应用CRISPR/Cas13a快速鉴定布鲁氏菌

目的 建立一种基于CRISPR/Cas13a的布鲁氏菌鉴定方法。方法 以布鲁氏菌BCSP31基因的保守区为靶标区域设计特异的引物和crRNA,建立鉴定布鲁氏菌的CRISPR/Cas13a方法。通过对纯菌株以及临床需氧血培养阳性菌液检测评价该方法的特异性和敏感性;通过梯度稀释法评估其检测下限。结果 建立了基于CRISPR/Cas13a的布鲁氏菌快速鉴定方法,其检测下限可达10 fg/μL。通过鉴定64株布鲁氏菌、56株非布鲁氏菌、人DNA以及57例临床需氧血培养阳性菌液,计算该方法的敏感性、特异性可达100%。结论 建立了一种基于CRISPR/Cas13a的布鲁氏菌鉴定方法,可用于临床需氧血培养阳性后快速鉴定布鲁氏菌。     

牛羊猪种布鲁氏菌快速鉴别PCR方法的建立及评价

目的 建立一种可在一个反应体系中同时鉴别布鲁氏菌及牛羊猪种布鲁氏菌的快速PCR鉴别方法。方法 将布鲁氏菌及牛羊猪种布鲁氏菌的扩增引物进行优化组合,建立全新的BAMS-PCR方法;随后对该方法的特异性和灵敏度进行评价,并对现场分离的219株布鲁氏菌进行鉴别,评价其在布鲁氏菌鉴别中的应用价值。最后,用该方法对临床标本中布鲁氏菌的DNA进行扩增,评价其在临床诊断中的实用性。结果 BAMS-PCR方法可在同一反应中同时鉴别布鲁氏菌及牛种(1,2,4型),羊种(1,2和3型)和猪种(1型)布鲁氏菌,并有较好的特异性和敏感性。布鲁氏菌属,牛种,猪种和羊种布鲁氏菌引物的检测灵敏度分别为10 pg/μL,100 pg/μL, 10 pg/μL和100 pg/μL。BAMS-PCR对219株临床分离菌株的鉴定结果和常规生物分型方法的鉴定符合率为100%。经BAMS-PCR检测,97份临床血清样本仅6份为阳性,全血和组织(羊脾)样本全部为阴性。结论 BAMS-PCR是一种简便、快速、高效、准确的布鲁氏菌鉴别方法,可作为临床分离菌株的首选鉴别方法。     

149株布鲁氏菌病原快速诊断方法的评价

目的 评价细菌培养快速准确诊断布鲁氏菌的方法。方法 采用细菌生长曲线、革兰染色、石碳酸复红单染、尿素、氧化酶、触酶等快速实验方法分离的149株布鲁氏菌与疾病控制中心(CDC)标准试管凝集法(STA)结果进行比较,对实验室诊断方法进行评价。结果 分离并确诊的149株布鲁氏菌中,有2株的STA结果为阴性。结论 实验室快速诊断布鲁氏菌的方法准确性高、易操作、生物安全性高,不易漏诊。     

福建省2012-2018年布鲁氏菌分离株的MLST分型

目的 探讨2012-2018年福建省布鲁氏菌分离株种群结构及遗传进化关系。方法 采用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)对43 株布鲁氏菌分离株的9 个基因位点的序列进行测定,与标准序列比对后确定菌株ST型,通过Bionumerics 6.6软件对其进行聚类分析。结果 43 株布鲁氏菌分离株中,38 株为ST8型,5 株为ST17型。结论 福建省布鲁氏菌主要流行株为ST8型。MLST是研究布鲁氏菌遗传特征的重要方法。     

2019年广东省梅州市首起人间布鲁氏菌病暴发疫情的调查

目的 分析广东省梅州市五华县暴发的一起人间布鲁氏菌病的流行及溯源情况,为布病防治提供科学依据。方法 采用描述性流行病学方法对广东省梅州市五华县发生的布鲁氏菌病疫情进行分析; 应用分子生物学方法对血液及羊奶样品中的布鲁氏菌进行检测。根据AMOS-PCR和血清凝集试验等方法对分离菌株进行种型鉴定,并采用MLST技术对分离菌株进行种间遗传关系分析。结果 在血液及羊奶样品中均检测到布鲁氏菌Omp22和16S rRNA基因。全血样品中共分离到14株布鲁氏菌,且均为羊种3型布鲁氏菌。经MLST技术聚类分析后,14株羊种布氏菌分离株与11株各生物种型标准株间的相似值介于82.0%~100.0%。结论 广东省梅州市五华县暴发的人间布鲁氏菌病疫情,其引起该病的主要原因是生饮鲜羊奶所致,这为广东地区布鲁氏菌病的防控提供了有利的数据。     

