基于网络药理学探讨雷公藤多苷治疗桥本病的潜在作用机制

目的 探讨雷公藤多苷治疗桥本病的潜在作用机制。方法 利用TCMSP数据库、文献挖掘获得雷公藤多苷活性成分,PharmMapper数据库预测活性成分靶点,GeneCards、OMIM数据库获得桥本病相关靶点,利用Venn在线工具筛选两者的交集基因,STRING平台构建蛋白相互作用(PPI)网络,DAVID数据库对交集基因进行GO功能、KEGG通路富集分析,构建活性成分-靶点-通路网络。最后通过分子对接工具SYBYL X2.0进行分子对接。结果 筛选出雷公藤多苷活性成分30种,成分靶点82个,疾病靶点1 373个,交集靶点38个,GO分析8个条目,KEGG分析46条通路,成分-靶点网络的重要靶点与成分-桥本病靶点-通路网络的重要靶点的交集是CASP3、EGFR、MAPK1、MAPK8,雷公藤弗定B1是唯一与4个靶点均有关联的化合物。分子对接结果显示,雷公藤弗定B1与交集靶点结合良好。结论 雷公藤多苷中多种活性成分通过调控NF-κB、MAPK、PI3K/Akt等信号通路作用于介导细胞凋亡的CASP3、EGFR等多个靶点来治疗桥本病。     

基于网络药理学探讨灯盏细辛治疗冠心病的作用机制

目的通过网络药理学方法筛选灯盏细辛治疗冠心病的作用靶点及信号通路,并探讨其作用机制。方法通过中药系统药理数据平台TCMSP数据库等多个国内外知名数据库筛选灯盏细辛的有效成分和冠心病的作用靶点。运用Cytoscape3.6.1软件构建有效成分-靶点网络图,用STRING10.5构建交集靶点相互作用网络图。最后通过DAVID数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG富集分析。结果共筛选出灯盏细辛治疗冠心病的有效成分11个,相对应的主要作用靶点155个,包括AKT1、IL6、VEGFA、JUN、CASP3、MAPK8、EGFR等。GO富集分析得到生物过程(BP)条目2 155个,细胞组分(CC)条目60个、分子功能(MF)条目152个;KEGG通路富集分析得到162条信号通路,主要通过干预PI3K-Akt、AGE-RAGE、MAPK、HIF-1等信号通路发挥治疗冠心病的作用。结论灯盏细辛主要是通过多靶点、多通路联合治疗冠心病,为后续更为深入的机制研究提供了依据。     

基于网络药理学的黄精-党参联合治疗2型糖尿病作用机制研究

目的探讨黄精-党参联合治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄精-党参的化学成分和作用靶点,通过GenCards数据库查询与T2DM相关的基因。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的黄精-党参的化学成分作用靶点基因名,R软件提取药物靶点和疾病靶点交集,Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点网络、STRING在线软件构建蛋白相互作用(PPI)网络,最后通过R软件进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究其作用机制。结果化合物-靶点网络包含23个化合物和相应靶点76个,PPI网络包含76个蛋白,关键蛋白涉及AKT1、MAPK1、JUN、IL6、MAPK14等,GO功能富集分析得到GO条目95个(P0.05),KEGG通路富集筛选得到144条信号通路(P0.05),涉及PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗通路等。结论黄精-党参中的活性成分主要通过协调炎症信号通路、胰岛素相关通路、抗氧化相关信号通路等协同治疗T2DM。     

基于网络药理学探讨“半枝莲-白花蛇舌草”抗乳腺癌的作用机制

该研究基于网络药理学方法探讨"半枝莲-白花蛇舌草"抗乳腺癌的作用机制。通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选半枝莲、白花蛇舌草的有效成分及相应的靶蛋白,通过Genecards,OMIM数据库筛选出乳腺癌的靶点,利用Venn在线软件获取药物与疾病的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2软件构建"化合物-靶点-疾病"网络图。使用STRING数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,利用David数据库对有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果显示,共筛选出半枝莲化合物29个,白花蛇舌草化合物7个,有效作用靶点109个。通过Venn图获得59个药物疾病共同靶点,PPI网络发现MYC,CCND1,EGFR,ESR1,CASP3,VEGFA等可能是"半枝莲-白花蛇舌草"治疗乳腺癌的关键靶点。GO功能分析发现88个条目,涉及转录因子活性、受体活性、细胞因子活性、酶活性及生物合成过程的调控等方面。KEGG通路分析发现37个条目,涉及到癌症、细胞周期、细胞凋亡、血管生成等通路,其中包括p53信号通路、ErbB信号通路、NOD样受体信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路、Wnt信号通路、mTOR信号通路等。该研究初步揭示了"半枝莲-白花蛇舌草"抗乳腺癌的关键靶点和涉及的生物学过程及信号通路,发现其作用是多靶点、多通路的,为今后的分子生物学实验奠定了基础。     

