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相似文献
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1.
目的 通过分析HPV阳性与阴性口咽癌患者基因芯片数据,寻找差异基因及其关键通路,区分不同HPV感染状态下口咽癌的分子表达特征基因谱。方法 利用GEO数据库中高通量基因芯片数据库筛选出口咽癌患者具有HPV感染状态信息的芯片。采用GO基因功能注释和KEGG通路富集分析,筛选出可表征不同HPV感染状态口咽癌生物特性的特征基因簇和通路,并进行蛋白质相互作用网络可视化分析。结果 经差异基因分析后,发现HPV感染状态可影响口咽癌的生物学特征,并显著改变一些重要的肿瘤信号通路,如Wnt信号通路和PI3K-Akt信号通路等。结论 本研究利用生物信息学方法,从多种角度定义了口咽癌不同HPV感染状态下的分子表达特征,为口咽癌的精准治疗提供理论依据。  相似文献   

2.
目的 利用生物信息学筛选影响胃癌化疗耐药的特征基因,深入探讨化疗耐药的分子机制,为胃癌的化疗提供新策略。方法 在GEO数据库筛选胃癌DCS方案(多西他赛+顺铂+替吉奥)耐药表达谱芯片,利用GEO2R工具筛选胃癌耐药组织特征基因;构建差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络;并分析PPI网络的关键节点和稳定模块,进而对差异基因和关键节点及模块基因进行功能富集及注释;再对差异基因进行化合物靶点模拟,筛选出潜在药物。结果 筛得胃癌化疗耐药差异基因共609个,构建PPI网络的关键节点为ACLY和AKT1。差异基因GO功能富集与KEGG通路富集结果显示,主要集中在免疫及肿瘤生长相关通路。C-MAP分析结果提示7个候选化合物吻合度评分>0.9。结论 本研究利用生物信息学筛选了影响胃癌化疗耐药的特征基因,深入探讨化疗耐药的分子机制,为胃癌的化疗提供了新策略。  相似文献   

3.
目的 采用网络药理学技术探讨香青兰防治痴呆的物质基础和作用机制。方法 通过文献挖掘和药动学参数筛选香青兰含有的活性化合物,通过检索DrugBank、GeneCards和OMIM数据库收集与痴呆相关的靶标;运用Cytoscape软件构建香青兰防治痴呆的蛋白质相互作用网络;进行基因本体和信号通路富集分析;构建香青兰化合物-关键靶标-通路网络。结果 筛选得到香青兰中药物活性成分42种,获得香青兰防治痴呆的潜在药物靶标90个,于蛋白质互作网络中进一步筛选得到74个主要靶标,富集得到300条信号通路、1 465个生物学过程、104个细胞组分和108个分子功能,通过化合物-靶标-通路网络中获得香青兰发挥防治痴呆作用的关键化合物,如金合欢素、芹菜素、金圣草(黄)素等黄酮类化合物,以及对应的关键靶标与关键信号通路,如MAPK、APP、MAPT、PI3K等靶标与阿尔茨海默病、神经营养蛋白等通路。结论 香青兰防治痴呆具有多成分、多靶标、多通路的作用特点。  相似文献   

4.
目的 采用生物信息学和分子对接技术,探讨当归六黄汤(DGLHD)治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制。方法 采用公共数据库(TCMSP、DrugBank和UniProt)寻找当归六黄汤的有效活性成分和相应的靶基因,构建DGLHD活性成分-靶蛋白相互作用网络。基于DisGeNET数据库、Genecards数据库和DrugBank数据库检索溃疡性结肠炎相关基因,获取当归六黄汤与溃疡性结肠炎的交集靶点基因。利用STRING在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI)分析,获取核心靶点基因。采用Metascape在线数据库进行基因本体(GO)功能注释及KEGG通路富集。通过DiscoveryStudio 2016进行分子对接,确定药物活性成分与核心靶标相互作用的分子基础。结果 共筛选出82种活性化合物和132个交集靶基因。核心靶点基因涉及信号传导与转录激活因子3(STAT3)、TP53、AKT1、MAPK1、JUN和血管内皮生长因子A(VEGFA);通路富集主要为“肿瘤信号通路”、“糖尿病并发症中晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路”“内分泌抵抗”、“NF-κB信号通路”、“Th17细胞分化”。分子对接结果表明,当归六黄汤核心活性成分可以通过氢键等相互作用与核心靶基因形成稳定的对接模式。结论 基于生物信息学和分子对接技术,筛选出当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎的活性成分、核心靶点及主要信号通路,为当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎提供了新的理论基础。  相似文献   