陕西省布鲁氏菌菌株多位点序列分析研究

目的 对陕西省分离的77株布鲁氏菌菌株进行遗传多态性分析,了解其遗传特征及进化关系。方法 应用多位点序列分型(Multiple locus sequence typing,MLST)技术,测定77株陕西省地区布鲁氏菌分离株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列,确定各菌株序列型(STs),运用BioNumerics(Version 7.6)构建最小进化树,分析菌株间遗传进化关系。结果 74株分离株(47株羊种3型、10株羊种1型、7株羊种2型、10株羊种变异型)序列型为ST8型,2株分离株(牛种生物型)序列型为ST2,1株分离株(猪种1型)序列型为ST14型。结论 不同生物型布鲁氏菌的MLST分型结果稳定,羊种3型(ST8型)布鲁氏菌是陕西省主要流行菌株;MLST分型作为传统生物分型的技术补充,建立了陕西省布鲁氏菌基因分型数据库,对本省今后人间布病的防控具有科学指导意义。     

MLVA分型在布鲁氏菌临床分离株中的应用探索

目的 探讨MLVA分型对于鉴别布鲁氏菌病复发与重复感染的意义。方法 对初次发病与二次发病的布病患者进行血培养,分离菌株,对分离菌株做布鲁氏菌种属鉴定与MLVA-16分型鉴定,分析两次发病分离到的菌株的分型结果及各位点的差异。结果 收集到4例二次发病的布病患者的血培养物,分离得到8株布鲁氏菌,经MLVA-16分型鉴定为7个基因型,1例两次发病时间间隔较短的患者的2株分离株的MLVA-16分型一致,没有差别,提示为复发。而另外3例两次发病时间间隔较长的患者的6株分离菌株,其MLVA-16分型的基因型不同,分别各有一个位点的差异,提示为重复感染。结论 MLVA分型对于布鲁氏菌病的复发与重复感染具有一定的鉴别意义。     

内蒙古兴安盟地区布鲁氏菌流行株种型鉴定和体外药物敏感性分析

目的 了解内蒙古兴安盟布鲁氏菌流行株的主要种型,分析布鲁氏菌流行株的体外药物敏感性,指导临床治疗。方法 选择内蒙古兴安盟布病发病率较高的旗县和人口密集的旗县,采集临床诊断的布病患者200份血液样本,用全自动血液培养仪培养分离出28株布鲁氏菌,用全自动生化鉴定系统、BCSP31-PCR及传统经典的方法进行种型鉴定,最后用肉汤微量稀释法对其中的25株布鲁氏菌进行13种抗生素的体外药敏试验。结果 28株布鲁氏菌中羊种3型18株(64.29%)和羊种1型10株(35.71%),进行药敏试验的25株菌中,100%菌株对多西环素、庆大霉素、链霉素、四环素均敏感,16%的菌株对利福平、头孢曲松的药物敏感性可能降低,20%的菌株对复方新诺明耐药,100%的菌株对阿奇霉素耐药。结论 内蒙古兴安盟布鲁氏菌流行株主要是羊种3型和羊种1型,目前对一线方案药物较为敏感,在布病的急性期治疗上,宜规范化治疗,首选一线方案药物:多西环素、庆大霉素、链霉素、利福平。     

广东省肺结核临床分离菌株DNA指纹分析

目的　构建结核分支杆菌IS6 110DNA指纹图谱 ,从分子水平探讨广东省结核分支杆菌的特征。方法 参照VanEmbden推荐的结核分支杆菌DNA指纹标准方法 ,构建标准菌株Mt14 32 3和广东省的 74株临床分离株的以RFLP为基础的结核分支杆菌的IS6 110DNA指纹图谱 ;经互联网与世界结核菌DNA指纹库进行相似性比较 ;应用Gelcompar 4 .1(AppliedMaths ,Kortrijk ,Belgium )软件对上述菌株的指纹图谱进行聚类分析。结果 Mt14 32 3标准菌株和 74例临床分离菌株IS6 110DNA指纹图谱结果与国外同类报道一致 ;其中 2 4 .3% (18/74 )的结核菌株的IS6 110DNA指纹相似值在 1～ 0 .6 5之间 ,鉴定结果为它们均是北京家族结核分支杆菌 ;IS6 110 0 1个拷贝和 2个拷贝菌株较多 (2 1/74 )。结论 目前“北京家族”结核分支杆菌菌株一定程度上在广东地区流行。     

