陕西省鼠疫耶尔森菌MLVA分型研究

目的 掌握陕西省鼠疫耶尔森菌分离株的MLVA基因分型特征,阐明不同疫情年份菌株间的遗传进化关系,为今后陕西省鼠疫的监测防治工作提供科学依据。方法 采用MLVA(14+12)方法,对分离自陕西省鼠疫疫源地的66株鼠疫耶尔森菌进行基因分型,利用BioNumerics(Version7.6)软件对分型结果进行聚类分析。结果 66株鼠疫耶尔森菌分为A、B、C群,根据分离时间聚集成为相应群,A群包含42株菌,其中39株菌分离自2000-2001年,B群包含16株菌,其中15株分离自2006年,C群含8株菌,其中6株分离自1987-1988年。基因型分为19种,8个基因型为多菌株基因型,其他型为单菌株基因型。结论 陕西省鼠疫菌MLVA基因型具有多态性,不同疫情年份菌株主导的基因型不同,MLVA分型能够很好区分陕西省不同年代鼠疫菌株,可用于鼠疫菌株的溯源分析。     

利用分子生物学技术对鼠疫耶尔森菌的分类鉴定

目的 对4株可疑菌株进行系列验证实验,以确定其是否为鼠疫耶尔森菌(以下简称鼠疫菌)自然分离株.方法 用鼠疫细菌学常规方法和分子生物学手段确定其生物学表型特征、特异性基因及基因组特征.结果 4株菌具备鼠疫菌的典型形态特征;能被鼠疫噬菌体完全裂解;主要生化特性为阿胶糖(+)、鼠李糖(-)、麦芽糖(+)、蜜二糖(-)、甘油(-)、脱氮(+),与鼠疫菌同源菌株菌苗株(EV76)一致;其毒力因子为F1(+),VW(+),Pgm(-),PstⅠ(+),与鼠疫菌菌苗株(EV)特征完全一致;109个/ml可疑菌对实验动物小白鼠无致死能力.具有鼠疫标识基因;差异片段(DFR)分型结果,4株菌的24个DFR扩增,DFR谱不同于任何鼠疫菌自然分离菌株基因组型.结论 尽管4菌株具备鼠疫菌自然分离株的一些表型特征,但基因组特征表明其不是鼠疫菌自然分离株,而是鼠疫菌同源菌株菌苗株(EV菌).     

青海地区喜马拉雅旱獭疫源地鼠疫菌基因组时空演变及其生态适应分析北大核心CSCD

目的探索青海地区喜马拉雅旱獭疫源地鼠疫菌基因组时空演变及其影响因素。方法采用判断抽样选取青海地区喜马拉雅旱獭疫源地自然分离到的鼠疫菌556株,对其基因组型DFR数据进行分析,采用鼠疫菌基因组分型和空间流行病学方法,绘制鼠疫菌基因组DFR时空演变专题地图,综合分析鼠疫菌基因组时空演变特征及其趋势,探索鼠疫菌基因组时空演变影响因素。结果青海地区喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地鼠疫菌DFR分型存在着明显的时空差异。在空间尺度上,5型和8型分布广泛,其中5型主要分布在玉树和唐古拉地区,8型主要分布在海南、海西和海北等地;32型仅存在唐古拉地区,44型则分布在海北的祁连、门源2个地区。在时间尺度上,各地分离到的鼠疫菌基因组DFR型别均有不同程度的种群替代,这一特点在玉树地区表象尤为明显。结论鼠疫菌基因组型时空分布及其演变受鼠疫疫源地所在的生态环境的综合影响,而气候因素是其中的一个重要环节,这将为基于生态流行病学和基因组流行病学的现代鼠疫防治和学科建设提供参考依据。     

青海地区喜马拉雅旱獭疫源地鼠疫菌基因组时空演变及其生态适应分析

目的探索青海地区喜马拉雅旱獭疫源地鼠疫菌基因组时空演变及其影响因素。方法采用判断抽样选取青海地区喜马拉雅旱獭疫源地自然分离到的鼠疫菌556株,对其基因组型DFR数据进行分析,采用鼠疫菌基因组分型和空间流行病学方法,绘制鼠疫菌基因组DFR时空演变专题地图,综合分析鼠疫菌基因组时空演变特征及其趋势,探索鼠疫菌基因组时空演变影响因素。结果青海地区喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地鼠疫菌DFR分型存在着明显的时空差异。在空间尺度上,5型和8型分布广泛,其中5型主要分布在玉树和唐古拉地区,8型主要分布在海南、海西和海北等地;32型仅存在唐古拉地区,44型则分布在海北的祁连、门源2个地区。在时间尺度上,各地分离到的鼠疫菌基因组DFR型别均有不同程度的种群替代,这一特点在玉树地区表象尤为明显。结论鼠疫菌基因组型时空分布及其演变受鼠疫疫源地所在的生态环境的综合影响,而气候因素是其中的一个重要环节,这将为基于生态流行病学和基因组流行病学的现代鼠疫防治和学科建设提供参考依据。     

