基于Oncomine和TCGA数据库分析GABRE在结肠癌组织中的表达及生物学意义

目的：通过挖掘Oncomine和TCGA等数据库信息分析GABRE基因在结肠癌中的表达及其生物学意义。方法：利用Oncomine、TCGA数据库分析GABRE基因在结肠癌组织中的表达及其与患者预后的关系；运用TargetScan、starBase、mirDIP和miRWalk寻找靶向GABRE基因的上游miRNA，并分析其在结肠癌中的表达及其与预后的关系。进一步利用LinkedOmics数据库寻找GABRE共表达基因，并进行GO富集分析及KEGG通路分析。结果：数据库数据分析显示，GABRE在结肠癌组织中高表达且预示着患者预后较差（均P<0.05）。韦恩图显示，hsa-miR-370-3p靶向GABRE，并在正常组织中的表达显著升高（P<0.01）。GABRE基因与OGT、FAM156A基因等表达呈正相关（P<0.05），与ATP5A1、MPDU1基因等表达呈负相关（P<0.05）。GO生物功能及KEGG通路富集分析提示，GABRE基因可能参与蛋白脱烷基化和周期蛋白依赖性蛋白激酶活性调节等生物学过程，并在牛磺酸代谢和NF-κB信号通路等方面富集。结论：GABRE基因在结肠癌患者中高表达且预示着患者预后较差，提示该基因是结肠癌的诊断和治疗的潜在新靶点。     

DKK1 在头颈部鳞状细胞癌中的临床价值及其调控因子分析

目的：探讨Dickkopf-1（DKK1）在头颈部鳞状细胞癌（head and neck squamous cell carcinoma，HNSCC）组织中的表达及其调控机制。方法：基于TCGA数据库分析DKK1 在HNSCC组织中的表达水平及其甲基化位点与预后的关系。用GO和KEGG基因富集法分析DKK1 富集基因的信号通路。用STRING 分析DKK1 蛋白与其他蛋白质之间的相互作用。利用TargetScan 分析调控DKK1 表达的miRNA，并通过TRRUST网站分析DKK1 的转录因子。结果：DKK1 基因在HNSCC组织中高表达（P<0.01），其表达水平与患者HPV状态、年龄、病理分级、临床分期显著相关（均P<0.05）；DKK1 高表达HNSCC患者的预后较低表达者差（P<0.01）。DKK1 存在19 个甲基化位点，其中12 个在癌组织与正常组织间表达差异有统计学意义（P<0.05），11 个与HNSCC的预后显著关联（P<0.05）。此外，miRNA、circRNA、lincRNA、转录因子等也参与DKK1 的调控，共获取5 个DKK1 相关的PPI 网络可能参与HNSCC的发生、发展、侵袭和转移。结论：DKK1 在HNSCC组织中高表达，并且是HNSCC患者预后差的危险因素，DKK1在HNSCC发病过程中起重要作用，有望成为HNSCC治疗的潜在靶标。     

