TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测布鲁氏菌

目的利用新一代TaqMan MGB探针技术,建立特异敏感的实时荧光定量PCR方法,用于布鲁氏菌的快速检测。方法针对布鲁氏菌基因组中16SrRNA序列设计特异性引物和探针,建立一套基于TaqMan MGB探针技术的实时荧光定量PCR方法,验证方法的特异性、敏感性和稳定性,对2008-2010年期间采集的773份动物样本中的布鲁氏菌进行检测,并与普通PCR方法进行比较分析。结果建立的TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法对布鲁氏菌的检测具有高度的特异性,对小肠结肠耶尔森菌、假结核耶尔森菌、肠炎沙门氏菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、空肠弯曲菌、泰泽氏菌均无交叉反应。生成的标准曲线的相关系数为0.999,斜率为-3.301,TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR效率为100.872%。TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR能够准确地从布鲁氏菌阳性样本中检测到布鲁氏菌DNA,最低能够检测到的布鲁氏菌数量为9.3拷贝,比常规PCR方法的灵敏度高100倍。对773份动物样本进行检测,结果TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR能检出53份布鲁氏菌阳性样本,而常规PCR只检出37份阳性。结果显示,TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法比常规PCR方法更敏感,能够直接从动物样本中检出布鲁氏菌DNA,检测时间仅为2h。结论本研究首次建立了直接用于检测动物样本中布鲁氏菌的TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法,该技术适用于传染性病原体的快速检测与鉴定。     

TaqMan?MGB探针实时荧光定量PCR用于中华按蚊kdr基因突变检测的研究

目的 目的 建立一种用于中华按蚊杀虫剂抗性相关kdr基因突变检测的实时荧光定量PCR方法。方法 方法 根据中华按蚊kdr基因序列及其L1014位点常见的突变类型设计一对引物和三条TaqMan?MGB探针, 对TaqMan?MGB探针实时荧光定量PCR反应体系和条件进行了优化, 选择经测序鉴定后的6种中华按蚊kdr基因常见类型对该方法进行验证, 并用该方法对50个实验室和113个现场中华按蚊样本进行检测。结果 结果 实时荧光定量PCR方法能对中华按蚊kdr基因6种不同的基因型进行检测, 单管法可判断kdr基因L1014是否发生突变, 双管法可对具体突变类型进一步鉴别。经检测, 50个实验室样本均为野生型纯合体, 而113个现场样本中, 仅12个样本为野生型纯合体, 其余101个样本均发生了L1014F或L1014C 突变, 突变频率为87.61%。结论 结论 TaqMan?MGB探针实时荧光定量PCR可用于中华按蚊kdr基因L1014位点突变的检测。     

TaqMan探针实时荧光定量PCR快速检测土拉弗朗西斯菌

目的 建立TaqMan探针实时荧光定量PCR方法(FQ-PCR),快速检测土拉弗朗西斯菌。方法 针对土拉弗朗西斯菌的外膜蛋白fopA基因,利用Primer 5.0设计引物及TaqMan探针,人工合成fopA基因保守片段,克隆到载体作为阳性标准品,进行荧光定量检测,制作定量标准曲线,并以合成fopA基因为模板,PF、PR 为引物,研究其灵敏度、特异性和准确性。结果 构建了含fopA基因的重组质粒,以不同浓度的重组质粒制作标准曲线,在103~107拷贝数之间有较好的线性关系。灵敏度试验表明,该方法可检测到30.6个拷贝数的重组质粒,比普通PCR灵敏度高;特异性试验表明,能选择性检测土拉弗朗西斯菌,而与其他病原菌无交叉反应,与普通菌落PCR结果一致;重复性试验表明,拷贝数为3.06×106样品5次平行试验,标准差为0.201,变异系数为0.88%。结论 本研究建立了TaqMan探针FQ-PCR快速检测技术,具有灵敏度高、特异性强、重复性好等特点,可用于快速、实时、定量检测土拉弗朗西斯菌,为快速检测生物战剂级微生物建立了一种人工合成特异基因TaqMan探针实时荧光定量PCR新方法。     

