1株甲基杆菌的鉴定

目的：鉴定1株在生物制品生产车间采集的菌株 wh01的种属。方法观察该菌株的形态,并用细菌鉴定仪进行检定。采用 PCR 法扩增菌株的16S rDNA 和甲醇脱氢酶大亚基的 mxaF 基因,用生物信息学软件进行分析。结果该菌株经细菌鉴定仪检定为沙门菌属,但其形态与沙门菌有很大差别,其16S rDNA 和 mxaF基因序列与甲基杆菌属序列的相似性高达99％。结论该菌株属于甲基杆菌属。     

五家制药企业洁净区微生物群落分析

目的：研究制药企业洁净区微生物群落的组成及分布规律,为制药企业良好的微生物控制提供依据。同时,也为超标调查分析、药品检出菌溯源分析及洁净环境菌数据库的建立与分析提供数据支持。方法：在A、B、C、D、E五家制药企业的生产洁净车间、洁净实验室、操作人员等监控点采集沉降菌,运用16S rRNA序列分析、ITS序列分析、看家基因序列分析,将收集获得的细菌、真菌鉴定到属或种。结果：本研究共收集获得细菌139株,真菌5株。16S rRNA序列分析结果判定葡萄球菌属40株,占比27.8%;微球菌属27株,占比18.8%;芽孢杆菌属16株,占比11.1%;微杆菌属9株,占比6.3%;不动杆菌属8株,占比5.6%;假单胞菌属6株,占比4.2%;真菌5株,占比3.5%;其他分属于10个属的菌株共33株,占比22.9%。结论：制药洁净环境微生物的组成主要为革兰氏阳性球菌包括葡萄球菌、微球菌;革兰氏阳性杆菌包括芽孢杆菌、微杆菌;少量的革兰氏阴性杆菌如假单胞菌、不动杆菌;还包括少量真菌。建议制药企业要控制洁净区人员数量,规范人员更衣进场程序和洁净区行为,制定有效的清洁消毒程序,加强环境监控,定期分析监控数据,研究数据变化趋势,出现异常数据,应及时采取措施,使洁净区处于良好的受控状态。     

天津地区鲍曼不动杆菌16SrRNA甲基化酶基因的检测与耐药性分析

目的:了解天津地区鲍曼不动杆菌16SrRNA甲基化酶基因的携带情况,并进行耐药分析.方法:收集天津地区2所医院2010年8月-12月临床分离的152株鲍曼不动杆菌,采用琼脂稀释法或纸片扩散法测定菌株药敏情况;聚合酶链反应(PCR)对鲍曼不动杆菌扩增7种16SrRNA甲基化酶基因(armA、rmtA、rmtB、rmtC、rmtD、rmtE、npmA)并测序.结果:152株鲍曼不动杆菌对多黏菌素B的耐药率最低(0),其次是头孢哌酮/舒巴坦(15.79％)和左氧氟沙星(36.84％),对其他11种抗菌药物耐药率均在45％以上.83株耐氨基糖苷类菌株中armA阳性率为87.95％ (73/83),占实验菌株的48.03％(73/152),未检出其他6种16SrRNA甲基化酶基因.armA阳性菌株耐药严重,除多黏菌素B外,armA阳性菌株对其余13种抗菌药物的耐药率明显高于armA阴性菌株(均p＜0.01).多重耐药和泛耐药占的比例在armA阳性株中(100％和69.86％)也明显高于阴性株(21.52％和11.39％).结论:armA广泛存在于鲍曼不动杆菌中,未检出其他6种基因.     