HIF1A可作为乳腺癌的预后标志物且与免疫细胞浸润相关

目的： 借助多种癌症生物信息数据库研究乳腺癌组织中缺氧诱导因子1亚基α （HIF1A）的表达水平及其与乳腺癌患者预后及肿瘤免疫细胞浸润的关系。 方法： 利用Oncomine、人类蛋白质图谱、基因表达谱交互式分析（GEPIA）及TCGA数据库分析HIF1A基因在乳腺癌组织中的表达及其与患者预后、临床病理特征的关系,并在中国人乳腺癌组织标本（选用2011年1月至2015年12月中国武汉大学人民医院手术切除的93例乳腺癌组织和14例良性乳腺疾病组织）中进行验证。对HIF1A高低表达组间的差异基因进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,用Cibersort R软件评估HIF1A高低表达样本中免疫细胞浸润丰度差异。 结果： 生物信息数据显示,HIF1A在乳腺癌组织中高表达,预示着患者DFS预后更好（P<0.05）。HIF1A的表达与雌激素受体（ERP）、孕激素受体（PR）和人表皮生长因子受体2 （HER2）表达相关（均P<0.05）。GO生物功能及KEGG通路富集分析结果提示,HIF1A可能参与肿瘤免疫调节等生物活动。使用Cibersort分析结果显示,HIF1A与肿瘤免疫细胞浸润之间具有相关性（均P<0.01）,发现活化记忆CD4 + T细胞、M0和M1型巨噬细胞与HIF1A表达呈正相关,在乳腺癌组织中高表达,Treg细胞、活化NK细胞、M2型巨噬细胞与HIF1A表达呈负相关（均P<0.01）。 结论： HIF1A参与调节肿瘤微环境的免疫活性,与乳腺癌患者DFS相关,其可能成为乳腺癌分级诊断、免疫治疗和预后判断的生物标志物。     

基于TCGA数据库分析E2F7在肾透明细胞癌组织中的表达及临床意义

目的:通过数据挖掘分析E2F7在肾透明细胞癌（clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）组织中的表达特征及临床意义。方法:基于GEPIA、LinkedOmics数据库分析E2F7在ccRCC中的差异性表达及其与患者预后的关系。应用WebGestalt工具分析与E2F7表达相关的基因。结果:E2F7 mRNA在ccRCC组织中表达水平高于正常肾组织。Linkedomics数据库分析显示E2F7 mRNA在ccRCC病理分期中存在表达差异（P＜0.05），且随着病理分期的升高，表达水平有上调趋势。E2F7 mRNA在不同T、M、N分期（P＜0.05）中存在差异性表达。生存分析表明，E2F7的表达水平与ccRCC患者的总体生存率（Logrank P=0.023）与无复发生存率（Logrank P=0.041）显著相关，此外，E2F7表达水平与BUB1B、CDC6、CCNE2、CCNE1（r分别为0.827 7、0.720 4、0.677 8、0.612 5，P均<0.01）基因呈显著正相关，与PINK1、KAT5、HSD17B8（r分别为-0.511 0、-0.508 4、-0.502 9，P均<0.01）基因呈显著负相关。E2F7表达相关基因富集分析与DNA复制、细胞周期以及NF-kappa B信号通路（NF-kappa B signaling pathway）相关。结论:在ccRCC中E2F7的表达与患者的病理分期、T分期、N分期、M分期及预后有一定的相关性，因此E2F7可能成为ccRCC的预后标志物及潜在治疗靶点。     

EZH2在乳腺癌中的差异表达及临床意义

目的:利用整合生物信息学手段分析EZH2（enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit）基因在乳腺癌中的表达及其临床意义。方法:在肿瘤基因组计划数据库（The Cancer Genome Atlas，TCGA）中下载乳腺癌与正常乳腺组织的基因表达谱数据，进一步利用Ualcan数据库和人类蛋白质图谱（The Human Protein Atlas）数据库数据分析EZH2基因在乳腺癌中的mRNA及蛋白表达水平。利用Ualcan数据库分析EZH2基因的甲基化水平并筛选其共表达基因；对EZH2及其共表达基因进行GO（Gene Ontology）富集分析和KEGG通路分析以明确EZH2的共表达基因参与的生物学过程和相关通路；使用Kaplan-Meier生存分析法分析乳腺癌患者的总生存期、无病生存期、无远处转移生存期及后进展生存期与EZH2基因表达水平的关系并绘制生存曲线。结果:与正常乳腺组织相比，EZH2在乳腺癌组织中的mRNA及蛋白表达量明显升高。而EZH2的甲基化程度在乳腺癌组织与正常乳腺组织中则差异不明显。同时，EZH2的表达水平与年龄、乳腺癌分期及乳腺癌分子分型等因素密切相关。EZH2及其共表达基因主要参与了核碱基的调节、细胞周期调控、染色体分离、DNA复制、DNA修复等生物学过程，并参与了细胞周期、DNA 复制、M/G1期转化、M期、有丝分裂前中期、ATM通路等生物学通路。此外，EZH2基因表达水平高的乳腺癌患者的总生存期、无病生存期、无远处转移生存期及后进展生存期均明显低于EZH2基因低表达的患者。结论:EZH2在乳腺癌组织中高表达并且与患者不良预后密切相关。同时，EZH2的表达水平与乳腺癌的发生、发展密切相关。EZH2在乳腺癌诊断、靶向治疗及预后分析中具有重要的临床意义。     