5.
目的 探讨黄芪-川芎药对治疗脑卒中的药理机制。方法 通过多个数据库并结合文献调研检索黄芪、川芎的有效化学成分和相关靶点;采用Cytoscape软件绘制成分靶点可视化网络,并进行拓扑分析;以CTD在线分析平台挖掘脑卒中的相关靶点,借助STRING数据库构建化合物靶点蛋白互作网络、脑卒中靶点蛋白互作网络,应用Cytoscape软件进行网络合并获取核心网络,并对核心靶点基因进行KEGG通路富集分析。结果 共筛选出黄芪、川芎中49个有效化合物,靶点蛋白272个,核心靶点蛋白39个,KEGG富集通路10条。作用通路涉及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白介素17(IL-17)信号通路、松弛素信号通路、核因子(NF)-κB信号通路、低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、C型凝集素受体信号通路、Toll样信号通路、核苷酸结合寡聚化结构域(NOD)样信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、p53信号通路。结论 黄芪-川芎药对中槲皮素、山柰酚等化合物可能通过肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白介素17(IL-17)信号通路等多条通路发挥治疗脑卒中的作用。  相似文献   

6.
目的 通过网络药理学分析和分子对接技术来探讨桂枝茯苓丸治疗子宫肌瘤的分子靶点和机制。方法 通过TCMSP平台筛选桂枝茯苓丸的有效成分及相关靶点,从GEO数据库中获得子宫肌瘤疾病差异基因,并通过Perl软件获取差异基因;交叉基因经过构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析;将筛选出的关键活性成分和靶基因利用AutoDock软件进行分子对接,选择最佳结合靶标进行分子对接。结果 共筛选出92个活性化合物,其中活性成分槲皮素、山柰酚、黄芩苷、豆甾醇、β谷甾醇被确定为关联靶标最高的活性成分,获得交叉基因41个,其中PTGS2、PGR、NR3C2、GRIA2等为关联活性成分数量最多的靶标基因。通过拓扑分析,发现30个强关联蛋白,有11个靶点为中药的核心预测靶点。细胞组分(CC)共富集17个条目,分子功能(MF)共富集32个条目,生物过程(BP)共富集501个条目;KEGG通路富集共富集52个条信号通路,主要为基因在流体剪切应力与动脉粥样硬化、化学致癌–受体激活、脂质与动脉粥样硬化等通路。分子对接结果表明,桂枝茯苓丸的关键成分具有与目的基因E2F1、MMP9、BAX、FOS结合的良好潜力。结论 桂枝茯苓丸可能通过调控类固醇激素,流体剪切应力与动脉粥样硬化、化学致癌–受体激活通路等途径发挥作用。  相似文献   

7.
高丛  窦明金  隋继英 《药学研究》2022,41(8):501-506,520
目的 探讨参麦注射液缓解化疗所致周围神经毒性(CIPN)的作用机制。方法 借助ETCM及TCMSP检索红参及麦冬的化学成分和作用靶点,通过OMIM、Disgenet、GeneCards等多个数据库查询与CIPN相关的基因。运用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络,并利用String工具获得PPI网络筛选出核心靶点,最后通过Metascape对PPICN的靶蛋白进行基因富集分析。结果 参麦-靶点网络包含38个化合物和相应靶点105个;PPI核心网络包含23个蛋白;GO分析得到条目34个,KEGG通路富集筛选得到9条信号通路(P<0.01)。结论 参麦注射液中对CIPN关键活性成分源自麦冬的组分占比60%;GO富集分析与KEGG通路分析结果显示参麦注射液通过多靶点与多通路的协同作用缓解CIPN。  相似文献   

