基于网络药理学和分子对接探讨淫羊藿抗肿瘤作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接方法探讨淫羊藿抗肿瘤的作用机制。方法 利用TCMSP数据库获取淫羊藿的活性成分以及相对应的靶点,利用Genecards、OMIM数据库获取疾病靶点,绘制药物-疾病韦恩图,获得其共同靶点;利用 Cytoscape 3.8.2 软件构建“淫羊藿活性成分-疾病靶点”网络可视化关系图;利用STRING数据库和Cytoscape 3.8.2 软件构建蛋白相互作用网络,并进行网络拓扑分析;利用R x64 4.0.5软件,对相关靶点进行GO和KEGG富集分析,了解淫羊藿抗肿瘤可能的生物过程及其通路;最后利用SYBYL 2.0软件分子对接进行半柔性对接反向验证。结果 筛选出淫羊藿活性成分23个,靶点193个;疾病相关靶点8 169个,活性成分与疾病两者共同靶点173个;蛋白互作网络显示TP53、AKT1、JUN、CASP3等靶点基因在淫羊藿抗肿瘤的生物网络中起重要作用;潜在作用靶点涉及2 592条生物学功能、176条通路。分子对接结果显示淫羊藿活性化合物与多个疾病关键靶点具有较高结合能力,对接评分较高的为淫羊藿苷与CASP3靶点蛋白。结论 淫羊藿抗肿瘤具有多靶点和多通路的潜在作用机制,为其进一步研究提供参考。     

基于网络药理学和分子对接探究苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探究苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用机制。方法 利用TCMSP、GeneCards、OMIM数据库筛选出苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点;运用Cytoscape 3.7.1软件构建苍耳子散-活性成分-靶点网络,并筛选出苍耳子散治疗过敏性鼻炎的核心成分;将苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点导入STRING平台,通过通过Cytoscape 3.7.1软件构建蛋白相互作用(PPI)网络,并筛选出核心靶点。使用DAVID数据库对苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键成分与关键靶点进行分子对接。结果 共收集苍耳子散的活性成分62个,苍耳子散与过敏性鼻炎的共同靶点214个,其中丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、信号传导与转录激活因子3(STAT3)、苏氨酸蛋白激酶(AKT1)等可能为治疗过敏性鼻炎的关键靶点。通过GO富集分析得到苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用基因靶点参与622个生物学过程、62个细胞成分、152个分子功能;KEGG分析得到162条通路,主要与免疫反应、细胞调控和受体等相关通路有关。分子对接证实核心靶点STAT3、MAPK3能自发地与关键成分芫花素、亚油酸乙酯等结合。结论 苍耳子散主要通过芫花素、亚油酸乙酯等与STAT3、MAPK3的结合来参与免疫、炎症相关信号通路和生物细胞过程的调节,最终起到治疗过敏性鼻炎的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨大黄治疗脓毒症的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术探究大黄治疗脓毒症的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取大黄的有效活性成分及其作用靶点;应用Cytoscape 3.9.1构建大黄-活性成分-靶点的网络图;检索GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD数据库,得到脓毒症相关靶点;通过建立维恩图获得中药与疾病交叉的关键靶点;应用STRING平台构建关键靶点蛋白质相互作用(PPI)网络图;使用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体(GO)生物学富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后,应用PyMOL软件和AutoDock Vina软件对大黄活性成分及其关键靶点进行分子对接验证。结果 获得大黄10种有效活性成分,其中重要的成分包括β-谷甾醇、芦荟大黄素、泽兰黄醇素等;药物靶点与疾病靶点交集后获得34个关键靶点,核心靶点有肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-1B(IL-1β)、肿瘤蛋白p53(TP53)、原癌基因(MYC)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、过氧化物酶体增殖物激活受体G(PPARG)、转录因子AP-1(JUN)、雌激素受体1(ESR1)、半胱氨酸蛋白酶8(CASP8)。GO富集分析表明大黄的关键靶点主要富集于306个生物过程、29个细胞组成和61个分子功能;KEGG通路富集分析确定了111条相关信号通路,包括磷脂酰肌醇-3-羟激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、糖尿病并发症相关的晚期糖基化终末化产物(AGE)-晚期糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路等;分子对接结果显示,大黄的主要活性成分芦荟大黄素与关键蛋白TNF、IL-1β、TP53、MYC、CASP3拥有良好的结合能力。结论 大黄通过多成分、多靶点和多通路治疗脓毒症。     