基于TCGA数据库构建肝癌铜死亡的预后模型

目的 构建肝细胞癌（HCC）患者铜死亡相关基因（CRGs）的预后模型。方法 基于TCGA数据库HCC患者的mRNA数据集，分析CRGs在HCC患者中的表达，对CRGs及相关基因进行GO和KEGG富集分析。Kaplan-Meier生存分析曲线评估CRGs的生存预后价值，分析其与免疫细胞浸润的相关性。单因素Cox回归分析筛选出与HCC患者生存预后显著相关的CRGs,Lasso回归和多因素Cox回归分析构建预后模型。根据风险值对患者进行分组并进行生存分析，ROC曲线评估预后模型，单因素和多因素Cox回归分析风险评分及临床因素与预后的关系。结果 分析得到HCC中差异表达CRGs共11个，CRGs及其相关基因主要富集的GO条目为氧化还原酶活性，作用于供体的醛基或氧基，主要富集的KEGG信号通路为碳代谢。CRGs的表达水平与浆细胞样滤泡树突细胞、T辅助细胞等免疫细胞的浸润显著相关（P<0.05）。筛选并构建3个CRGs的预后模型，包括CDKN2A、DLAT和LIPT1。高风险组和低风险组的生存时间存在显著差异（P<0.001）。风险评分是预后不良的独立危险因素（P<0.001）。...     

基于生物信息学数据分析ATM在胃癌组织中的表达及其临床意义

目的：探讨幽门螺杆菌（Helicobacter pylori, Hp）感染对胃癌细胞共济失调毛细血管扩张突变（ataxia-telangiectasia mutated,ATM）基因表达的影响及其临床意义。方法：从TCGA数据库中获取胃癌相关RNAseq数据,比较ATM基因的表达差 异,分析ATM表达与患者临床病理参数的相关性及预后价值,用Kaplan-Meier法进行生存分析,LinkedOmics数据库分析ATM相 关基因,用R语言进行GO、KEGG富集分析。选用2019年3月至2019年12月贵州医科大学附属医院12例手术切除的胃癌及癌 旁组织标本,以及胃癌细胞系AGS和BGC823,用感染复数40∶1的Hp GZ7菌感染细胞,用免疫组织化学染色法检测胃癌组织中 ATM蛋白的表达,qPCR法检测胃癌组织和细胞中ATM mRNA的表达。结果：TCGA数据显示胃癌和Hp感染胃癌组织中ATM miRNA表达水平均显著高于癌旁组织（均P<0.01);胃癌组织中ATM miRNA表达与患者的T分期、AJCC分期等病理参数呈正相 关（均P<0.05),ATM 高表达时生存率显著降低(P<0.05)。实验检测显示,胃癌组织标本中ATM蛋白的表达水平明显高于癌旁 组织(P<0.01);Hp感染胃癌细胞中ATM miRNA 表达水平显著高于未感染胃癌细胞(P<0.01)。胃癌中ATM基因与NPAT等 12 461个基因呈正相关(P<0.05),与MIF等7 764个基因呈负相关(P<0.05)。GO、KEGG富集分析显示,ATM富集到DNA修复复 合体、癌症中的转录失调等信号通路。结论：ATM基因在胃癌组织中高表达,患者生存率随表达水平的增高而降低,其与患者的 T分期、AJCC分期等病理参数相关,且Hp感染引起ATM表达水平升高可能是Hp引起胃癌的原因之一。     

