基于网络药理学的青风藤治疗类风湿关节炎的作用机制研究

目的应用网络药理学研究方法,探讨青风藤治疗类风湿关节炎(RA)的可能作用机制。方法使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选青风藤的化学成分,并依据TCMSP数据库的口服生物利用度(OB)和类药性指数(DL)筛选出主要有效活性成分。借助DRAR-CPI分子对接服务器得到有效活性成分的潜在作用靶点。通过Genecards、OMIM数据库筛选出RA的靶点,利用Venn软件获取药物与疾病的共同靶点,运用Cytoscape软件构建“化合物-靶点-疾病”网络图。使用String数据库绘制靶蛋白相互作用(PPI)网络,利用clusterProfiler程序包对有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果该研究共筛选出青风藤有效活性成分6个,作用靶点176个;RA靶点305个;青风藤治疗RA的靶点15个。GO功能富集分析显示500个生物过程(BP)、18个细胞组成(CC)、28个分子功能(MF)。KEGG通路富集分析显示77条通路。结论该研究初步揭示了青风藤中以青藤碱为主的6种有效活性成分发挥了抗RA的作用,治疗的关键靶点与IL-10、IL-4、INS、MAPK8、ELANE、MAPK1、MAPK14有关,涉及的生物学过程及信号通路主要与感染、炎症及免疫相关,为进一步的分子生物学实验研究奠定了基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨益气活血方抗脑缺血机制研究

脑缺血(cerebral ischemia,CI)具有高发病率、高致畸率,是全球第二大致死疾病.中药(traditional Chinese medicine,TCM)益气活血方(YQHX)在临床治疗CI发挥一定疗效,但其机制尚不清楚.本文基于网络药理学和分子对接探讨其作用机制.通过TCMSP和CNKI数据库获取益气活...     