基于网络药理学及分子对接探讨生姜治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨生姜治疗类风湿关节炎（RA）的可能分子作用机制。方法 通过TCMSP平台筛选生姜主要活性成分，利用UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行转化为基因名，经Cytoscape 3.8.2软件构建网络图；在GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库中检索“rheumatoid arthritis”，获取RA疾病靶点，制作韦恩图获取生姜药物成分和RA共同靶点，并进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析、基因本体论（GO）功能富集及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。利用分子对接技术预测有效成分与靶点的潜在结合活性。结果 获取生姜5个成分及55个潜在靶点，RA疾病4 836个相关靶点，生姜与RA共同靶点26个，PPI网络中自由度靠前的3个靶点基因为前列素内环氧化物合成酶2（PTGS2）、转录因子AP-1（JUN）、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3（CASP3），GO功能富集分析和KEGG通路分析分别得到185个结果和59条信号通路。结论 生姜治疗RA具有多成分、多靶点效应，并涉及多条信号通路，这可能通过PTGS2、JUN、CASP3等靶点调控炎症反应、免疫调节作用治疗RA。     

基于网络药理学和分子对接的四妙凉血颗粒质量控制研究

目的： 通过网络药理学和分子对接筛选四妙凉血颗粒(SMLXC)对急性痛风性关节炎(AGA) 的潜在有效成分,并测定SMLXC中3个成分的含量方法： 通过TCMSP和BATMAN-TCM数据库,获取 SMLXC中药材的活性成分,同时检索TCMSP、Swiss Target Prediction、STITCH数据库进行靶点预测。 使用OMIM、GeneCards数据库查找AGA疾病靶点,通过Venny 2.1软件筛选成分靶点和疾病靶点的交集作为SMLXC治疗AGA的作用靶点。通过David数据库进行GO和KEGG富集分析。通过靶点网络分析,寻找相关通路的关键靶点。使用Discovery Studio进行分子对接,筛选抗炎核心成分,通过高效液相色谱法测定其中3个成分的含量结果： 筛选出与SMLXC相关的活性化合物102个,药物相关靶点239个;SMLXC 与AGA的共同靶点30个;GO富集分析显示,SMLXC治疗痛风主要与细胞因子的活性调控、炎症反应等 109条生物过程有关;KEGG富集分析显示,SMLXC可能通过TNF、NLRs和TLR等信号通路治疗痛风; 可视化分析显示,PTGS2、MAPK14、MAPK1、IL-6等12个靶点可能是SMLXC治疗AGA的关键靶点;分子对接结果显示,小檗碱、落新妇苷等5个化合物与PTGS2有良好的对接活性。含量测定实验结果表明, SMLXC中含量测定结果由高到低依次为小檗碱(2.0008 mg·g^-1)、落新妇苷(1.6583 mg·g^-1)、山奈酚(1.5428 mg·g^-1)结论： SMLXC通过干预炎症、细胞因子的活性调控等相关通路达到治疗AGA的作用,建立的SMLXC的含量测定方法准确、稳定,为控制SMLXC的质量提供实验依据。     