长链非编码RNA在喉乳头状瘤中的表达及功能分析

目的:分析喉乳头状瘤（laryngeal papilloma,LP）中长链非编码 RNA(long chain non-coding RNA,lncRNA)的差异表达谱并预测其靶基因,为喉乳头状瘤的治疗及预防提供新的思路及靶点。方法:用RNA-seq技术对喉乳头状瘤组织及瘤旁组织测序,以差异倍数（FC）作为标准筛选差异表达lncRNAs,分析并提取10 kb范围内lncRNA顺式调控靶标基因,并进入基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析其生物学功能及参与信号通路等。结果:共筛选出227个差异表达基因(Log2FC≥2或≤0.5,P<0.05),其中高表达的上调基因76个(33%)、下调基因151个(67%)。满足位置要求和共表达关系的lncRNA顺式调控靶标基因共有44个,并进入GO和KEGG通路富集分析结果显示,差异表达基因GO BP显著富集在信号传导,KEGG通路显著富集在MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路。结论:lncRNA差异表达及其靶基因以及相关信号通路可能与喉乳头状瘤复发及其癌变密切相关。     

胰腺癌中CLDN-7的表达及临床意义

目的： 探讨紧密连接蛋白claudin-7 （CLDN-7）在胰腺癌中的表达情况,以及其与患者临床病理特征和预后的相关性。方法： 应用Oncomine、GEPIA和GEO数据库综合分析CLDN-7 mRNA在胰腺癌中的表达水平,应用Kaplan-Meier Plotter数据库分析胰腺癌中CLDN-7的表达水平与生存预后的关系;选取兰州大学第二医院普外科2015年至2018年手术切除的44例胰腺癌患者的癌组织及31例癌旁组织标本,采用免疫组织化学染色法检测CLDN-7蛋白的表达水平,并分析其与临床病理特征以及预后的关系;GO分析和KEGG通路富集分析 CLDN-7可能参与的信号通路及发挥的主要功能,并且在TCGA和GEPIA数据库中进行验证。 结果： 数据库及收取的临床样本分析均显示,CLDN-7在胰腺癌组织中显著高表达, 其高表达与胰腺癌患者临床预后有关联,并且CLDN-7的表达水平是影响胰腺癌患者术后总体生存时间的独立因素（均P<0.05）;GO分析和KEGG通路富集分析证实,CLDN-7参与胰腺癌患者DNA损伤修复、糖代谢等;TCGA和GEPIA数据库验证显示,胰腺癌中CLDN-7的表达与DNA损伤修复相关基因POLD4、SMUG1、NTHL1 及糖代谢的相关基因 ALDOA、TALDO1、PGLS 的表达呈现出明显的正相关性（均P<0.01）。 结论： CLDN-7在胰腺癌中高表达且标志着更差的临床预后,并与胰腺癌的DNA损伤修复及肿瘤内糖代谢相关。     

基于TCGA构建胃癌免疫相关基因预后风险模型及相关分析

目的 对TCGA数据库胃癌数据集进行分析,构建基于免疫相关基因的预后风险模型。方法 下载TCGA数据库中胃癌组织和癌旁组织中的基因表达数据及患者相关临床资料,进行数据整理、合并、表达差异分析。与ImmPort数据库取交集获得差异表达的免疫相关基因(IRGs),并进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。按照排除标准,将胃癌样本随机分为Train组(224例)、Test组(111例),利用Train组构建免疫相关基因预后风险模型并用Test组进行检验。将胃癌表达数据按照评估模型分为高、低风险2组,进行免疫浸润,分析2组免疫细胞表达水平的差异。观察2组免疫检查点表达差异及免疫治疗相关结果。结果 共得到238个差异表达的IRGs。GO功能富集分析结果示差异表达的IRGs主要参与免疫球蛋白生产、免疫反应分子介质的产生等生物学过程。KEGG通路富集分析结果示差异表达的IRGs主要参与细胞因子-细胞因子受体相互作用、神经活性配体-受体相互作用等通路。通过数据分析,得到6个IRGs(MPO APOH IGHD3-16 CGB5 GHR PRKCG)构建的预后风险模型。Train组和Test组中高风...     