嗜水气单胞菌实时荧光三重TaqMan PCR快速检测体系的建立

目的 建立针对嗜水气单胞菌的高灵敏、高特异的实时荧光三重TaqMan聚合酶链式反应（PCR）快速检测体系。方法 根据嗜水气单胞菌的16S rDNA、气溶素基因（aerA）和丝氨酸蛋白酶基因（ahp）的特异性序列设计引物及TaqMan探针,利用高通量实时荧光PCR检测平台探讨该检测体系的灵敏度;用29种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌评价该检测体系的特异性。 结果 实时荧光三重TaqMan PCR快速检测体系对嗜水气单胞菌重组质粒的检测灵敏度为1×102拷贝/反应体系;对嗜水气单胞菌基因组的检测灵敏度为5×10-2 pg/反应体系;该体系的特异性引物探针在检测29种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌时未出现假阳性,整个反应在2h内完成。 结论 本研究建立的实时荧光三重TaqMan PCR检测体系可作为嗜水气单胞菌灵敏、特异、快速的检测方法,并同时评价嗜水气单胞菌的致病潜力。     

医院临床标本中阴沟肠杆菌遗传多样性分析及应用TaqMan荧光定量PCR方法快速检测阴沟肠杆菌的研究

目的 调查医院临床标本中阴沟肠杆菌基因群的构成比例,并建立TaqMan荧光定量PCR方法对阴沟肠杆菌进行特异、灵敏、快速检测.方法 通过hsp60基因分型分析临床标本中基因群的构成,并以外膜蛋白基因(ompⅩ)为靶基因设计引物及FAM探针,建立TaqMan荧光定量PCR方法对阴沟肠杆菌基因群检测,并评价该方法的特异性、灵敏性和稳定性.结果 237株临床标本共归为10个基因群.其中群Ⅲ,Ⅵ和Ⅷ菌株数量最多,占总菌株数的71％;群Ⅰ占11％;其他6个群总共占18％.无基因群Ⅶ,Ⅹ和Ⅻ.TaqMan荧光定量PCR方法能对阴沟肠杆菌不同基因群进行特异检测:对十个基因群和群Ⅰ的质粒标准品的检测下限分别为36拷贝/μL和21拷贝/μL,对粪便模拟标本的检测下限为104个菌落形成单位/μL;TaqMan荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本检测的扩增曲线良好;结论 医院临床标本中可以检测到十个基因群,具有遗传多样性的特征.本研究建立的TaqMan荧光PCR方法特异性好、灵敏度高,能够用于阴沟肠杆菌的快速检测.     

人G1型轮状病毒TaqMan荧光定量检测方法的建立与应用

目的本研究旨在建立一种快速准确定量检测人G1型轮状病毒的TaqMan探针荧光实时PCR检测方法。方法以轮状病毒VP6基因为靶基因,分别设计2对引物及其相应的TaqMan探针,扩增目的片段,将目的片段克隆于PCDNA3.1+载体上,体外转录获得RNA,系列稀释后为标准品,建立TaqMan探针荧光定量实时PCR检测方法并对该方法进行验证。结果　设计实验找到最优条件下的引物浓度(250 nmol/L)、探针浓度(300 nmol/L);通过对引起腹泻的人柯萨奇病毒、呼肠孤病毒等进行检测,结果均为阴性,表明该方法具有很好的特异性。该方法的最低检测量为5 copies/μL。对该方法进行重复性实验,发现变异率均小于1%,重复性好。用已建立的方法对4份粪便临床样品进行3次重复试验,病毒RNA的检出率为100%。结论本实验初步建立了人G1型轮状病毒TaqMan探针荧光实时PCR检测方法,为G1型轮状病毒的诊断、检测和分子流行病学研究提供了一种新的方法。     

