1株蝙蝠来源细小病毒的分离鉴定

目的：对1株蝙蝠来源病毒进行分离鉴定,进行简单的基因分析。方法从云南沧源县8个居民地附近捕获50只棕果蝠并制作组织标本,采用细胞培养分离病毒,采用 cDNA-RAPD 方法扩增序列,采用分子克隆进一步扩增序列,将序列在 NCBI 上进行 BLAST 比对,采用 DNAMAN5.0进行同源性分析,采用 MEGA 5建序列进化树。结果50份接毒细胞中,6份细胞出现细胞病变,cDNA-RAPD 扩增得到1份阳性片段,测序大小为614 bp,经比对该病毒株是细小病毒科细小病毒亚科博卡病毒属牛细小病毒种的一个毒株。结论成功分离并鉴定该毒株,确定该病毒是牛细小病毒的一个新的基因型。     

西尼罗病毒Chin-01株基因组编码区序列测定及分析

目的：对保存的西尼罗病毒Chin-01株基因组编码区序列进行测定，了解其与已报道毒株的序列差异及系统进化关系。方法：对Chin-01株病毒基因组编码区分区段进行RT-PCR扩增，分别将扩增产物直接进行测序，采用DNAstar软件将测序片段拼接获得全长编码区序列。结果与结论：Chin-01株基因组编码区全长10302nt，为单一读码框架，编码3434个氨基酸。其中结构蛋白基因为2373nt，依次编码4种结构蛋白(C，PrM，M和E)；非结构蛋白基因全长7926nt，依次编码7种非结构蛋白(NS1，NS2a，NS2b，NS3，NS4a，NS4b和NS5)。序列同源性分析表明，Chin-01株与埃及Eg101株高度同源，两者氨基酸序列仅有0．3％的差异。该株西尼罗病毒基因组编码区序列已输入GenBank数据库。     

蓝舌病病毒蛋白结构与疫苗研究进展

蓝舌病(Bluetongue,BT)是世界动物卫生组织(0IE)规为的多种动物共患疫病,严重危害着全球畜牧业的经济发展,接种疫苗能有效的预防该病。蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV)属于呼肠孤病毒科环状病毒属,该病毒通过媒介昆虫(库蠓)叮咬牛、羊、鹿等易感反刍动物进行传播,可引起易感动物的出血性传染性疾病。BTV的10个双股RNA基因片段编码7种结构蛋白(VP1~VP7)和5种非结构蛋白(NS1、NS2、NS3、NS3α和NS4)。其中BTV双层蛋白衣壳中,外壳蛋白VP2和VP5是BTV型特异性抗原,内壳蛋白VP3和VP7含有BTV群特异性抗原决定簇。本文概述与总结了上述蛋白的结构、功能与研究情况和对目前国内外BT弱毒疫苗、灭活疫苗、病毒样颗粒及重组疫苗的研究进展。     

乙型肝炎病毒序列准种个体化特征的研究

以乙型肝炎病毒（HBV）多聚酶（P）逆转录酶（RT）区及表面抗原（HBsAg)主蛋白、e抗原（HBeAg)氨基酸序列异质性来探讨HBV准种群在感染个体中的变异特点。应用多聚酶链反应（PCR）方法自8例慢性HBV患者血清中扩增靶基因，克隆入T载体，随机挑选27株克隆测序，将获得基因的推断氨基酸序列进行比较后发现：病毒结构／非结构蛋白氨基酸序列存在广泛的变异现象，替换突变表现出一定的个体特异性，其结果是导致HBV在特定的患者体内可能存在特征性的变异。本研究提示HBV在患者体内的蛋白序列多样性是乙型肝炎慢性化的一个重要原因。     

小鼠脑损伤相关基因的克隆及表达与生物学功能初步分析

目的克隆1个与小鼠脑损伤早期反应相关的新基因（GBI），并对其功能进行初步分析。方法SMART—RACE技术克隆该新基因全长eDNA；采用生物信息学软件分析其可能的功能结构域和进行序列相似性分析；Northern Blotting分析该基因在小鼠主要组织器官的生理水平的表达。结果该新基因全长eDNA序列为1798bp，含1个编码249个氨基酸残基蛋白质的开放性阅读框。推导蛋白质分子与1个即刻早期蛋白IE175和1个应激相关蛋白RAB21具有部分序列相似性。Northern杂交显示其仅仅在小鼠脑组织有基础水平的表达。结论该基因可能与创伤早期反应的应激信号转导相关，并命名为脑损伤相关基因GBI（gene related to brain injury，gi1193389811 gb IAF481964．1）。     