基于TCGA数据库分析DTX2在肾透明细胞癌组织中表达的临床意义及其对肾癌细胞增殖、迁移与侵袭的影响

目的：基于TCGA数据库分析Deltex E3泛素连接酶2(DTX2)在肾透明细胞癌（ccRCC）组织中的表达水平及临床意义,探讨DTX2对ccRCC细胞增殖、迁移和侵袭的影响。方法：利用TIMER数据库分析DTX2在泛癌组织中的表达水平,通过UALCAN数据库进一步验证ccRCC组织和癌旁组织中DTX2 mRNA和蛋白表达差异。使用UALCAN数据库中的TCGAccRCC队列数据集,分析ccRCC中DTX2表达与患者临床病理特征的相关性。通过K-M plot数据库分析DTX2表达与cc RCC患者预后的相关性。利用DAVID数据库对DTX2相关基因进行GO和KEGG通路富集分析。通过qPCR法检测DTX2基因在人胚肾293(HEK293)细胞和ccRCC细胞A498、Caki-1中的表达水平。利用siRNA技术分别将DTX2 siRNA及其阴性对照质粒转入A498、Caki-1细胞,采用CCK-8法、平板克隆实验、划痕实验及Transwell侵袭实验分别检测敲低DTX2对细胞增殖、迁移和侵袭的影响。结果：TCGA数据库分析结果表明,与癌旁组织相比,ccRCC组织中DTX2 mRNA和...     

基于生物信息学分析METTL7B在胶质瘤组织中的表达及其临床意义

目的:探讨甲基转移酶样蛋白7B(METTL7B)在胶质瘤组织中的表达及其与患者临床病理特征和预后的相关性.方法:基于CGGA数据库胶质瘤数据和GTEx数据库正常脑组织数据,分析METTL7B基因在胶质瘤与正常脑组织中的表达差异,并用GEPIA数据库数据和免疫组织化学染色法进行验证.用Kaplan-Meier生存分析、单...     

Independent association of PD‐L1 expression with noninactivated VHL clear cell renal cell carcinoma—A finding with therapeutic potential

Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is an aggressive tumor that is characterized in most cases by inactivation of the tumor suppressor gene VHL. The VHL/HIF/VEGF pathway thus plays a major role in angiogenesis and is currently targeted by anti‐angiogenic therapy. The emergence of resistance is leading to the use of targeted immunotherapy against immune checkpoint PD1/PDL1 that restores antitumor immune response. The correlation between VHL status and PD‐L1 expression has been little investigated. In this study, we retrospectively reviewed 98 consecutive cases of ccRCC and correlated PD‐L1 expression by immunohistochemistry (IHC) with clinical data (up to 10‐year follow‐up), pathological criteria, VEGF, PAR‐3, CAIX and PD‐1 expressions by IHC and complete VHL status (deletion, mutation and promoter hypermethylation). PD‐L1 expression was observed in 69 ccRCC (70.4%) and the corresponding patients had a worse prognosis, with a median specific survival of 52 months (p = 0.03). PD‐L1 expression was significantly associated with poor prognostic factors such as a higher ISUP nucleolar grade (p = 0.01), metastases at diagnosis (p = 0.01), a sarcomatoid component (p = 0.04), overexpression of VEGF (p = 0.006), and cytoplasmic PAR‐3 expression (p = 0.01). PD‐L1 expression was also associated with dense PD‐1 expression (p = 0.007) and with ccRCC with 0 or 1 alteration(s) (non‐inactivated VHL tumors; p = 0.007) that remained significant after multivariate analysis (p = 0.004 and p = 0.024, respectively). Interestingly, all wild‐type VHL tumors (no VHL gene alteration, 11.2%) expressed PD‐L1. In this study, we found PD‐L1 expression to be associated with noninactivated VHL tumors and in particular wild‐type VHL ccRCC, which may benefit from therapies inhibiting PD‐L1/PD‐1.     