应用SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR法对中国汉族人群HLA-B27进行快速基因分型

目的：建立一种快速、灵敏的实时荧光聚合酶链反应（PCR）对中国汉族人群的人白细胞抗原B27（HLA-B27）进行基因分型。方法：采用SYBR GreenⅠ荧光PCR法对120例已定型的标本、230例健康志愿者、54例类风湿因子（RF）阳性患者和36例抗核抗体（ANA）阳性患者的HLA-B27 DNA进行实时检测，并采用熔解曲线对HLA-B27进行基因分型。结果：①熔解曲线分析显示，伊珠蛋白PCR产物的Tm平均值为87．82℃，HLA-B27 PCR产物的Tm平均值为90．54℃，HLA-B27阴性标本仅在87．82℃处存在β-珠蛋白的熔解曲线峰，而阳性标本则于87．82℃和90．54℃处出现两个熔解曲线峰，且△Tm约为2．72℃；②对120个已定型的标本，SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR法与传统的PCR—SSP（序列特异性引物）结果完全吻合；③健康志愿者、RF阳性患者和ANA阳性患者HLA-B27 DNA阳性率分别为2．6%（6／230）、3．7％（2／54）和5．6％（2／36）。结论：SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR法是一种快速、灵敏的HLA-B27基因分型方法，具有传统的PCR所不可比拟的优点，可取代传统的PCR法用于中国汉族人群的HLA-B27的基因分型，辅助强直性脊柱炎等脊柱关节病的诊断。     

基于TaqMan探针的猪繁殖与呼吸障碍综合症病毒实时荧光定量PCR方法的建立

目的 建立一种能检测猪繁殖与呼吸障碍综合症病毒（PRRSV）的TaqMan探针荧光定量PCR方法。方法 根据PRRSV的ORF7基因保守区的核苷酸序列设计引物和TaqMan探针,通过探针浓度的优化,建立检测PRRSV的TaqMan探针荧光定量PCR方法。用该方法对30份临床疑似病料进行检测, 并与常规RT-PCR方法和病毒分离方法进行比较。结果 TaqMan荧光PCR检测PRRSV的最佳探针浓度为0.4μmol,检测灵敏度可达3.51拷贝/μl。检测的30份样品与病毒分离结果的符合率为100%,与普通PCR的检测结果（25/30）比较,本方法对临床样品的检出率（28/30）更高。结论 建立的方法特异性强、敏感性高、重复性好,可用于临床样品的检测。     

家族性高胆固醇血症患者低密度脂蛋白受体基因热点突变Taqman MGB探针检测方法的建立及应用

目的:建立Taqman MGB探针实时荧光定量PCR检测家族性高胆固醇血症(FH)患者低密度脂蛋白受体(LDLR)基因热点突变的简便方法。方法:1入选94例临床确诊FH患者为研究对象,30例健康人作为阴性对照及明确存在LDLR基因热点突变W462X、A606T和D601Y的FH患者各1例作为阳性对照,分别提取外周血DNA;2应用Primer Premier v3.0软件设计3个热点突变的特异性引物和Taqman MGB探针;3运用Taqman探针实时荧光定量PCR方法,对3例阳性对照及30例健康对照进行检测,检验方法的准确性;4同法检测94例确诊FH患者的基因组DNA;5运用Touch-down PCR方法对发现突变患者进行一代测序验证。结果:13例阳性对照均检测到相应突变,30例健康对照均未检测到突变,证实此方法能够准确检测到基因突变位点;294例确诊FH患者中发现13例W462X、3例A606T、1例D601Y,初步计算3个热点突变约占全部FH患者的18.1%;3对发现突变的17例患者进行一代测序验证,结果完全一致。结论:成功建立Taqman MGB探针实时荧光定量PCR方法,为FH患者LDLR基因热点突变的检测提供了快速可靠的技术手段。     