8.
目的 运用网络药理学方法研究半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎(CAG)的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取半夏泻心汤化合物及靶标,以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为阈值进行化合物筛选,将靶标输入Uniprot获取靶标对应的基因Symbol;从人类基因数据库(Gene Card:The Human GeneDatabase)获取CAG疾病基因,并筛选出与半夏泻心汤靶标基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.1软件绘制“疾病-中药-化合物-交集靶标(基因)”网络图、STRING构建蛋白互作(PPI)网络、利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证。G:Profiler数据分析平台进行GO富集以及KEGG通路富集分析。结果 通过设置OB和DL值筛选得到半夏泻心汤化合物189种,在获得交集基因80个后,剔除不含交集基因(靶标)的化学成分后,最终筛得化合物148种,GO富集分析后共获得符合筛选标准的条目1 188条,其中分子功能59条、生物过程1 086条、细胞组成43条,KEGG富集分析共获得97条。槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱等为半夏泻心汤的主要活性成分,STAT3、TNF、AKT1、HSP90AA1、TP53等为主要作用靶标。分子对接结果显示,筛选的化合物和核心靶点HSP90AA1、潜在靶点EGFR之间均能较好的结合,涉及氮化合物的代谢、氧化反应、细胞凋亡等生物过程,调控PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、胃癌通路、幽门螺旋杆菌感染的上皮细胞通路。结论 半夏泻心汤的主要活性成分有槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱,通过多靶点多通路发挥治疗慢性萎缩性胃炎作用。  相似文献   

9.
罗悦  雒洪伟  姜星  王超  吴迎秋  张璐 《药学研究》2023,42(11):857-864
目的 利用转录组学技术揭示白花蛇舌草总黄酮提取物抑制肺癌细胞生长的作用机制。方法 首先制备白花蛇舌草总提取物和总黄酮提取物。采用CCK8法检测不同剂量的白花蛇舌草总提取物和总黄酮(50、100、200 mg•L-1)对肺癌细胞株A549细胞增殖活性的影响。然后,选择最佳剂量的总黄酮干预肺癌细胞,采用CCK8法、划痕实验、Transwell侵袭实验检测白花蛇舌草总黄酮对肺癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响,并进行转录组测序。最后,对转录组数据分别进行差异分析、功能富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析。结果 白花蛇舌草总提取物和总黄酮提取物均能显著抑制肺癌细胞增殖活性,且总黄酮作用优于总提取物。转录组学分析共筛选出1 134个差异表达基因,这些基因富集于MAPK信号通路、WNT信号通路、转化生长因子β信号通路、p53信号通路等多条癌症相关信号通路。从差异基因的PPI网络中筛选得到10个关键基因,分别为TTK、NUSAP1、CDCA8、KIF2C、MELK、CCNB2、CCNB1、KIF20A、BUB1、CEP55。结论 白花蛇舌草总黄酮成分抗肺癌细胞生长的作用机制可能涉及MAPK信号通路、WNT信号通路、转化生长因子β信号通路、p53信号通路等癌症相关信号通路,并且可能直接作用于TTK、NUSAP1、CDCA8、KIF2C、MELK、CCNB2、CCNB1、KIF20A、BUB1、CEP55等癌基因。  相似文献   