基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

基于网络药理学和分子对接探讨护骨胶囊治疗骨质疏松症的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨护骨胶囊治疗骨质疏松症潜在的活性成分和作用机制。方法 利用TCMSP数据库结合《中国药典》2020版筛选候选活性成分,并通过文献检索进行补充和删减得到最终成分,并通过Swiss Target Prediction数据库预测和筛选出活性成分的潜在的作用靶点。通过权威数据库（Genecard、Drugbank、TTD）检索骨质疏松症相关靶点,通过Cytoscape 3.9.0软件建立中药–成分–靶点网络模型进行网络分析,并将交集靶点导入至String在线数据库进行蛋白相互作用（PPI）网络构建并进行分析。利用David数据库进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接。结果 共筛选出护骨胶囊59个活性成分、78个交集靶点。PPI网络分析表明,肿瘤坏死因子（TNF）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、非受体酪氨酸激酶（SRC）、酪氨酸蛋白激酶3（MAPK3）、雌激素受体α（ESR1）等可能是护骨胶囊治疗骨质疏松症的关键靶点。GO和KEGG富集分析表明护骨胶囊主要通过细胞外空间、质膜、宿主细胞核等细胞组分参与细胞生存、生长、分裂等众多生物学过程,继而与蛋白质特异性结合,发挥调节核受体活性、过渡金属离子结合、类固醇结合等分子功能,涉及糖尿病并发症中的晚期糖基化终末化产物（AGE）-晚期糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、松弛素信号通路、雌激素信号通路等。分子对接结果表明,地黄苦苷元、大黄素甲醚、甲基异茜草素、阿魏酸和大豆苷元核心成分与TNF、VEGFA、SRC、MAPK3、ESR1核心靶点均具有良好的结合能力。结论 护骨胶囊中的地黄苦苷元、大黄素甲醚、甲基异茜草素、阿魏酸和大豆苷元等可能是治疗骨质疏松症的物质基础,能够作用于TNF、VEGFA、SRC、MAPK3、ESR1等多个靶点,通过调节糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、松弛素信号通路、雌激素信号通路等参与骨骼重塑、抑制破骨细胞的形成与分化、促进骨形成和抗炎作用,进而发挥治疗骨质疏松症的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨益气开秘方治疗便秘的作用靶点及效应机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术研究益气开秘方治疗便秘的作用靶点及效应机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台收集筛选益气开秘方中组方药材的有效活性成分及对应靶点,利用GeneCards、OMIM、PharmGKB、TTD及DrugBank数据库获取疾病靶点;利用R软件4.1.1筛选成分和疾病的交集靶点,利用STRING数据库（version 11.5）和Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白质–蛋白质相互作用（PPI）网络;运用R软件4.1.1进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;运用Autodock软件对关键作用靶点和活性成分进行分子对接,验证网络分析结果。结果 益气开秘方主要包含68个活性成分,活性成分对应靶点170个;便秘疾病靶点共1 586个;益气开秘方与便秘的交集靶点基因共68个。PPI分析出核心靶点为丝裂原活化蛋白激酶1（mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1）、MAPK3、蛋白激酶B1（AKT1）等;GO功能注释得到生物学过程条目1 825条（如衰老、平滑肌细胞增殖、肽基-丝氨酸磷酸化等）,细胞组成条目60条（如膜筏、膜微结构域、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物等）、分子功能条目157条（如磷酸酶结合、内肽酶活力、丝氨酸肽链内切酶活性等）;KEGG通路富集分析确定了168条益气开秘方治疗便秘作用靶点的通路（如PI3K/AKT信号通路、细胞衰老、MAPK信号通路、肌动蛋白细胞骨架调节等）;分子对接提示MAPK1、MAPK3、AKT1与主要核心成分（槲皮苷、木犀草素以及山柰酚）的结合能均<—20 kJ/mol。结论 益气开秘方中的槲皮苷、木犀草素以及山柰酚等活性成分可能通过与MAPK1、MAPK3、AKT1等靶点进而调控MAPK信号通路以及磷酸肌醇-3-激酶（PI3K）/AKT信号通路等信号通路起到治疗便秘的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨厚朴排气合剂治疗慢性便秘潜在作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术对厚朴排气合剂治疗慢性便秘的潜在作用机制进行研究。方法 通过TCMSP数据库及文献补充获得厚朴排气合剂活性成分及作用靶点,OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank数据库检索慢性便秘疾病靶点,将成分靶点及疾病靶点取交集后获得潜在靶点。采用Metascape数据库,以P<0.05为筛选条件,进行基因本体（GO）功能及京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析,并利用Autodock软件对关键作用靶点和活性成分进行分子对接。结果 共获得56种活性成分,厚朴排气合剂治疗慢性便秘共有217个靶点,其中关键靶点为蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤蛋白p53（TP53）、白细胞介素-6（IL-6）、半胱氨酸蛋白水解酶3（CASP3）、血管内皮生长因子A （VEGFA）、转录因子AP-1（JUN）、白细胞介素-1B （IL-1B）、MYC、表皮生长因子受体（EGFR）、丝裂原激活的蛋白激酶3（MAPK3）等。生物过程有5 880条富集结果,分子功能有1083条富集结果,细胞组成有540条富集结果;KEGG通路主要包括癌症相关通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路、细胞衰老等。分子对接显示厚朴排气合剂的主要活性成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论 厚朴排气合剂通过多途径、多靶点、多通路治疗慢性便秘,其机制与抑制炎症反应、抗衰老、调节平滑肌运动等有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨六味地黄丸治疗糖尿病肾病的作用机制研究

目的 运用网络药理学和分子对接方法探讨六味地黄丸治疗糖尿病肾病（diabetic nephropathy，DN））的作用机制。方法 通过检索多个数据库及查阅文献筛选出六味地黄丸活性成分和对应靶点，借助Genecard、OMIM和Drugbank数据库收集DN作用靶点并通过Venny 2.1软件筛选出药物-疾病共同作用靶点。随后，利用STRING和Cytoscape软件分析和构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并使用CytoNCA插件进行拓扑分析刷选出核心靶点。然后，利用ClueGO插件进行GO （GO Ontology）功能富集分析和KEGG-（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路分析。最后，使用AutoDock软件通过分子对接验证活性化合物与核心靶点的结合能力。结果 六味地黄丸40个活性成分通过调控128个DN相关靶点，尤其是通过调控28个核心靶点，参与调控体内基因转录、细胞凋亡和增殖、信号转导、炎症反应及蛋白质磷酸化等生物学过程，干预肿瘤、AGE-RAGE、IL-17、MAPK、HIF-1、Toll样受体等信号通路发挥治疗DN的作用。分子对接验证了5种活性化合物与其作用的关键靶点具有可靠的亲和力。结论 推测六味地黄丸治疗DN具有多成分-多靶点-多途径的特点，为进一步研究六味地黄丸治疗DN的分子机制提供了新思路和新方向。     