基于网络药理学和分子对接的薏苡附子散对类风湿性关节炎及慢性心力衰竭“异病同治”作用机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接方法探讨薏苡附子散治疗类风湿性关节炎(RA)及慢性心力衰竭(CHF)"异病同治"的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选薏苡附子散的活性成分,并利用 Pubchem 数据库获得 Smile 号,进而通过 Swiss Target Prediction 数据库获取活性成分对应的靶点。在 GeneCards 和 OMIM数据库平台预测 RA 及 CHF 疾病作用靶点。对活性成分靶点与疾病交集靶点进行蛋白质相互作用(PPI)网络构建及核心靶点筛选,并进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。筛选核心成分和核心靶点,利用 AutoDock 软件进行分子对接验证。结果 从薏苡附子散中共筛选得到符合条件的活性成分 10 个,活性成分潜在作用靶点 403 个,RA 疾病靶点 1 112 个,CHF 疾病靶点 2 983 个,取交集,获得药物、疾病交集靶点 69 个。GO 富集分析结果显示主要与炎症反应的调节、MAPK 级联调控、对氧化应激的反应、骨化的调节、平滑肌细胞增殖等相关;KEGG 通路富集分析得到 236 条通路,与RA及CHF相关且排序较靠前的通路有 PI3K-Akt 信号通路、NF-κB 信号通路、MAPK 信号通路等。分子对接结果表明,薏苡附子散中的核心成分多根乌头碱、水黄皮素、豆甾醇具有与核心靶点 TNF、SRC、ESR1 和 PTGS2良好的结合潜力。结论 薏苡附子散治疗 RA 和 CHF 具有多靶点效应,涉及多条生物过程和信号通路,可能通过调控炎症反应、氧化应激反应、血管生成和发育、心脏收缩调节及 MAPK 级联调控等发挥"异病同治"作用。     

基于网络药理学探讨土茯苓防治炎症性肠病的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探讨土茯苓防治炎症性肠病(IBD)的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库获得土茯苓的活性成分;在TTD、OMIM、Gene Cards数据库中去重、合并多平台的IBD靶点信息;获得活性成分和疾病靶点的交集并构建蛋白互作网络图(PPI)、“药物-成分-靶点-疾病”互作网络图;利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析,获得相关生物学过程信息及疾病作用通路;利用Cytoscape获得核心靶点并使用AutoDock Tools 1.5.7对其进行分子对接。结果 共获得15个活性成分、190个药效成分靶点、2 171个疾病靶点,整理得到137个交集靶点,通过界值筛选得到28个核心靶点,其中5个为关键核心靶点,主要涉及P53核内磷酸化蛋白(TP53)、白细胞介素-6(IL-6)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)等,并推测磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路是主要作用通路。分子对接结果显示关键核心靶点与土茯苓相关活性成分具有关键的结合活性。结论 通过网络药理学初步揭示了土茯苓在防治炎症性肠病方面的药效成分、靶点及通路,为土茯苓应用于临床治疗IBD提供理论基础。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨柏子养心丸治疗失眠症的作用机制

目的 采用网络药理学方法及分子对接技术探讨柏子养心丸治疗失眠症的潜在分子机制。方法 通过TCMSP数据库收集柏子养心丸的主要化学成分,经ADME筛选活性化合物并获取其作用靶点;搜索GeneCards、OMIM、PharmGKB、TTD、DrugBank数据库归并失眠症相关疾病基因;使用R语言程序对药物与疾病靶点取交集并上传至STRING平台构建蛋白相互作用(PPI)网络,应用Cytoscape软件进一步判别其核心模块;基于R语言平台对交集靶点进行基因本体(GO)功能与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Cytoscape软件构筑"柏子养心丸活性成分-失眠症基因"网络,并使用CytoNCA工具分析其关键药效组分与核心靶点;运用AutoDock套件进行网络关键成分与靶点的分子对接验证,并追溯PPI核心模块与其关联成分实行潜在成分与靶标的二次挖掘。结果 共筛选出槲皮素、山柰酚、木犀草素、黄芩素、柚皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、7-O-甲基异微凸剑叶莎醇、7-甲氧基-2-甲基异黄酮等柏子养心丸的有效成分,治疗失眠症的作用靶点为前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、雌激素受体1(ESR1)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARG)、环加氧酶1(PTGS1)等,各靶点与对应成分的对接活性较强。生物学通路主要涉及神经活性配体-受体相互作用通路、神经退行性变-多种疾病通路、脂质和动脉粥样硬化通路等。结论 从多角度全方位阐明柏子养心丸以"多成分、多靶点、多途径"的模式干预失眠症的潜在机制,可为其质量标准完善和机制深入考察夯实基础。     

