基于ITS2序列的建泽泻及其混伪品鉴定研究

目的?利用ITS2条形码鉴别建泽泻及其混伪品。方法?提取28份建泽泻及其混伪品基因组DNA,PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,测序结果提交至GenBank,同时从GenBank下载泽泻科植物及其混伪品10种17条ITS2序列,对提交与下载的45条序列,应用MEGA 5.1软件进行序列比对,计算种内和种间距离,采用相似性搜索法、最近距离法进行鉴定分析,并构建NJ系统进化树直观反映鉴定结果。结果?建泽泻、川泽泻ITS2序列长度均为311?bp,存在1个变异位点;建泽泻与泽泻科泽泻属物种距离较近,与泽泻科其他属及其混伪品之间遗传距离较远;NJ树结果显示建泽泻及其混伪品均可明显区分,表现出良好的单系性。结论?ITS2序列作为DNA条形码可以准确快捷地鉴别建泽泻及其混伪品,为其种质资源鉴定及临床安全用药提供了新的技术手段。      

用cox1基因片段的PCR鉴别亚洲带绦虫和牛带绦虫

目的：用cox1基因片段的PCR技术对亚洲带绦虫和牛带绦虫的快速鉴别。方法：用亚洲带绦虫和牛带绦虫线粒体cox1基因片段的特异性引物以及带绦虫cox1基因片段的通用引物,对贵州省都匀地区和从江地区的带绦虫虫卵和节片DNA进行常规PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测和核酸序列测定,并用NC-BI Blast对扩增产物的核酸序列与NCBI数据库中带绦虫的cox1基因进行比对。结果：5株都匀带绦虫DNA样品经亚洲带绦虫cox1基因片段的特异性引物PCR,均扩增出约260 bp的产物,PCR产物的核酸序列与NCBI数据库中亚洲带绦虫线粒体cox1基因片段的同源性为100%;2株从江带绦虫的DNA样品用亚洲带绦虫特异性引物和牛带绦虫特异性引物的PCR均未见扩增产物,而通用引物PCR则扩增出约1 000 bp的产物,核酸序列与NCBI数据库中牛带绦虫线粒体cox1基因片段的同源性为99%,在牛带绦虫特异性引物的结合位点存在一个碱基差异。结论：常规PCR扩增特异性的cox1基因片段可快速鉴定亚洲带绦虫;从江牛带绦虫株的cox1基因特异性片段部分存在变异,导致与特异性引物结合能力的差异,可采用cox1基因通用引物PCR结合测序进行鉴定。     

基于双重PCR技术的鹿茸及其伪品DNA指纹特征和鉴定

目的：分析鹿茸线粒体细胞色素b （Cytb）和细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因特异性,建立双重PCR技术鉴别鹿茸真伪的分子指纹特征。方法：利用碱变性法提取梅花鹿茸、马鹿茸、驯鹿茸和新西兰鹿茸的基因组DNA,应用引物设计软件Premier 5.0针对Cytb和COⅠ分别设计特异性引物（分别为Cytb1、2和COⅠ1、2、3）,采用单一及双重引物分别进行PCR扩增,筛选特异性强的引物,确定最佳PCR反应条件。结果：采用碱变性法提取的鹿茸基因组DNA片段长度为23 000bp,DNA纯度即A （260）/A （280）为1.80±0.02;应用单一引物进行PCR扩增无法鉴定鹿茸的真伪,而引物Cytb 1和COⅠ1组合后,解链温度为58℃时,梅花鹿茸（吉林、安徽）、马鹿茸均能扩增出395和525bp大小的2个片段,而驯鹿茸和新西兰鹿茸均未能扩增出相应片段;采用该提取方法及最优化的PCR反应条件,对市售样品进行检测,检测结果与实际情况完全一致。结论：双重PCR技术可从分子水平鉴别鹿茸的真伪,该方法特异性高、实用性强,且简便快捷,在鹿茸真伪鉴别方面具有较高的应用价值。     

广地龙特异性PCR分子鉴定

【目的】筛选出对广地龙具有特异性鉴别意义的PCR引物,建立一种快速、准确鉴别广地龙基原真实性的方法。【方法】收集药典收载的4种地龙原动物以及市场常见地龙混淆品6种,从GenBank数据库中下载有关蚯蚓的12SrRNA基因序列,采用通用引物对10种样本PCR扩增后进行测序,依其序列间差异设计3对非保守区特异性引物,筛选对广地龙具有特异性扩增的引物。【结果】引物12St/12Sf对广地龙产生特异性扩增,当退火温度提升至64℃时,其反应表现出高度特异性,仅广地龙具有良好的单一扩增带,而其他样品在同样的条件下无扩增带。所得特异性引物在15种市售广地龙药材中验证结果良好,与传统形态学鉴定结果基本一致。【结论】引物12St/12Sf可作为广地龙物种鉴定的特异性标记物,可以实现广地龙近缘多个物种快速而又准确的鉴定,且不受实验材料的完整性、加工干燥等因素的影响。     