益气活血法通过抑制细胞焦亡减轻缺血性脑中风急性期大鼠脑组织炎症

【目的】 基于网络药理学探讨热毒宁注射液治疗登革热的分子机制。【方法】 收集文献报道的热毒宁注射液活性成分,并通过瑞士靶点预测（SwissTargetPrediction）数据库预测上述成分的作用靶点;通过人类基因数据库（GeneCards）、人类孟德尔遗传在线数据库（OMIM）、治疗靶点数据库（TTD）、比较毒理学数据库（CTD）收集登革热的主要靶点;取药物-疾病交集靶点,利用STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件构建关键靶点蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络,根据关键靶点网络节点度值筛选出关键药效成分;将交集靶点上传至Metascape平台进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析,结合文献调研及关键靶点筛选出关键通路。【结果】 热毒宁注射液共有31个活性成分作用于154个登革热靶点,依据节点度值筛选出29个关键靶点,并由此筛选出8个关键活性成分;GO和KEGG富集分析分别得到1 501个、142个条目,筛选出5条关键通路。【结论】 热毒宁注射液治疗登革热可能通过作用GAPDH、AKT1、TNF、MAPK、CASP-3等关键靶点,调节缺氧诱导因子1（HIF-1）信号通路、核因子kappaB（NF-κB）信号通路、白细胞跨内皮迁移、黏附连接和线粒体自噬等关键信号通路,发挥抗病毒、抗炎、调节免疫、调节凝血和纤溶、调节能量代谢、调节脂质代谢等作用。     

基于网络药理学探讨热毒宁注射液治疗登革热的分子机制

【目的】 基于网络药理学探讨热毒宁注射液治疗登革热的分子机制。【方法】 收集文献报道的热毒宁注射液活性成分,并通过瑞士靶点预测（SwissTargetPrediction）数据库预测上述成分的作用靶点;通过人类基因数据库（GeneCards）、人类孟德尔遗传在线数据库（OMIM）、治疗靶点数据库（TTD）、比较毒理学数据库（CTD）收集登革热的主要靶点;取药物-疾病交集靶点,利用STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件构建关键靶点蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络,根据关键靶点网络节点度值筛选出关键药效成分;将交集靶点上传至Metascape平台进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析,结合文献调研及关键靶点筛选出关键通路。【结果】 热毒宁注射液共有31个活性成分作用于154个登革热靶点,依据节点度值筛选出29个关键靶点,并由此筛选出8个关键活性成分;GO和KEGG富集分析分别得到1 501个、142个条目,筛选出5条关键通路。【结论】 热毒宁注射液治疗登革热可能通过作用GAPDH、AKT1、TNF、MAPK、CASP-3等关键靶点,调节缺氧诱导因子1（HIF-1）信号通路、核因子kappaB（NF-κB）信号通路、白细胞跨内皮迁移、黏附连接和线粒体自噬等关键信号通路,发挥抗病毒、抗炎、调节免疫、调节凝血和纤溶、调节能量代谢、调节脂质代谢等作用。     

实脾散治疗肾源性水肿作用机制的网络药理学分析

目的基于网络药理学方法探讨实脾散治疗肾源性水肿（Renal edema）的作用机制。方法通过TCMSP 数据库检索实脾散的中药活性化合物,通过Swiss Target Prediction 数据库查询其活性化合物对应的作用靶点, 并以TCMSP 数据库中相应化合物的靶点作为补充。通过GeneCards 数据库获取肾源性水肿的相关疾病基因, 并与实脾散活性化合物靶点取交集作为潜在作用靶点。将潜在作用靶点提交至STRING 平台,获取蛋白互 作（PPI）关系并分析筛选得到关键靶点。利用Cytoscape 软件构建关键靶点PPI 网络及中药-活性成分-关键靶点 网络。通过DAVID 平台对关键靶点进行GO 功能富集分析及KEGG 通路富集分析。结果筛选得到实脾散活 性化合物164 个,对应靶点共1 157 个,筛选出关键靶点73 个,主要涉及PIK3CA、STAT3、MAPK1、SRC、 MAPK3 等。GO 功能富集分析结果共得到679 个GO 条目,显示实脾散对细胞表面信号转导、分子功能、刺激 蛋白酶的活性和转录等生物学过程具有调节作用。KEGG 通路富集分析结果共得到116 条相关通路,主要涉及 PI3K-Akt 信号通路、Ras 信号通路、Rap1 信号通路、MAPK 信号通路等。结论实脾散可能主要通过发挥抗 炎、改善血液循环、抗氧化、保护足细胞损伤、抗肾脏纤维化及利尿等药理作用,从而起到治疗肾源性水肿的 作用。     