青海省乌兰县鼠疫病原学分析及流行病学意义

目的分析青海省乌兰县鼠疫菌株生物学特性及流行病学意义,为该地区的鼠疫防治提供科学依据。方法对1966—2011年青海省乌兰县分离的65株鼠疫菌株进行生化试验、毒力测定、毒力因子鉴定、质粒分析、鼠疫菌差异区段(Different Region,DFR)分型等研究。结果 65株被试菌株生物型为古典型、生态型均为青藏高原型。菌株基因组型为8型、5型、1b型、37型、44型,主要基因组型为8型。携带3种质粒谱,83.08%(54/65)菌株携带分子质量为6×106、45×106、52×106的质粒谱。93.85%(61/65)的鼠疫菌具备4个毒力因子,96.97%(32/33)的鼠疫菌为强毒菌。结论青海省乌兰县分离的鼠疫菌具备青藏高原鼠疫病原体特性,鼠疫菌的毒力强,因此该地区的鼠疫防治工作不容松懈。     

分子生物学方法鉴定四川省德格县鼠疫菌株

目的对四川省德格县更庆乡上压巴地区从自毙喜马拉雅旱獭体内分离到2株疑似鼠疫耶尔森氏菌(以下简称鼠疫菌)进行实验室诊断及鉴定。方法采用PCR技术,检测鼠疫菌特异基因,并进行基因分型。结果鉴定的2株菌具有鼠疫菌的特异标识序列3a和鼠疫菌的质粒基因Pla、calf、LcrG;DFR谱中均缺失DFR1、DFR2、DFR13、DFR23。结论本次鉴定的2株菌均为喜马拉雅旱獭型鼠疫杆菌。     

青海省鼠疫疫源地鼠疫耶尔森菌的基因型分布

目的研究青海省鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)基因型分布特征。方法对分离到的青海省148株鼠疫菌,根据已经证实的22个差异区段设计引物,每株鼠疫菌的每个基因差异区段都采用PCR技术进行验证。结果148株青海省鼠疫菌共包括8个基因型,即1、5、7、8、14型、新基因组型和Ype-ancestor型,其中以5型和8型为主。祁连山南麓和青海湖环湖地区的祁连、门源、刚察、海晏、共和、天峻等的菌株绝大多数属于基因型8型,占40．5％(60／148);位于青南高原的格尔木、玉树、扎多、治多、称多、囊谦和曲麻莱等的菌株,其基因型主要为5型,占31．8％(47／148)。青藏高原青海田鼠鼠疫疫源地鼠疫菌基因型全部为14型,占8．1％(12／148)。结论在青海省分离的鼠疫菌中,喜马托雅旱獭鼠疫疫源地鼠疫菌的基因型以5型和8型为主,青海田鼠疫源地鼠疫菌以基因型14型为主。     

对1株疑似鼠疫耶尔森氏菌的系统鉴定

目的对1株可疑菌株进行系列验证实验,以确定其是否为鼠疫耶尔森氏菌（以下简称鼠疫菌）。方 法用鼠疫细菌学常规方法和分子生物学手段确定其生物学表型特征、特异性基因及基因组特征。结果该菌 株具备鼠疫菌的典型形态特征;能被鼠疫噬菌体完全裂解;主要生化特性为阿胶糖（＋）、鼠李糖（－） 、麦芽糖（＋）、蜜二糖（－）、甘油（＋）、脱氮（+）,与典型鼠疫菌一致。毒力因子检查结果为均 为阴性;对实验动物小白鼠完全无致死能力。全基因组芯片杂交实验和PCR扩增表明55023菌株没有鼠疫菌 的三个质粒;也不具鼠疫标识基因;pgm位点代表性基因YPO1954扩增阳性,YPO1908扩增阴性,表明其pgm 位点不完整;差异片段（DFR）分型结果表明该菌株缺失了14个DFR,不符合鼠疫菌的特征;多位点序列分 型（MLST）分析结果表明该菌株与鼠疫存在16个碱基的差异,而与血清III型假结核耶尔森氏菌仅相差两 个碱基。结论尽管55023菌株具备鼠疫菌的一些表型特征,但基因组特征表明其不是鼠疫菌,而可能是血 清III型的假结核耶尔森氏菌;噬菌体裂解结果等表型不能作为鼠疫菌鉴定的最终标准。     

