亚抑菌浓度头孢他啶对临床尿管分离大肠埃希菌生物膜的作用

目的研究亚抑菌浓度头孢他啶对临床尿管分离大肠埃希菌生物膜形成的作用。方法采用琼脂平板倍比稀释法检测大肠埃希菌的最低抑菌浓度,双纸片协同法检测大肠埃希菌产超广谱β内酰胺酶(extended spectrum beta-lactamases,ESBLs)的能力,菌落计数法分析细菌的粘附能力,96孔板结晶紫染色法检测细菌生物膜的形成。结果临床分离大肠埃希菌对氨苄西林、头孢哌酮、头孢噻肟和哌拉西林具有较高的耐药性,对阿米卡星、亚胺培南和美洛培南全部敏感。大肠埃希菌ESBLs阳性率为73.3%。1/4 MIC头孢他啶对大肠埃希菌生物膜形成均有抑制作用,生物膜形成能力降低8.7%~58.0%。除了大肠埃希菌E11和E15差异不显著外(P>0.05),亚抑菌浓度头孢他啶对其他14株菌的生物膜均有显著的抑制效果(P<0.05)。结论亚抑菌浓度头孢他啶可抑制临床尿管分离的大肠埃希菌生物膜形成,但其抑制程度具有菌株差异性。     

hns基因对大肠埃希菌生物膜形成能力的影响

目的 建立大肠埃希菌Red重组系统无痕敲除方法,探讨hns基因对大肠埃希菌生物膜形成能力的影响.方法 以大肠埃希菌MG1655为研究对象,将pKD46质粒转化入MG1655感受态细胞.以质粒pKD3为模板扩增氯霉素抗性基因片段,并将其转化入MG1655/pKD46,氯霉素抗性平板筛选阳性克隆.利用pCP20质粒删除氯霉素抗性基因,构建MG1655 hns基因缺失菌株.96孔板结晶紫染色法分析MG1655 hns基因缺失株生物膜形成能力的变化.苯酚-硫酸法检测细菌胞外多糖含量.结果 氯霉素抗性基因消除后的hns基因缺失株PCR产物长度为434 bp,测序鉴定正确,成功构建MG1655 △hns基因缺失株.MG1655△hns菌株生物膜形成能力和胞外多糖产生显著低于MG1655(P＜0.01).结论 利用Red重组技术成功构建出MG1655△hns菌株,hns基因对细菌生物膜的形成具有重要的调控作用.     

老年尿毒症感染尿道致病性大肠埃希菌药敏分析及毒力基因分布研究

目的 研究临床老年尿毒症患者分离的尿道致病性大肠埃希菌(UPEC)的毒力基因分布情况及耐药特征,为老年尿毒症患者UPEC尿路感染的治疗提供临床研究资料。方法 采用法国梅里埃生物VitekⅡ系统鉴定2016年1月～2019年1月我院非植入导尿管老年尿毒症患者所分离117株UPEC,并行药敏试验,根据药敏试验结果分为对照组52株,多重耐药组65株。多重PCR检测两组菌株粘附因子、铁载体相关因子、保护性物质及毒素等毒力基因分布情况。结果 美罗培南、亚胺培南、阿米卡星、呋喃妥因对大肠埃希菌均较为敏感;对照组及多重耐药组中fimH、feoB检出较高均在70%以上,经χ2检验分析,对照组与多重耐药组毒力基因sfa、afa、iha有统计学差异(P0.05)。结论 sfa、afa、iha均为粘附因子家族基因,可能与大肠埃希菌的耐药有关。     

尿路致病性大肠杆菌iha基因敲除及其对细菌生物膜形成的影响

目的构建尿路致病性大肠杆菌(UPEC)W140菌株的黏附素基因iha缺陷株,分析iha基因缺失对UPEC生物膜形成的影响。方法采用Red重组系统的3种质粒(pKD46、pKD3、pCP20)敲除W140菌株的iha基因。pKD46表达λ噬菌体的3个重组蛋白,转入W140菌株使其具有同源重组能力。以pKD3携带的两侧带有翻转酶结合位点(FRT)的氯霉素抗性基因替换目的基因iha,再利用表达翻转酶重组酶的质粒pCP20将FRT之间的氯霉素抗性基因删除,从而获得iha基因敲除菌株。采用结晶紫染色法比较野生菌株与基因敲除菌株的细菌生物膜形成差异。结果 PCR验证和DNA测序表明,UPEC W140菌株染色体上的iha基因被成功敲除,得到iha基因缺陷株UPEC W140Δiha。基因缺陷菌株与野生菌株相比生物膜形成能力降低(P<0.01)。结论 iha基因及其编码产物参与UPEC生物膜的形成,通过抑制该基因的表达有望为控制尿路感染提供新的靶点。     