基于网络药理学和分子对接法探索复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的潜在分子机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术探寻复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制。方法 应用TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库及文献收集复方一枝蒿颗粒活性成分及潜在靶点。通过TTD、GeneCards和OMMI数据库检索新型冠状病毒肺炎相关的靶点。将复方一枝蒿颗粒药物靶点和新型冠状病毒肺炎相关基因取交集，使用String数据库构建靶蛋白相互作用（PPI）网络。通过Cytoscape构建“药物–活性成分–靶点基因–疾病”网络。对交集靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。利用Autodock_vina软件对活性成分和靶点进行分子对接。结果 共筛选92个活性成分，1 627个靶点，新型冠状病毒肺炎疾病靶点464个，两者取交集筛选出87个潜在靶点。GO功能富集得到2 040个条目（P＜0.05），与病毒过程、参与共生相互作用的生物过程、活性氧代谢过程的调节、与宿主相互作用的生物过程、病毒生命周期、炎症反应的调节等生物学过程有关。KEGG通路分析共得到150条通路，与新冠肺炎密切相关的有人巨细胞病毒感染、结核、COVID-19、IL-17信号通路等。分子对接结果证实，筛选的靶点受体蛋白与活性成分可以较好地结合。结论 复方一枝蒿颗粒可通过多组分、多靶点和多途径的方式对新型冠状病毒肺炎产生治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨石榴皮治疗腹泻的作用机制

目的 基于网络药理学结合分子对接技术探究石榴皮治疗腹泻的作用机制。方法 通过TCMSP数据库获取石榴皮的活性成分和潜在作用靶点；GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库进行检索获得腹泻的潜在作用靶点，筛选两者交集靶点；应用Cytoscape软件构建蛋白相互作用（PPI）图并筛选核心靶点。通过DAVID数据库进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，最后采用AutoDock软件进行分子对接验证。结果 获得7个石榴皮主要化学成分，石榴皮与腹泻共同靶点114个。PPI分析显示，肿瘤抗原p53（TP53）、蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL-6）、胱天蛋白酶33（CASP）等可能为治疗关键靶点。通过KEGG分析表明，石榴皮可能通过癌症通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路等起到治疗腹泻的作用。分子对接表明关键活性成分与核心靶点均可自发结合。结论 通过网络药理学和分子对接技术揭示石榴皮可以通过多成分、多靶点、多途径治疗腹泻，为后续研究提供理论依据。     

基于网络药理学与分子对接技术对白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌作用机制的研究

目的 采用网络药理学和分子对接技术预测白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌的作用靶点，探讨其治疗胰腺癌的潜在分子作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）、PharmMapper、OMIM、GeneCards、STRING、DAVID等在线数据库与Cytoscape软件构建一系列网络图、筛选核心靶点并对靶基因进行GO分析和KEGG通路富集分析，最后通过AutoDock软件对关键活性成分与潜在作用靶点进行分子对接验证。结果 共筛选得到药组活性成分35个，相关靶点190个，胰腺癌靶点1 566个以及白术-半夏-茯苓治疗胰腺癌的交集靶点76个。这些交集靶点主要参与基因表达的正调控，细胞因子介导的信号通路以及细胞凋亡调控等生物学过程，并与癌症通路、乙型肝炎、大肠癌、化学致癌受体激活、胰腺癌以及MAPK信号通路等相关。分子对接结果显示，白术-半夏-茯苓的主要活性成分与胰腺癌的潜在作用靶点间具有一定的结合活性。结论 白术-半夏-茯苓主要通过多成分、多靶点、多通路发挥对胰腺癌的治疗作用，为临床应用白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌提供一定的理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨化橘红治疗酒精性肝损伤的潜在作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术研究化橘红抗酒精性肝损伤的潜在分子作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中获取化橘红的有效成分以及成分靶点，使用GeneCards、OMIM、TTD和DisGenet数据库获取疾病靶点基因信息，借助韦恩图选取活性成分靶点以及疾病靶点基因的交集获取化橘红治疗酒精性肝损伤的潜在作用靶点；利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络（PPI），并采用Cytoscape软件得到核心靶点网络图；最后使用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体论（GO）功能富集和基因百科全书（KEGG）分析，利用AutoDock Tools进行活性成分与核心靶点的分子对接验证。结果 得到10个有效成分、98个成分靶点基因和1 531个疾病靶点基因，两者取交集后获取67个交集靶点。利用STRING数据库和Cytoscape软件最终得到肿瘤蛋白p53（TP53）、前列腺素内过氧化物酶2（PTGS2）、半胱氨酸蛋白酶3（CASP3）、转录因子AP-1（JUN）、蛋白激酶B1（AKT1）5个核心靶点。GO分析和KEGG分析分别获得过氧化物酶体等50条目和脂质、动脉粥样硬化等20条信号通路。结论 化橘红可通过多个成分作用于多个靶点发挥抗炎、抑制细胞凋亡等作用，进而抑制酒精性肝损伤。     