青海省门源县鼠疫菌病原分析及流行病学意义

对1958～2017年间青海省海北藏族自治州门源县中分离的22株鼠疫菌株进行鼠疫菌差异区段DFR分型(Different Region)、菌株生化试验、毒力检测、毒力因子的鉴定、质粒相关分析等研究,分析探讨青海省门源县鼠疫菌株分子生物学特点及流行病学意义,也为该地区的鼠疫防控策略的制定和鼠疫防治基础研究提供相关科学依据。结论表明青海省门源县分离的鼠疫菌具备青藏高原鼠疫病原体特性,鼠疫菌的毒力强,因此要加大该地区的鼠疫监测、防控、宣传力度,严防动物间鼠疫波及人间。     

云南省剑川县鼠疫疫源地分离菌株基因组多态性

目的 阐明云南剑川野鼠疫源地鼠疫菌种群的演化及其与云南省其他疫源地菌株之间的遗传进化关系。方法 按不同时间、不同疫点、不同分离源,随机选取24株剑川分离鼠疫菌进行研究;采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)进行基因组多态性分析;以DFR+CRISPRs聚类分析划分簇,再以MLVA26对簇进行聚类分析。结果 24株剑川菌株中,20株菌聚为一个簇(剑川野鼠鼠疫簇);2017年疫情分离3株菌位于丽江野鼠鼠疫簇,与丽江菌株(2017LZ)存在2个位点的差异(N2577,M23);剩余1株为一个独立株;50年代菌株与其邻近的80年代菌株间位点差异未超过3。结论 剑川原野鼠疫源地的发现时间可往前推至上世纪50年代,同时疫情还波及过家鼠和人群;剑川县境内存在2种类型的野鼠疫源地,其鼠疫防控具有复杂性,应继续加强鼠间鼠疫的动态监测。     

西藏地区鼠疫耶尔森菌基因分型研究

目的研究西藏地区鼠疫菌的基因组成和基因分型。方法对西藏地区分离到的75株鼠疫菌，按照周东生等已经证实的22个差异区段（DFRs）设计引物，对每株鼠疫菌的每个基因差异区段都采用聚合酶链反应（PCR）进行验证。结果西藏地区75株鼠疫菌共包括3个基因型，即5、6、10型。藏北地区分离的鼠疫菌为5型和6型，分别占24．0％、13．3％；藏南地区分离的鼠疫菌为10型，占62．7％。结论在西藏地区鼠疫菌中，青藏高原型鼠疫菌为5和6型，岗底斯山型鼠疫菌为10型。     

陕西省鼠疫耶尔森菌间区规律短回文重复序列基因分型研究及流行病学分析北大核心CSCD

目的通过CRISPR(间区规律短回文重复序列)对陕西省鼠疫菌进行基因分型,分析流行病学特征,为陕西省鼠疫防治工作提供科学依据。方法提取分离自陕西省鼠疫疫源地的66株鼠疫菌核酸,利用针对鼠疫菌的3对CRISPR引物进行PCR扩增,对扩增产物进行测序及分析,确定CRISPR基因分型。结果 66株鼠疫菌在3个位点上共有12种spacer,其中YPa 3种、YPb 5种、YPc 4种,具体为al′、a2′、a3′、b1′、b2′、b29′、b1″、b2″、c1、c2、c3、c3′,基因簇为Cb2′,基因型分为1′和4′两种。结论疫情发生年份不同,鼠疫菌CRISPR基因型不同,鼠疫疫情处置进行溯源应将生态分型与基因分型结合。     

云南鼠疫耶尔森菌基因分型研究

目的通过对来自云南省鼠疫自然疫源地155株鼠疫菌进行基因分型,了解鼠疫菌的进化规律。方法根据22个差异区段(differentregions,DFR)设计引物,PCR扩增鼠疫菌的每个DFR。结果滇西山地闽广沿海居民区黄胸鼠鼠疫自然疫源地137株鼠疫菌的基因型均为9型。滇西山地齐氏姬鼠大绒鼠鼠疫自然疫源地18株鼠疫菌,有10株菌为7型,8株菌为9型。结论滇西山地齐氏姬鼠大绒鼠鼠疫自然疫源地鼠疫菌的基因型为7型和9型,而滇闽广沿海居民区黄胸鼠鼠疫自然疫源地鼠疫菌的基因型主要为9型。两疫源地鼠疫菌在遗传关系上有亲缘性,后者可能由前者进化而来。     