我国登革2型病毒43株包膜E蛋白基因的特征

对我国1987年流行的登革2型病毒43株包膜E蛋白基因的核苷酸序列进行了分析。结果表明登革2型病毒43株包膜E蛋白基因核苷酸序列含1485个核苷酸，编码495个氨基酸，并就其核苷酸序列及其相应的氨基酸序列与其它的登革2型病毒株进行了比较，发现核苷酸序列与我国1985年分离的登革2型病毒04株，新几内亚C株（NGC），牙买加株1409（JAM）和马来西亚当地流行株M1（登革出血热）、血2（登革休克综合征）、M3（登革热）同源性分别是95.8%、94.6%、97.5%、925%、92.7%和939%，氨基酸序列的同源性分别是94.3%、94.3%、96.0%、93.7%、93.7%和91.5%，推断出的氨基酸序列显示出12个保守的半胱氨酸残基和两个潜在的糖基化位点，分别位于Asn-67和Asn-153位。     

犬细小病毒抗原变异株的分离与鉴定

目的：从犬粪便病料中分离和鉴定犬细小病毒（canine parvovirus，CPV）抗原变异株CPV-2a和CPV-2b。方法：将疑似犬细小病毒感染的病犬粪便接种猫肾细胞，进行病毒分离、常规病毒学鉴定和分子生物学鉴定。结果：常规病毒学鉴定和分子生物学鉴定表明，分离得到5株犬细小病毒抗原变异株，其中2株为CPV-2a，3株为CPV-2b。结论：本研究分离的5株犬细小病毒为研究CPV变异及制备CPV特异性诊断试剂奠定基础。     

乙型肝炎病毒逆转录酶区基因序列准种与变异研究

以乙型肝炎病毒（HBV）多聚酶（P）和逆转录酶（RT）区及表面抗原主蛋白（HBsAg)序列异质性来探讨HBV准种群状态。用多聚酶链反应（PCR）方法,自3例慢性HBV患者血清中扩增靶基因,克隆入T载体。随机挑选13株克隆测序,发现2株克隆出现大段缺失,另11株序列之间总差异率为5．1％;RT和HBsAg氨基酸序列差异率分别为4．9％和7．5％;并发现缺失突变、终止突变等多种突变类型。结果提示,HBV慢性患者体内有HBV准种群,并存在缺陷型HBV病毒。     

WJBC株盖塔病毒基因组序列测定及与其他甲病毒的系统进化关系

目的对WJBC株盖塔病毒（GETV）进行基因组序列测定,阐明其与已报道的GETV及其他甲病毒的关系。方法将GETV基因组编码区分12段分别进行RT-PCR扩增,将扩增产物直接进行测序,非编码区采用RACE法进行扩增,扩增产物纯化后连入pGEM-T easy载体,经转化DH5α感受态细胞,挑取阳性克隆鉴定后测序,应用DNAStar软件将测序结果拼接获得基因组序列。结果与结论 GETV基因组核苷酸共11 696 nt,编码3721个氨基酸,非结构基因编码2468个氨基酸,结构基因编码1253个氨基酸,结构基因和非结构基因之间有44 nt的连接区为非翻译区。病毒基因组5＇端和3＇端分别有78、411 nt的非编码区。序列同源性分析结果表明,此株病毒与M1株盖塔病毒同源性最高,两者核苷酸序列同源性为99.8%,氨基酸序列同源性为99.2%。     

兵团2011-2015年柯萨奇病毒A组16型基因亲缘关系分析

目的:研究兵团地区2011年-2015年柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA 16)的基因亲缘关系.方法:采用一步法RT-PCR扩增标本中CVA16 VP1编码区基因并进行测序测定.使用生物学软件构建基因亲缘关系树.结果:本研究获得的49株CVA16流行株的核苷酸和氨基酸相似性分别为90.6％～100.0％和97.6％～100.0％;在系统进化树中全部位于B1b基因分支,并形成了两大一小传播链.各地区的流行株核苷酸的差异和传播情况均有不同.结论:兵团地区2011-2015年流行的CVA16株,形成两大一小传播链,各地区的流行传播情况差异也均有不同.     