一株羊种变异布鲁氏菌分离株遗传特征分析

目的 为研究一株羊种布鲁氏菌粗糙型变异菌株的遗传特征。 方法 本研究利用布鲁氏菌表型鉴定方法、全基因组测序及比较基因组分析方法。 结果 分离株与单因子R血清、三胜黄素发生凝集且能够被结晶紫染色,全基因组测序表明,该分离株与羊种2型菌株相似性最高;其基因组由2条染色体组成,大小为3 311 700 bp,GC含量为57.2%,含有3 379个CDS,9个rRNA,55个tRNA和4个ncRNA;存在282个变异,其中243个SNPs,39个InDel;已知的LPS合成基因中,8个存在错义突变。 结论 基因水平上的突变导致LPS合成受阻,分离株表型由光滑型变为粗糙型。本研究为羊种布鲁氏菌粗糙型变异菌株的研究提供了基础数据,同时也为布鲁氏菌疫苗候选株的筛选提供新思路。     

MALDI-TOF-MS鉴定宋内志贺菌的临床应用

目的建立基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)鉴定宋内志贺菌的质谱数据库,实现对临床分离宋内志贺菌的快速鉴定。方法建立经提取法处理后鉴定宋内志贺菌的质谱数据库。在分别使用直接涂抹法和提取法处理后对200株宋内志贺菌野生株进行鉴定验证;同时针对宋内志贺菌的不同菌相、不同激光强度和不同样本保存时间分别进行MALDI-TOF-MS鉴定。再选取100株大肠埃希菌,进行MALDI-TOF-MS鉴定,以确定新建数据库的特异性。结果宋内志贺菌经提取法处理后的鉴定符合率为100%,经直接涂抹法处理后的鉴定符合率为71.5%。宋内志贺菌不同菌相和不同激光强度的鉴定结果差异无统计学意义(P>0.05);而样本不同保存时间鉴定结果差异有统计学意义(P<0.05)。使用新数据库后,大肠埃希菌鉴定符合率为96.0%。结论经提取法处理后应用MALDI-TOF-MS鉴定宋内志贺菌建立的质谱数据库,能快速、准确鉴定宋内志贺菌到种水平,满足腹泻病原菌临床分离株的快速诊断。     

布氏菌分离株16SrDNA基因遗传进化分析

目的检测内蒙古布氏菌临床分离株的16SrDNA基因序列,构建16SrDNA遗传进化树,确定该菌株的分类地位。方法用BCSP31-PCR对临床分离株检测,再进行16SrDNA双向测序;从GeneBank下载标准参考菌株和与布氏菌有共同抗原细菌的16SrDNA基因序列;用Mega6.0进行序列比对并构建遗传进化树。结果BCSP31-PCR结果显示均有223 bp扩增条带,16SrDNA测序得到单一基因序列;比对后发现有4处特异片段,经Blast比对,位于844-1224包括380 bp的片段为布氏菌独有;进化树显示布氏菌临床分离株与标准菌株聚在1个末端分支上,遗传距离接近0,无法精细区分相互关系;与人苍白杆菌聚集在1个亚分支上,遗传距离0.019;与其它试验菌株如霍乱弧菌、小肠结肠炎耶尔菌遗传进化距离较远,遗传距离>0.02。结论从遗传进化角度对布氏菌分离株与标准菌株的亲缘关系进行分析,布氏菌所有种型遗传距离接近,提示布氏菌16SrDNA为高度保守序列,不宜做遗传进化分析的靶基因;布氏菌与人苍白杆菌有较近的亲缘关系;布氏菌属16SrDNA特有的380 bp的基因片段可作为布氏菌快速鉴定的靶序列。     

2009-2012年宁夏人群感染布鲁氏菌种型分布特征

目的鉴定2009—2012年宁夏分离的布鲁氏菌,掌握感染人群的主要布鲁氏菌种型。方法采用血培养瓶从试管凝集试验（SAT）抗体阳性的病人血液中分离布鲁氏菌,利用传统生物学特性鉴定方法结合聚合酶链式反应（PCR）和A,M,O,S-聚合酶链式反应（AMOS-PCR）方法进行种型鉴定。结果从目标人群中共分离22株菌,PCR检测均扩增出223bp的特异性条带,鉴定为布鲁氏菌。AMOS-PCR中均扩增出178bp和731bp的特异性条带,鉴定为羊种布鲁氏菌,结合染料抑菌试验、噬菌体裂解和特异性血清凝集试验结果,22株菌均为羊种3型布鲁氏菌。结论2009—2012年宁夏人群感染布鲁氏菌主要为羊种3型布鲁氏菌,PCR和AMOS-PCR可作为布鲁氏菌分离鉴定的辅助方法推广使用。     

