基于网络药理学探讨麦冬对心脑血管疾病的潜在药理作用靶点

摘要：目的:基于网络药理学方法来探讨麦冬对心脑血管疾病（CCVDs）的潜在药理作用靶点。方法:麦冬的化学成分及其靶标基因通过BATMAN-TCM数据库获取,心脑血管疾病靶标基因通过TTD、NCBI和OMIM数据库获取。利用Cytoscape创建麦冬中化合物-靶基因和CCVDs化合物-共有基因靶网络,利用STRING和DAVID分析关键靶标和途径富集。结果:网络分析确定了麦冬中17种化合物以及36个靶标基因与CCVDs高度关联,蛋白互作网络中的核心基因是APOE、LEP、CAT、EDN1和DRD2,并确定了与CCVDs相关的神经活性配体-受体相互作用、醛固酮调节钠的重吸收和脂肪酸降解等核心通路。结论:本研究初步探讨了麦冬的药理作用靶点,以及这些靶点与CCVDs治疗作用的相互关系。     

基于网络药理学的枳术宽中胶囊治疗功能性消化不良的作用机制研究

摘要：目的:基于网络药理学筛选枳术宽中胶囊药效物质基础及治疗功能性消化不良潜在作用靶点及作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索枳术宽中胶囊的主要活性化合物及其相关作用靶点,构建药物-化合物-靶点网络图。通过OMIM数据库和Gene Cards数据库筛选功能性消化不良相关靶点。筛选药物和疾病的交集基因构建靶标蛋白互作蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体（GO）富集和京都基因与基因组合百科全书（KEGG）通路注释分析。结果:根据筛选条件得到枳术宽中胶囊中的48个活性成分和219个相关蛋白靶点。PPI核心网络包含153个蛋白,关键蛋白涉及AKT1、IL-6、MAPK8、MAPK1等。GO功能富集分析得到613个条目,KEGG通路富集筛选得到114条通路与功能性消化不良相关,涉及癌症信号通路、乙型肝炎通路、PI3K-Akt信号通路等。结论:枳术宽中胶囊中的活性化合物能通过多靶点、多通路治疗功能性消化不良。     

基于网络药理学的康复新液抗溃疡性结肠炎作用机制研究

目的:通过网络药理学方法确定康复新液治疗溃疡性结肠炎的作用机制,寻找药物作用的潜在靶点和核心活性成分。方法:文献检索收集康复新液的主要化学成分;采用Swiss Target Prediction和DrugBank进行相关成分的潜在靶点预测;使用OMIM、DISGENET数据库进行溃疡性结肠炎相关基因确定,并采用STRINGS数据库预测相关基因的蛋白-蛋白相互作用网络;将康复新液相关靶点投射入疾病网络中,获取康复新液治疗溃疡性结肠炎的核心靶位并使用DAVID数据库进行KEGG和GO通路分析。结果:目前报道的康复新液中主要小分子成分为Cytosine、cytidine、hypoxanthine、inosine、guanosine、uridine、uracil、Adenine、thymine,预测其潜在靶点共92个;溃疡性结肠炎疾病网络参与蛋白为213个;康复新液调控疾病的14个相关信号通路,包括炎症、凋亡、坏死、炎癌转化等;结论:康复新液靶标以炎症小体CASP3和CASP8为核心,同时化学成分中thymine和uracil为与核心靶标高关联的药效物质。     

基于生物信息学和分子对接技术研究当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎潜在活性成分及分子机制

