手足口病患儿176例病原检测及肠道病毒71型基因特征分析

目的研究手足口病(HFMD)病原构成,对引起HFMD的肠道病毒71型(EV71)进行基因特征分析。方法采集2013年6月至8月天津市儿童医院176例临床诊断HFMD患儿的咽拭子标本,应用实时逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测标本中的肠道病毒。选取EV71阳性标本扩增基因的VP1区,测序并比对,构建进化树分析。结果 176例标本中肠道病毒总阳性率为68.8%,其中EV71为32.4%,柯萨奇病毒A组16型(CVA16)为4.0%,EV71和CVA16双阳性为1.7%,其他肠道病毒(EV)28.4%。EV71 VP1区与C4a基因型代表株核苷酸同源性为96.6%~98.9%,氨基酸同源性为98.8%~100%,亲缘进化分析显示本地区EV71与C4a基因型代表株处于同一分支。结论 EV71是2013年天津市儿童医院手足口病住院患儿主要病原,且属于C4a基因亚型。     

2017~2019年儿童诺如病毒相关性胃肠炎的分子流行病学研究

目的 了解2017~2019年急性胃肠炎患儿诺如病毒分子流行病学特征。 方法 回顾性收集2017~2019年于重庆医科大学附属儿童医院就诊的急性胃肠炎患儿的临床资料,采集患儿粪便标本共1 458份,提取病毒RNA,使用RT-PCR法扩增诺如病毒的衣壳蛋白VP1区,完善基因测序和基因型鉴定。 结果 1 458份粪便样本中,共检出158份阳性标本,诺如病毒阳性检出率为10.84%（158/1 458）;不同年份诺如病毒阳性检出率比较差异无统计学意义（P>0.05）。男性诺如病毒检出率为12.2%（105/860）,高于女性［8.9%（53/598）］（P=0.043）。12~<18月龄患儿的诺如病毒检出率最高,为16.9%（51/301）。诺如病毒流行高峰在每年的8~10月。23份诺如病毒阳性标本合并轮状病毒感染。检出的诺如病毒主要为GII型（97.5%,154/158）,GI型仅4例（2.5%,4/158）。对阳性标本进行衣壳蛋白VP1区测序发现：GII型标本中以GII.4为主,占69.6%（110/158）,其中99份为GII.4 Sydney 2012,占62.7%（99/158）;其次为GII.3,占15.2%（24/158）;GII.2占10.1%（16/158）;GII.6占1.9%（3/158）;GII.17占0.6%（1/158）。GI型标本中包括GI.3,占1.3%（2/158）;GI.2、GI.5各占0.6%（1/158）。 结论 2017~2019年该院就诊的诺如病毒感染患儿以病毒为GII.4 Sydney 2012型为主,虽在全年均可存在诺如病毒感染,但8~10月份为高峰期,其间加强诺如病毒监测及重点人群防护,有助于对儿童诺如病毒腹泻进行防控。     

引起不同临床表现的巨细胞病毒UL144基因多态性的研究

目的研究不同临床背景的人巨细胞病毒（HCMV）临床株中UL144基因的多态性，探讨其多态性与HCMV感染临床表现之间的关系。方法采用巢式PCR法，对具有不同临床表现的122份HCMV感染患儿的尿标本和53份先天性巨结肠患儿痉挛段肠组织标本的临床株进行UL144开放阅读框的扩增，扩增阳性的临床株进行UL144开放阅读框核苷酸测序。结果50份尿标本和23份肠组织标本临床株完成DNA测序。种系进化树分析结果显示HCMVUL144基因分为3组4个基因型，UL144G1a（52％）为主要基因型。有症状与无症状HCMV感染临床株的基因型分布比较，差异无显著性。引起神经系统及肝胆系统受累的临床株与无症状感染临床株基因型分布比较，差异无显著性。与美国及日本的临床株比较，UL144基因型分布差异具有显著性。结论HCMVUL144基因具有高度多态性；UL144G1a为先天性或围生期HCMV感染的主要基因型；UL144基因分布与地理位置有关；UL144基因分型与HCMV感染的临床表现及组织嗜性无关。     

