不同16S rDNA引物对肠道菌群分析差异的比较

目的分析不同16s rDNA"通用引物"扩增靶序列在研究肠道微生物菌群分析时的差异,为选择合适的通用引物扩增肠道微生物菌群提供基础数据。方法从一健康成人的粪便中提取总DNA,以两对"通用引物"27F/519R和27F/533R扩增16S rDNA序列,扩增产物分别克隆到PGEM-T载体,建立克隆文库;两个克隆文库分别挑取65个克隆进行测序,通过序列同源性比对和构建系统发育树,比较两对引物在分析肠道菌群多样性上的差异。结果成功构建了L519和L533克隆文库,阳性克隆率分别达到95.3%和92.3%。533文库和519文库中非培养或不可培养的克隆比例分别占69.1%和76.6%(P0.05)。两文库优势菌群相同,均为梭状芽孢杆菌、拟杆菌、芽孢杆菌和变形杆菌,但各菌群的比例及低丰度菌群的分布稍有差异;在种群多样性上,533文库和519文库中分别得到22个和17个可操作分类单元,533文库比519文库有更丰富的种群多样性(P0.05)。结论在分析肠道菌群多样性时,引物27F/533R较27F/519R有更好的兼并性,更适宜于进行肠道菌群结构和多样性的分析。     

大肠埃希菌O157∶H7携带stx2::IS1203v基因研究

目的了解中国部分地区大肠埃希菌O157：H7菌株携带志贺毒素基因变异状况。方法采用聚合酶链反应扩增志贺毒素基因，使用核苷酸序列测定判断是否存在志贺毒素的新变种，用HeLa细胞毒性实验研究其细胞毒性的变化。结果1992—2002年中国部分地区分离到的289株产志贺毒素的大肠埃希菌O157：H7中有3株菌携带的志贺毒素2（stx2）基因有1．3kb的插入序列（IS）插入，且这段IS和IS1203变种（IS1203 variant，IS1203v）有100％的核苷酸序列同源性。IS1203v插入到3株大肠埃希菌O157：H7 stx2基因的位置及开放性读码框（ORF）方向有所不同。除此之外，3株菌原有的stx2基因序列完全一致且为Stx2原型毒素。和Stx2原型毒素相比，这3株携带stx2：：IS1203v基因的菌株对HeLa细胞的毒性明显降低。结论分离到IS1203v插入stx2基因的大肠埃希菌O157：H7菌株；IS1203v的插入可导致对HeLa细胞的细胞毒性降低。     

大肠埃希菌O157:H7分离株MLVA分子分型

目的了解国内大肠埃希菌O157:H7菌株的分子流行特征。方法采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法对1999-2002年江苏、河南、安徽、山东、云南等地的大肠埃希菌O157:H7分离株135株进行分子分型,选取7个可变数目串联重复序列(VNTR)位点,应用PCR技术及毛细管电泳方法,检测分离株DNA多态性,使用BioNumerics软件进行聚类分析。结果 135株大肠埃希菌O157:H7可分为3个群(A群、B群、C群)38个MLVA型别,其中A群占20.7%(28/135)、B群占23.7%(32/135)、C群占55.6%(75/135);MLVA型别存在一定地域性,同一暴发来源的菌株具有相同MLVA型别。结论大肠埃希菌O157:H7国内分离株存在丰富的基因多态性;MLVA方法具有较高分子分型能力,可以在溯源和流行病学调查中发挥重要作用。     

琼脂糖凝胶电泳与核酸印迹杂交法检测细菌毒力基因PCR产物的灵敏度比较研究

目的 探讨核酸印迹杂交法在检测细菌毒力基因方面的应用价值。 方法 分别以10倍连续稀释的O157 ∶ H7肠出血性大肠埃希菌和血清2型猪链球菌染色体提取物为模板,与志贺毒素2基因(stx2)和荚膜多糖2J基因(cps2J)特异性引物进行聚合酶链式反应(PCR)。用1%琼脂糖凝胶电泳及核酸印迹杂交法检测PCR产物,比较两种方法的最低检测限。 结果 1%琼脂糖凝胶电泳对EDL933菌株stx2基因PCR产物的最低检测限为6.7102 cfu(56.87 pg)/PCR体系,对SC84菌株cps2J基因PCR产物的最低检测限为 4.3102 cfu(12.65 pg)/PCR体系;核酸印迹杂交法对EDL933菌株stx2基因PCR产物的最低检测限为6.710-1 cfu(56.87 fg)/PCR体系,对SC84菌株cps2J基因PCR产物的最低检测限为4.310-1 cfu(12.65 fg)/PCR体系。 结论 用核酸印迹杂交法检测肠出血性大肠埃希菌stx2基因和猪链球菌cps2J基因PCR产物的灵敏度均比普通琼脂糖凝胶电泳检测法高了1000倍。     

脉冲场凝胶电泳技术对一起痢疾暴发的分型研究

目的运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对痢疾暴发进行分析。方法对辽宁省某市暴发痢疾进行血清学鉴定后,进行PFGE分析,观察引起暴发的菌型是否为同一个分子分型。结果7株暴发菌株的PFGE型别相同。结论此次痢疾的暴发流行为同一菌株引起,PFGE可以作为暴发流行中对细菌进行鉴定的分析技术。     

生物信息学在毒力岛研究中的应用

1986年Hacker等在泌尿道致病性大肠杆菌(UPEC)536株染色体上发现两个可以发生缺失的大片段,片段丢失后,细菌产生溶血素和P菌毛的能力随之丧失,细菌的毒力受到影响。在此发现的基础上于1994年提出了毒力岛(pathogenicity is1and)的概念,认为毒力岛是整合于细菌基因组的外源性DNA片段,这些特殊片段存在于致病型菌株上,赋予细菌毒力,却在与之亲缘关系密切的非致病菌株上不存在。     

单增李斯特菌前噬菌体的分布及遗传特征分析

目的 了解单增李斯特菌基因组中前噬菌体分布状况和基因组特征。方法 自公共数据库GenBank获得275株单增李斯特菌的全基因组序列，运用前噬菌体在线预测软件（PHASTER）对其携带的前噬菌体进行预测。并对预测的完整前噬菌体进行聚类分析、插入位点识别、噬菌体整合酶多态性分析。此外，通过比对耐药基因和毒力基因数据库，搜寻前噬菌体可能携带的耐药基因和毒力基因。结果 本研究发现99.3%的单增李斯特菌基因组含有前噬菌体序列，155株（56.4%）单增李斯特菌基因组预测到229个完整前噬菌体序列。所有完整前噬菌体聚集成4个群，进一步划分为10个簇。前噬菌体分群与其宿主菌所属家系具有较强的相关性，但与宿主菌来源无关。本研究识别到10个前噬菌体插入位点，其中lmot17(tRNAArg),lmot11(tRNASer)和comK是3个最常见的插入位点，lmo1263为新发现的插入位点。相同插入位点前噬菌体所携带整合酶氨基酸序列高度相似。此外，研究发现部分家系Ⅲ菌株和1株家系Ⅰ菌株的噬菌体中携带毒力相关蛋白E编码基因（virE），所有完整前噬菌体中未发现耐药基因。结论 单增李斯特菌普遍携带前噬菌体，...