基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

基于网络药理学的急支糖浆治疗咳嗽的作用机制研究及实验验证

目的 运用网络药理学的方法挖掘中药复方急支糖浆治疗咳嗽的有效成分、关键靶点以及潜在作用通路。方法 分别利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和Genecards数据库筛选急支糖浆的活性成分作用靶点和咳嗽的疾病靶点,两者靶点取交集后利用Cytoscape软件构建成分-靶点网络,String数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络,拓扑分析获取关键靶点和成分。通过David数据库进行基因本体论（GO）生物学功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。通过分子对接技术进一步佐证网络药理学结果的可靠性,通过小鼠咳嗽模型进行实验验证。结果 急支糖浆中共筛选出活性成分163种,可干预咳嗽相关靶点154个,GO富集586个,KEGG通路119条。其中,槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等可能为急支糖浆治疗咳嗽的关键成分,CXCL8、MAPK8、STAT3、TNF等为潜在靶点,GO富集分析的生物功能涉及到细胞增殖、血管生成、炎症反应等,KEGG通路富集分析涉及到TNF、PI3K-Akt、FoxO、HIF-1等信号通路。超过90%的分子对接结果均具有一定的结合活性。使用流式细胞术、实时荧光定量PCR（qRT-PCR）、酶联免疫吸附（ELISA）的方法验证了急支糖浆对咳嗽小鼠淋巴细胞分化、炎症因子和部分关键靶点表达的影响。结论 急支糖浆治疗咳嗽的作用机制是通过多种活性成分作用于多靶点、多通路产生了调控炎症过程、调节免疫功能、促进细胞增殖、修复受损机体等综合效果,该结果为进一步研究急支糖浆有效成分和作用机制奠定基础。     