iucA基因缺失对尿路致病性大肠埃希菌增殖、黏附、侵袭和定植能力的影响

目的 为探究铁摄取相关基因iucA在尿路致病性大肠埃希菌(UPEC)致病中的作用,利用UPEC模式菌株CFT073,通过 λRed同源重组方法构建iucA基因缺失株ΔiucA,同时构建回补株C-iucA.方法 测定A600绘制CFT073、ΔiucA和C-iucA菌株在LB液体培养基和无菌尿液中的增殖曲线.比较CFT0...     

亚抑菌浓度哌拉西林/他唑巴坦对大肠埃希菌生物膜形成能力的影响

目的 探讨亚抑菌浓度(亚-MIC)哌拉西林/他唑巴坦对大肠埃希菌生物膜形成能力的影响,为临床抗感染治疗提供理论依据.方法 大肠埃希菌最低抑菌浓度检测采用微量肉汤稀释法,生物膜形成能力分析采用96孔板结晶紫染色法,黏附能力检测采用菌落平板计数法,采用泳动运动检测亚-MIC哌拉西林/他唑巴坦对大肠埃希菌运动性的影响.结果 亚-MIC哌拉西林/他唑巴坦能显著抑制大肠埃希菌生物膜形成能力(P＜0.05).此外,亚-MIC哌拉西林/他唑巴坦不但能显著降低细菌的黏附性而且能使其运动能力减弱.结论 亚-MIC哌拉西林/他唑巴坦可能通过抑制大肠埃希菌的黏附性和运动性而抑制其生物膜形成.     

群体感应系统受体SdiA与大肠埃希菌1型菌毛的相关性研究

目的 探讨群体感应系统受体SdiA与大肠埃希菌1型菌毛的相关性.方法 在有或无群体感应系统信号分子处理下检测大肠埃希菌SM10λpir的野生株、sdiA敲除株和sdiA过表达回复株与酵母细胞的黏附能力,并用荧光定量PCR检测1型菌毛相关基因fimC、fimF的表达情况.转录组测序分析上述菌株1型菌毛相关基因的表达差异....     

肠致病性大肠杆菌的生物膜形成对致病岛基因的影响

目的研究不同p H值条件对肠致病性大肠埃希菌生物膜形成能力及对致病岛基因的影响。方法将2株EPEC菌株(E11313和E11435)分别接种于p H值为7、9和11的LB培养基,用结晶紫染色半定量法检测2株菌株产生物膜能力,观察产生物膜菌株及非产生物膜菌株生物膜形成的差异,将2株菌株产生的生物膜溶解,提取总RNA,定量PCR检测不同p H浓度的生物膜与致病岛基因Esp A表达水平的关系。结果 E11435为生物膜阳性菌株,E11313为生物膜阴性菌株,p H为7~9之间,生物膜的形成变化不大,当p H值=11时,菌株形成生物膜更容易,E11435菌株形成的生物膜可影响EPEC致病岛Esp A基因的表达,且当p H=11时,Esp A表达水平明显提高(P<0.05)。结论碱性环境可促进肠致病性大肠杆菌生物膜的形成。生物膜阳性肠致病性大肠杆菌可显著提高致病岛Esp A基因的表达水平。     