口蹄疫病毒样颗粒研究进展

病毒样颗粒(VLP)具有与真实病毒粒子大小相似的结构,能引起免疫应答但不具有感染性。口蹄疫病毒是无囊膜的RNA病毒,其结构蛋白可组装成VLP,且具有良好的免疫原性。本文对口蹄疫病毒VLP的免疫机制、表达系统及应用、口蹄疫病毒VLP作为抗原在诊断和疫苗中的应用进行了综述。     

我国登革2型病毒43株基因组全长cDNA体外RNA转录物感染性的研究

目的：研究我国登革２型病毒４３株（Ｄ２－４３）基因组全长ｃＤＮＡ体外ＲＮＡ转录物的感染性,为进一步阐明登革２型病毒的致病机制及探索其新型疫苗奠定基础。方法：用ＳＰ６ＲＮＡ聚合酶系统制备Ｄ２－４３基因组全长ｃＤＮＡ的体外ＲＮＡ转录物,纯化后经电穿孔法转染Ｃ６／３６细胞,观察致细胞病变作用以判断其感染性。从病变的细胞和培养上清中提取总ＲＮＡ,通过ＲＴ－ＰＣＲ扩增及克隆测序的方法证实细胞病变确为ＲＮＡ转录物感染所致;同时收集可产生细胞病变的培养上清,再感染Ｃ６／３６细胞以进一步证实该体外ＲＮＡ转录物感染的稳定性。结果：以我国Ｄ２－４３病毒株基因组全长ｃＤＮＡ为模板制备的体外ＲＮＡ转录物可使Ｃ６／３６细胞产生病变,从病变细胞和培养上清中可扩增获得病毒特异的基因片段。在培养细胞中进行连续传代仍可产生细胞病变作用。结论：构     

利用Galaxy与高性能计算集群构建本地化一站式生物信息学平台

目的构建本地化的高性能一站式数据分析平台,为生物医学研究的相关科研人员提供便捷高效的计算分析服务。方法将Galaxy软件部署在计算集群上,集成工具软件和数据集;利用分布式资源管理应用接口（DRMAA）实现与SunGridEngine的协同运作,自动调度和分配计算资源;并在集群上构建稳定的weh服务、FrP服务和管理数据库。结果该平台已投入试运行并在不断完善,峰值计算能力达到每秒lO万亿次,存储容量为40TB,提供序列比对、短串映射、基因注释、转录组分析、宏基因组分析及进化分析等多种功能,以及容量约为700GB的人类基因组、病毒、细菌、真菌等参考数据库。结论该平台具备大规模数据分析的能力,能够解决高通量测序所带来的海量生物数据的存储与处理等问题。与在普通服务器上进行数据分析相比,该平台的计算集群能极大地加快数据处理过程,提高研究效率。     

五种出血热病毒重组酶聚合酶等温扩增方法的建立

目的 建立五种出血热相关病毒,即扎伊尔型埃博拉病毒、苏丹型埃博拉病毒、马尔堡病毒、拉沙病毒和黄热病毒的一步法重组酶聚合酶等温扩增(RPA)技术,为病原体的确定提供现场快速检测方法.方法 通过基因组序列分析,选择每种病毒的特异核酸片段作为检测靶基因,针对靶基因序列设计RPA检测的引物和探针;取系列稀释的模板基因进行RPA检测,确定其灵敏性;取出血热相关病毒核酸为模板进行RPA检测,确定其特异性;验证不同温度反应条件(37~42℃)对检测结果的影响.结果 五种出血热病毒的RPA反应体系均可有效扩增靶基因,灵敏性为1.5×102~1.5×103copies/反应,与其他出血热相关病毒的核酸无交叉反应;RPA实验在37~42℃均可实现靶基因的有效扩增.结论 建立了五种出血热病毒的RPA等温扩增体系,该体系反应快速,温度范围宽,适用于现场快速检测.     