基于网络药理学及分子对接探讨淡豆豉抗抑郁的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术预测淡豆豉抗抑郁活性成分、作用靶点及通路，探讨其潜在作用机制。方法 利用CNKI、TCMSP、TCMIP检索并筛选淡豆豉抗抑郁潜在活性成分；运用PharmMapper服务器预测活性成分的作用靶点；利用UniProt数据库查询靶点蛋白对应的基因名；运用DrugBank、GeneCards和DisGeNET数据库检索抗抑郁作用靶基因，并将活性成分靶点相互映射获得淡豆豉活性成分抗抑郁靶点；通过String数据库下载靶蛋白相互作用数据，与获取的潜在作用靶点利用Cytoscape 3.7.2.软件构建淡豆豉–活性成分–潜在靶点相互作用网络图。运用DAVID数据库分析潜在靶点的基因本体（GO）分子功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路，最后利用Autodock Vina和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果 预测获得淡豆豉主要活性成分8个，作用靶点396个，与抑郁症交集潜在靶点334个，GO分子功能和KEGG通路涉及多种生物学过程以及脂质和动脉粥样硬化通路、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、小分子量G蛋白（Ras）信号通路、叉头框蛋白（FoxO）信号通路等多个信号通路。将关键活性成分和靶点进行对接，其中丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）与大豆苷元结合能力较好；磷酸肌醇3-激酶调节亚基1（PIK3R1）与木犀草素、槲皮素结合能力较好；HSP90-α热休克蛋白（HSP90AA1）与黄豆黄素结合能力较好。结论 淡豆豉以多种活性成分、多个作用靶点和途径发挥其抗抑郁作用，为淡豆豉在临床上用于抑郁症的干预和治疗提供依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗腰椎间盘突出症的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术预测三七治疗腰椎间盘突出症的潜在靶点及作用机制。方法 在TCMSP数据库筛选三七有效活性成分及作用靶点，构建三七“活性成分–靶点”网络。在GeneCards、OMIM数据库检索腰椎间盘突出症相关靶点，取药物与疾病交集靶点，利用String数据库构建蛋白互作（PPI）网络，通过Cytoscape 3.8.2软件构建“成分–靶点–疾病”网络图，并使用R软件进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。MOE软件对有效成分与潜在靶点作分子对接验证。结果 共筛选三七治疗腰椎间盘突出症的有效活性成分8个、有效药物靶点33个，其中前列腺素内过氧化物合酶、半胱氨酸蛋白酶-3、基质金属蛋白酶9、细胞趋化因子2等靶点基因可能起着关键作用。GO富集分析选取43个条目，主要包括对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应等生物过程；膜筏、膜微区等细胞组分；内肽酶活性、细胞因子受体结合等分子功能。KEGG通路富集分析获得了涉及炎症、细胞凋亡、代谢、免疫、肿瘤等102个条目，其中IL-17信号通路起着关键作用。分子对接结果表明三七主要有效活性成分与核心靶点有较强的结合能力。结论 三七通过多途径、多靶点发挥治疗腰椎间盘突出症的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨化橘红治疗酒精性肝损伤的潜在作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术研究化橘红抗酒精性肝损伤的潜在分子作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中获取化橘红的有效成分以及成分靶点，使用GeneCards、OMIM、TTD和DisGenet数据库获取疾病靶点基因信息，借助韦恩图选取活性成分靶点以及疾病靶点基因的交集获取化橘红治疗酒精性肝损伤的潜在作用靶点；利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络（PPI），并采用Cytoscape软件得到核心靶点网络图；最后使用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体论（GO）功能富集和基因百科全书（KEGG）分析，利用AutoDock Tools进行活性成分与核心靶点的分子对接验证。结果 得到10个有效成分、98个成分靶点基因和1 531个疾病靶点基因，两者取交集后获取67个交集靶点。利用STRING数据库和Cytoscape软件最终得到肿瘤蛋白p53（TP53）、前列腺素内过氧化物酶2（PTGS2）、半胱氨酸蛋白酶3（CASP3）、转录因子AP-1（JUN）、蛋白激酶B1（AKT1）5个核心靶点。GO分析和KEGG分析分别获得过氧化物酶体等50条目和脂质、动脉粥样硬化等20条信号通路。结论 化橘红可通过多个成分作用于多个靶点发挥抗炎、抑制细胞凋亡等作用，进而抑制酒精性肝损伤。     

基于网络药理学的升麻治疗乳腺癌作用机制研究

目的 通过构建升麻Cimicifugae Rhizoma化学成分-靶点-代谢信号通路网络，探讨其治疗乳腺癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和PharmMapper获取升麻化学成分与作用靶点，将其与乳腺癌疾病靶点取交集得到升麻治疗乳腺癌的作用靶点，进一步利用靶点-成分反向筛选得到治疗乳腺癌的升麻潜在活性成分；通过GeneMANIA数据库获取间接靶标和“蛋白-靶点”互作网络，并通过蛋白-蛋白相互作用筛选关键靶标；采用Cytoscape构建“成分-靶点”网络图，使用分子对接将潜在活性成分和关键靶标配对，以证实前期靶标筛选和反向药效团匹配的可靠性；通过DAVID网站对作用靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析，利用R语言和在线绘图网站（omishare tools）将结果可视化。结果 获得升麻潜在活性成分共68个，与乳腺癌相关疾病靶点48个，关键靶点为ESR1、SRC和HRAS。GO功能富集分析得到生物过程（BP）条目484条，细胞组成（CC）条目7条，分子功能（MF）条目75条。KEGG通路富集筛选获得到21条信号通路。分子对接结果显示关键靶标与升麻潜在活性成分匹配性较好。结论 升麻主要通过作用于ESR1、SRC、HRAS等靶点，调节癌症通路、蛋白多糖通路和雌激素信号通路等起到治疗乳腺癌的作用。     