10.
目的 通过TCGA数据库深入挖掘胆囊癌发生的关键基因,寻找胆囊癌的预后基因。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载胆囊癌及癌旁正常组织转录组数据,采用R软件中的edgeR包对数据进行差异表达分析,将获取的差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,并通过STRING在线生物信息学工具构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape软件进行关键基因筛选,利用R软件中的survival包对关键基因进行生存预后分析。结果 共获取胆囊癌差异表达基因1 766个,其中上调基因1 172个,下调基因594个。差异基因主要富集于环氧酶P450途径、细胞器膜、四烯酸环氧酶活性和代谢途径。构建PPI网络,获取10个关键基因,分别是BUB1、BUB1B、CDK1、UBE2C、KIF2C、AURKB、CDC20、KIF23、CCNB2和KIF20A。生存分析显示,KIF23与胆囊癌的预后显著相关。结论 基于TCGA数据库挖掘出10个胆囊癌关键基因,有助于深入了解胆囊癌的发生发展过程,KIF23有可能成为胆囊癌潜在的治疗靶点及预后标志物。  相似文献   

11.
目的 通过治疗雄激素性脱发(AGA)方剂的组方用药规律分析,并结合网络靶标反向查找中药,发现治疗AGA的有效中药,为处方发现提供依据。方法 以“脱发”为关键词,在中医药百科全书在线数据库(ETCM v2.0)检索古代方剂和中成药,按照排除标准进行筛选后,采用中医传承辅助系统(v2.5)开展用药频次、药性理论、关联规则等分析。利用文献检索AGA相关通路及靶点,反向查找靶点所对应的中药,对2部分中药进行交集,按照中药材对应靶点个数进行排序,在中医药整合药理学研究平台(TCMIP v2.0)收集排名前20味中药的化学成分,用Cytoscape 3.8.0软件构建“中药-成分-靶点-通路”网络图,并进行可视化。结果 分析得出传统组方中治疗脱发的高频次中药为当归、川芎、熟地黄、茯苓、附子、白术等,核心组合10个,使用频次>10的关联规则6个。依据数据库分析富集靶点个数最多的中药为枸杞子、山药、半夏、地黄等,同时富集4条通路及雄激素受体(AR)、II型5α-还原酶(SRD5A2)基因的中药为丹参,其发挥作用的成分为丹参环庚三烯酚酮、胡萝卜苷、齐墩果醇酸、丹参醛、丹酚酸B。结论 针对AGA的中药主要以补肝血、养血滋阴类为主。丹参可能是治疗AGA的潜在有效中药材,并可能是通过丹参环庚三烯酚酮、胡萝卜苷、齐墩果醇酸、丹参醛、丹酚酸B等成分发挥作用。  相似文献   

12.
蛴螬在祖国传统医学中有着悠久的使用历史.有破血、行瘀、散结、通乳等功效,用于治疗折损瘀痛、破伤风、喉痹、目翳等病症.目前蛴螬的具体化学成分不明确.现代药理研究表明该动物药具有抗肿瘤、保肝、治疗口疮等多种生物活性,是一种极具研究和开发价值的动物药.  相似文献   

13.
ObjectiveIdentify the prognostic value and investigate the association between programmed cell death 1 (PDCD1) gene expression and immune infiltration in pan-cancer.MethodsWe used a series of bioinformatics methods to comprehensively analyze the relationship between PDCD1 gene and prognosis, tumor mutational burden (TMB), microsatellite instability (MSI), immune cell infiltration of various cancers from the existing public database, and try to find the potential prognostic value of PDCD1 for in pan-cancer.ResultsHigh expression of PDCD1 was closely related to better overall survival (OS) and disease-specific survival (DSS) in breast invasive carcinoma, head and neck squamous cell carcinoma, skin cutaneous melanoma, and uterine corpus endometrial carcinoma; have a better disease-free interval (DFI) and progression-free interval (PFI) in several cancer types. Meanwhile, the high level of PDCD1 gene expression was associated with poorer OS, DSS, and PFI in brain lower grade glioma and uveal melanoma; poorer OS in acute myeloid leukemia and kidney renal papillary cell carcinoma; poorer OS and DSS in glioblastoma multiforme; poorer DSS in kidney renal clear cell carcinoma, by Kaplan-Meier and Cox survival analysis. PDCD1 gene expression was significantly correlated with TMB and MSI in 14 and 12 cancer types, respectively, and infiltrating levels of immune cells, especially Macrophages M0, M1, CD4-T-cells, CD8-T-cells, and T cells follicular helper, in most of eight cancer types.ConclusionPDCD1 can be used as a prognostic marker in multiple cancers, owing to it is closely associated with TMB, MSI, and immune cells infiltration.  相似文献   