医院临床标本中阴沟肠杆菌遗传多样性分析及应用TaqMan荧光定量PCR方法快速检测阴沟肠杆菌的研究（英文）

目的调查医院临床标本中阴沟肠杆菌基因群的构成比例,并建立TaqMan荧光定量PCR方法对阴沟肠杆菌进行特异、灵敏、快速检测。方法通过hsp60基因分型分析临床标本中基因群的构成,并以外膜蛋白基因(ompX)为靶基因设计引物及FAM探针,建立TaqMan荧光定量PCR方法对阴沟肠杆菌基因群检测,并评价该方法的特异性、灵敏性和稳定性。结果 237株临床标本共归为10个基因群。其中群III,VI和VIII菌株数量最多,占总菌株数的71%;群I占11%;其他6个群总共占18%。无基因群VII,X和XII。TaqMan荧光定量PCR方法能对阴沟肠杆菌不同基因群进行特异检测:对十个基因群和群I的质粒标准品的检测下限分别为36拷贝/μL和21拷贝/μL,对粪便模拟标本的检测下限为104个菌落形成单位/μL;TaqMan荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本检测的扩增曲线良好;结论医院临床标本中可以检测到十个基因群,具有遗传多样性的特征。本研究建立的TaqMan荧光PCR方法特异性好、灵敏度高,能够用于阴沟肠杆菌的快速检测。     

基于TaqMan探针的双重荧光定量PCR方法检测海产品中的副溶血弧菌

目的建立海产品中副溶血弧菌检测的双重荧光定量PCR体系。方法针对副溶血弧菌种特异性基因tlh和tdh设计引物和TaqMan探针,建立双重荧光定量PCR体系,进行特异性与敏感性研究;利用该体系检测海产品中的副溶血弧菌。结果副溶血弧菌可得到特异性扩增,而其它与副溶血弧菌共存于海产品中的细菌均未见扩增曲线。副溶血弧菌与其它细菌的混合DNA检测表明,其它细菌基因组的存在时并不干扰副溶血弧菌检测。副溶血弧菌典型菌株FJ14和BJ97的敏感性试验显示,该体系的最低检测DNA浓度分别为49.8pg与77.8pg,最低检测细菌浓度为56CFU/mL和371CFU/mL。对舟山菜市场采集的50份样本检测表明,32份为tlh基因阳性,3份为tdh基因阳性,与传统方法的检测结果相同。结论与传统检测方法相比,副溶血弧菌的双重荧光定量PCR检测方法快速准确,结果直观。     

分子信标探针技术用于PCR检测诺卡氏菌SecA1基因

目的将诺卡氏菌属细菌的一段特异性DNA设计成分子信标探针,用于该细菌的PCR检测。方法将诺卡氏菌属细菌、戈登氏菌属细菌及红球菌属细菌菌株分别接种于脑心浸液琼脂培养基分离培养,观察其生长情况,提取菌株DNA作为扩增模板;设计诺卡氏菌属细菌基于secA1基因的特异性分子信标探针,在实时荧光定量PCR反应译体系中加入分子信标探针,PCR产物进行荧光信号检测。结果诺卡氏菌secA1基因经实时荧光定量PCR扩增后可产生阳性荧光信号,红球菌属细菌及戈登氏菌属细菌的secA1基因、阴性对照实验组及空白对照组经实时荧光定量PCR扩增后不产生荧光信号,为阴性。结论 secA1作为看家基因,是用来进行种水平的鉴定及系统进化研究非常理想的靶分子,而分子信标探针技术可以准确、快速、灵敏的进行诺卡氏菌secA1基因检测。     

PCR-反向点杂交基因分型与实时荧光定量PCR检测人乳头瘤病毒的研究

目的评价PCR-反向点杂交基因分型与实时荧光定量PCR在检测人乳头瘤病毒(HPV)的意义。方法同时采用PCR-反向点杂交基因分型和实时荧光定量PCR对121例女性宫颈脱离细胞标本进行HPV检测。其中PCR-反向点杂交基因分型能检测23种HPV亚型,实时荧光定量PCR定量检测常见的13种高危HPV亚型。结果 PCR-反向点杂交基因分型检测HPV的阳性率为28.10%(34/121),实时荧光定量PCR检测HPV的阳性率为16.53%(20/121),差异有统计学意义(P<0.05);二者检测的符合率为93.39%(113/121)。结论 PCR-反向杂交基因分型适用于HPV感染的筛查,而实时荧光定量PCR适用于HPV感染相关疾病的疗效与预后的判断。PCR-反向杂交基因分型与实时荧光定量PCR联合检测可提高HPV检测的特异性和敏感度,对于生殖道HPV感染以及子宫颈癌的早期发现、预防和治疗具有重要意义。     