基于网络药理学和反向分子对接的西红花抗肿瘤作用机制研究

目的 运用网络药理学和反向分子对接技术探讨西红花抗肿瘤的作用机制。方法 通过检索文献和从中药系统药理学数据库（TCMSP）获取西红花的主要化学成分,利用PharmMapper服务器预测西红花活性成分的潜在靶点,通过UniProt数据库将西红花潜在靶点转换为对应的靶标基因,与GeneCards、OMIM和TTD数据库获得的肿瘤相关靶点进行映射分析,得到西红花抗肿瘤的潜在作用靶点。采用Cytoscape软件构建西红花“活性成分-靶点-疾病”相互作用网络,通过String数据库进行蛋白-蛋白相互作用分析,并利用Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用AutoDock、Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出西红花中槲皮素、山柰酚、异鼠李素、苦番红花素和西红花苷Ⅰ等9个活性成分,可能作用于AKT1、CCND1、MMP9、EGFR、TP53等37个关键靶点,涉及P53信号通路及TNF信号通路等。分子对接显示可通过氢键、疏水作用等产生稳定结合。结论 初步探讨了西红花抗肿瘤的主要活性成分、关键靶点及通路,提示可通过诱导细胞凋亡等方式发挥抗肿瘤作用,为后...     

基于网络药理学和分子对接探讨厚朴排气合剂治疗慢性便秘潜在作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术对厚朴排气合剂治疗慢性便秘的潜在作用机制进行研究。方法 通过TCMSP数据库及文献补充获得厚朴排气合剂活性成分及作用靶点,OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank数据库检索慢性便秘疾病靶点,将成分靶点及疾病靶点取交集后获得潜在靶点。采用Metascape数据库,以P<0.05为筛选条件,进行基因本体（GO）功能及京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析,并利用Autodock软件对关键作用靶点和活性成分进行分子对接。结果 共获得56种活性成分,厚朴排气合剂治疗慢性便秘共有217个靶点,其中关键靶点为蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤蛋白p53（TP53）、白细胞介素-6（IL-6）、半胱氨酸蛋白水解酶3（CASP3）、血管内皮生长因子A （VEGFA）、转录因子AP-1（JUN）、白细胞介素-1B （IL-1B）、MYC、表皮生长因子受体（EGFR）、丝裂原激活的蛋白激酶3（MAPK3）等。生物过程有5 880条富集结果,分子功能有1083条富集结果,细胞组成有540条富集结果;KEGG通路主要包括癌症相关通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路、细胞衰老等。分子对接显示厚朴排气合剂的主要活性成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论 厚朴排气合剂通过多途径、多靶点、多通路治疗慢性便秘,其机制与抑制炎症反应、抗衰老、调节平滑肌运动等有关。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨蛇床子治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的运用网络药理学结合分子对接技术探讨蛇床子治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法 借助TCMSP数据库获取蛇床子的活性成分及潜在作用靶点;检索GeneCards、OMIM、DisGeNET数据平台得到阿尔茨海默病的潜在作用靶点,筛选两者共同靶点;应用Cytoscape 3.7.1构建蛋白相互作用（PPI）网络图并筛选发挥治疗作用的关键靶点,再借助R语言进行基因本体（GO）功能分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;运用AutoDock Vina软件,对核心靶点和药物主要活性成分进行分子对接,验证网络分析结果。结果 蛇床子包含主要活性成分20个,化学成分与疾病共同靶点56个,网络拓扑分析显示B淋巴细胞瘤-2（Bcl-2）、雌激素受体α（ESR1）、前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）、糖原合成酶激酶3β（GSK3B）、半胱氨酸蛋白水解酶3（CASP3）为关键靶点,通过调控神经活性配体-受体的相互作用、钙信号通路、p53信号通路、多种细胞凋亡、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路等发挥治疗作用。分子对接验证中受体与配体之间的结合能均≤−5.0 kcal/mol,结合性良好,其中O-乙酰二氢欧山芹酯、邻-异戊酰基二氢山芹醇、蛇床子素与核心靶点GSK3B、PTGS2、Bcl-2的对接亲合度较高。结论 蛇床子可通过多成分、多靶点和多通路的方式起到治疗阿尔茨海默病的作用,为进一步探究蛇床子治疗阿尔茨海默病的理论研究提供参考。     