长沙地区急性下呼吸道感染住院儿童人博卡病毒感染的初步研究

目的 了解人博卡病毒(HBoV)在长沙地区急性下呼吸道感染住院儿童中的流行情况及临床特征,比较分析其区域流行特点.方法 收集2007年9月 - 2008年3月长沙地区773份急性下呼吸道感染住院儿童鼻咽抽吸物(nasopharyngeal aspirates,NPAs)样本进行HBoV病毒NP1基因检测,将PCR阳性产物测序,并将所测序列在GenBank中进行比较分析.结果 773例样本中,HBoV阳性例数87例,HBoV感染患儿年龄为18 d ～ 64个月,冬春季节流行,主要的临床诊断与症状是支气管肺炎与咳嗽;所测序列与GenBank公布的不同地区的HBoV NP1基因核苷酸序列同源性达99.53%,氨基酸序列同源性达99.8%,对核苷酸序列作基因进化树分析显示属于1种基因型.结论 长沙地区部分急性下呼吸道感染儿童与人博卡病毒有关,且HBoV 感染在低年龄组的儿童中更常见;一种基因型在长沙地区流行.     

肠道病毒71型感染手足口病S100B基因多态性研究

目的研究S100B基因rs9722位点基因多态性与肠道病毒71型(EV71)感染手足口病(HFMD)的相关性。方法以124例EV71感染HFMD患儿为研究对象,56例健康儿童作为对照组,两组均进行S100B基因rs9722位点基因多态性检测;并且74例HFMD患儿进行血清S100B蛋白检测。结果 S100B基因rs9722位点检出3种基因型:CC型、CT型和TT型,基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。与对照组比较,HFMD组患儿S100B基因rs9722位点TT基因型频率和T等位基因频率明显增高(P0.01)。重症EV71感染相关HFMD患儿TT基因型频率和T等位基因频率均明显高于普通型患儿(P0.05)。与痊愈组比较,HFMD不良预后组的S100B基因rs9722位点TT基因型频率和T等位基因频率明显增高(P0.05)。74例HFMD患儿各基因型的血清S100B蛋白水平以TT基因型最高,CC型最低(P0.01)。结论 S100B基因rs9722位点T等位基因可能是EV71感染HFMD发展为重症的危险因素。     

天津地区急性胃肠炎患儿诺如病毒分子流行病学分析

目的 了解2017年天津地区急性胃肠炎患儿诺如病毒（NoV）分子流行病学特征。方法 收集2017年1~12月天津市儿童医院疑似由病毒感染引起的急性胃肠炎患儿的粪便标本758份,采用荧光定量RT-PCR方法对NoV进行初筛,运用传统RT-PCR方法对阳性标本的衣壳蛋白VP1区进行基因扩增、基因测序和鉴定基因型别。结果 758份粪便标本中检出GⅡ型NoV 241份,阳性率为31.8%。对阳性标本进行衣壳蛋白VP1区测序,发现GⅡ型标本中以GⅡ.4亚型为主,占28.6%（69/241）;其次为GⅡ.3亚型,占21.2%（51/241）;GⅡ.2亚型占10.0%（24/241）;其他亚型占7.5%（18/241）。不同年龄组间NoV检出率差异有统计学意义（P=0.018）,其中1~ < 4岁组阳性检出率最高（37.3%）。不同季节的NoV检出率差异具有统计学意义（P < 0.001）,其中冬季为高发季节（48.1%）。27份（3.6%）标本存在NoV和轮状病毒（RtV）的混合感染。结论 NoV是2017年天津地区该组急性胃肠炎患儿的主要病原体之一;GⅡ基因型特别是GⅡ.4亚型是流行优势毒株;NoV感染在4岁内儿童更为常见;冬季为流行高峰;存在与RtV混合感染的情况。     