炎症性肠病与肠道息肉感染致泻性大肠埃希菌实验室检测方法分析

目的 分析炎症性肠病(inflammatory bowel disease, IBD)患者和肠道息肉患者感染致泻性大肠埃希菌(diarrheagenic Escherichia coli, DEC)实验室检测方法，为该类疾病诊断提供实验室依据。方法 收集2019年1月1日至2020年12月31日我院消化内科130例IBD患者(IBD组)和79例肠道息肉患者(息肉组)的大便，常规方法培养分离大肠埃希菌，用VITEK Compact 2全自动细菌分析仪和VITEK MS全自动快速微生物质谱检测系统鉴定到种，血清学和分子生物学鉴定DEC分型。结果 大肠埃希菌分离率IBD组高于肠道息肉组(P=0.028)。肠道分离大肠埃希菌性别分布IBD组与息肉组比较，差异无统计学意义(P=0.216),年龄分布差异有统计学意义(P=0.023)。大肠埃希菌在麦康凯平板分解乳糖能力IBD组与息肉组比较，差异无统计学意义(P=0.112)。采用血清学和实时荧光PCR方法进行DEC分型鉴定，实时荧光PCR阳性14株，血清学阳性13株，血清学和实时荧光PCR分型同时阳性4株。血清学与实时荧光PCR法分型鉴定同时阴性...     

内参照基因在实时荧光定量RT-PCR检测中的应用

目的 建立测定内参照β-actin表达量的实时荧光定量RT-PCR两步法检测方法.方法 根据Genbank 中人β-actin保守区域序列设计荧光PCR适用的引物和探针,构建质粒标准品建立标准曲线用于荧光PCR相对定量,检测荧光PCR方法的特异性和重复性.结果 建立了人β-actin实时荧光RT-PCR检测方法.结论 本实验建立的人β-actin表达实时荧光RT-PCR两步法检测方法特异性和重复性较好,为β-actin作为定量RT-PCR中内参照基因进行人其他功能基因和病原基因表达的定量分析奠定了基础.     

中东呼吸综合征冠状病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立一种快速、敏感、特异的实时荧光定量PCR(Real-time PCR)方法,用于中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)的检测。方法根据中东呼吸综合征冠状病毒S蛋白基因的保守序列设计并合成一对引物及一条特异性TaqMan探针。通过条件优化,以10倍系列稀释重组质粒为标准品,进行Real-time PCR扩增,绘制标准曲线,并进行重复性、准确性、特异性及敏感性检测。结果建立的Real-time PCR方法检测中东呼吸综合征冠状病毒所绘制标准曲线的相关系数0.99,灵敏度为1.00×101拷贝,高于常规PCR方法(1.00×102拷贝);用该方法检测中东呼吸综合征冠状病毒基因为阳性,其他6种对照呼吸道病原体及冠状病毒基因检测均呈阴性;批内、批间重复试验的变异系数均1%。结论建立的中东呼吸综合征冠状病毒Real-time PCR检测方法灵敏、特异、重复性好,可用于中东呼吸综合征冠状病毒感染的快速诊断和流行病学调查。     