磁共振成像技术在病毒性脑炎诊断中的应用进展

病毒性脑炎指病毒侵犯脑实质,引起急、慢性炎症性疾病。引起病毒性脑炎的病毒种类众多,临床表现差异明显。病毒性脑炎的诊断仍依赖于实验室检查。MRI具有良好的组织对比分辨力,能清晰的显示病变本身及其周围的软组织变化情况,对于病毒性脑炎的诊断具有非常重要的作用,随着MRI技术不断发展,新的成像技术可以更好的显示病变,对病毒性脑炎诊断和治疗计划的制定具有很大帮助。本文综述了MRI技术在病毒性脑炎诊断中的应用。     

JC virus genotyping offers a new means of tracing the origins of unidentified cadavers

There has been no reliable means of tracing the origins of unidentified cadavers but the recent finding that JC virus (JCV) can serve as a means of elucidating human migrations suggested that this virus may also be useful to trace the origins of unidentified cadavers. DNA samples extracted from renal tissue and urine were used as the template for PCR amplification of a 610 bp region (IG region) of the viral genome. We detected JCV DNA in 45% of the renal samples and in 33% of the urine samples and was detectable even 10 days after death. The sequences of the amplified IG regions could be used to determine the genotypes. We conclude that the JC virus genotype is a new marker useful for tracing the origins of unidentified cadavers.     

基孔肯雅病毒WJ0601株基因组全序列测定及分析

目的对保存的基孔肯雅病毒WJ0601株基因组序列进行测定,并阐明该病毒与已报道毒株序列的关系。方法对基孔肯雅病毒基因组编码区分14段进行RT-PCR扩增,对非编码区采用RACE法进行扩增,将扩增产物直接进行测序,应用DNAStar软件将测序结果拼接得到基因组序列。结果与结论基孔肯雅病毒WJ0601株基因组核苷酸共11826nt,编码3722个氨基酸,其中5′端的2/3基因组编码4种非结构蛋白nsP1、nsP2、nsP3和nsP4;3′端的1/3基因组编码5种结构蛋白C、E3、E2、6K和E1蛋白。结构基因和非结构基因之间有68nt的连接区为非翻译区。病毒基因组5′端和3′端分别有76nt、526nt的非编码区。序列同源性分析结果表明,此株病毒与S27-African株的同源性最高,两者核苷酸序列同源性为99.9%,氨基酸序列同源性为99.8%,同属于（ESCA）基因型。     

RNA病毒的反向遗传学操作

RNA病毒的反向遗传学操作是指由病毒的cDNA克隆获取RNA病毒的一项技术,该技术通过人为加入的DNA环节,实现了在DNA水平上对RNA病毒基因组的人工操作,在深入阐明病毒基因组结构与功能,发展新型病毒载体,尤其在研制筛选候选疫苗株等方面有很好的应用前景,本文就正链及负链RNA病毒的反向遗传学操作及技术应用进行了综述。     

荧光定量PCR快速检测在病毒性角膜炎诊疗中的应用

目的 为病毒性角膜炎的患者进行疱疹病毒病原学快速检测,根据检测结果指导临床治疗。方法 选取未进行抗病毒药物治疗的患者,根据病情分别取其泪液或病变区角膜上皮细胞,用荧光定量PCR方法对单纯疱疹病毒（herpessimplex virus,HSV）1型、HSV2、水痘-带状疱疹病毒（varicella zoster virus,VZV）、人巨细胞病毒（human cytomegalovirus,HCMV）和EB病毒（EB virus,EBV）的核酸进行定量检测。结果 90例病毒性角膜炎患者中有54例检测出疱疹病毒核酸,检出率为60.0%;发病后首次就诊的病毒性角膜炎患者中疱疹病毒核酸的检出率为94.7%,明显高于多次发作后就诊的患者（检出率为34.6%）,2者差异比较具有统计学意义（P<0.001）。发病后首次就诊的病毒性角膜炎患者感染的主要病毒为HSV1、EBV和HSV2,多次发作后就诊的患者感染的病毒主要为HSV1和HCMV。5种疱疹病毒中HSV占病毒检出数的74.0%,上皮型角膜炎中疱疹病毒核酸的检出率为30.6%,基质型角膜炎中疱疹病毒核酸的检出率为95.1%,基质型角膜炎中疱疹病毒检出率高于上皮型角膜炎(P<0.001）。上皮型角膜炎中HSV1病毒的检出率和平均拷贝数明显高于其他病毒;基质型角膜炎中HSV1、HSV2病毒的拷贝数明显高于其他疱疹病毒拷贝数。结论 病毒性角膜炎患者应尽早进行核酸检测以明确疱疹病毒类型及拷贝数,检测结果为进一步的抗病毒治疗和疗效判断提供科学依据。