南省疾病报告系统的肾综合征出血热资料进行统计分析。结果 共有260个肾综合征出血热病例报道,其中包括45个临床诊断病例,170个实验室诊断病例和45个疑似病例。根据病例数,将云南省肾综合征出血热病例分布分成4个区:1类区为高发地区,是大理州;2类区为次发地区,是昆明市、楚雄州和红河州;3类区为低发地区,是丽江市、怒江州、曲靖市、玉溪市,昭通市和保山市;4类区为不发地区,是迪庆州、德宏州,临沧市、普洱市、西双版纳州和文山州。云南省肾综合征出血热病无明显的季节性;40~50岁的农民发病数较多,且男性多于女性;结论 大理州及周边地区是肾综合征出血热预防控制的关键地区,特别是40岁以上的男性农民为防控的重点人群。为了搞好肾综合征出血热预防控制,应该开展爱国卫生运动,减少鼠密度和汉坦病毒双价疫苗的接种。在云南省的部分地区,仍有可能存在肾综合征出血热的暴发流行。     

地理信息系统应用于血吸虫病防治信息分析

目的 应用地理信息系统(GIS)研究云南省大理市钉螺和急性血吸虫病感染的地理分布和流行趋势.方法 收集云南大理市血防站2002-2008年血吸虫病疫情资料,并输入计算机建立数据库,对历年来大理市螺情和病情的部分变化进行分析,并用ArcGIS9.2软件进行制图.结果 2008年血吸虫病流行于11个乡镇,91个行政村,401个自然村.钉螺主要分布在洱海两岸地区,血吸虫病流行最严重的地区也集中在洱海两岸,2004年年内实有钉螺面积为291.38hm2是历年最高.2003年是急性血吸虫病爆发最严重的年份,血吸虫病急性感染病例全部分布在6个乡镇,23个行政村,主要分布在洱海的西面人口比较密集的地区.其中湾桥镇连续5年出现急感染病例,出现频率最高的行政村是湾桥镇的云峰村.结论 地理信息系统作为数据库和图形管理的工具,能更直观、形象和宏观的描述血吸虫病流行情况.