幽门螺杆菌TaqMan MGB探针双重荧光定量PCR检测方法的建立北大核心CSCD

目的建立用于幽门螺杆菌快速定量检测和分型的TaqMan MGB探针双重荧光定量PCR方法。方法采用Primer Premier 5软件分析设计引物和探针,采用双重荧光定量PCR扩增幽门螺杆菌CagA和VacA基因片段,建立循环数与拷贝数关系的标准曲线。检测临床标本中所含幽门螺杆菌的循环数,用该方法对临床胃黏膜标本进行检测并与标准曲线对比,计算所含幽门螺杆菌的拷贝数。结果建立的TaqMan MGB双重荧光定量PCR方法检测幽门螺杆菌质粒的线性范围是10~2~10~8拷贝/μl,CagA和VacA基因标准曲线的相关系数分别是0.977 8和0.990 4。29份临床胃黏膜标本的CagA和VacA基因循环数Ct值分别在29~35和30~35之间,幽门螺杆菌拷贝数分别在1.0×10^(1.39)~1.0×10^(3.87)和1.0×10^(3.06)~1.0×10^(3.91)之间,且临床标本中的幽门螺杆菌均为I型。结论建立的TaqMan MGB双重荧光定量PCR法具有敏感、精确、快速的特点,可用于幽门螺杆菌的快速定量检测与分型鉴定。     

阪崎肠杆菌实时荧光双重TaqMan PCR快速检测体系的建立

目的建立针对阪崎肠杆菌的高灵敏、高特异的实时荧光双重TaqMan聚合酶链式反应（PCR）快速检测体系。方法根据阪崎肠杆菌基因组16SrRNA～23SrRNA的内部转录间隔区（ITS）基因和外膜蛋白A（OmpA）基因的特异性序列设计引物及TaqMan探针,利用高通量实时荧光PCR检测平台探讨该检测体系的灵敏度;用50种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌评价该检测体系的特异性。结果实时荧光双重TaqMan PCR快速检测体系对阪崎肠杆菌重组质粒的检测灵敏度为1×102拷贝/反应体系;对阪崎肠杆菌基因组的检测灵敏度为4×10-1pg/反应体系;该检测体系在检测50种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌时未出现特异性扩增,整个反应在2h内完成。结论本研究建立的实时荧光双重TaqMan PCR检测体系可作为阪崎肠杆菌灵敏、特异、快速的检测方法,并同时检测阪崎肠杆菌的致病力。     

幽门螺杆菌TaqMan MGB探针双重荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立用于幽门螺杆菌快速定量检测和分型的TaqMan MGB探针双重荧光定量PCR方法。方法采用Primer Premier 5软件分析设计引物和探针,采用双重荧光定量PCR扩增幽门螺杆菌CagA和VacA基因片段,建立循环数与拷贝数关系的标准曲线。检测临床标本中所含幽门螺杆菌的循环数,用该方法对临床胃黏膜标本进行检测并与标准曲线对比,计算所含幽门螺杆菌的拷贝数。结果建立的TaqMan MGB双重荧光定量PCR方法检测幽门螺杆菌质粒的线性范围是10~2~10~8拷贝/μl,CagA和VacA基因标准曲线的相关系数分别是0.977 8和0.990 4。29份临床胃黏膜标本的CagA和VacA基因循环数Ct值分别在29~35和30~35之间,幽门螺杆菌拷贝数分别在1.0×10~(1.39)~1.0×10~(3.87)和1.0×10~(3.06)~1.0×10~(3.91)之间,且临床标本中的幽门螺杆菌均为I型。结论建立的TaqMan MGB双重荧光定量PCR法具有敏感、精确、快速的特点,可用于幽门螺杆菌的快速定量检测与分型鉴定。     

罕见B(A)亚型的血清学特点及分子机制的探究

目的:研究罕见B(A)血型的血清学特性和分子机制,为B(A)血型的临床输血提供理论基础。方法:采用血型血清学方法、PCR-RELP基因分型和血型第6、7外显子直接测序的方法进行B(A)血型鉴定,并分析B(A)血型的分子机制及遗传规律。结果:4例B(A)血型病例中,1号和4号病例为B(A)*04型,B等位基因在正常B*101基础上第7个外显子发生了640A>G突变;2和3号病例以及2号的儿子为B(A)*02型,B等位基因发生单碱基错义突变700C>G。结论:当ABO血型正反定型不一致或血型血清学检测结果不符合孟德尔遗传规律时,可通过亚型血清学分析,采用分子诊断技术和家系调查辅助诊断,进行正确的血型鉴定,选择合适的血液制品进行输注,为临床输血提供安全保障。