肺鳞状细胞癌中PTHLH基因表达与抗肿瘤免疫的相关性研究

目的：分析甲状旁腺激素样激素（PTHLH）基因与肺鳞状细胞癌（LSCC）患者预后及其与肿瘤微环境（TME）免疫细胞浸润的相关性。方法：通过 UALCAN、TIMER、cBioPortal 数据库在泛癌水平分析 PTHLH 在泛癌中的表达情况,运用 KaplanMeier Plotter数据库分析PTHLH在LSCC中的表达及其与患者的预后关联。选用2017年1月至2020年12月在甘肃省肿瘤医院手术切除的 24 例 LSCC 患者的癌及癌旁组织标本,用 qPCR 和 WB 法分别检测 LSCC 组织中 PTHLH mRNA 和蛋白的表达,用qPCR法检测各种趋化因子和MHC分子的表达水平。采用TIMER数据库联合CIBERSORT反卷积法分析PTHLH基因表达和LSCC的TME中免疫细胞浸润的关系。结果：LSCC组织中PTHLH mRNA和蛋白的表达水平均显著高于癌旁组织（均P<0.05）,且PTHLH高表达LSCC患者的OS明显缩短（P<0.01）。PTHLH的表达与LSCC患者TME密切相关（P<0.01）。PTHLH的表达与B细胞、CD8+T细胞、CD4+ T 细胞、中性粒细胞和 DC 等免疫浸润呈显著负相关（r=-0.142、-0.123、-0.224、-0.166、-0.213,均P<0.01）。PTHLH高表达抑制趋化因子、MHC分子的表达,从而抑制炎症反应、免疫浸润、抗肿瘤免疫反应等。PTHLH的表达与免疫检查点分子CTLA-4、PDCD1、TIGIT呈负相关（r=-0.340、-0.441、-0.38,均P<0.01）。结论：PTHLH与肿瘤免疫抑制相关,有望成为预测LSCC患者预后和免疫治疗效果的潜在生物标志物。     

基于生物信息学分析铁死亡相关lncRNA对肾透明细胞癌组织免疫浸润和患者预后评估的意义

目的：采用生物信息学方法探索与肾透明细胞癌(ccRCC)组织中铁死亡相关的lncRNA,并探讨其与免疫细胞浸润及患者预后的相关性,为ccRCC患者提供新的分子靶点。方法：从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载cc RCC的转录本数据和临床数据,利用单样本基因集富集分析(ssGSEA)及相关性分析获得与铁死亡相关的lncRNA;通过单因素和多因素回归分析构建与铁死亡相关的lncRNA特征图,分析其与预后的关系;利用R软件分析铁死亡相关lncRNA与肿瘤免疫细胞浸润和药物敏感性之间的关系。构建铁死亡相关RNA网络,并通过qPCR验证中国人ccRCC组织和癌旁组织（取自2019年12月至2021年03月间在西南医科大学附属医院手术切除8例标本）中关键lncRNA的表达。结果：Kaplan-Meier分析表明,铁死亡评分高的患者总OS率低于铁死亡评分低的患者。单因素和多因素回归分析确定11个ccRCC铁死亡相关lncRNA可评估患者预后,并构建ccRCC患者1、3、5年预后预测列线图。免疫细胞浸润分析表明,铁死亡相关lncRNA与ccRCC免疫细胞浸润密切相关,其中LINC01871、PRKA...     