基于网络药理学探讨肾衰饮治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:根据网络药理学方法对肾衰饮治疗糖尿病肾病(DKD)的作用机制进行探讨。方法:利用中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对肾衰饮中有效成分进行筛选及靶点预测,检索GeneCards、TTD、DisGeNET数据库筛选DKD靶点,利用韦恩图在线平台筛选肾衰饮治疗DKD交集靶点,借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选五苓散治疗DKD核心靶点,使用Cytoscape 3.7.1建立化合物-疾病-靶点调控网络,基于DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集和KEGG信号通路富集分析。结果:基于BATMAN-TCM、TCMSP得到肾衰饮的178个有效成分和280个潜在靶点,筛选获得与DKD疾病发生、发展相关的靶点2 699个,借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选肾衰饮治疗DKD核心靶点31个,GO功能富集分析得到条目346个,其中生物过程条目278个、分子功能条目44个、细胞组成条目24个,主要包括氧化应激、脂质反应、生长因子受体结合、细胞因子受体结合、转录因子结合、血小板α颗粒等功能途径;KEGG信号通路富集分析得出条目101个,主要包括AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、FoxO信号通路、MAPK信号通路等通路途径。结论:基于网络药理学初步探讨并验证了肾衰饮治疗DKD多成分、多靶点、多通路的整体调节作用特点,预测了肾衰饮治疗DKD的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。     

基于网络药理学的麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)作用机制探讨

目的通过网络药理学探讨麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,阐述其可能的作用机制。方法从TCMSP和TCMID数据库搜索麻杏石甘汤4味中药的活性成分及靶点,使用GeneCards及NCBI数据库获取COVID-19靶点;通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络。利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络,使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果从麻杏石甘汤4味药材中筛选获得127个化合物和相应靶点237个。将麻杏石甘汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到49个关键靶点。GO功能富集分析得到GO条目155个(P0.01),KEGG通路富集分析筛选得到90条信号通路(P0.01)。构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络,显示槲皮素、山柰酚、柚皮素、木犀草素等活性化合物在整个网络中发挥着关键作用。结论麻杏石甘汤作用于COVID-19的PPI网络中IL-6、TNF、MAPK8、MAPK3、CASP3、TP53、IL-10、CXCL8、MAPK1、CCL2、IL-1β、IL-4、PTGS2等靶点起着关键作用,其中IL-6目前是COVID-19诊疗方案临床重症预警指标。这些靶点共同参与调节糖尿病并发症AGE-RAGE、IL-17和TNF等多条信号通路,发挥抗炎、抗病毒、免疫调节等作用,可能是麻杏石甘汤治疗新冠肺炎的潜在机制。     

基于网络药理学探讨金叶拜毒颗粒抗新冠病毒的作用机制

目的:运用网络药理学分析金叶拜毒颗粒抗新型冠状病毒的有效成分、靶点和通路,探讨其抗新型冠状病毒的机制,为中医药治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-2019)提供参考。方法:通过TCMSP、Pub Med、Swiss Target Prediction等数据库及相关文献中筛选金叶拜毒颗粒方中中药的化学成分和作用靶点;通过Genecards、OMIMS数据库筛选出新型冠状病毒的疾病靶点;使用Cytoscape3.7.2软件构建"药物-成分-靶点-疾病"网络和潜在靶点的相互作用关系,使用String数据库和Cytoscape3.7.2软件绘制蛋白相互作用网络;通过Matescape富集分析预测核心模块和作用机制。结果:挖掘出金叶拜毒颗粒中化合物46个,465个药物靶点,COVID-19相关疾病靶点465个,二者交集靶点71个,组方中主要化学成分23个,关键靶点涉及GAPDH、ALB、TNF、TP53、MAPK3、IL6、MAPK1、CASP3、MAPK8、FOS等,预测到4个核心板块。GO富集分析共得到1665个条目,KEGG通路富集筛选出条149信号通路。结论:金叶拜毒颗粒具有多成分、多靶点、多通路作用于新型冠状病毒。     