大肠埃希菌和克雷伯菌的qnr基因流行情况调查

目的了解上海部分医院大肠埃希菌和克雷伯菌qnr基因流行情况。方法采用聚合酶链反应(PCR)对267株大肠埃希菌和59株克雷伯菌(其中产酸克雷伯菌4株)的qnr基因进行筛选,全自动细菌鉴定仪VITEK系统进行鉴定和最低抑菌浓度测定,并采用PCR检测qnr基因阳性菌株Ⅰ型和Ⅱ型整合酶基因。结果在267株大肠埃希菌和59株克雷伯菌中检出3株细菌携带qnr基因,其中1株为大肠埃希菌,2株为肺炎克雷伯菌。3株qnr基因阳性菌株均产超广谱内酰胺酶(ESBLs),呈多重耐药性,且Ⅰ型整合酶均阳性、Ⅱ型整合酶均阴性。结论在所收集的大肠埃希菌和克雷伯菌中检出3株细菌携带qnr基因,其阳性率并不高。3株qnr基因阳性菌株均产ESBLs,且呈多重耐药性,qnr基因存在于Ⅰ类整合子上。     

致肾盂肾炎大肠埃希菌132基因组DNA消减文库的构建

目的:应用抑制性消减杂交技术,构建致肾盂肾炎大肠埃希菌132株(UPEC132)与已完成基因组测序的非致病性大肠埃希菌标准株MG1655的基因组DNA消减文库。方法:分别提取UPEC132与MG1655的基因组DNA,经RsaⅠ酶切成为大小200～800bp的片段,一部分与接头连接作为tester,和未与接头连接的酶切片段(driver)进行2次消减杂交及2次抑制性PCR后将产物与pMD18-T载体连接构建DNA消减文库,并转化给大肠埃希菌TOP10构建消减文库。结果:文库扩增后得到139个克隆,经PCR法快速测定,均得到200～800bp的插入片段。结论:所构建的基因组DNA消减文库为进一步筛选UPEC132中与致病相关基因奠定了基础。     

基于多组全基因组表达谱的阳虚人群关键候选基因集和通路筛选及生物信息学分析

目的基于多组全基因组表达谱筛选阳虚人群关键候选基因集和通路,探讨不同阳虚人群与对照组差异基因的异同,提出阳虚与基因表达关系的可能结论。方法查找GEO基因表达数据库及PubMed、Embase、CNKI、万方、维普等中英文文献数据库,筛选出其中存在阳虚人群及其对照组的基因表达谱数据或基因表达谱分析结果。应用R语言和生物信息学方法筛选差异表达基因,并进行GO、KEGG和GSEA富集分析,利用韦恩图展现不同阳虚人群的差异表达基因结果的关系,并分析差异基因、富集结果与阳虚之间的关系。结果共得到2个数据集(GSE87474、GSE56116)和4个基因表达谱分析结果,数据集GSE56116中存在350个差异表达基因,数据集GSE87474中存在138个差异表达基因。4个基因表达谱进行去重与合并后,形成3个差异基因集,分别报道了190个、66个和21个差异表达基因。对差异表达基因结果取交集,未发现重合的基因。对其中差异表达基因相关的基因集和通路取交集分析,寻找到8个共同的基因集和通路。这些通路的功能集中在免疫功能、细胞质囊泡等方面。结论阳虚人群与非阳虚人群的差异基因集和通路主要与能量代谢、细胞质囊泡及免疫调节相关。不同阳虚人群间关键候选基因集和通路存在一定的相似性,但其作用的具体基因存在差异。中医的阳虚概念更可能与一系列基因集和通路存在紧密的联系,而不是单一的基因。     

白血病原代骨髓基质细胞诱导Jurkat细胞基因差异表达研究

目的研究白血病骨髓基质细胞(bone marrow stromal cells,BMSCs)诱导Jurkat细胞相关基因表达的变化.方法采用Percoll体外分离正常人、初治急性白血病患者BMSCs;采用抑制性消减杂交技术建立白血病BMSCs诱导Jur-kat细胞差异表达基因的cDNA文库;并对差异表达的基因进行初步鉴定与分析.结果成功地建立了白血病BMSCs诱导的Jurkat细胞上调和下调差异表达基因的cDNA文库;初步筛选克隆到30个上调差异表达基因和22个下调差异表达基因cDNA片段;这些基因功能主要与细胞周期调控、细胞凋亡、细胞能量代谢有关.结论白血病BMSCs能诱导Jurkat细胞基因发生差异表达.     