circSMARCA5通过CCL5富集Treg细胞促进非小细胞肺癌细胞的增殖

目的：检测circSMRCA5在非小细胞肺癌（NSCLC）组织和细胞中的表达,以及其在NSCLC发生发展中的潜在功能和机制。方法：用qPCR 法检测circSMARCA5在NSCLC 组织中的表达。使用慢病毒转染法将circSMARCA5过表达质粒和对照质粒pLC5分别转染人肺癌A549 和H1975 细胞。采用qPCR法检测稳定转染细胞中circSMARCA5的表达水平。通过CCK-8、克隆形成、细胞周期和异种移植瘤实验检测circSMARCA5 过表达对A549 和H1975 细胞生物学行为的影响。通过转录组测序、KEGG和GO富集分析,确定circSMARCA5可能的靶基因。分别构建circSMARCA5过表达A549、Lewis 细胞BABL/c 裸鼠和免疫正常的C57 小鼠皮下移植瘤模型,观察circSMARCA5对裸鼠皮下移植瘤生长的影响,流式细胞术检测对Lewis 细胞移植瘤组织中Treg 细胞水平的影响。结果：circSMARCA5在NSCLC 组织中呈高表达（P<0.01）。过表达circSMARCA5可以在体外促进NSCLC 细胞的增殖（P<0.05,P<0.01）。体内实验中,circSMARCA5 可以促进裸鼠皮下移植瘤的生长（P<0.01）。机制上,经KEGG 和GO 富集分析,确定C-C 趋化因子配体5（CCL5）为circSMARCA5 的下游靶基因。过表达circSMARCA5 组A549 和H1975 细胞中CCL5 的表达量增加（均P<0.05）。circSMARCA5 介导的CCL5 上调促进了免疫正常的C57 小鼠皮下移植瘤的生长。C57 小鼠皮下移植瘤制备成的单细胞悬液行流式细胞术检测显示,circSMARCA5过表达组的Treg 细胞比例高于对照组[（3.1±0.5）% vs （1.0±0.1）%,P<0.05]。结论：circSMARCA5在NSCLC组织中呈高表达,其可能通过CCL5将Treg 细胞招募到肿瘤中,导致肿瘤的免疫逃逸,促进NSCLC的进展。     

Clinical significance of programmed death‐1 and programmed death‐ligand 1 expression in the tumor microenvironment of clear cell renal cell carcinoma

Recently, immunotherapy based on blocking immune checkpoints with programmed death‐1 (PD‐1) or PD‐ligand 1 (PD‐L1) Abs has been introduced for the treatment of advanced clear cell renal cell carcinoma (ccRCC), especially tumors resistant to vascular endothelial growth factor‐tyrosine kinase inhibitors (VEGF‐TKIs), but the significance of their expression in the tumor microenvironment is unclear. We investigated these immune checkpoint markers in tumor cells and tumor‐infiltrating immune cells (TIIC) in the tumor microenvironment of 100 untreated and 25 VEGF‐TKI‐treated primary ccRCC tissues. Upregulated expression of PD‐1 and PD‐L1 by TIIC, and PD‐L1 by tumor cells was associated with the histological grade and unfavorable prognosis of RCC patients. High PD‐1 and PD‐L1 expression by TIIC was associated with a poorer response to VEGF‐TKI, whereas PD‐L1 expression by tumor cells did not affect the efficacy of the treatment. Furthermore, increased PD‐1‐positive TIIC and PD‐L1‐positive TIIC were observed in tumors treated with VEGF‐TKIs compared with those in untreated tumors. Our data suggest that PD‐1 and PD‐L1 expression by TIIC in the tumor microenvironment is involved in treatment resistance, and that sequential therapy with immune checkpoint inhibitors could be a promising therapeutic strategy for ccRCC resistant to VEGF‐TKI treatment.     