目的 采用生物信息学和分子对接技术,探讨当归六黄汤（DGLHD）治疗溃疡性结肠炎（UC）的作用机制。方法 采用公共数据库(TCMSP、DrugBank和UniProt)寻找当归六黄汤的有效活性成分和相应的靶基因,构建DGLHD活性成分-靶蛋白相互作用网络。基于DisGeNET数据库、Genecards数据库和DrugBank数据库检索溃疡性结肠炎相关基因,获取当归六黄汤与溃疡性结肠炎的交集靶点基因。利用STRING在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用关系（PPI）分析,获取核心靶点基因。采用Metascape在线数据库进行基因本体（GO）功能注释及KEGG通路富集。通过DiscoveryStudio 2016进行分子对接,确定药物活性成分与核心靶标相互作用的分子基础。结果 共筛选出82种活性化合物和132个交集靶基因。核心靶点基因涉及信号传导与转录激活因子3（STAT3）、TP53、AKT1、MAPK1、JUN和血管内皮生长因子A（VEGFA）;通路富集主要为“肿瘤信号通路”、“糖尿病并发症中晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路”“内分泌抵抗”、“NF-κB信号通路”、“Th17细胞分化”。分子对接结果表明,当归六黄汤核心活性成分可以通过氢键等相互作用与核心靶基因形成稳定的对接模式。结论 基于生物信息学和分子对接技术,筛选出当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎的活性成分、核心靶点及主要信号通路,为当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎提供了新的理论基础。     

基于网络药理学桃核承气汤防治脓毒症心肌功能障碍的作用机制探讨

目的运用计算机网络药理学技术预测桃核承气汤治疗脓毒症心肌功能障碍的作用靶点和信号通路,进一步分析其防治脓毒症心肌功能障碍的基础和作用机制。方法运用中药系统药理学成分分析平台Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (TCMSP)数据库获取桃核承气汤的有效成分及作用靶标基因,从GeneCards数据库收集脓毒症心肌功能障碍的靶标基因,将两者取交集后得到疾病-药物蛋白靶基因,运用STRING构建蛋白质间相互作用网络,并通过Cytoscape软件将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出作用的关键基因。借助Webgestalt在线工具进行疾病-药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并可视化展示。最后利用CTD数据库并结合文献学习,获取关键基因于脓毒症心肌功能障碍的疾病治疗作用。结果桃核承气汤的135个化合物中有64成分通过20个靶点与脓毒症心肌功能障碍相互关联。其中AKT1、HMOX1、JUN、TNF、IL1B、MAPK14、NOS3、PPARG、ICAM1、NOS2、VCAM1、STAT1等关键基因主要通过调控炎症反应、促进细胞存活、抗细胞凋亡、参与能量代谢、病原识别、毒物代谢等路径,在质膜、细胞膜、吞噬细胞、线粒体自噬等分子反应中发挥作用。结论网络药理学方法科学预测桃核承气汤防治脓毒症心肌功能障碍的关键靶标及其参与的相关通路,提示该方剂对脓毒症心肌功能障碍的防治作用为多靶点、多通路、多选择的复杂机制,并且多与抗炎、抗细胞凋亡、促进细胞存活等机制相关。     

基于网络药理学和分子对接的栀子对缺血性脑卒中与出血性脑卒中共性干预机制探讨

目的 运用网络药理学和分子对接技术挖掘栀子对缺血性脑卒中和出血性脑卒中的共同干预机制,明确解毒中药治疗缺血性脑卒中和出血性脑卒中的共性靶点与关键通路。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医百科全书（ETCM）、中药分子机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）以及中医药综合数据库（TCMID）收集栀子的活性成分,运用TCMSP、STTICH、Swiss数据库进行靶点预测,从在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、GeneCard数据库、DisGeNET数据库、TTD疾病数据库搜集缺血性脑卒中和出血性脑卒中的疾病靶点,将2者取交集得到的靶标导入STRING平台进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析,运用Cytoscape软件进行网络拓扑分析,同时运用DAVID软件对交集靶标进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因组百科全书（KEGG）通路分析,最后利用分子对接技术验证栀子有效成分与核心靶点的结合作用。结果 从栀子中共筛选出68个活性成分,包括山柰酚、芹菜素、槲皮素、熊果酸、京尼平苷、栀子苷等,栀子活性化合物与缺血性脑卒中和出血性脑卒中相关的治疗靶点有205个,主要包括IL6、AKT1、INS、IL1B、VEGFA、TP53、MAPK3、CASP3、JUN、EGFR、MMP9等。分子对接显示栀子的有效成分芹菜素、槲皮素、山柰酚、熊果酸等与IL6、AKT1、IL1B、TP53、MAPK3、CASP3、MMP9具有良好的结合能力。栀子主要通过调节肿瘤坏死因子（TNF）、低氧诱导因子-1（HIF-1）、（叉头框蛋白） FoxO、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶（PI3K-Akt）等信号通路发挥缺血性脑卒中和出血性脑卒中共性干预的作用。结论 栀子对缺血性脑卒中和出血性脑卒中的共性干预主要通过抑制免疫炎症反应、调控细胞凋亡等过程发挥治疗作用。     