1501例血液菌株培养结果与临床用药的研究

目的了解本院血培养标本的病原菌分布及药敏情况,为临床抗感染治疗用药提供依据。方法应用BD9120全自动血培养仪及PhoenixTM100全自动微生物鉴定／药敏分析系统进行培养、鉴定和药敏分析。结果1501份血培养标本中共检出细菌199株,血培养阳性率为13．26％。其中革兰氏阳性球菌102株（51．25％）,革兰氏阳性杆菌13株（6．53％）,革兰氏阴性杆菌77株（38．69％）,真菌7株（3．52％）。血培养位居前九位的细菌依次为溶血葡萄球菌、大肠埃希氏菌、表皮葡萄球菌、食神鞘氨醇单孢菌、金黄色葡萄球菌、肠球菌属、肺炎克雷伯菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌等。血培养阳性标本中细菌加上真菌的种类有29种之多。产ESBLs菌对抗菌药物的耐药率均高于非产ESBLs菌,碳青霉烯类对产ESBLs菌株具有良好的抗菌活性。结论我院血培养阳性标本中葡萄球菌是极为重要的致病菌,但革兰氏阴性杆菌所引起的感染也不容忽视。血培养阳性标本检出病原菌种类复杂,耐药率高,临床医生应加强对疑似败血症患者血液中病原菌的检测,以合理选用抗菌药物。     

儿童近端小肠粘膜相关菌群分布研究

目的研究儿童近端小肠粘膜相关菌群种类和分布。方法取儿童近端小肠粘膜活检组织,提取总DNA,经PCR扩增后对16SrRNA基因扩增片段克隆,并对克隆片段进行DNA序列测定,根据序列结果分析细菌组成。同时在不同培养条件下进行细菌培养及鉴定。结果16SrRNA基因测序结果表明儿童近端小肠粘膜相关菌群包括6个细菌门类,厚壁菌门、变形菌门和放线菌门占总细菌的88.8%;拟杆菌门、梭杆菌门和TM7占11.2%。链球菌属和奈瑟菌属为儿童近端小肠粘膜相关菌群的主要菌属;韦荣菌属、孪生菌属、放线菌属、罗氏球菌属、嗜血菌属、普雷沃菌属和颗粒链菌属占较高比例。细菌培养结果与16SrRNA基因测序结果类似。结论儿童近端小肠粘膜具有独特的菌群定殖分布。     

多重聚合酶链反应快速鉴别葡萄球菌及mecA基因检测

目的：建立快速鉴定葡萄球菌及检测mecA基因的多重聚合酶链反应（PCR）诊断方法。方法：以葡萄球菌16SrRNA、金黄色葡萄球菌的nuc基因以及耐甲氧西林葡萄球菌（MRS）的mecA基因合成3对引物，采用多重PCR扩增法，快速鉴定葡萄球菌，同时判断MRS菌株。结果：107株葡萄球菌的16SrRNA基因扩增片段全部为阳性．与常规鉴定结果符合率为100％；nuc基因阳性48株。阴性59株，与金黄色葡萄球菌核酸酶试验一致；以PBP2a乳胶凝集试验结果为金标准，苯唑西林（含2％NaClMHA）及头孢西丁纸片扩散法的敏感性为98．7％和100％，特异性分别为75．0％和82．1％：PCR扩增法的敏感性和特异性均为100％。结论：多重PCR法能快速准确地从临床分离菌株中鉴别葡萄球菌，并可同步对mecA基因进行准确检测。     

16S rRNA及18S rRNA同时检测脑脊液中的病原菌

目的 提高脑脊液中病原菌的快速、准确鉴定率。方法 以细菌的保守序列16SrRNA和真菌的18SrRNA为通用引物，用多重PCR技术对标准菌株及46例中枢神经系统感染患者的脑脊液进行扩增，同时与脑脊液的培养结果进行比较。结果 标准菌株金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、脑膜炎奈瑟菌、结核分枝杆菌、化脓性链球菌及白色念球菌均出现特异条带，人白细胞DNA为阴性。46份脑脊液标本培养阳性39例，另有2例PCR阳性而培养阴性，后经诱导传代培养证实为L型金黄色葡萄球菌。PCR阳性41例，与培养分离鉴定结果符合率为100％。结论 多重PCR可快速鉴定脑脊液中病原菌，为临床及时治疗提供必要的诊断信息。     

开菲尔粒中一株高加索酸奶乳杆菌的分离及鉴定

目的：确从黑龙江民间流传使用的开菲尔粒中分离到一株优势乳酸菌,并命名为HUCM101,经形态学及16SrRNA序列分析,鉴定为高加索酸奶乳杆菌（Lactobacilluskefiri）,其16SrRNA基因序列在国际Genbank数据库中的序列注册号为KC845576.     