参附注射液有效成分治疗急性心肌梗死作用机制的网络药理学研究

目的从网络药理学方面探讨参附注射液(SFI)中有效成分治疗急性心肌梗死(AMI)的作用机制。方法利用TCMSP、GeneCards、OMIM等数据库及软件分析,检索得到SFI中红参、附子的有效成分以及AMI的关键靶点蛋白,绘制成"SFI有效成分-靶点-AMI"网络图;通过PPI网络图构建SFI治疗AMI的核心潜在靶点蛋白,最后进行疾病与药物间的GO、KEGG功能通路富集图,并将其可视化。结果共检索得到AMI的靶点共3341个,SFI有效成分共41个,其中发现AMI与SFI相交集的关键靶点共33个,GO、KEGG富集主要包括20个与AMI相关的活性分子及通路,可调节相关细胞因子,与抗缺血缺氧、抑制凋亡和炎症反应等多个靶向通路联系密切。结论SFI在治疗AMI的再灌注损伤过程中与多种有效生物分子、靶蛋白及通路相关,协作发挥抗缺血缺氧、抑制凋亡和炎症反应等作用,值得深入探究。     

基于网络药理学探讨冬虫夏草预防慢性支气管炎急性发作的可行性研究

目的应用网络药理学方法探讨冬虫夏草预防慢性支气管炎急性发作(AECB)的物质基础及作用机制。方法通过文献检索及TCMSP、Pub-Chem、SwissTargetPrediction在线数据库筛选冬虫夏草的有效成分及靶点预测,从GeneCard数据库获取AECB相关疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点进行交集,筛选得到共同作用靶点。将共同作用靶点利用String和Cytoscape3.7.1软件进行蛋白互作网络构建及关键靶点筛选,通过DAVIDE软件进行GO生物功能富集分析和KEGG通路富集分析并通过R version3.6.2软件绘制气泡图。结果本研究共筛选得到符合标准的活性成分7个,药物潜在作用靶点234个,AECB疾病靶点697个,取交集后获得药物与疾病共有核心靶点61个,重点靶点TP53、TNF、MAPK1、EGFR、MAPK8、MAPK14、PTGS2、SRC、AR、NR3C1等,大多与免疫调节、癌症调节及炎症反应相关。GO富集分析得到147条相关条目,主要涉及炎症反应、免疫调控、信号传导、细胞凋亡等生物过程;KEGG富集分析筛选出83条通路,主要包括免疫调节相关通路、感染相关通路、炎症相关通路、癌症相关通路等。结论本研究发现冬虫夏草可以通过调节机体免疫和营造不利于病原微生物的生存环境,发挥防治AECB的作用,为冬虫夏草用于AECB的防治提供理论依据。     

基于网络药理学探讨脑出血方治疗脑出血的作用机制

目的应用网络药理学方法探讨脑出血方对脑出血的作用机制。方法借助中药系统药理学技术平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)和BATMAN-TCM数据库检索并收集水蛭、虻虫、大黄、蒲黄、三七、石菖蒲、瓜蒌和龟板的所有化学成分,并以口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18为标准,筛选出活性化学成分。通过OMIM、Gene Cards等数据库筛选脑出血相关基因的靶标。借助String在线数据库构建靶点蛋白互作网络;利用DAVID数据库进行基因功能GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果共获得脑出血方活性化学成分48个,预测靶点705个,脑出血基因靶点3605个,交集靶点341个。PPI网络涉及292个蛋白质节点,核心靶点主要有MAPK1、AKT1、JUN、TNF、RELA、CXCL8、IL6、MAPK8、BDKRB2、PRKCA等。GO功能富集分析得到GO条目342个(P<0.05),其中生物过程条目700个,分子功能(CC)条目77个,细胞组成(MF)条目145个。KEGG通路富集筛选得到脑出血相关信号通路14条(P<0.05),主要涉及HIF-1信号通路、cAMP信号通路、MAPK信号通路等。结论通过构建“药物-成分-靶点”网络,初步验证并预测了脑出血方从多成分、多靶点、多途径发挥治疗作用,为未来进一步临床研究提供参考和依据。     

基于网络药理学探讨徐长卿-紫草-地肤子治疗湿疹的作用机制

目的 通过网络药理学探讨徐长卿-紫草-地肤子治疗湿疹的有效成分及作用机制.方法 首先,利用TCMSP平台检索徐长卿、紫草、地肤子的化学成分和作用靶点,在DrugBank、OMIM、GeneCards和TTD四个数据库筛选出治疗湿疹的靶标;其次,通过Uniprot数据库对靶点进行基因注释,利用Venny 2.1在线工具获...     