2009~2014年度浙江南部呼吸道合胞病毒分子流行病学研究

目的 了解浙江南部呼吸道合胞病毒（RSV）基因型流行趋势,并研究A亚型G蛋白基因特征。方法 采集2009年7月至2014年6月浙江南部3家医院因肺炎和毛细支气管炎住院的5岁以下儿童下呼吸道分泌物,应用直接免疫荧光法检测RSV抗原。在每个流行年度（7月至次年6月）RSV阳性标本中随机抽取200份,应用RT-PCR方法检测RSV亚型,扩增A亚型G蛋白近全基因序列并测序,鉴定其基因型。结果 2009~20145个年度共采集25 449份下呼吸道分泌物标本,其中6 416份（25.21%）RSV阳性。随机抽样的1 000份RSV阳性标本中检出A亚型462株（46.2%）,B亚型538株（53.8%）,A亚型依次占各年度的22.5%、74.5%、84.5%、19.0%、30.5%。每年度随机抽样25株RSV A亚型病毒株外送双向测序,结果获得A亚型阳性52株,其中得到4种A亚型基因型,包括NA1（39株）、NA4（1株）、ON1（10株）、GA2（2株）基因型,其中NA1是2009~2012年度的优势基因型,ON1是2013~2014年度A亚型的唯一基因型。A亚型G蛋白基因与原型株A2的核苷酸同源性为80.7%~89.3%,氨基酸同源性为74.4%~82.6%;分离株之间的核苷酸及氨基酸同源性分别为81.5%~100%和80.2%~100%。结论 2009~2014年度浙江南部地区出现RSV A、B亚型共循环,A亚型有多个不同的基因型共循环,其G蛋白基因变异明显。     

功能性便秘儿童5-羟色胺转运体基因多态性研究

目的探讨5-羟色胺转运体(SERT)基因在儿童功能性便秘(FC)的发病机制中的意义。方法选择2009年7-12月中国医科大学附属盛京医院FC患儿35例(便秘组),对照儿童50名(对照组),对5-羟色胺转运体基因两个多态区5-羟色胺转运体基因多态(5-HTTLPR)、内含子2的可变串联重复区(VNTRs)进行PCR扩增。结果便秘组患儿基因型分布与对照组差异有统计学意义(χ2=10.24,P<0.05);便秘组患儿S/S基因型显著高于对照组(χ2=9.21,P<0.05);便秘组患儿S等位基因频率显著高于对照组(χ2=4.86,P<0.05)。SERT基因内含子2VNTRs多态性位点基因型分布差异无统计学意义(χ2=0.40,P>0.05);SERT基因内含子2VNTRs多态性位点等位基因分布差异无统计学意义(χ2=0.01,P>0.05)。结论 SERT基因5-HTTLPR可能与儿童FC有关,S/S基因型可能是FC的易感基因之一。     

西安市2011—2012年重症手足口病病原学及肠道病毒71型基因特征分析

目的研究重症手足口病病原学特征,分析肠道病毒71型(EV71)基因型特征、VP1基因变异和和分子进化特点。方法对2011—2012年西安市所有医院临床诊断为重症手足口病783例为研究对象,采集发病1周内的咽拭子或肛拭子,12 h内完成病原学检测。并对流行株EV71采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法,进行14株EV71 VP1编码区扩增,并对扩增产物进行核苷酸序列测定和同源性比较及遗传进化分析。结果 783份标本中肠道病毒核酸阳性647份,阳性检出率82.63%。647份阳性结果中EV71核酸阳性占69.40%,Cox16核酸阳性占9.12%,其他肠道病毒核酸阳性占21.48%。2011年、2012年两年间病毒型别构成差异无统计学意义(χ2=0.026,P0.05)。重症手足口病发病时间主要集中在5~8月份,共有589例(75.22%),与其他发病月份差异有显著统计学意义(P0.01)。不同发病年龄间病毒型别构成差异有统计学意义(χ2=26.10,P0.05)。不同地区间病毒型别构成差异有统计学意义(χ2=87.57,P0.05)。VP1区序列比较:EV71病毒仍属于C4基因亚型。与A、B基因型差别较大,核苷酸同源性为76.2%~82.8%,氨基酸同源性为94.5%~99.3%;与C基因型C1、C2、C3和C5比较,核苷酸同源性为86.1%~88.9%,氨基酸同源性96.2%~99.3%。结论 2011—2012年西安市重症手足口病病例主要病原EV71病毒属于C4基因亚型,加强对EV71分子流行病学监测,对防止发生EV71大规模爆发与流行具有重要意义。     