413株细菌对氧氟沙星等3种喹诺酮类药物敏感试验

用氧氟沙星、环丙沙星、诺氟沙星对从我院各种标本分离出的４１３株细菌作敏感试验，试验菌株有金葡球菌、克雷伯氏菌、大肠杆菌、绿脓假单胞菌等常见病原菌。药敏试验结果表明：这３种药物对革兰氏阴性杆菌和部分革兰氏阳性球菌敏感率仍达７０％￣９９％，甚至更高，但比以往文献报道的敏感明显下降。本文提示要合理应用喹诺酮类药物，减少耐药菌株增加。     

多形类杆菌的分子生物学鉴定

目的用聚合酶连反应技术(PCR)鉴定多形类杆菌。方法采用16S rRNA基因序列为靶基因设计引物,建立PCR反应体系对该种细菌进行鉴定,并测定PCR产物序列,验证PCR反应的特异性。结果3株多形类杆菌能被扩增,其他菌株和基因组不能被扩增;所测得的PCR产物序列和标准的多形类杆菌16S rRNA基因序列99%同源。结论建立PCR反应体系能特异地鉴定多形类杆菌。     

血液标本培养5400例耐药性分析

目的分析血液标本培养中病原菌的种类和耐药情况。方法对5400份血培养标本结果进行回顾性分析,采用BACTEC9120全自动血培养仪进行血培养,分离出的病原菌采用Phoenix100全自动微生物鉴定系统进行细菌鉴定及耐药情况分析。结果5400份血培养标本中共检出细菌594株,血培养阳性检出率为11．0％;其中革兰阴性菌317株,占53．4％;革兰阳性菌261株,占43．9％;深部真菌16株,占2．7％。检出的主要病原菌为金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、绿脓假单胞菌和肺炎克雷伯菌。主要革兰阳性球菌对万古霉素全部敏感。结论血培养分离的病原菌以革兰阴性菌为主,金黄色葡萄球菌和大肠埃希菌是败血症和菌血症主要病原菌,病原菌耐药情况严重。     

重症监护病房下呼吸道感染病原菌分布及耐药性分析

目的分析医院重症监护病房（ICU）下呼吸道感染病原菌的分布及耐药情况,为临床合理使用抗菌药物提供参考依据。方法取2007年1月至2009年7月ICU下呼吸道感染患者深部痰做病原菌培养,按美国临床实验室标准化委员会（CLSI）标准分离鉴定病原菌并进行药敏试验,统计检出阳性率、病原菌分布比例及敏感率。结果从310份痰液标本中分离出病原菌株382株,其中G-杆菌233株（61.0%）,G＋球菌106株（27.7%）,真菌43株（11.3%）。排名前4位的G-杆菌分别为铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌。超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）检出率分别为70.7%、77.3%,耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）检出率为92%。结论 ICU下呼吸道感染病原菌以G-杆菌为主,病原菌耐药性较强,应加强细菌药敏实验监测,为重症监护病房合理选用抗菌药物提供依据。     

应用PCR方法直接检测痰中耐甲氧西林葡萄球菌

目的建立直接用痰标本通过PCR方法快速检测耐甲氧西林葡萄球菌的方法。方法利用聚合酶链反应技术（PCR）快速检出耐甲氧西林葡萄球菌，建立一种从痰中快速提取DNA方法，以粗提DNA作为PCR模板，检测编码耐甲氧西林葡萄球菌青霉素结合蛋白2a（PBP2a）的mecA基因和细菌中均有的16SrRNA基因。结果364份临床痰标本经PCR方法检出mecA基因的38份，药敏法检出耐甲氧西林的葡萄球菌33份；38份mecA基因阳性的痰标本中有31份药敏法检测为耐甲氧西林的葡萄球菌，药敏法检出耐甲氧西林的葡萄球菌33份痰标本中有2份mecA基因阴性。16SrRNA基因片段在PCR中作为内部对照避免了假阴性结果的出现。结论用PCR直接检测痰中的mecA基因，是判断痰中是否含有耐甲氧西林的葡萄球菌的一种快速有效的方法。     