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制。通过TCMSP平台获取血府逐瘀汤活性成分及对应靶点,借助GeneCards,DisGeNET,OMIM数据库获取心肌梗死相关靶点,对药物靶点和疾病靶点取交集,获取交集靶点。使用Cytoscape软件,构建"活性成分-靶点"网络图,利用STRING平台绘制PPI网络,使用MCODE插件进行蛋白聚类分析,利用DAVID数据库与ClueGO插件进行GO富集分析和KEGG通路分析,使用Autodock Vina和Pymol进行分子对接。最终得到血府逐瘀汤活性成分226个,对应靶点257个,心肌梗死相关靶点1 340个,药物与疾病的交集靶点109个。GO分析得到208个生物过程条目,38个分子功能条目,33个细胞成分条目;KEGG通路分析得到NF-κB信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路等相关通路。分子对接结果显示,血府逐瘀汤治疗心肌梗死的主要活性成分槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、木犀草素、豆甾醇、黄芩素与核心蛋白IL6,ALB,VEGFA,TNF,MAPK3,CASP3有较好的结合性。由此推测,血府逐瘀汤可能通过减少炎症反应,降低氧化应激,抑制细胞凋亡,促进血管新生,从而起到治疗心肌梗死的作用。     

基于网络药理学探讨益智仁-乌药治疗糖尿病肾病的有效成分及作用机制

目的基于网络药理学探讨益智仁-乌药治疗糖尿病肾病的有效成分及作用机制。方法运用多个在线数据库查找并筛选益智仁和乌药的活性成分、益智仁和乌药活性成分作用的相关靶点、糖尿病肾病相关的基因;通过UniProt数据库查询靶点对应的基因名;运用Cytoscape 3.2.1构建益智仁-乌药药对化合物对应靶基因网络;运用韦恩图筛选活性成分对应靶点与疾病相关基因的交集基因,并将交集的基因构建蛋白互作关系(PPI)网络;最后用DAVID的数据库对交集的基因做GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析,并将GO与KEGG的结果进行可视化处理。结果共筛选出10个潜在活性成分和相应的108个靶蛋白;益智-乌药药对潜在活性成分靶点与DN的相关基因共有36个交集基因;交集蛋白之间相互作用关联度排名前十的包括:AR与NCOA2、NCOA2与PPARG及NR3C1与NCOA2等;分子功能(MF)的条目有15条、细胞成分(CC)的条目有12条、生物过程(BP)的条目有48条及信号通路有19条(P<0.05)。结论益智仁-乌药通过多成分、多靶点及多环节的协同作用治疗DN。     

基于网络药理学和分子对接法探讨虎杖干预类风湿关节炎作用机制

目的探讨虎杖干预类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的分子作用机制。方法通过TCMSP筛选虎杖的有效活性成分并预测相关靶点,通过GeneCards数据库预测RA相关靶点,将虎杖药效靶点与RA相关靶点取交集,得到虎杖干预RA的共同靶点,使用Cytoscape 3.7.2构建药物-活性成分-靶点-疾病网络。将获得的共同靶点导入STRING数据库进行蛋白质相互作用分析,经R语言计算筛选出虎杖干预RA的核心靶点。运用DAVID在线数据库及R语言对共同靶点进行GO分子功能富集分析和KEGG通路富集分析。使用AutoDock Vina软件对活性成分和前5位核心靶点进行分子对接。结果筛选获得10个虎杖有效活性成分和对应的203个药效靶点,检索得到4424个RA相关靶基因,取交集后得到139个虎杖干预RA的共同靶点,蛋白相互作用网络分析提示,v-akt鼠科胸腺瘤病毒癌基因同源物Ⅰ(v-akt murine thymoma viral oncogene homolog 1,AKT1)基因、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53,TP53)基因、JUN、MAPK1、人v-rel禽网状内皮细胞过多症病毒癌基因同源物(AV-Rel Reticuloendotheliosis Viral Oncogene Homolog A,RELA)等为核心靶点。GO富集分析得到虎杖干预RA的分子功能共35个,包括ATP结合、锌离子结合、转录因子活性等。KEGG富集分析得到虎杖干预RA的相关信号通路共117条,包括PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、癌症通路等。分子对接显示,有效成分均与基因AKT1、TP53、JUN、MAPK1、RELA对接良好,其中大黄素甲醚双葡萄糖苷与JUN显示出较好的结合能力。结论基于网络药理学和分子对接法分析虎杖可多靶点、多通路干预RA,为其药品研发提供参考。     