基于数据挖掘分析COL1A1在胃腺癌中的表达及意义

目的:通过生物信息数据库挖掘分析胃腺癌中COL1A1基因的表达并探讨其临床意义。方法:使用Oncomine数据库分析COL1A1基因在胃腺癌中的表达水平;通过Oncomine数据库摘录数据信息,进行COL1A1基因表达程度与临床病理参数及胃腺癌生存期的相关性分析;最后使用STRING数据库分析COL1A1蛋白-蛋白互作网络,并进行GO基因富集和KEGG通路富集分析。结果:通过Oncomine数据库分析显示,在mRNA水平上,COL1A1在胃腺癌中高表达（P＜0.05）,表达水平与近期预后负相关（P＜0.05）,且Lauren弥漫型胃腺癌COL1A1表达水平高于肠型胃腺癌（P＜0.05）。通过STRING数据库分析显示与COL1A1相关的蛋白有COL6A3、COL5A1、COL6A1、COL5A2等,互作基因的GO基因富集及KEGG信号通路富集分析显示其蛋白涉及的生物学过程、分子功能及细胞定位等方面均与细胞外基质的调控有关,互作基因涉及的主要信号通路为细胞外基质通路、PI3K-AKT等与胃癌的发生发展有关的信号通路。结论:通过对肿瘤基因数据库Oncomine进行数据挖掘分析发现,COL1A1在胃腺癌组织中显著高表达且与患者预后负相关,为胃腺癌的致病机制研究和抗肿瘤靶向治疗提供了理论依据。     

利用数据库资料分析DNA甲基化调控AC004540.4表达水平与肝细胞癌预后相关性

目的通过挖掘癌症基因组图谱数据库(TCGA),探讨在肝细胞癌(HCC)中DNA甲基化与AC004540.4表达及与预后的关系。方法从TCGA数据库获取374例HCC组织和50例癌旁组织的基因表达谱数据,380例HCC组织和50例癌旁组织的甲基化数据。edgeR包筛选差异表达基因,limma包筛选差异甲基化基因,Spearman秩次相关判断两者的相关性。在基因表达综合数据库(GEO)中,GSE101728表达谱芯片、GSE54503甲基化芯片作为外部验证数据集。HCC预后影响因素分析采用Cox回归模型。使用R软件计算AC004540.4与全基因组mRNA的相关系数,对共表达的mRNA进行功能富集分析。结果在TCGA数据库中,HCC和癌旁组织的AC004540.4表达水平中位数(四分位间距)分别为2.322(2.700)和6.129(1.858),差异有统计学意义,Z=-9.287,P<0.001。同时,在HCC和癌旁组织中,AC004540.4启动子甲基化水平中位数(四分位间距)分别为0.412(0.405)和0.195(0.165),差异有统计学意义,Z=-5.651,P<0.001。在GEO数据库中,HCC和癌旁组织的AC004540.4表达水平中位数(四分位间距)分别为3.313(2.410)和10.063(0.818),差异有统计学意义,Z=-3.003,P=0.003。同时,HCC和癌旁组织的AC004540.4启动子甲基化水平中位数(四分位间距)分别为0.346(0.358)和0.113(0.044),差异有统计学意义,Z=-6.549,P<0.001。甲基化位点(cg12492504、cg13268603、cg14592933、cg24755163、cg17035412和cg26526379)的甲基化水平与AC004540.4表达呈中度负相关,rs分别为-0.465、-0.492、-0.447、-0.539、-0.451和-0.456,均P<0.001。Cox多因素分析结果发现,AC004540.4低表达是HCC患者预后的独立危险因素,HR=1.720,95%CI为1.116~2.652,P=0.014。富集分析提示,与AC004540.4共表达基因集主要富集于Wnt蛋白结合、向上调节端粒酶活性等生物学功能,以及调控细胞周期、胆汁分泌等信号通路。结论AC004540.4表达受其甲基化调控,启动子区域高甲基化可能导致转录沉默,并且与HCC患者预后相关,可成为HCC患者诊断和预后判断标志物。