多重耐药大肠埃希菌16S rRNA甲基化酶、氨基糖苷类修饰酶基因研究

目的了解多重耐药大肠埃希菌(ECO)氨基糖苷类药物耐药机制。方法采用PCR检测20株多重耐药ECO菌11种16S rRNA甲基化酶和氨基糖苷类修饰酶基因。结果1株检出16S rRNA甲基化酶基因(5.0%),并为新亚型;16株检出氨基糖苷类修饰酶基因(80.0%)。15号株rmtB基因测得序列翻译成氨基酸序列与美国核酸库(GenBank)已登录的rmtB氨基酸不同,为新亚型。结论本组多重耐药ECO菌氨基糖苷类耐药机制与产16S rRNA甲基化酶和产氨基糖苷类修饰酶相关。多重耐药ECO菌存在新的氨基糖苷类药物耐药机制。     

Sphaerisporangium siamense sp. nov., an actinomycete isolated from rubber-tree rhizospheric soil

A Gram-positive aerobic actinomycete, designated SR14.14(T), isolated from the rhizospheric soil of rubber tree was determined taxonomically using a polyphasic approach. The organism contained meso-diaminopimelic acid and the N-acetyl type of peptidoglycan. The predominant menaquinones were MK-9, MK-9(H?) and MK-9(H?). Madurose was detected in the whole-cell hydrolysates. Mycolic acids were not presented. Major phospholipids were diphosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine and phosphatidylinositol mannoside. Major cellular fatty acid was iso-C(??:?) and the G+C content was 71.9?mol %. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequence suggested that the isolate belongs to the genus Sphaerisporangium. The sequence similarity value between the strain SR14.14(T) and its closely related species, Sphaerisporangium album, was 97.8%. DNA-DNA hybridization values between them were well below 70%. Based on genotypic and phenotypic data, strain SR14.14(T) represents a novel species in the genus Sphaerisporangium, for which the name Sphaerisporangium siamense sp. nov. is proposed. The type strain is SR14.14(T) (=BCC 41491(T)=NRRL B-24805(T)=NBRC 107570(T)).     

Isolation of actinomycetes from the root of the plant, Ophiopogon japonicus, and proposal of two new species, Actinoallomurus liliacearum sp. nov. and Actinoallomurus vinaceus sp. nov

Actinomycete strains K10-0485(T) and K10-0528(T) were isolated from the roots of Ophiopogon japonicus collected in Yokohama, Kanagawa Prefecture, Japan. The 16S ribosomal RNA (rRNA) gene sequences, morphological characteristics and chemotaxonomic data indicated that these strains belonged to the genus Actinoallomurus. Strain K10-0485(T) showed high similarity of the 16S rRNA gene sequence with A. luridus TT02-15(T) (99.1%), but the DNA-DNA hybridization relatedness values between strain K10-0485(T) and A. luridus TT02-15(T) were below 70%. Three species showed similarities of 16S rRNA gene sequences with K10-0528(T), namely A. spadix JCM 3146(T) (98.0%), A. purpureus TTN02-30(T) (98.0%) and A. luridus TT02-15(T) (97.9%), but all similarity values of the 16S rRNA gene sequences were lower than the boundary value (98.7%) for distinguishing as different species. Based on phylogenetic analyses, DNA-DNA hybridization relatedness and physiological characteristics, the two isolated strains should be classified as two new species in the genus Actinoallomurus, and we propose the names Actinoallomurus liliacearum sp. nov. and Actinoallomurus vinaceus sp. nov. The type strain of Actinoallomurus liliacearum is K10-0485(T) (=JCM 17938(T), BCC 49424(T), NBRC 108672(T)) and that of Actinoallomurus vinaceus is K10-0528(T) (=JCM 17939(T), BCC 49425(T), NBRC 108763(T)).     