多柔比星联合替莫唑胺治疗脑胶质瘤的临床研究

目的 探索补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期治疗的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）、BATMAN-TCM、中国知网（CNKI）和Pubmed数据库获得补肺活血胶囊的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点,并采用交集法筛选出与补肺活血胶囊活性组分作用的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2构建“中药-化合物-靶点”网络,并通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络;通过DAVID数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,并运用R version 3.6.3软件将结果进行可视化;采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接研究。结果 从补肺活血胶囊中共筛选出潜在活性成分32个,对应靶点203个,核心化合物11个,核心靶点52个;PPI网络分析获得补肺活血胶囊干预COVID-19关键作用靶点25个;GO及KEGG富集分析得出与补肺活血胶囊治疗COVID-19作用相关的生物过程251个（P<0.05）,相关信号通路93条（P<0.05）;分子对接结果显示补肺活血胶囊核心化合物与新型冠状病毒（SARS-CoV-2） 3CL水解酶和血管紧张素转化酶II（ACE2）具有较好的亲和。结论 补肺活血胶囊含有的核心化合物可作用于IL6、MAPK8、PTGS2、PTGS1、NCOA2等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19恢复期的治疗作用。     

基于网络药理学结合GEO数据库多芯片联合分析探讨化橘红防治动脉型肺动脉高压的分子作用机制

目的 采用网络药理学结合GEO数据库多芯片联合分析及分子对接的方法研究化橘红防治动脉型肺动脉高压的潜在分子作用机制。方法 利用TCMSP、ETCM、Swiss Target Prediction和PharmMapper等数据库结合文献报道,获取化橘红活性成分的作用靶点。通过GEO数据库多芯片联合分析获得动脉型肺动脉高压的差异表达基因,联合GeneCard、DisGeNET和DiGSeE等数据库筛选出动脉型肺动脉高压的潜在疾病基因。对疾病基因和活性成分靶点取交集,以Cytoscape 3.7.2软件构建化橘红活性成分–靶点的可视化网络。基于String数据库,构建化橘红防治动脉型肺动脉高压靶点的蛋白互作（PPI）网络,分析筛选出核心靶点,进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,构建化橘红活性成分–靶点–信号通路网络。将化橘红主要活性成分与网络拓扑分析后所得到的排名前10的核心靶点进行分子对接,Autodock Vina预测其分子结合自由能及Pymol作分子对接可视化图。结果 筛选出活性成分15个,得到可作用于动脉型肺动脉高压的靶点150个,核心靶点涉及肿瘤蛋白P53（TP53）、β-肌动蛋白（ACTB）、肿瘤坏死因子（TNF）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、缺氧诱导因子-1α（HIF1A）和胱天蛋白酶3（CASP3）等。GO富集分析得到生物学过程相关条目572条、分子功能相关条目115条及细胞组分相关条目84条（P<0.01）。KEGG通路富集分析得到173条信号通路（P<0.01）,主要涉及癌症通路、脂质与动脉粥样硬化通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、细胞衰老、缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、磷酯酰肌醇-3-激酶（PI3K）-蛋白激酶B（Akt）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路和细胞凋亡等。分子对接结果表明关键成分和关键靶点间均具有较好的结合活性。结论 化橘红通过多靶点、多通路发挥治疗动脉型肺动脉高压的作用。