14.
目的:对近年来中药材掺伪染色的形式及鉴别技术进行总结,为中药材掺伪、染色的鉴别提供参考。方法:通过收集近年来发表的中药材掺伪染色相关的文献报道,归纳相应的鉴别技术,总结鉴别技术的研究进展。结果:中药材的掺伪染色多样,形式不同,适用的鉴别方法亦不同。结论:性状、显微鉴定、理化鉴定或分子生物学方法均有其特长,在实际工作中应根据品种情况有针对性地选择合适的方法,或者使用多种方法相结合以达到鉴别中药材的目的。  相似文献   

15.
OBJECTIVE Numerous references made clear that triphala is revered as a multiuse therapeutic and perhaps even panacea historically. Nevertheless, the protective mechanism of triphala on cardio-cerebral vascular diseases(CCVDs) remains not comprehensive understanding. Hence, a network pharmacology-based method was suggested in this study to address this problem. METHODS This study was based on network pharmacology and bioinformatics analysis.Information on compounds in herbal medicines of triphala formula was acquired from public databases. Oral bioavailability as well as drug-likeness were screened by using absorption, distribution, metabolism, and excretion(ADME) criteria.Then, components of triphala, candidate targets of each component and known therapeutic targets of CCVDs were collected.Compound-target gene and compounds-CCVDs target networks were created through network pharmacology data sources. In addition, key targets and pathway enrichment were analyzed by STRING database and DAVID database.Moreover, we verified three of the key targets(PTGS2, MMP9 and IL-6) predicted by using Western blotting analysis.RESULTS Network analysis determined 132 compounds in three herbal medicines that were subjected to ADME screening, and 23 compounds as well as 65 genes formed the principal pathways linked to CCVDs. And 10 compounds,which actually linked to more than three genes, are determined as crucial chemicals. Core genes in this network were IL-6,TNF, VEGFA, PTGS2, CXCL8, TP53, CCL2, IL~(-1)0, MMP9 and SERPINE1. And pathways in cancer, TNF signaling pathway, neuroactive ligand-receptor interaction, etc. related to CCVDs were identified. In vitro experiments, the results indicated that compared with the control group(no treatment), PTGS2, MMP9 and IL-6 were up-regulated by treatment of10 μg·L~(-1) TNF-α, while pretreatment with 20-80 mg·L~(-1) triphala could significantly inhibit the expression of PTGS2,MMP9 and IL-6. With increasing Triphala concentration, the expression of PTGS2, MMP9 and IL-6 decreased. CONCLUSION Complex components and pharmacological mechanism of triphala, and obtained some potential therapeutic targets of CCVDs, which could provide theoretical basis for the research and development of new drugs for treating CCVDs.  相似文献   

16.
中药药代动力学的研究方法   总被引:2,自引:0,他引:2  
李东  王敏  谢静  张雁  聂中越 《中国药业》2006,15(11):25-27
中药的作用特点是多成分、多途径、多环节、多靶点,研究中药药代动力学的关键是探索新的理论和方法.该文回顾了中药药代动力学的研究方法,并着重介绍了一些新理论和新方法.  相似文献   

17.
目的 基于网络药理学探讨枣仁安神颗粒治疗失眠的作用机制。方法 通过查阅相关文献,挖掘枣仁安神颗粒的入血成分,并采用反向分子对接,预测入血成分的相关靶点,与失眠靶点进行交集映射,获得其治疗失眠的作用靶点。利用蛋白互作筛选核心靶点,并进行分子对接验证。基于共有靶点,采用功能注释生物信息学芯片进行分析,得到枣仁安神颗粒治疗失眠的关键通路。结果 方中3味中药酸枣仁、丹参、北五味子共得到29个入血成分和184个潜在靶点,其中19个成分、60个靶点和36条通路与失眠极为密切,主要涉及神经活性配体-受体相互作用、色氨酸代谢、5-羟色胺能突触、GABA能突触等相关分子环节。结论 方中3味中药以作用靶点为媒介,连接入血成分及相关通路,从而发挥抗失眠的生物学效应,体现了中药多成分、多靶点,多途径协同起效的作用特点。  相似文献   