基于网络药理学探讨丹参-葛根药对治疗糖尿病心肌损伤的分子机制

目的:采用网络药理学方法研究丹参-葛根药对治疗糖尿病心肌损伤的作用机制。方法:通过检索中药系统药理数据分析平台(TCMSP),以口服利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18作为筛选条件,剔除预测不到靶点的化合物共得到41个有效成分,其中丹参38个,葛根3个,同时筛选出65个有效作用靶点。通过Genecard和OMIM数据库获得与糖尿病心肌损伤相关疾病的作用靶点580个,利用R语言软件包得到药对-疾病的交集靶点29个,并绘制韦恩图,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药对-疾病-靶点作用关系网络图,用STRING在线软件绘制药物和疾病交集靶点蛋白相互作用网络,通过DAVID和Kabas3.0分析工具进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果:GO分析结果显示,分子功能主要是蛋白质异二聚活性、类固醇激素受体活性、内肽酶活性、半胱氨酸型内肽酶活性、类固醇结合、配体调节序列特异性DNA结合-转录因子活性、半胱氨酸型肽酶活性、RNA聚合酶II转录因子结合、神经递质受体活性、核受体活性、细胞因子受体结合等。KEGG分析结果显示,丹参-葛根药对主要作用与凋亡信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。结论:应用网络药理学的研究方法通过多种数据库与统计分析软件可以有效预测与分析丹参-葛根药对主要是通过多途径、多种信号通路作用于多种靶点来发挥治疗糖尿病心肌损伤的机制。     

β-细辛醚抗凝血的网络药理学作用机制研究

目的利用网络药理学的方法分析β-细辛醚抗凝血的作用靶点及机制。方法通过TCMSP数据库、Swiss Target Prediction平台以及PharmMapper服务器预测出β-细辛醚可能的作用靶标。通过TTD、OMIM以及pharmgKB数据库检索凝血相关的靶点,找出两者的共有靶点即为β-细辛醚作用于凝血的直接靶点。使用Cytoscape 3.7.1下的插件BisoGenet 4.0.0,分别构建β-细辛醚和凝血相关靶点蛋白的PPI图,采用Merge功能得到两者的交集网络,随后对其进行拓扑分析,筛选出核心靶点蛋白,从中找出β-细辛醚的靶点,利用DAVID数据库对其进行GO注释和KEGG通路分析。结果β-细辛醚作用于凝血的直接靶点有3个,分别是APP、PTGS2、TBXAS1,间接靶点有TYK2、TGFBR1、HCK等26个。涉及癌症、感染性疾病、MAPK等相关生物过程和信号通路。在KEGG分析和GO富集分析中均涉及MAPK信号通路。结论β-细辛醚抗凝血的作用机制可能主要与MAPK信号通路有关。β-细辛醚可能对癌症相关凝血、感染性疾病相关弥漫性血管内凝血具有一定的作用。     

基于网络药理学的疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子机制探析

目的探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索疏风解毒胶囊有效活性成分及作用靶点。运用GeneGards等数据库对疾病靶点进行筛选,使用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络和蛋白互作(PPI)网络,通过DAVID数据库对靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果共得到疏风解毒胶囊有效活性成分共207个,其中作用于COVID-19的60个活性成分可通过46个潜在靶标作用于COVID-19。富集得到GO中1 343个生物过程条目和6条KEGG通路,涉及内分泌抵抗、MAPK信号通路、精氨酸生物合成路径等。结论疏风解毒胶囊主要通过黄酮类和植物甾醇类活性成分调节IL6、IL1B、CCL2、MAPK8、MAPK1、MAPK14、CASP3、FOS、ALB等关键靶点,调控炎症反应、氧化应激损伤、细胞凋亡、肺纤维化增生等过程减轻肺损伤来治疗COVID-19。