基于网络药理学和分子对接技术探究青蒿素对多囊卵巢综合征的潜在治疗机制

目的 应用网络药理学和分子对接技术探索青蒿素对多囊卵巢综合征（polycystic ovary syndrome，PCOS）的潜在作用机制。方法 通过Pubchem、Swiss Target Prediction、PharmMapper数据库预测青蒿素作用靶点,利用GeneCard、DisGeNET数据库获取与PCOS有关靶点；应用韦恩图分析青蒿素与PCOS的交集靶点；利用String软件对交集靶点进行PPI蛋白网络互作分析，并利用Cytoscape软件进行核心靶点筛选；应用DAVID数据库进行基因本体（gene ontology，GO）功能、京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）富集分析，并借助在线软件对分析结果进行可视化；通过Chemdraw、PyMol、Auto Dock Tools软件及RCSB PDB数据库对青蒿素及核心靶蛋白进行分子对接。结果 得到青蒿素靶点229个，PCOS靶点1292个，韦恩图分析交集靶点90个，潜在核心靶点5个，分别为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（serine/threonine-protein kinase，AKT1）、雌激素受体（estrogen receptor 1，ESR1）、基质金属蛋白酶（matrix metalloprotein 9，MMP9）、过氧化物酶体增殖激活受体（peroxisome proliferator-activated receptor gamma，PPARγ）、基质金属蛋白酶（matrix metalloprotein 2，MMP2），主要涉及磷脂酰肌醇-3-激酶（phosphoinositide 3-kinase，PI3K）-蛋白激酶B（protein kinase B，Akt）、丝裂原活化蛋白激酶（mitogen-activated protein kinase，MAPK）、Ras、内分泌抵抗等信号通路。分子对接结果显示青蒿素与对应核心靶蛋白之间存在分子结合位点。结论 初步预测分析青蒿素可能通过多靶点、多机制对PCOS发挥治疗作用。     

基于网络药理学与分子对接技术对清开灵干预病毒性感冒的作用机制研究

目的 探索清开灵干预病毒性感冒的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法 通过TCMSP、TCMID和Pubchem数据库获得清开灵的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取病毒性感冒的相关靶点,并采用交集法筛选出与清开灵活性成分作用的共同靶点,运用Cytoscape构建“活性成分-靶点”网络,并通过String数据库构建PPI网络;通过Bioconductor数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,运用R软件将结果进行可视化;采用Auto Dock Tools进行分子对接研究。结果 从清开灵中共筛选出潜在活性成分90个,对应靶点225个;PPI网络分析获得清开灵干预病毒性感冒的关键作用靶点34个;GO及KEGG富集分析得出：清开灵干预病毒性感冒的作用机制主要与抗炎、抗病毒有关;分子对接结果显示：清开灵中胆酸、猪去氧胆酸、黄芩苷与RELA和JUN具有一定的亲合力。结论 清开灵含有的活性成分可作用于JUN、RELA、MAPK1、IL-6、AKT1等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对病毒性感冒的干预作用。     