基于网络药理学探讨真武汤治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的: 通过网络药理学的方法探讨真武汤治疗慢性心力衰竭(chronic cardiac failure,CHF) 的作用机制。方法: 通过中药网络药理学分析平台(TCMSP)获取真武汤中候选化合物,利用Swiss Target Prediction平台,进行候选靶标预测,并将TCMSP中相应化合物的靶点作为补充,利用Uniprot数据库将靶点蛋白转化成基因名;通过CTD和TTD数据库获取CHF的相关基因,将真武汤靶标(基因)与CHF相关基因取交集作为真武汤治疗CHF的潜在靶标,将交集基因提交至STRING11.0在线数据库进行蛋白互做分析,并借助网络可视化软件 Cytoscape 3. 7. 1绘制蛋白相互作用网络图,利用Excel构建真武汤中药-潜在化合物-潜在靶标网络,并利用Cytoscape 3. 7. 1进行可视化;通过RStudio的clusterProfiler包进行通路富集分析。结果: 通过设置OB和DL值筛选得到真武汤汤化合物59种,在获得交集基因36个后,剔除不含交集基因（靶标）的化学成分后,最终筛得化合物49种,KEGG富集分析共获得36条,其中13条与CHF相关。结论: 去甲乌头碱、3β-乙酰氧基苍术酮、山奈酚、芍药苷、豆甾醇、β-谷甾醇等为真武汤主要活性成分,白介素6、内皮型一氧化碳合酶、血红素加氧酶1 、前列腺素G/H合酶2、过氧化氢酶等为主要作用靶标,主要调控环鸟苷酸-蛋白激酶G信号通路、肾素分泌、钙信号通路等通路。本研究初步明确了真武汤通过多成分-多靶点-多通路治疗CHF的作用机制, 为深入研究真武汤的药效物质基础和作用机制奠定基础。     

基于网络药理学探讨白头翁抗结直肠癌的作用机制

目的通过网络药理学筛选白头翁中有效成分,探讨白头翁抗结直肠癌的物质基础及作用靶点和信号通路。方法利用中药分子机制生物信息学分析工具数据库BATMAN-TCM筛选白头翁活性化合物及其靶点;通过PharmDB-K和Dis Ge NET数据库获取直肠癌基因后与白头翁中有效化合物基因靶点交集,获得疾病-药物靶基因;使用蛋白质相互作用网络数据库String将疾病-药物-蛋白靶基因进行蛋白互作分析,运用R语言筛选出核心基因;运用R包及Cytoscape3.2.1的Clue GO插件进行GO分析和KEGG通路富集分析。最后分别采用SYBYL-X2.0与Discovery Studio4.5软件进行分子对接,将药物活性成分与靶基因进行结合活性的双重验证。结果在白头翁成分中,共有11个活性化合物,对应508个靶标基因,与结直肠癌靶标基因进行交集后共有67个基因;在此基础上筛选出21个核心基因,其主要通过在p53信号转导通路,结直肠癌通路,癌症中的中心碳代谢通路等11条核心通路发挥抗癌作用。分子对接验证结果表明,白头翁活性成分中,皂苷类、生物碱成分与结直肠癌靶标基因均有较好结合作用,其中包括:葳岩仙皂苷A与HSP90、KIT、SIRT1能结合,蝙蝠葛碱与NR3C1、ESR1、KIT结合。结论白头翁通过多成分、多靶点、多通路治疗结直肠癌,为白头翁抗肿瘤治疗的作用机制及后续实验验证提供了依据及基础。     