基于PCR指纹技术鹿鞭鉴定方法的建立及检测试剂盒的研制

目的 建立鹿鞭及其伪品指纹鉴定方法,开发鹿鞭DNA检测试剂盒.方法 采用改良的SDS方法从鹿鞭及牛鞭基因组中提取DNA.以鹿鞭线粒体细胞色素b作为靶基因,设计鹿鞭特异性引物,利用现代DNA指纹技术,研制了鹿鞭DNA提取和检测试剂,建立鹿鞭指纹鉴定方法,开发出鹿鞭DNA检测试剂盒.结果利用PCR指纹技术提取的鹿鞭基因组DNA为21000 bp,纯度为1.80±0.10之间;应用特异性引物可准确鉴别鹿鞭及牛鞭样品,鹿鞭特异性扩增产物DNA分子片段为307 bp,而牛鞭及阴性对照无扩增条带;自主研发鹿鞭DNA检测试剂盒经反复冻融依然有效,多次进行特异性、稳定性和重现性试验,结果完全一致.结论 鹿鞭DNA检测试剂盒可作为鹿鞭鉴定的有效方法,该方法客观、准确、方便,可有效区分鹿鞭及其伪品.     

PCR直接测序法在脓肿分枝杆菌鉴定中的应用

目的探讨聚合酶链式反应（Polymerase chain reaction,PCR）与DNA测序技术鉴定脓肿分枝杆菌的效果。方法利用细菌16S r RNA基因通用引物PCR扩增疑似分枝杆菌的16S r RNA基因的DNA片段并进行DNA测序分析。DNA测序获得序列经生物信息学比对分析获得相关分枝杆菌的信息;针对相关分枝杆菌分别设计非同源区域特异性引物对1 500 bp的克隆DNA片段扩增验证。结果细菌16S r RNA基因通用引物扩增获得约1 500 bp的DNA片段,但DNA测序仅获得其中部分DNA序列约296 bp;部分DNA序列经生物信息学比对分析后获得四种同源性高达98%的分枝杆菌信息,并且四种分枝杆菌的特异性引物对1 500 bp的克隆产物进行扩增后仅在脓肿分枝杆菌中获得特异性PCR产物。结论疑似结核患者体内的抗酸染色阳性菌为非结核分枝杆菌中的脓肿结核分枝杆菌,并且PCR直接测序法可快速鉴定细菌的种属。     

DNA条形码技术用于肉制品基因鉴定

【目的】 针对当今社会越来越严重的假肉事件,建立一种快速、特异性强的基因鉴定方法,实现对猪、牛、羊、马、鸡、犬、鼠等常见肉类和加工熟食肉制品的鉴定。 【方法】 利用DNA条形码原理,用Genedoc软件多序列比对猪、牛、羊、马、鸡、犬以及鼠等常见肉源动物线粒体基因,寻找能够特异性区分各物种和亚种的基因片段。针对DNA序列,利用Primer Premier 6.0设计特异性引物,考虑到加工的熟肉制品DNA存在降解,引物设计时PCR产物大小限定在350 bp以下。随机混合2~3种肉类DNA,采用多重PCR方法扩增,检测引物的特异性。利用PCR方法,稀释DNA模板以10、1、0.1、0.01 ng进行PCR扩增,检测PCR的灵敏度。在羊肉中按10%、5%、1%比例混入猪肉,取100 mg混合肉,提取DNA并用猪肉引物进行PCR扩增,评价样品检测的灵敏度。以熟肉包、泡椒凤爪、香肠、牛肉粒、鸡肉派等深加工肉为原料,检测上述PCR方法的适用性。 【结果】 通过序列比对,选择线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)作为受检基因, COⅠ基因1 680~1 710 bp区域有极高的物种特异性,例如水牛和奶牛、山羊和绵羊在该DNA区域的差异碱基有5~7个。以该区域为PCR下游引物,分别针对每个物种设定上游引物,建立了七种动物源性成分的DNA条形码。DNA条形码区域为COⅠ基因1 200~1 710bp的序列,其中猪、水牛、山羊、马、鸡、犬、鼠7种动物的PCR产物大小分别为103、313、157、120、251、119和128 bp。对于大小接近的PCR产物,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳方法检测。结果表明利用COⅠ基因,通过混合模板、混合引物进行交叉PCR,均能特异性检测相应肉类。DNA模板的灵敏度可达0.01 ng,肉制品中1%的假肉(猪肉,1 mg)可被检出,熟肉的基因鉴定也是阳性。 【结论】 利用COⅠ基因1 200~1 710 bp区域,可以较好的区分不同肉类物种。该PCR方法特异性强、灵敏度高,所需检材微量,方法不受添加剂和高温加工等干扰,快捷准确,可作为肉制品中动物源性成分的鉴定方法进行推广。     