基于UPLC-Q-Exactive Focus-MS/MS技术的酸枣仁化学成分分析及其抗阿尔茨海默病机制的网络药理学研究

目的 通过超高效液相色谱-静电场轨道阱高分辨质谱（UPLC-Q-Exactive-Focus-MS/MS）分析酸枣仁中的化学成分,依据解析的化学成分及中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、本草组鉴数据库（HERB）获取的酸枣仁主要成分结合网络药理学和分子对接技术初步预测其抗阿尔茨海默病（AD）的药效物质基础,筛选出潜在功效成分,预测作用机制。方法 采用UPLC-Q-Exactive Focus-MS/MS对酸枣仁进行化学成分分析,分别在正、负离子模式下扫描,结合对照品、文献中的碎片离子信息、保留时间进行匹配,确认化学成分。利用TCMSP、HERB数据库获取酸枣仁的主要成分及其对应作用靶点信息;通过GeneCards、OMIM数据库获得AD相关疾病靶点;将酸枣仁主要成分对应靶点与AD靶点取交集,借助String 11.5平台和Cytoscape 3.7.2软件绘制交集基因蛋白质相互作用（PPI）网络;利用DAVID 6.8对核心靶点进行基因本体（GO）功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,通过微生信云平台对富集结果可视化;借助AutoDock Tools软件对核心成分及关键靶点基因进行分子对接。结果 酸枣仁定性分析中共鉴定出40个化合物,主要包括3个有机酸类、28个黄酮类、8个生物碱类、1个皂苷类;筛选出发挥改善AD作用的核心成分5个,包括拟雌内酯、油酸、山柰酚、乌药碱、酸李碱;酸枣仁改善AD的核心靶点有JUN、AKT1、STAT3、MAPK14、ESR1、IL16等;KEGG通路分析共得到157条通路,其中PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路排名靠前;GO富集分析得到生物过程（BP）条目336个、细胞组分（CC）条目45个、分子功能（MF）42个。分子对接结果显示,酸枣仁的4个核心成分与关键靶点间存在分子结合位点且结合能较强,均小于-20.93 kJ·mol^-1。结论 通过UPLC-Q-Exactive-Focus-MS/MS解析的化学成分结合网络药理学、分子对接预测了酸枣仁是通过多成分、多靶点、多途径来发挥抗AD作用的。     

基于网络药理学和分子对接的四妙凉血颗粒质量控制研究

目的： 通过网络药理学和分子对接筛选四妙凉血颗粒(SMLXC)对急性痛风性关节炎(AGA) 的潜在有效成分,并测定SMLXC中3个成分的含量方法： 通过TCMSP和BATMAN-TCM数据库,获取 SMLXC中药材的活性成分,同时检索TCMSP、Swiss Target Prediction、STITCH数据库进行靶点预测。 使用OMIM、GeneCards数据库查找AGA疾病靶点,通过Venny 2.1软件筛选成分靶点和疾病靶点的交集作为SMLXC治疗AGA的作用靶点。通过David数据库进行GO和KEGG富集分析。通过靶点网络分析,寻找相关通路的关键靶点。使用Discovery Studio进行分子对接,筛选抗炎核心成分,通过高效液相色谱法测定其中3个成分的含量结果： 筛选出与SMLXC相关的活性化合物102个,药物相关靶点239个;SMLXC 与AGA的共同靶点30个;GO富集分析显示,SMLXC治疗痛风主要与细胞因子的活性调控、炎症反应等 109条生物过程有关;KEGG富集分析显示,SMLXC可能通过TNF、NLRs和TLR等信号通路治疗痛风; 可视化分析显示,PTGS2、MAPK14、MAPK1、IL-6等12个靶点可能是SMLXC治疗AGA的关键靶点;分子对接结果显示,小檗碱、落新妇苷等5个化合物与PTGS2有良好的对接活性。含量测定实验结果表明, SMLXC中含量测定结果由高到低依次为小檗碱(2.0008 mg·g^-1)、落新妇苷(1.6583 mg·g^-1)、山奈酚(1.5428 mg·g^-1)结论： SMLXC通过干预炎症、细胞因子的活性调控等相关通路达到治疗AGA的作用,建立的SMLXC的含量测定方法准确、稳定,为控制SMLXC的质量提供实验依据。     