18.
高鑫  张淑芳△  黄邓高  曹卉 《天津医药》2018,46(11):1145-1150
摘要: 目的 探讨脂肪酸结合蛋白5 (FABP5) 基因在肾透明细胞癌中的表达及预后意义。方法 提取Oncomine 和GEO数据库中有关FABP5的信息并进行表达情况分析, 通过DAVID数据库对差异基因进行功能注释, 采用 GEPIA进行预后分析。结果 Oncomine数据库中共找到445项FABP5在不同肿瘤类型中的研究数据集, 表达差异有统计学意义的结果中表达增高的有32项 (肾癌5项), 表达降低的有24项 (肾癌0项)。肾癌中有4项涉及肾透明细胞癌和正常组织中FABP5的表达研究数据集。综合比较这4项数据集发现, FABP5在肾透明细胞癌中的表达量高于正常组织 (P<0.05)。GEO数据库中GSE66271芯片数据分析结果发现差异基因FABP5在肾透明细胞癌中的表达量显著高于正常组织 (P<0.01)。DAVID功能分析发现这些差异基因主要集中于影响细胞的转运蛋白活性和蛋白质的消化和吸收代谢功能。使用GEPIA分析来自TCGA数据库和GTEx项目的516例患者预后发现FABP5高表达的患者总体死亡率较高, 低表达FABP5的患者预后较好 (P=0.001 1)。结论 FABP5在肾透明细胞癌组织中呈现高表达,并与肾透明细胞癌预后差相关, 其有望成为抗肾透明细胞癌药物的重要治疗靶点。  相似文献   

19.
目的 采用网络药理学研究方法探究胶艾汤的药理作用机制。方法 依托中药系统药理学分析平台(TCMSP),检索胶艾汤7味中药的活性成分和基因靶点。采用Cytoscape构建化合物-靶点网络、化合物靶点-疾病靶点和靶点-通路网络,根据在线STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,研究胶艾汤药理机制。结果 通过筛选获得64个化合物,化合物-疾病相应关键靶点32个。蛋白质相互作用网络包含20个靶点,关键靶点涉及Ptgs2、F2、Tnf、Il6、F3等。基因本体条目61个,其中生物过程相关的条目34个,细胞组成相关条目20个,分子功能相关的条目7个。KEGG通路富集分析通路4条。结论 本研究初步验证了胶艾汤的基本药理作用及其机制,为进一步探究其药理作用奠定了基础。  相似文献   

20.
目的 探讨钩吻中毒的应急检验方法。方法 选取导致2022年3月广东普宁市鸡矢藤煲汤中毒事件的涉案样品为研究对象,采用性状、显微、薄层色谱和液相色谱-质谱鉴别等检验方法鉴定致毒中草药。结果 样品外皮具深纵沟及横裂隙,截面具放射状纹理,含有石细胞和草酸钙簇晶,提示其为钩吻。涉案样品与钩吻对照药材及钩吻素子、钩吻素甲对照品在薄层色谱相应位置显相同颜色的斑点,并在液相色谱-质谱中检测到涉案样品含有钩吻素子和钩吻素甲。结论 本次中毒事件是由于误食混入鸡矢藤药材的钩吻而导致。基于长期从事有毒中草药中毒应急检验的经验,总结钩吻等有毒中草药中毒应急检验的常用方法,对有毒中草药监管和应急检验工作提出思考与建议,加强精准识别和快速筛查方法的研究等,为误用有毒中草药中毒应急检验提供参考,以期进一步避免钩吻等剧毒中草药中毒事件的发生。  相似文献   

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