东莞市镇区小儿呼吸道人类偏肺病毒感染临床与分子流行病学特征

目的 了解东莞市镇区小儿呼吸道人类偏肺病毒(hMPV)感染的临床与分子流行病学特征.方法 收集2007年2-10月东莞市石碣医院儿科门诊及病房7岁以下呼吸道感染患儿呼吸道分泌物标本340例,采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测hMPV F基因,应用多霞PCR检测呼吸道合胞病毒A、B型(RSV A、B型).流感病毒甲、乙型(Flu-A、B型),副流感病毒l、2、3型(PIV1、2、3型).并随机挑选4例hMPV阳性者PeR产物行基因测序分析.结果 340份标本中hMPV阳性者32份(9.41%),其中在阳性标本中5例并RSV感染,2例并PIV 3型、2例并Flu-B型.2-4月份检出阳性率高于5-10月份.32例hMPV感染阳性患儿平均年龄5.97个月,临床表现以发热、咳嗽、喘息为主,hMPV感染患儿临床表现与其他常见呼吸道病毒感染者无显著性差异(P>0.05).32例hMPV阳性患儿诊断下呼吸道感染30例,占阳性标本的93.75%,急性上呼吸道感染2例(6.25%).4例PCR产物基因测序分析与GenBank序列同源性87%～99%.hMPV PCR产物基因序列进化数分析显示其属于2个不同的基因型,其中A基因型3例,B基因型1例.结论 hMPV是小儿呼吸道感染一种重要的病原体,小儿呼吸道hMPV感染发病率在2-4月份较高,其临床表现以咳嗽、发热、喘息为主.东莞地区小儿呼吸道感染中hMPV存在A、B 2个不同基因型,以A基因型较常见.实用儿科临床杂志,2009,24(10):741-744     

广州地区儿童诺如病毒性腹泻的分子流行病学研究

目的 应用TaqMan实时荧光逆转录聚合酶链反应(real-time RT-PCR)法检测诺如病毒(norovirus,NV)的发病情况,为儿童NV腹泻的临床治疗或病毒爆发流行的预防、控制及疫苗的研制提供流行病学资料.方法 随机收集2006年12月至2007年12月广州地区急性腹泻病患儿水样便或蛋花汤样便,应用针对病毒ORF1与ORF2连接区域设计的引物及TaqMan探针进行实时荧光RT-PCR检测标本.并将NV阳性标本进行克隆并测序,结合检测结果以确定此周期内NV的流行情况及优势毒株.结果 本研究从1260份标本中检测出NV阳性257份(20.40%),其中G Ⅰ型87份(6.90%),GⅡ型214份(16.98%),G Ⅰ和GⅡ混合感染44份.测序分析后发现G Ⅰ毒株检出率依次为G Ⅰ-3、G Ⅰ-2及GⅠ-4;GⅡ毒株检出率依次为GⅡ-4、GⅡ-3及GⅡ-7.NV主要感染年龄为2岁以内婴幼儿,发病高峰期在11至12月.结论 NV已经成为广州地区婴幼儿腹泻的重要病原体之一,GⅡ-4型是2007年主要流行病毒株.     

人巨细胞病毒UL142基因在临床低传代分离株中的多态性

目的研究人巨细胞病毒(HCMV)UL142基因在低传代分离株中的多态性,探讨其多态性与HCMV先天性感染不同致病性之间的关系。方法27株经荧光定量PCR方法检测HCMVDNA阳性的低传代分离株进行UL142全序列PCR扩增,阳性13株PCR产物进行UL142基因测序及结果分析。结果27株分离株UL142PCR扩增,13株阳性,阳性率48.2%,以Toledo株为参考株序列比较表明,13株UL142可读框长度均与Toledo株相同,为921bp,编码307个氨基酸的蛋白。DNA序列变异均为核苷酸替换,不同临床分离株UL142基因与Toledo株进行同源性比较,结果在核苷酸水平为94.4%~95.9%,氨基酸水平为89.9%~99.6%。二级结构预测分为三种构象。大多数HCMVUL142蛋白重要功能基团位点在所有分离株中均高度保守,仅四个位点在一些分离株中存在缺失或新增。系统进化树分析除Toledo株外,13株核苷酸及氨基酸序列可分为3个基因组。结论13株临床低传代分离株HCMVUL142基因DNA及其编码产物的氨基酸序列比较保守,但仍存在一定多态性。未发现不同临床分离株UL142基因多态性与HCMV先天性感染不同疾病表现的关系。     