基于网络药理学分析麻黄-苦杏仁、辛夷-苍耳子治疗儿童过敏性鼻炎哮喘综合征的作用机制

目的基于网络药理学分析麻黄-苦杏仁、辛夷-苍耳子药对治疗儿童过敏性鼻炎哮喘综合征(CARAS)的多成分、多靶点、多途径作用机制。方法结合文献报道,利用TCMSP数据库筛选出麻黄、苦杏仁、辛夷、苍耳子的化学成分和潜在靶标;利用GeneCards、OMIM数据库获取CARAS的疾病靶点;通过R软件获取药物-疾病交集靶基因;利用String数据库构建蛋白互作(PPI)网络图并筛选出核心靶点,利用R语言对核心靶基因进行GO富集分析和KEGG通路分析;利用Sytoscape 3.7.2软件可视化化合物-交集靶点网络、关键通路-关键靶点网络。结果从麻黄-苦杏仁、辛夷-苍耳子药对中筛选得到槲皮素、山萘酚、木犀草素等52个活性成分,作用于MAPK1、MAPK3、AKT1、JUN等24个儿童过敏性鼻炎哮喘综合征核心靶点,参与调节DNA结合转录因子活性、活性氧、脂多糖等生物过程,调控AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17等信号通路。结论揭示了麻黄-苦杏仁、辛夷-苍耳子药对多成分、多靶点、多通路治疗CARAS的作用机制。     

基于网络药理学探究三七治疗冠心病的潜在作用机制

目的:研究三七治疗冠心病的成分、靶点及通路,探讨其发挥治疗作用的潜在分子机制。方法:基于网络药理学方法,利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索获取三七的活性成分;利用DRAR-CPI服务器、GeneCards和DisGeNET数据库筛选出与三七治疗冠心病相关的作用靶标;采用Cytoscape 3.6.0软件构建三七有效成分-冠心病作用靶标网络;采用String数据库绘制作用靶标的相互作用网络,并运用Network Analyzer工具计算靶标连接度,筛选出潜在核心靶标,然后通过Systems Dock Web Site服务器的分子对接验证核心靶标与有效成分的结合力;利用KEGG通路富集分析和基因本体(GO)分类富集分析获取三七治疗冠心病的重要信号通路和分子功能,并构建重要信号通路的"有效成分-作用靶标-信号通路"网络。结果:筛选出三七中治疗冠心病的5个有效成分(豆甾醇、β-谷固醇、人参皂苷rh2、槲皮素、三七皂苷r1),5个成分共作用于96个靶标并存在134种作用关系;5个核心靶标分别为蛋白激酶B(AKT)、白细胞介素6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、c-JUN蛋白(c-JUN)、肝磷脂结合表皮生长因子(HB-EGF),其主要通过改变蛋白结合作用以及调控磷酯酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)、低氧诱导因子1(HIF-1)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等信号通路来发挥治疗冠心病的作用。结论:三七治疗冠心病不仅是通过作用于多个靶标而发挥多种效果,而且可通过靶标之间的相互作用产生复杂的网络调节效果。     

基于网络药理学探讨畲药十二时辰镇痛作用机制

目的 通过网络药理学方法探究畲药“十二时辰”镇痛作用的有效成分及可能的作用机制。方法 利用TCMSP数据库对十二时辰已知化学成分进行活性筛选并收集对应的相关靶点,利用GeneCards数据库和DisGeNET数据库收集疼痛相关靶点,利用Venny网站筛选出二者的交集基因,作为十二时辰镇痛作用的潜在靶点;利用Cytoscape软件构建活性成分-靶点网络、利用STRING数据库构建PPI网络、利用David 6.8数据库对十二时辰潜在靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,利用Cytoscape软件构建十二时辰成分-靶点-信号通路网络。结果 网络分析确定十二时辰中11个化合物与24个靶点基因与镇痛作用有关,蛋白互作网络的核心基因是ACTB、NOS3、CASP3、PTGS2、RELA和PPARA,通过KEGG确定核心通路主要包括非酒精性脂肪肝、心肌细胞的肾上腺素能信号传导、流体剪切应力与动脉粥样硬化等。结论 十二时辰可能通过多靶点、多信号途径的相互作用对炎症、癌症引起的疼痛及神经性疼痛起到镇痛作用。可为下一步实验研究提供依据。     