胃癌中EXD3基因的表达及功能的生物信息学分析

目的通过生物信息学分析研究胃癌与正常胃粘膜间具有差异性表达的基因,找出参与胃癌发生发展及预后的关键基因, 并对其所涉及的功能进行分析预测。方法从GEO表达谱数据库中下载表达谱基因芯片数据GSE100935（包括18例胃癌样本 及正常胃粘膜组织）,利用Morpheus在线软件分析基因芯片GSE100935的数据,获得在胃癌与正常胃粘膜组织中存在差异表达 的基因,并构建聚类分析热图;利用软件UALCAN在线分析差异表达基因在胃癌与正常胃粘膜组织中表达水平;利用Kaplan- Meier绘图软件对差异表达基因在胃癌患者中的表达高低进行生存分析;最后采用Fun Rich软件进行GO功能富集分析,网站 STRING构建目的基因蛋白互作网络。结果通过分析基因芯片GSE100935 获得45119 个差异表达的基因;在线分析软件 UALCAN显示EXD3基因在胃癌组织中高表达;同时生存分析提示当EXD3基因高表达时,胃癌患者的预后相对较差;GO功能 富集分析发现,差异表达基因主要与胃癌细胞核苷酸的新陈代谢调节以及转录因子的活动有关。结论EXD3可能是胃癌中潜 在的癌基因,可能与DNA损伤修复有关,其表达上调在胃癌的发生发展及预后过程发挥重要作用,并有望成为判断胃癌患者预 后的重要的生物学指标。     

基因芯片技术筛选2型糖尿病伴远端对称性多神经病变患者外周血单个核细胞差异表达基因

目的：应用基因芯片技术筛选2型糖尿病伴远端对称性多神经病变患者外周血单个核细胞（PBMC）与不伴远端对称性多神经病变糖尿病患者以及正常个体相比的差异表达基因.方法：采用包含5 075个功能已知人类基因的cDNA芯片检测2名2型糖尿病并发远端对称性多神经病变患者（DSPN组）,2名2型糖尿病不伴远端对称性多神经病变患者（DM组）以及2名年龄和性别匹配的正常个体（C组）PBMC基因表达谱,分析差异表达基因,并选择其中有差异表达的部分基因进行实时定量RT-PCR验证.结果：基因芯片技术筛选出22条差异表达基因,涉及细胞代谢与信号转导基因,原癌与抑癌基因,DNA合成和修复基因,离子通道与运输蛋白基因,DNA结合、转录和转录因子基因,细胞骨架组成基因等.其中上调基因4条,下调基因18条.实时定量RT-PCR测定下调基因中的AK1和FBXO7,与基因芯片技术结果一致.结论：2型糖尿病伴DSPN患者PBMC基因表达谱存在差异;DSPN可能涉及细胞代谢,信号转导和DNA合成等多个方面.     

2型糖尿病患者心肌间充质细胞基因表达变化及相关环境化学物的筛选

目的 基于全基因组高通量测序数据研究2型糖尿病(T2DM)患者心肌间充质细胞的基因表达情况,筛选差异表达基因,采用生物信息学分析评估T2DM心肌间充质细胞的遗传规律及环境因素对上述规律的影响。方法 从高通量基因表达公共数据库中获得数据集GSE106177,采用Network Analyst、Cytoscape、String11.0、CTD、HMDD等分析软件或数据库对数据进行预处理,筛选差异表达基因,进行生物学功能与信号通路富集分析,建立差异基因蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选相关环境化学物。结果 T2DM患者心肌间充质细胞的基因表达模式与对照组明显不同,共有135个差异表达基因,其中上调基因58个(42.96%),下调基因77个(57.04%);差异表达基因主要参与多细胞生物发育、解剖结构发展和系统发育等生物学过程,主要涉及肝细胞癌、库欣综合征、胆固醇代谢等通路。PPI网络显示,UBC为核心蛋白节点;microRNA-Gene交互作用网络显示,以hsa-mir-8485为代表的7个microRNA与差异表达基因具有交互作用关系;UBC、DNER、CNTN1等T2DM重要相关基因均与双酚A有交互作用关系。结论 T2DM患者心肌间充质细胞的基因表达模式发生明显改变,UBC可能在上述过程中发挥重要生物学作用,双酚A暴露也可能影响T2DM患者心肌细胞的发育和正常功能。     

