肠道病毒71型宁波株分子流行病学研究

目的:分析肠道病毒71型2010年宁波分离株的分子流行病学特征。方法:收集2010年宁波市手足口病患者临床标本177份,进行EV71荧光定量RT-PCR鉴定和病毒分离,采用RT-PCR对38株分离到的EV71进行VP1编码区基因扩增,并对扩增产物进行核苷酸序列测序和分析。根据VP1测序结果与国内外报道的各基因型和基因亚型EV71VP1序列进行同源性和亲缘进化分析。结果:88份鉴定为EV71的临床标本中共分离到38株病毒,分离株的VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别是97.1%～100%和99.3%～100%。与C4a亚型的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.2%～99.3%和98.3%～100%。亲缘进化树显示,宁波分离株全部属于C4基因亚型的C4a进化分支,并存在多个传播链。结论:宁波地区分离的EV71与近几年国内其他地区EV71分离株亲缘关系很近,有共同进化的趋势,属于C4基因亚型的C4a进化分支,并存在多个传播链。     

2008年珠海肠道病毒71型分子流行病学研究

目的 通过扩增VP1节段的核苷酸序列,对2008年珠海暴发流行的EV71进行种系进化分析.方法 选取10例手足口病暴发流行中的EV71阳性病例标本用一对特异引物进行VP1全基因核苷酸序列扩增,由生物技术公司在AB13730型自动测序仪上测序,序列结果用Claxter、DNA Star、Mega软件进行分析.结果 本文的10株病毒与C基因型代表株比较接近,核苷酸同源性在88.2%～99.2%之间,氨基酸同源性在98.7%～99.7%之间;尤其与C4基因型最为相近,与C4基因型相比较核苷酸同源性在97.6%～99.2%之间,氨基酸同源性在99.3%～99.7%之间;而与A、B基因型代表株比较差异较大,核苷酸同源性只在81.8%～84.4%之间,氨基酸同源性在94.6%～98.0%之间;说明本文的10株病毒皆属于EV71病毒C基因型、C4亚型.结论 珠海和新会的病毒株可能与阜阳和浙江分离的EV71病毒有相同的起源,均属于C4亚型,并且C4亚型病毒在中国大陆可能有较广泛的分布和传播,因此加强各地流行的EV71病毒基因特征分析,进而探索EV71病毒的可能进化途径,对于肠道病毒的基础研究和防范EV71在中国的大规模暴发与流行具有重要意义.     

大连市肠道病毒71型VP1区段基因特征分析

目的:了解大连市手足口病病原体肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征。方法:从手足口患者粪便标本中分离EV71病毒,经RT-PCR扩增VP1全长,并进行核苷酸序列分析。结果:4株EV71分离株与C4亚型代表株具有较高的核苷酸和氨基酸序列同源性。在系统进化树上,4株EV71分离株与C4亚型代表株处于同一分支。结论:大连市手足口病患者中分离的EV71属C4亚型。     

2009年广东省肠道病毒71型vp1区全序列分析

目的研究广东省2009年肠道病毒71型的基因特征及流行趋势。方法收集广东省各地市手足口病病例的粪便、肛拭子、咽拭子、疱疹液和脑脊液等肠道病毒71型核酸阳性标本进行病毒分离及鉴定,选取粤东、粤西、粤北、珠三角4个地区16例病例的16株代表株进行vp1区全序列片段扩增,并运用DNASTAR 6和MEGA 4.02软件,将16株代表株的vp1全序列与从GenBank中下载的肠道病毒71型各代表基因型（亚型）进行同源性分析,并构建系统发生树。结果所选16株代表株经vp1区全序列片段扩增,扩增片段长度为1 042 bp,经测序和拼接后获得的序列片段长度为891 bp。16株代表株与肠道病毒71型A型和B型的亲缘性较远,核苷酸和氨基酸的同源性分别在81.5%～84.6%和94.3%～97.0%之间;与C型的亲缘性较近,核苷酸和氨基酸的同源性分别在87.4%～93.5%和97.6%～99.3%之间,其中与C4亚型的亲缘性最近,核苷酸和氨基酸的同源性分别在92.5%～93.5%和98.3%～99.3%之间。构建系统发生树表明,该16株代表株与国内外C4亚型处于同一簇,属肠道病毒71型的C4基因亚型C4 a群。结论广东省2009年肠道病毒71型的流行株属于C4亚型,为C4亚型的C4 a群,且全省范围内均有流行。     

肠道病毒71型广西株的种系进化分析

目的 通过反转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增肠道病毒71型(EV71)VP1节段核苷酸序列,进行EV71广西株种系进化分析.方法 采集病例的心包液、疱疹液和呼吸道分泌物,用RT-PCR进行鉴定和扩增VPl区序列,并对VPl区全基因序列进行测定,同源性分析和构建系统发生树.结果 将病例的心包液、疱疹液和呼吸道分泌物同时扩增到特异片段,测序证实为EV71.广西株与安徽阜阳的分离株同源性最高,大于99%,没有发生核苷酸插入和缺失;在系统发生树上,广西株处于C基因型C4亚型分支上.结论 肠道病毒71型广西株VPl区基因全长891bp,属于EV71 C基因型C4亚型.应加强广西EV71分子流行病学监测,阐明广西EV71流行株的基因型别和基因特征.     

宁夏地区2008年肠道病毒7 1型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

浙江省肠道病毒71型的分离与VP1区域序列分析

目的研究浙江省手足口病患者中肠道病毒（EV）71型分离株的病毒基因特征。方法采集手足口病患者粪便、疱疹液和咽拭子标本，进行病毒分离和逆转录一聚合酶链反应（RT—PCR）特异性扩增进行鉴定，同时选取其中6株EV71分离毒株，对其抗原决定簇部位VP1区进行核苷酸序列测定并参考EV71A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析和构建系统发生树。结果从14份标本中分离出EV9株，经中和试验和RT—PCR特异性扩增，均证实为EV71。其中6株EV71分离毒株与A、B基因型参考毒株的核苷酸和氨基酸同源性分别为82．9％～85．5％和94．9％～98．0％；与C基因型比较，同源性分别为89．2％～94．1％和97．0％～99．0％。而与C基因型的C1、C2、C3、C4亚型代表株的核苷酸同源性分别为91．0％～92．2％、90．2％～90．3％、89．2％～89.5％、96．7％～96．9％，其中与国内以往分离到的C4亚型毒株的核苷酸同源性可达93.8％～97．1％。在系统发生树上，这6株毒株均在C基因型中，与属C4亚型的11株毒株属同一分支。结论浙江省手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型。     

温州地区引起重症手足口病EV71的分子流行病学研究

目的:通过对温州地区引起重症手足口病EV71型的分子流行学研究,监测基因的变异,为科学防治手足口病工作提供依据。方法:对生物标本提取病毒RNA,检测阳性标本进行病毒分离得到毒株,对EV71型VP1片段、全基因组进行测序和分析。结果:临床诊断重症病例核酸检测阳性中,EV71阳性占所有手足口病阳性的比例为81.10%。从中分离到毒株,证实均为EV71 C4亚型。结论:温州全市手足口病疫情的防控形势非常严峻,主要以2周～3周岁儿童为主,5月-7月高发。温州的重症手足口病主要由EV71导致,为C4亚型。重症和死亡病例,可能与EV71病毒5’UTR的空间结构变异有一定的相关性。     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.