基于网络药理学结合GEO数据库多芯片联合分析探讨化橘红防治动脉型肺动脉高压的分子作用机制

目的 采用网络药理学结合GEO数据库多芯片联合分析及分子对接的方法研究化橘红防治动脉型肺动脉高压的潜在分子作用机制。方法 利用TCMSP、ETCM、Swiss Target Prediction和PharmMapper等数据库结合文献报道,获取化橘红活性成分的作用靶点。通过GEO数据库多芯片联合分析获得动脉型肺动脉高压的差异表达基因,联合GeneCard、DisGeNET和DiGSeE等数据库筛选出动脉型肺动脉高压的潜在疾病基因。对疾病基因和活性成分靶点取交集,以Cytoscape 3.7.2软件构建化橘红活性成分–靶点的可视化网络。基于String数据库,构建化橘红防治动脉型肺动脉高压靶点的蛋白互作（PPI）网络,分析筛选出核心靶点,进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,构建化橘红活性成分–靶点–信号通路网络。将化橘红主要活性成分与网络拓扑分析后所得到的排名前10的核心靶点进行分子对接,Autodock Vina预测其分子结合自由能及Pymol作分子对接可视化图。结果 筛选出活性成分15个,得到可作用于动脉型肺动脉高压的靶点150个,核心靶点涉及肿瘤蛋白P53（TP53）、β-肌动蛋白（ACTB）、肿瘤坏死因子（TNF）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、缺氧诱导因子-1α（HIF1A）和胱天蛋白酶3（CASP3）等。GO富集分析得到生物学过程相关条目572条、分子功能相关条目115条及细胞组分相关条目84条（P<0.01）。KEGG通路富集分析得到173条信号通路（P<0.01）,主要涉及癌症通路、脂质与动脉粥样硬化通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、细胞衰老、缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、磷酯酰肌醇-3-激酶（PI3K）-蛋白激酶B（Akt）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路和细胞凋亡等。分子对接结果表明关键成分和关键靶点间均具有较好的结合活性。结论 化橘红通过多靶点、多通路发挥治疗动脉型肺动脉高压的作用。     

基于网络药理学和分子对接方法探讨络石藤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法探讨络石藤（Chinese Starjasmine Stem）治疗类风湿关节炎（RA）的可能机制。方法 首先利用数据库检索中药“络石藤”的化学成分,并通过TCMSP平台的DL（类药性指数）和OB（药物口服生物利用度）划定范围,从该药物成分中进一步筛选其中的有效活性成分。再通过Genecards、OMIM数据库获取尽可能全面的RA靶点基因,从而确定药物与疾病可能存在的交集靶点,以此构建络石藤中活性成分与类风湿关节炎靶点的关系网络,筛选治疗疾病的核心靶点。最后,对络石藤治疗RA的潜在作用靶点进行富集分析,同时对核心靶点及其结合性良好的活性成分进行分子对接。结果 最终筛选得到络石藤9个活性成分,其中包括木犀草素、植物甾醇、伊博格碱等;涉及67个RA相关靶点,核心靶点包括RB1、MAPK1、AKT1、JUN、IL6、RELA等;分子对接显示络石藤某些活性成分与RA核心靶点具有较好的结合活性。结论 络石藤可以作用于疾病核心靶点,发挥抗炎、调节免疫功能及调控细胞凋亡等作用。     

Bioinformatic and experimental data decipher the pharmacological targets and mechanisms of plumbagin against hepatocellular carcinoma

ObjectivePlumbagin exerts effective anti-hepatocellular carcinoma (HCC) benefits, however, the detailed mechanisms behind these effects are not yet completely elucidated. The pharmacological targets and molecular mechanisms of plumbagin against HCC were revealed through conducting network pharmacology approach before experimentative verification.MethodsThe web-accessible databases of herbal ingredients’ targets (HIT), Swiss-Target-Prediction and Super-Pred were used to predict the therapeutic targets of plumbagin, followed by combined with pathogenic targets of HCC from oncogenomic database of hepatocellular carcinoma (OncoDB.HCC) and Liverome databases to obtain the predominant targets of plumbagin-treating HCC. The database for annotation, visualization and integrated discovery (DAVID) was applied to output the gene ontology (GO) annotation and Kyoto encyclopedia of genes and genomes (KEGG) pathway enrichment by use of all predominant targets for computerized visualization. The validated data of human and cell culture were subjected to a group of medical imaging, biochemical tests and immunostaining, respectively.ResultsAs revealed in bioinformatic data, 19 predominant targets of plumbagin-treating HCC were obtained, and 5 top targets of TP53, MAPK1, MAP2K1, RAF1 and CCND1 were the most important biomolecules in anti-HCC effects exerted by plumbagin. Other identifiable 102 GO items were showed, including 66 biological processes, and 12 cellular components, 24 molecular functions. And 67 KEGG pathways were mainly involved in neoplastic signaling. In human data, HCC sections showed increased expressions of hepatocellular TP53, MAPK1, accompanied with positive clinical imaging results for HCC. In plumbagin-treated HepG2 cells, reduced TP53, MAPK1 protein expressions were observed, accompanied with cell arrest and apoptosis.ConclusionCollectively, the pharmacological targets and mechanisms of plumbagin-treating HCC were predicted and integrated through the method of network pharmacology, followed by some investigative validations. Interestingly, these 5 predominant biomolecules may be the potential targets for screening and treating HCC.     