福建省布鲁氏菌分离株的分子生物学鉴定

目的利用分子生物学方法鉴定福建省布鲁氏菌分离株。方法对布鲁氏菌分离株进行AMOS-PCR和MLVA分型。结果3株福建省分离株经AMOS-PCR鉴定为羊种,与传统生物学分型一致;MLVA分型将其分为3个基因型,聚类分析鉴定为羊种。结论AMOS-PCR、MLVA分型可以作为我省布鲁氏菌分离株鉴定的辅助手段。     

宁夏地区布鲁氏菌临床分离株OMP25基因序列特征分析

目的采用PCR法扩增宁夏地区布鲁氏菌临床分离株OMP25基因并测序,分析OMP25基因序列特征,为布鲁氏菌鉴定以及基因克降与表达研究提供参考。方法参考GenBank公布的布鲁氏菌外膜蛋白OMP25基因序列设计1对引物,采用PCR法从宁夏地区分离株布鲁氏菌基因组中扩增OMP25基因并进行双向测序,测序结果用Contig Express软件拼接,采用DNAstar软件进行分析。结果经鉴定,两分离株布鲁氏菌均为羊种3型,测序获得OMP25基因全长序列为638bp,编码212个氨基酸,核苷酸序列与GenBank公布羊种布鲁氏菌OMP25基因同源性为99．9％,氨基酸序列同源性为99．7%。系统进化树显示,分离株与参考株布鲁氏菌亲缘关系相近,与羊种布鲁氏菌为同一个分枝。结论宁夏地区布鲁氏菌分离株OMP25基因序列与参考菌株序列同源性高,且与羊种布鲁氏菌存同一分枝,表明OMP25基因序列是一个保守序列。该研究结果可为布鲁氏菌的分子生物学鉴定和诊断试剂的研制提供参考。     

PCR-HRM方法快速鉴定布鲁氏菌的初步应用

目的 本研究旨在建立准确、快速地鉴定布鲁氏菌菌种及生物分型的PCR-HRM(高分辨率熔解曲线)方法。方法 根据目的基因序列,参考文献合成6对基因扩增引物(1对布鲁氏菌属特异引物,5对种间特异引物),应用PCR-HRM方法鉴定布鲁氏菌属6个种19个生物型的标准菌株,并初步应用到临床分离的35株布鲁氏菌中。结果 采用布鲁氏菌属特异引物(Bspp),6个种19个生物型的标准菌株均扩增出同样形状的溶解曲线,与其它对照菌株的曲线不同;采用5对种特异引物,6个种的标准菌株均有特征性PCR-HRM曲线;临床分离的35株布鲁氏菌的PCR-HRM曲线与羊种布鲁氏菌标准菌株的一致。结论 该研究采用的PCR-HRM分析方法,获得了布鲁氏菌属及6个种标准菌株的不同曲线图,可准确鉴定临床分离的羊种布鲁氏菌,可用于临床微生物实验室疑似布鲁氏菌感染的初步鉴定。     

MALDI-TOF-MS鉴定宋内志贺菌的初步应用研究

目的通过扩充基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrixassisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)的数据库研究宋内志贺菌的鉴定。方法用提取法进行宋内志贺菌质谱图的建库,建库后分别使用直接涂抹法和提取法对50株宋内志贺菌野生株进行鉴定。结果提取法的鉴定符合率为100%,而直接涂抹法的鉴定符合率为60%。结论 MALDI-TOF-MS通过数据库的扩充和流程的优化可以鉴定宋内志贺菌到血清学水平,它将会成为临床微生物实验室的诊断和鉴别工具。     

中国布鲁杆菌插入序列基因多态性的研究

目的分析国内83株布鲁杆菌基因组的插入序列(IS)IS711的遗传多态性。方法提取布鲁杆菌DNA,经内切酶EcoRI酶切、琼脂糖凝胶电泳、Southern转印后,与地高辛标记的IS711探针杂交,以酶免疫试验检测信号,比较布鲁杆菌各株的IS711指纹图谱。结果不同布鲁杆菌菌株在IS711探针杂交图谱上有明显的多态性,根据杂交的条带数及片段大小的差异,83株布鲁杆菌分属15个IS型。以IS10型分布最为广泛,其次是IS3型,其他型别则较分散,有的IS型只存在于某个菌株。结论布鲁杆菌插入序列IS711在基因分布上存在多态性。