慢性化脓性骨髓炎212例细菌培养及耐药性分析

目的:分析慢性化脓性骨髓炎致病菌及其耐药情况,为临床抗菌用药提供依据。方法:对从临床送检的281份标本中选出符合要求的212份标本行细菌培养和耐药性分析。结果:212份标本经细菌培养,共分离出致病菌252株,其中G 球菌142株,G-杆菌101株进行耐药性分析,另9株分枝杆菌未做耐药性分析。耐药菌株多集中在苯唑西林耐药的葡萄球菌,在G-杆菌中;单种药物以青霉素G平均耐药率最高达90.8%,呋喃妥因平均耐药率为0.7%。结论:慢性化脓性骨髓炎的致病菌多数对医院常用的抗菌药产生耐药,而对一些目前已很少应用的老抗菌药反而敏感,这种现象需引起临床医师的重视。     

甲型副伤寒沙门氏菌主动外排多重耐药基因与表达研究

目的 调查临床分离甲型副伤寒沙门氏菌对常用抗生素的耐药情况与多重耐药主动外排基因acrB的检测、序列分析及其表达水平。方法 用琼脂二倍稀释法测定7种抗生素对甲型副伤寒沙门氏菌的抗菌活性。以基因库序列为参考设计引物PCR扩增acrB、测序并用RT-PCR方法检测其表达。结果 12株甲型副伤寒沙门氏菌对氧氟沙星、环丙沙星、头孢噻肟、哌拉西林、氯霉素、四环素、庆大霉素的耐药率除氯霉素为0外。其余均为8．33％。对三类不同种类抗菌药物多种耐药者l株。所有细菌均检测到多重耐药外排基因acrB．测序结果与参考沙门氏菌序列(No．AL627267)比较，有l处碱基差异。与大肠埃希氏菌(No．ECU00734)比较，碱基同源性为84．4l％(70／449)，提示其碱基序列同源性均极高。分别选取对两类抗菌药物耐药及敏感甲型副伤寒沙门氏菌各一株进行RT-PCR检测，结果 两株细菌均检测到多重耐药外排基因acrB的表达。结论甲型副伤寒沙门氏菌对喹诺酮类、第三代头孢菌素类等药物耐药率低，但有多重耐药。甲型副伤寒沙门氏菌中均存在acrAB主动外排系统。与大肠埃希氏菌同源性高，可检测到其表达。主动外排机制可能是甲型副伤寒沙门氏菌形成多重耐药的主要原因之一。     

我院2009年2911株病原菌分布及耐药性分析

目的:分析江苏大学附属医院2009年临床分离细菌的构成及耐药性的动态变化。方法:采用Excel2003版软件对2009年临床各类标本培养分离出的病原菌的分布、构成和耐药性进行回顾性分析。结果:分离出2911株病原菌,其中革兰阴性杆菌2185株(75.06%),革兰阳性球菌536株(18.41%),真菌190株(6.53%);分离率位于前5位的病原菌是:铜绿假单胞菌(16.32%)、鲍曼不动杆菌(15.94%)、大肠埃希菌(12.09%)、肺炎克雷伯菌(11.78%)、金黄色葡萄球菌(10.86%)。革兰阳性球菌对万古霉素、替考拉宁、呋喃妥因敏感较好,但对其他抗菌药物敏感性不佳,耐苯唑西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的耐药率为67.75%,未发现耐万古霉素葡萄球菌。革兰阴性杆菌对碳青霉烯类耐药性最低,但对部分抗菌药物产生多药耐药。结论:该院临床病原菌耐药呈上升趋势,多药耐药日趋严重,临床医师应根据药敏试验结果,及时掌握病原菌耐药谱的变化,合理选用抗菌药物。