天津地区KI和WU多瘤病毒在儿童急性呼吸道感染中的分子流行病学研究

目的了解KI和WU多瘤病毒(KIPy V和WUPy V)与天津地区儿童急性呼吸道感染的关系。方法采用PCR扩增方法对2011年1月至2013年12月收集的3 730份来自天津地区的急性呼吸道感染患儿鼻咽分泌物标本进行KIPy V和WUPy V基因检测,同时所有标本均用直接免疫荧光法检测7种常见呼吸道病毒。选取部分KIPy V和WUPy V PCR阳性产物进行测序,利用测序序列与已知序列比对并绘制进化树。再从中选取两株KIPy V VP1基因克隆到T载体上,进行序列测定和分析,并将核苷酸序列提交Gen Bank。结果 3 730份标本中,KIPy V阳性检出453份(12.14%),WUPy V阳性检出63份(1.69%)。KIPy V平均感染率在6~7月明显偏高,WUPy V平均感染率在2~3月达到一个小高峰。两种多瘤病毒感染的阳性患儿年龄主要集中在3岁以内。KIPy V和WUPy V与其他7种呼吸道病毒存在混合感染,混合感染率为2.31%(86/3 730);WUPy V和KIPy V混合感染9份。选取的35份KIPy V阳性PCR产物序列与Gen Bank已公布的KIPy V序列的同源性在94%~100%之间;选取的12份WUPy V阳性PCR产物序列与Gen Bank已公布的WUPy V序列的同源性在95%~100%之间。两株KIPy V VP1基因序列已被Gen Bank收录,登录号为KY465925和KY465926。结论天津地区部分儿童的急性呼吸道感染可能与WUPy V和KIPy V感染相关。KIPy V感染多发于夏季,WUPy V感染多发于春季。KIPy V和WUPy V与国内外流行株间差异较小,基因组相对稳定。     

儿科患者分离鲍曼不动杆菌耐药性及分子流行病学研究

目的分析儿科患者分离出的鲍曼不动杆菌的耐药性及分子流行病学特征。方法以2016年1月至2018年6月内蒙古医科大学附属医院住院患者分离的医院感染鲍曼不动杆菌作为研究对象,采用Vitek-2 Compact全自动微生物鉴定及药敏分析系统进行鉴定及药敏试验,采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法及多位点序列分型(MLST)进行菌株同源性分析。结果共收集鲍曼不动杆菌临床分离株94株,其中42株来自儿科患者,52株来自成人患者。儿科分离株对亚胺培南、美罗培南和替加环素耐药率分别为7.1%、7.1%和0,成人分离株对这3种抗生素耐药率分别为67.3%、54.8%和5.5%。PFGE分型结果显示,94株菌共分为49个基因型(X1~X49型),52株成人分离株分布于22个基因型,42株儿童分离株分布于33个基因型中。优势基因型为X23型(21株,22.3%),其中成人分离株为18株(85.7%),儿童分离株为3株(14.3%)。X23基因型菌株对碳青霉烯类耐药率为100%,明显高于其他基因型菌株。MLST分型结果显示,X23基因型为ST195,归属于克隆复合体92(CC92)克隆群。结论内蒙古医科大学附属医院鲍曼不动杆菌儿童分离株总体耐药率明显低于成人分离株,基因型多样化特征明显,优势基因型归属CC92克隆群,为我国多地分离优势克隆株。     

2001年广州市婴幼儿杯状病毒腹泻病的基因研究

目的 了解广州地区婴幼儿腹泻病杯状病毒感染的特点及病毒的基因型。方法 收集2001年11—12月因非细菌性腹泻病而来我院门诊或住院的患儿粪便共22例。使用RT—PCR方法对大便标本进行杯状病毒检测。杯状病毒RT-PCR阳性的标本分别克隆到PMDl8一T载体中后,转化进入大肠杆菌DH5a感受态细胞,通过蓝、白斑挑选克隆,用限制性内切酶Eco RI和Bam HI筛选克隆,用PCR鉴定阳性克隆。序列测定由宝生物工程(大连)公司完成。结果 22例标本中杯状病毒RT-PCR阳性2例,杯状病毒阳性率9％(2／22)。测序位置为RNA多聚酶片段。序列分析结果为诺沃克样病毒基因2型,与北京CR840共享序列非常接近。结论 杯状病毒是广州地区婴幼儿腹泻病的病原之一。基因分析为诺沃克样病毒基因2型。秋冬季节可见散发病例。     