基于网络药理学探讨黄连治疗糖尿病血管内皮损伤的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学方法探讨黄连改善糖尿病血管内皮损伤的潜在活性成分及作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台筛选黄连有效成分及对应的作用靶点;使用OMIM数据库中的Genemap检索与血管内皮细胞损伤有关的靶点;将药物和疾病的靶点合并进行交集,分别通过Cytoscape软件和String数据库绘制药物有效成分-靶点网络和蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络;通过R语言中的Bioconductor对筛选出的基因靶点进行GO和KEGG通路分析。结果:共筛选出黄连有效成分14个,获得有效成分与血管内皮损伤的交集靶点133个,主要包括JUN、MAPK1、IL-6、CXCL-8、ESR1、IL-10、RB1、FOS、IL1B、STAT1等,其中JUN,MAPK1为PPI网络中的核心蛋白。根据GO及KEGG通路分析,黄连有效成分作用靶点多分布于细胞膜和细胞核中,主要通过调节Hepatitis B、Fluid shear stress and atherosclerosis等相关通路靶向于JUN、MAPK1等靶标蛋白起到改善血管内皮损伤的作用。结论:通过网络药理学预测了黄连改善血管内皮细胞损伤的作用靶点及机制,为进一步研究其药效物质基础提供参考依据。     

基于网络药理学的葶苈子潜在作用机制研究

目的:探讨葶苈子潜在的药理作用机制,为其进一步开发利用和临床应用提供参考。方法:利用中药系统药理学分析平台数据库和STRING数据库筛选并确认葶苈子的有效成分和相关靶标蛋白;运用Cytoscape 3.7.0软件构建葶苈子有效化合物-靶标蛋白可视化网络,并进行网络拓扑学分析;借助STRING数据库和Cytoscape 3.7.0软件构建并分析葶苈子靶标蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID生物信息学资源数据库对靶标蛋白进行KEGG通路富集分析。结果:共筛选获得葶苈子有效化合物9个,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等;获得靶标蛋白174个,主要包括人前列腺素内源性过氧化物合酶2(PTGS2)、核受体共激活因子2、孕酮受体等,其中转录因子AP-1(JUN)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)是PPI网络中的核心蛋白。KEGG富集通路包括磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、肿瘤坏死因子α(TNF-α)信号通路、缺氧诱导因子1信号通路、Toll样受体信号通路、甲状腺激素信号通路等。结论:葶苈子中的槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等有效化合物可能通过PI3K/Akt信号通路、TNF-α信号通路等作用于PTGS2、JUN、MAPK1等靶标蛋白,进而发挥泻肺平喘、利水消肿的功效。     

探究附子与白附子治疗痹症网络机制的差异

目的:基于网络药理学策略探讨附子与白附子治疗痹症药效差异的原因。方法:应用中医药系统生物学数据和分析平台获取附子和白附子的化合物。以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18来筛选活性成分,并预测相应靶标。以类风湿性关节炎为关键词,经人类基因数据库搜索、收集相应疾病靶标,随后产生附子、白附子抗类风湿性关节炎靶标。采用蛋白质相互作用数据库(String datebase)构建疾病靶标网络并分析其关键靶标。最后对附子、白附子抗类风湿性关节炎靶标进行KEGG通络富集分析。结果:附子与白附子的共同活性成分为谷甾醇。附子抗类风湿性关节炎的主要节点在于调控PTGS2和PTGS1。白附子抗类风湿性关节炎的主要节点在于调控BCL2、BAX、CASP9、JUN、CASP3、CASP8等凋亡相关蛋白。结论:附子与白附子治疗痹症网络机制的差异可能与附子抑制前列腺素代谢,白附子抑制前列腺素代谢和细胞凋亡相关信号通路有关。     

基于网络药理学联合GEO数据库及分子对接探究脑安胶囊治疗缺血性脑卒中的作用

目的 基于网络药理学、基因表达综合数据库及分子对接技术,预测及初步验证脑安胶囊(NAC)治疗缺血性脑卒中(IS)的作用机制。方法 用中药系统药理学分析平台收集NAC中的活性成分,用基因表达综合数据库筛选疾病相关差异基因。筛选获得两者的共同靶标后,用Cytoscape 3.8.2软件构建化合物-疾病网络;同时创建蛋白质-蛋白质相互作用网络以确定NAC治疗IS的候选靶点,并且进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析。最后用分子对接技术对核心靶点进行初步验证。结果 共筛选出56个候选化合物和18 544个疾病相关差异基因,进一步通过化合物-疾病网络发现,槲皮素、山柰酚、木犀草素和黄芩素可能是NAC治疗IS的关键活性化合物。在PPI网络核心查找中,筛选到了NAC治疗IS的8个关键靶点,包括丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、B-细胞淋巴瘤因子2(Bcl-2)和半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)等。NAS治疗IS的关键通路主要富集在脂质和动脉粥样硬化、糖基化终末产物与其受体系统(AGE-RAGE)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素17(IL-17)、C-型凝集素受体、凋亡、缺氧诱导因...     