基于网络药理学和分子对接探讨木糖-邻苯三酚结合物对脓毒症相关急性肾损伤的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究木糖-邻苯三酚结合物（XP）改善脓毒症相关急性肾损伤的潜在靶点,并采用动物实验验证其作用机制。方法 通过Swiss Target Prediction和PharmMapper数据库筛选XP的作用靶点,GeneCards、DrugBank、OMIM数据库检索脓毒症相关急性肾损伤的疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点取交集获得潜在靶点。利用DAVID平台对潜在靶点进行基因本体（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;采用Cytoscape 3.9.1软件绘制抗氧化剂XP改善脂多糖致脓毒症相关急性肾损伤的蛋白相互作用（PPI）网络图,选取degree值排名前10位的核心靶点和抗氧化剂XP作为受体蛋白和配体小分子,使用Schrödinger软件包进行受体和配体的分子对接,并开展核心靶点相关生物学通路的验证实验。结果 共筛选得到XP改善脂多糖致脓毒症相关急性肾损伤的作用靶点111个,其中核心靶点为白蛋白（ALB）、蛋白激酶B1（Akt1）、甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）、半胱氨酸蛋白水解酶3（CASP3）、酪氨酸激酶C（SRC）、雌激素受体1（ESR1）、90kDa热休克蛋白αA1（HSP90AA1）、V-Ha-Ras肉瘤病毒癌基因同源物（HRAS）、细胞周期素D1（CCND1）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）。GO富集分析筛选出生物过程271条,细胞组成60条,分子功能100条;KEGG富集到生物学通路119条;分子对接结果显示XP与核心靶点均能够较好的结合。实验结果表明,XP可以显著改善脂多糖致脓毒症相关急性肾损伤的肾功能指标升高和肾组织病理损伤,其作用机制与上调肾脏组织中p-磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）和p-Akt蛋白的表达相关。结论 XP可通过激活PI3K/Akt信号通路,减轻脓毒症相关急性肾损伤。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩治疗糖尿病心肌病的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芩抗糖尿病心肌病的活性成分及潜在的作用机制,为后续开展实验研究提供生物信息学基础。方法 通过TCMSP数据库及Swiss Target Prediction数据搜集黄芩活性成分与靶点;采用GeneCards、OMIM数据库查找糖尿病心肌病相关靶点;利用Venny 2.1.0获取药物和糖尿病心肌病的交集靶点;借助String平台和Cytoscape 3.9.0软件拓扑分析并筛选出核心成分及靶点;利用DAVID数据库进行黄芩治疗糖尿病心肌病靶点基因本体(GO)分析和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用AutoDock 1.5.7和PyMOL 2.4.1软件进行分子对接及可视化作图。结果 共筛选出36个黄芩活性成分,与糖尿病心肌病的151个交集靶点。GO富集分析得到775条生物过程,167条分子功能,86条细胞组分;KEGG通路分析得到169条,其中晚期糖基化终末产物及其受体(AGE-RAGE)、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、肿瘤坏死因子(TNF)、低氧诱导因子-1(HIF-1)是较关键的通路。分子对接结果显示,汉黄芩素、黄芩素、表小檗碱、黄芩新素等与Akt1、TNF、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、白细胞介素-6(IL-6)蛋白等有较强的相互作用,其中与黄芩素结合性最好。结论 黄芩对糖尿病心肌病的治疗作用可能是汉黄芩素、黄芩素、表小檗碱、黄芩新素等活性成分通过调控Akt1、TNF、GAPDH、IL-6等靶点,作用于AGE-RAGE、PI3K-Akt、MAPK等信号通路来实现的。