中药材鳖甲的位点特异性PCR鉴定研究

目的 本研究旨在建立一种简便、实用的鳖甲DNA分子鉴定方法。方法 根据中华鳖和鳖甲混淆品原动物的125rRNA基因片段的序列数据库,找出中华鳖与其它鳖科动物有明显区别的位点,设计1对能特异性鉴别中华鳖的引物,然后利用鳖甲中残存的DNA,通过PCR拉增,即可准确鉴别鳖甲。结果 用这对引物对不同来源的10块鳖甲进行鉴定结果表明,其中有3块为伪品,结果与DNA序列分析鉴定一致。还测定了斑龟和鳖甲一伪品12SrRNA基因片段序列。结论 该引物配置药材鉴定试盒可在鳖甲类药材鉴定使用。     

应用等位基因特异聚核酶链式反应鉴别半夏类药材

目的 建立能区分半夏正、伪品的分子鉴定方法.方法 下载GenBank中半夏属、犁头尖属及天南星属相关序列,利用DNAMAN进行比对分析,根据ITS序列中半夏的SNP位点设计引物PtITS178F和PtITS555R,采用等位基因特异PCR进行扩增.结果 对半夏5个产地的新鲜样品、10个产地的药材以及5批虎掌、水半夏样品进行PCR检测.引物PtITS178F和PtITS555R只对半夏类药材扩增395 bp片段,虎掌和水半夏均无扩增条带.结论 等位基因特异PCR能准确检测半夏的SNP位点,达到准确鉴别半夏正伪品的目的,是一种有前途的中药材分子鉴定方法.     

中国农大小型猪胰淀素基因部分未知序列扩增与分析

目的扩增中国农大小型猪IAPP基因序列,分析其序列结构特点。方法提取中国农大小型猪血液基因组DNA,设计3对特异性引物进行PCR扩增,产物鉴定、测序和同源性比对分析。结果成功扩增出中国农大小型猪IAPP基因的1028bp的序列。结论经同源性比对分析显示,中国农大小型猪与人的IAPP基因的同源性为77%。     

6种成药中原料药材金银花的分子鉴别研究

目的：研究位点特异性PCR方法在中成药鉴定方面的应用。方法：本实验选用6种含有金银花原料药材的中成药为研究对象,采用改良CTAB法提取其总DNA,并使用DNA纯化试剂盒进行纯化;通过聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）对trnL-trnF叶绿体序列进行扩增,将扩增产物进行不同浓度稀释;以稀释后样品作为模板,分别选择金银花特异性鉴别引物进行扩增,并将扩增后的产物进行测序。所得序列校正、比对后,进行Blast N比对分析。结果：连翘败毒丸、梔子金花丸、牛黄清宫丸、金噪散结丸、健脑补肾丸、金噪开音丸6种中成药中均含有原料药材金银花。结论：采用位点特异PCR方法鉴定中成药中原料药材具有一定的可行性。     

自建两轮PCR法对低载量HBV DNA S区基因的扩增及实验条件优化

目的 探究低载量HBV DNA S区基因扩增的可行性并对实验条件进行优化,为隐匿性HBV感染(OBI)患者HBV DNA S区基因突变检测提供依据.方法 采用传统巢式PCR和自建两轮PCR方法扩增6例低HBV DNA载量(100～200 IU/mL)和22例更低HBV DNA载量(20～99 IU/mL)的血清样本中HBV DNA S区基因,并对引物序列、引物量、PCR产物模板稀释倍数、退火温度、PCR反应循环数、PCR总反应体系等条件进行优化.PCR扩增产物经琼脂糖凝胶电泳后,切割目的条带凝胶进行克隆测序,然后对克隆测序结果进行核酸序列BLAST比对确认.结果 设计3对巢式PCR引物(P1～P3),扩增产物理论上包含整个HBV DNA S区基因.经过PCR扩增条件优化后,6例低HBV DNA载量的血清样本中仅2例经巢式PCR扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列,22例更低HBV DNA载量样本无一例扩增成功.自建两轮PCR法设计了P4～P15共12对引物,扩增产物理论上包含整个HBV DNA S区基因.经过PCR扩增条件优化并筛选出P13为最佳引物后,6例低HBV DNA载量的血清样本全部扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列;15例(15/22,68.18％)更低HBV DNA载量的样本扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列,经PCR产物克隆测序均证实为HBV DNA S区基因,该15例样本中HBV DNA载量最低为20.1 IU/mL.结论 基于引物P13自建的两轮PCR法更适用于低载量HBV DNA S区基因的扩增,扩增效率和特异性均优于传统巢式PCR;扩增产物可进一步应用于OBI者HBV DNA S区基因序列突变分析.     