基于网络药理学探究知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的作用机制

目的 运用网络药理学技术探究知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的活性成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过TCMSP数据库、TCM-ID数据库和BATMAN-TCM数据库，筛选知柏地黄丸的有效活性成分和作用靶点，利用GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库和GEO数据库检索获得乳腺癌内分泌治疗耐药的相关靶基因，并与活性成分作用靶点取交集得到共同靶点；通过String 11.5数据库构建知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的蛋白质互作（PPI）网络，并借助Cytoscape 3.8.2软件的CytoNCA插件筛选核心靶点；通过Metascape基因功能注释分析工具对交集靶点进行基因本体（GO）和京都基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，使用Cytoscape 3.8.2软件构建药物活性成分–靶点–通路相互作用网络，获取核心活性成分。结果 共筛选出知柏地黄丸活性成分80个，与疾病的交集靶点117个，主要涉及肿瘤蛋白p53（TP53）、蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL6）、雌激素受体1（ESR1）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等。KEGG通路富集分析显示磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt、MAPK、核因子-κB（NF-κB）、雌激素等信号通路可能是知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的关键信号通路，由药物活性成分–靶点–通路网络得出槲皮素、山柰酚、脱水淫羊藿素、β-谷甾醇、薯蓣皂苷元等是发挥作用的核心活性成分。结论 知柏地黄丸中的槲皮素、山柰酚、脱水淫羊藿素、β-谷甾醇、薯蓣皂苷元等核心活性成分，能够作用于TP53、Akt1、TNF、IL-6、ESR1、MAPK1等多个关键靶点，调节PI3K-Akt、MAPK、NF-κB、雌激素等信号通路，发挥治疗乳腺癌内分泌耐药的作用。     

基于网络药理学的肾康注射液治疗慢性肾功能衰竭作用机制研究

目的采用网络药理学方法,科学阐释肾康注射液治疗慢性肾功能衰竭(CRF)的作用机制。方法通过TCMSP数据库获取肾康注射液的活性成分、潜在药物靶点,通过OMIM、TTD、GeneCards数据库获得CRF的相关靶点,并结合相关软件进行网络药理学分析,包括蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)、基因本体(GO)分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析。结果从TCMSP数据库共筛选得到肾康注射液活性成分96个,包括槲皮素、山柰酚、木犀草素等核心成分,涉及相关基因靶点244个。PPI网络涉及93个药物靶点,度值排名前10的核心靶点分别是AKT1、VEGFA、IL6、TNF、TP53、MAPK1、CASP3、EGF、MMP9、EGFR。GO功能分析共获得710个条目(P<0.05),KEGG通路富集得到112条信号通路(P<0.05),包括PI3K-Akt、TNF、HIF-1等信号通路。结论肾康注射液治疗CRF是多成分、多靶点、多通路的综合效应。     