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目的研究广州地区2011年手足口病病原流行特点及EV71的基因特征。方法收集2011年1～11月广州市妇女儿童研究中心63份不同患者来源的肛拭子、咽拭子以及血液样本,选择12份EV71阳性标本进行病毒分离,扩增EV71VP1区,测序并与EV71各血清型代表株序列比对,进行进化分析。结果 2011年广州地区12个临床分离株同A、B亚型的亲缘性较远,核苷酸同源性都不足85%,氨基酸同源性不足96.5%。其同C亚型的亲缘型较近,核苷酸、氨基酸同源性超过88.5%和97.5%,尤其与C4亚型的亲缘性最近,核苷酸和氨基酸的同源性分别为92.9%～94.6%和97.9%～98.9%。结论 2011年广州地区的12株EV71分离株都属于C4a亚型进化分支,并处于选择进化过程中。     

2006-2007年苏州地区儿童呼吸道人类偏肺病毒感染的流行和临床特征

目的 了解苏州地区儿童人类偏肺病毒(hMPV)呼吸道感染的流行情况及临床特征.方法 收集2006年1月-2007年12月我院呼吸科4702例急性呼吸道感染住院患儿的呼吸道分泌物,用逆转录-聚合酶链反应法检测hMPV N基因,随机挑选部分阳性PCR扩增产物进行核苷酸测定并将所测序列在GenBank中进行比较分析.结果 4702例标本中,检测到376份RT-PCR阳性扩增产物,阳性率为8%;2006,2007年hMPV检测阳性率分别为8.4%、7.6%.hMPV检测阳性率分别在1、2、3月和11、12月呈现高峰,hMPV感染患儿的平均年龄为22.56个月,376例hMPV感染患儿中临床诊断为上呼吸道感染12例(3.2%);喉炎8例(2.1%);毛细支气管炎102例(27.1%);肺炎210例(55.9%);哮喘急性发作44例(11.7%).20份hMPV N基因部分核苷酸片断与GenBank中hMPVN基因序列同源性为99%～100%.结论 (1)苏州地区部分儿童的呼吸道感染与hMPV有关.(2)全年均存在hMPV感染,流行高峰在冬春季.(3)hMPV感染的临床特征无特异性.     

北京地区六岁以下儿童急性呼吸道偏肺病毒感染

目的 了解北京地区婴幼儿急性呼吸道感染与人类偏肺病毒(Human Metapneumovirus,HMPV)的关系。方法对2002年11月～2003年3月,收集的247份经过间接免疫荧光法和病毒分离排除了常见的呼吸道病毒感染的鼻咽洗液标本进行了HMPV基因的检测。用针对HMPV N基因序列设计的特异引物对这247份标本进行RT-PCR扩增,扩增片段经1.2％琼脂糖凝胶电泳检测。挑选10份阳性扩增产物直接进行核苷酸序列测定,并将所测序列在GeneBank中进行比较分析。结果 247份标本中共检测到74份RT-PCR阳性扩增产物,阳性率为30.0％(74／247)。74例中临床诊断为肺炎者36例,占48.6％;其次为毛细支气管炎21例,占28.4％;年龄2个月～5岁7个月不等,≤2岁者占83.8％。所挑选的10份N基因扩增产物与GeneBank中同源性最高的均为HMPV(87％～99％)。10份标本中9份标本的扩增产物之间的核苷酸和氨基酸同源性在95.8％～100％和98.6％～100％,1份标本的扩增产物与其他标本同源性较低,仅为87.3％～89.7％和95.8％～97.2％。结论 (1)北京地区部分儿科患者的急性呼吸道感染与HMPV有关;(2)北京地区的HMPV中可能存在不同的基因型。