非人灵长类结核病的诊断方法及进展

目前非人灵长类结核病的诊断方法单一,给饲养和管理带来影响。通过总结和讨论人的结核病诊断技术,结合非人灵长类的实际情况,指出在结核病检疫中,虽然结核菌素是经典的早期诊断的方法,但血清抗体的检测是结核菌素试验的有效辅助手段,尤其对无反应猴群的结核病检测具有独特的优势。然而,IFNγ的检测有望替代结核菌素试验,实现体外检测结核病。传统的结核菌培养技术时间长,假阴性多,污染率高,给猴的结核病的确诊带来困难。原位PCR技术,能加快诊断速度,提高检出率,特别有利于对小病灶区的病源诊断。虽然目前该技术还不能替代细菌学诊断技术,但两种方法的有效结合将有利于提高非人灵长类的结核病的病源诊断。     

应用RT-PCR技术检测啮齿类动物冠状病毒

为了检测啮齿类动物冠状病毒，设计了特异性引物，建立RT—PCR检测方法，并用于检测。在基因文库中查找了啮齿类动物冠状病毒和SARS病毒的基因序列，从N基因片段中，利用计算机软件设计了一对特异性引物，通过确定反应混合物的浓度和反应条件，并建立了一整套从病毒。RNA抽提、反转录到PCR反应的快速检测啮齿类动物冠状病毒的方法，扩增出了148bp的目的片段。并已用于啮齿类动物中检测各组织和拭子中的冠状病毒。该方法对啮齿类动物冠状病毒的早期诊断和与SARS病毒区别有重要意义。     

猪囊尾蚴GP50编码基因的克隆和序列分析

目的:从猪囊尾蚴cDNA中扩增出GP50编码基因,亚克隆至真核表达载体,利用所得的重组蛋白建立一种灵敏检测猪囊尾蚴感染的实验方法。方法:设计并合成引物,从猪囊尾蚴cDNA文库中PCR扩增GP50编码基因,通过与线性克隆载体pGEM-T连接,经酶切和PCR鉴定及DNA测序证实后,软件分析所获的目的基因。结果:PCR法扩增出897 bp左右的DNA片断,将重组质粒pGEM-T-GP50作BamHⅠ和XhoⅠ双酶切,得到与PCR扩增产物一致的插入片断,表明GP50编码基因具有一个长度为897 bp的完整开放阅读框,编码298个氨基酸,相对分子量33 000,与GenBank收录(编号为AY212945)的猪囊尾蚴GP50编码基因具有高度的同源性(99%)。结论:猪囊尾蚴GP50编码基因的克隆获得成功。     

SARS冠状病毒N基因的扩增与克隆

目的 RT—PCR扩增、克隆SARS冠状病毒N蛋白基因。方法 根据GenBank数据库中TOR2株的全基因组序列，利用Primer Premier5．0软件设计引物RT-PCR巢式扩增SARS冠状病毒的N基因，PCR产物克隆后进行测序鉴定。结果 序列分析表明。pMD18-T载体中已成功重组了N基因。结论 N蛋白基因的扩增、克隆成功，为N蛋白的表达、N蛋白结构与功能的研究奠定了基础。     

先天致畸病原体感染多重PCR检测方法的建立

目的：建立先天多种病原体（ＴＯＲＣＨ）感染的多重ＰＣＲ诊断方法。方法：选择弓形虫、巨细胞病毒、Ⅰ型和Ⅱ型单纯疱疹病毒特异性基因片段,按照多重ＰＣＲ引物设计的特殊要求,各设计一对引物,以四种病原体标准株为模板进行扩增。找出各病原体最佳扩增条件,再进行综合分析,最终找到一个理想的多得扩增条件,结果：各病原体扩增片段及多重ＰＣＲ扩增条带均清晰、均一,产量较高,无非特异扩增,片段长度与理论值一致;ＤＮＡ测     

ISSR-PCR在石斛种间鉴别中的应用

目的 采用ISSR-PCR方法对石斛属9种植物进行鉴别,探讨不同种石斛在DNA分子水平上的差异。方法 选取10条由SSR组成的引物,对9种石斛进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳分析。结果 10条引物中有7条扩增出多态性条带。每条引物可检测的多态性位点最少7个,最多14个,扩增片段大小为220-1260 bp。其中,引物UBC-807和UBC-864具有较高的多态性条带比率,均可以独立将所有被测种区分开来。结论ISSR-PCR作为一种简便、可靠的分子标记鉴定技术,可以作为石斛属种间鉴别的方法之一。