GEO芯片联合网络药理学和分子对接探讨归芍地黄汤治疗新生血管性年龄相关性黄斑变性的作用机制及实验验证

目的 基于高通量基因表达数据库(GEO)、网络药理学和分子对接技术分析归芍地黄汤对新生血管性年龄相关性黄斑变性的可能作用靶点和相关机制,并通过体内实验进行验证。方法 通过查阅文献及中国传统医学公共数据库(TCMSP)确定归芍地黄汤的主要成分及靶标,绘制成分-靶点网络拓扑图。通过整合GEO数据库和公共数据库对新生血管性年龄相关性黄斑变性的疾病靶点进行预测。使用Venny在线平台确定药物-疾病的交集靶点,构建蛋白质相互作用(PPI)网络图,利用Cytoscape软件筛选关键基因(Hub),利用R语言对交集靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。将归芍地黄汤核心成分与靶基因之间进行分子对接,最后利用光学相干断层扫描和免疫组化显示组织病理学变化,荧光素眼底血管造影观察脉络膜新生血管膜渗漏情况,并验证其对靶基因表达水平的影响。结果 从GSE29801数据集中获得50个差异基因,筛选得到药物-疾病交集靶点134个。核心靶点包括白蛋白(ALB)、肿瘤蛋白p53(TP53)、蛋白激酶B1(Akt1)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、过氧化氢酶(CAT)、表皮生长因子受体(EGFR)、缺氧诱导因子1A(HIF1A)。这些基因主要富集在对外来生物刺激的反应、对营养水平的反应和创口愈合等生物学过程中,参与衰老、氧化应激、免疫炎症反应和细胞凋亡等相关途径。分子对接预测显示,归芍地黄汤核心成分与丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)、VEGFA、TNF-α、IL-6表现出稳定的结合。动物实验显示,归芍地黄汤减轻了激光造模诱导的眼底病变,下调了VEGF、TNF-α水平,且治疗前后BN大鼠p38 MAPK表达水平存在差异。结论 归芍地黄汤可以减轻脉络膜新生血管膜渗漏大鼠视网膜病变,揭示了归芍地黄汤治疗新生血管性年龄相关性黄斑变性可能与激活MAPK信号通路有关。     

基于网络药理学探讨甘露消毒汤治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的:基于网络药理学的研究方法,探讨甘露消毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能机制。方法:采用SPSS Clementine 12.0软件对甘露消毒汤中所有药材的性味归经进行网络关联规则分析;通过中药系统药理学数据库和分析平台、中药系统药理学成分分析平台、中医药综合数据库等数据库,获取甘露消毒汤的活性成分和相对应的作用靶点;通过Gene Cards、人类孟德尔遗传综合数据库,查询物种为"Homo sapiens"对应COVID-19的相关基因,导入软件构建甘露消毒汤-COVID-19-靶点网络;采用STRING数据库,制作活性化合物作用靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein Interaction,PPI)网络,采用R语言中Bioconductor程序包对作用靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,以预测其作用机制。结果:甘露消毒汤中的药材以性微寒,味辛苦,归心、肺、脾、胃经为主;甘露消毒汤中共得到219个药物靶点,COVID-19中共得到259个疾病靶点,最终取交集获得治疗关键靶点25个;GO功能富集得到74条GO条目;KEGG通路富集得到145条信号通路;PPI网络分析发现,EGFR、IL-6、MAPK8、CASP3、FOS、RELA、CASP8、NOS3、PPARG及ICAM1等靶蛋白可能是甘露消毒汤防治COVID-19疾病的潜在关键靶点。结论:甘露消毒汤中的槲皮素、木犀草素、汉黄芩素及山奈酚等成分可能为其治疗COVID-19的有效成分,其机制可能与上述成分作用于多个靶点来发挥抗炎、抗病毒,同时调节免疫等综合作用相关。     

基于网络药理学独活寄生汤治疗膝骨关节炎的分子机制

目的运用网络药理学分析独活寄生汤治疗膝骨关节炎的可能的作用机制。方法在TCMSP平台内检索独活寄生汤的生物活性成分并根据研究需要进行筛选,同时在GeneCards数据库中检索膝骨关节炎的靶点;运用Cytoscape软件构建“药物—成分—靶点—疾病”复杂网络关系图;同时构建韦恩图,得到独活寄生汤治疗膝骨关节炎的作用靶点;构建PPI网络,使用Network Analyzer进行网络特征分析;并进行基因本体(GO)功能注释和东京基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共探索出独活寄生汤中的有效活性成分154种,潜在靶点130个,膝骨关节炎疾病靶点1878个,得到共同靶点63个。这些共同作用靶点主要富集于68个生物过程和117条信号通路上。结论独活寄生汤可能是通过调节IL6、VEGFA、ALB、EGFR、CASP3、MAPK8、MYC等靶点,调控AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications、TNF signaling pathway及Apoptosis来抑制炎症反应、调控细胞凋亡来治疗膝骨关节炎。