通过生物信息学分析鉴定调控神经母细胞瘤骨髓转移的中枢基因

目的:利用生物信息学的方法，探讨神经母细胞瘤骨髓转移的中枢基因及其可能的分子机制。方法: 选取GEO数据库中神经母细胞瘤基因骨髓转移的芯片数据集GSE42548，应用在线分析工具Networkanalyst筛选差异表达基因。使用DAVID数据库对上述差异表达基因进行GO功能分析及KEGG通路分析。应用STRING在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用（PPI）网络，并筛选hub genes、枢纽模块和seed genes，利用Venn图对hub genes和seed进行分析。结果: 分析芯片数据，筛选得到990个差异表达基因，GO和KEGG分析结果显示，差异表达基因与信号转导、生物膜合成等过程有关，并富集在Hematopoietic cell lineage通路上。通过构建PPI网络筛选得到了10个hub genes、6个枢纽模块和17个seed genes。通过Venn图确定关键基因Cxcr4。结论: 研究中筛选出了10个hubgenes和17个seed genes，其中Cxcr4基因在神经母细胞瘤骨髓转移起到关键作用，提示基于CXCR4- SDF-1之间的调控关系可能为神经母细胞瘤骨髓转移的早期诊断提供新的见解。     

黏附素基因iha与尿路致病性大肠杆菌形成生物膜的关系

【目的】分析尿路致病性大肠杆菌（uropathogenicEscherichiaeoli,UPEC）粘附素基因抽a与细菌生物膜形成的关系,探索细菌生物膜形成机制。【方法】采用结晶紫染色法检测临床分离的50株UPEC形成生物膜的能力,分别从生物膜阳性组与阴性组PCR扩增抽a基因,比较两组访a阳性率的差异。【结果】50株UPEC中34株能够形成生物膜。生物膜阳性组与阴性组中iha基因分布率分别为85．29％和56．25％,有显著性差异（P〈0．05）。【结论]UPEC形成生物膜是比较普遍的现象,粘附素基因iha与细菌形成生物膜存在相关性。     

基于大数据的前列腺癌生物信息学分析

【目的】利用生物信息学的方法,对GEO和TCGA两个基因组学数据库进行分析,探究与前列腺癌相关的差异基因及相关的调控网络。【方法】综合GEO数据库的前列腺癌基因表达芯片数据（GSE46602、GSE55945）和TCGA数据库的RNA-seq数据,利用GEO2R及R语言的edgeR包进行基因差异分析,获得共同的显著差异基因,结合R语言的clusterProfiler包进行GO功能分析及KEGG通路分析,同时利用string网站进行蛋白互作网络分析,筛选出前列腺癌中调节蛋白表达量的关键基因,再结合TCGA临床随访数据分析关键节点基因的临床预后价值。【结果】获得共同差异基因共278个,其中表达上调100个,表达下调178个,它们与上皮细胞的调节增殖、含苯化合物的代谢过程等功能以及谷胱甘肽代谢和粘着斑等信号通路密切相关。蛋白互作网络分析结果得出3个重点蛋白表达模块以及12个关键节点基因。在这些关键基因中,EDN3、EDNRB和AMACR与前列腺癌患者的生存率密切相关。【结论】通过对前列腺癌基因芯片和RNA-seq数据的生物信息学分析,我们发现EDN3、EDNRB与AMACR很可能在前列腺癌的发生发展过程中发挥重要作用。     

光气吸入对大鼠肺组织基因表达谱的影响

目的:研究光气吸入染毒前后大鼠肺组织基因表达的差异,探讨光气肺损伤作用相关的基因谱.方法:提取正常对照组和光气染毒组肺组织的总RNA,并以此为模板制备荧光标记的cRNA靶物,经杂交、洗涤后,通过扫描荧光强度和计算机软件分析,寻找染毒前后上调和下调的差异表达基因.结果:在大鼠20500个靶基因中,初步筛选出801条差异表达基因,表达上调的有557条,下调的有254条.根据基因的生物学功能,差异表达基因被分为9类:G1自由基\电子传递相关;G2应激炎症相关;G3物质代谢相关;G4细胞增殖\分化\凋亡相关;G5基因表达调控相关;G6受体和信号转导相关;G7蛋白质修饰\分解相关;G8细胞骨架\运动相关;G9离子通道与物质转运相关等.结论:光气可以引起肺组织基因的多发性改变,其差异表达基因的功能分类为进一步探讨光气中毒发生、发展的机制和有效救治提供新的线索和思路.