梁河家鼠鼠疫疫源地鼠疫噬菌体的分离及其流行病学意义

目的 调查梁河县家鼠鼠疫疫源地宿主动物中是否携带鼠疫噬菌体,并探讨其流行病学意义。方法 2017年采集梁河家鼠鼠疫疫源地4个曾流行过鼠疫乡镇的鼠类标本,以鼠疫疫苗株EV76为饲养菌,采用双层平板法分离鼠疫噬菌体,同时挑取部分噬菌体进行电镜扫描。结果 共获得338份标本(黄胸鼠234只,臭鼩鼱43只,其余61只),分离到29株鼠疫噬菌体,总分离率为8.58%(29/338),其中19株分离自黄胸鼠,分离率为8.12%(19/234),8株分离自臭鼩鼱,分离率为18.6%(8/43);4个乡镇全部有分离到鼠疫噬菌体,其中遮岛镇分离率最高为16.13%(5/31);初次分离这些鼠疫噬菌体时,其噬斑在双层平板上表现为大(直径≥2.0 mm)、中(≥1.0 mm,≤2.0 mm)及小(≤1.0 mm)3种噬斑;2株有代表性噬菌体皆为肌尾病毒科噬菌体。结论 梁河家鼠鼠疫疫源地中普遍存在鼠疫噬菌体,黄胸鼠是主要的携带宿主,所分鼠疫噬菌体为肌尾病毒科噬菌体且具有多态性,值得进一步研究。     

云南省不同型鼠疫自然疫源地鼠疫菌生化特性比较

目的 通过对云南省不同流行地区、宿主、媒介分离出的鼠疫菌生化特性及毒力因子Pst Ⅰ的鉴定结果,比较云南省家、野鼠型鼠疫自然疫源地及新发现玉龙县鼠疫疫源地鼠疫菌生化特性的差别及疫源地相互之间的联系.方法 采用资料回顾方法,收集用试管法鉴定的云南省218株鼠疫菌生化特性(酵解鼠李糖、甘油、麦芽糖、阿胶糖、密二糖)和毒力因子Pst Ⅰ的结果,利用SAS 8.0统计软件进行汇总,采用双向无序R×C表χ2检验的Fisher确切概毕法对鉴定结果进行分析.结果 收集野鼠型鼠疫疫源地鼠疫菌48株.其中有1株发酵麦芽糖,48株均发酵甘油;收集家鼠型鼠疫疫源地鼠疫菌165株,其中有1株不发酵麦芽糖、发酵甘油,1株脱氮阴性,属变异菌株;收集玉龙县新分离鼠疫菌5株,均发酵甘油、麦芽糖.对不同疫源地鼠疫菌麦芽糖、甘油发酵试验结果进行比较,差异有统计学意义(P<0.01);对鼠疫菌鼠李糖、阿胶糖、密二糖发酵试验和毒力因子Pst Ⅰ进行比较.差异无统计学意义(P>0.01).结论 云南省不同型鼠疫自然疫源地鼠疫菌生化特性不同,其中家、野鼠型疫源地鼠疫菌生化特性有交串现象;玉龙县鼠疫菌生化特性与家、野鼠型疫源地鼠疫菌截然不同,与西藏北部旱獭鼠疫菌的生化特性接近.     

2000-2003年贵州省鼠疫疫情流行病学分析

目的探讨贵州省近年来鼠疫流行特征,为制定防治对策提供依据。方法分析鼠疫疫情资料和疫区鼠蚤监测资料。结果平均发病率(以县计)为4.08/10万;累计2个县、7个乡镇、88个自然村寨;绝大多数病例表现为发热和腺鼠疫;自毙鼠中鼠疫FI抗原平均阳性率为33.85%;黄胸鼠和褐家鼠、印鼠客蚤等标本中培养出32株鼠疫杆菌。结论贵州省鼠疫疫情与天生桥水库的修建和蓄水有关。该疫源地类型为滇粤闽黄胸鼠鼠疫疫源地,目前仍然处于活动状态。