基于数据挖掘分析极光激酶A在食管癌中的表达及意义

目的:探讨极光激酶A(AURKA)在食管癌组织中的表达与功能,并分析其对患者生存预后的影响。方法:基于GEPIA及Oncomine数据库检索AURKA在食管癌组织与正常组织中的表达差异;通过STRING网络在线数据库构建有关AURKA的蛋白相互作用(PPI)网络,并将数据导入Cytoscape软件后采用Cyto Hubba分析插件筛选出核心基因;在GEPIA数据库中,基于TCGA和GTEx数据集分析AURKA与核心基因表达的相关性;采用DAVID网络分析工具对核心基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;基于R2基因分析可视化平台分析AURKA的表达与食管癌患者生存预后的关系。结果:GEPIA、Oncomine数据库分析显示,AURKA在食管癌组织中的表达较正常组织明显升高(P<0.05),但与患者肿瘤分期无关(P>0.05);AURKA与CDC20 (r=0.78)、PLK1 (r=0.83)等核心基因的表达呈显著正相关,其生物学功能主要富集于细胞分化、DNA损伤检测点、细胞增殖、负性调控细胞凋亡等;参与细胞周期调控、细胞衰老、P53以及Fox O等信号通路的调节;AURKA高表达组与低表达组患者相比预后较差,差异具有统计学意义(P<0.05),且核心基因CCNB1、BUB1B、NEK2高表达组患者的生存率也显著低于低表达组(P均<0.05)。结论:AURKA在食管癌组织中表达升高,且高表达组患者预后不良;AURKA与CCNB1、NEK2等核心基因共同参与了肿瘤发生相关的功能与通路,AURKA有望成为食管癌患者早期诊断、治疗及判断预后的候选分子靶标。     

微小染色体维持蛋白3在脑胶质瘤中的表达及其临床意义

[摘 要] 目的：分析微小染色体维持蛋白3（minichromosome maintenance protein 3,MCM3）在脑胶质瘤中的表达情况、临床意义和可能参与的生物学过程,并探究其与胶质瘤免疫的关系。方法：在线检索GEPIA和Oncomine数据库获得MCM3在胶质瘤组织中的表达情况,利用CGGA数据库在线分析MCM3表达和胶质瘤临床病理特征的关系。同时收集2019年1月到2020年3月在山西省人民医院神经外科接受手术治疗的24例胶质瘤患者的肿瘤标本和8例非肿瘤对照标本,采用免疫组化SP法检测MCM3的表达,对生物信息学分析结果进行验证。在TCGA和CGGA数据库中利用Kaplan-Meier生存曲线评价MCM3对胶质瘤预后的作用。通过Linkedomic数据库、STRING数据库和Cytoscape软件获得与MCM3表达显著相关的基因。使用DAVID数据库对MCM3及其显著相关基因进行GO和KEGG分析,探究基因功能。最后在TIMER数据库中探究MCM3表达和胶质瘤免疫浸润的关系。结果：综合生物信息学与临床数据分析显示,MCM3在胶质瘤组织中相对正常组织呈高表达（P=0.024）,其表达量随着病理级别逐渐升高（P=0.001）。生存分析显示,MCM3高表达与胶质瘤不良预后有关（P＜0.05）。GO和KEGG分析显示,MCM3及其显著相关基因主要富集于细胞周期、DNA复制和调节DNA损伤修复等方面。TIMER数据库分析结果显示,在胶质瘤队列中,MCM3与多种免疫浸润细胞具有相关性（P＜0.05）。结论：MCM3在胶质瘤中高表达且与不良预后有关,其可能与胶质瘤细胞的细胞周期、DNA复制、调节DNA损伤修复和免疫微环境有关。MCM3能促进胶质瘤的进展,可作为胶质瘤患者预后判断指标和潜在的治疗靶点。     

基于Oncomine和TCGA数据库分析GABRE在结肠癌组织中的表达及生物学意义

目的：通过挖掘Oncomine和TCGA等数据库信息分析GABRE基因在结肠癌中的表达及其生物学意义。方法：利用Oncomine、TCGA数据库分析GABRE基因在结肠癌组织中的表达及其与患者预后的关系；运用TargetScan、starBase、mirDIP和miRWalk寻找靶向GABRE基因的上游miRNA，并分析其在结肠癌中的表达及其与预后的关系。进一步利用LinkedOmics数据库寻找GABRE共表达基因，并进行GO富集分析及KEGG通路分析。结果：数据库数据分析显示，GABRE在结肠癌组织中高表达且预示着患者预后较差（均P<0.05）。韦恩图显示，hsa-miR-370-3p靶向GABRE，并在正常组织中的表达显著升高（P<0.01）。GABRE基因与OGT、FAM156A基因等表达呈正相关（P<0.05），与ATP5A1、MPDU1基因等表达呈负相关（P<0.05）。GO生物功能及KEGG通路富集分析提示，GABRE基因可能参与蛋白脱烷基化和周期蛋白依赖性蛋白激酶活性调节等生物学过程，并在牛磺酸代谢和NF-κB信号通路等方面富集。结论：GABRE基因在结肠癌患者中高表达且预示着患者预后较差，提示该基因是结肠癌的诊断和治疗的潜在新靶点。     

胰腺癌组织中细胞分裂周期相关蛋白5的表达及其预后意义

目的基于生物信息学方法分析胰腺癌组织中细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)的表达及其与预后的相关性。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载2021年1月至2021年12月168例胰腺癌样本RNA测序数据(HTSeq-FPKM)和相应的临床信息, 从GEPIA2数据库中下载2021年1月至12月179例胰腺癌患者数据, 同时整合TCGA和GTEx数据库中的171个正常胰腺组织样本。分析GEPIA2数据库中胰腺癌患者CDCA5 mRNA相对表达量及其与患者总生存(OS)和无病生存(DFS)的关系;结合患者临床资料, 采用单因素和多因素Cox比例风险模型分析胰腺癌患者OS的影响因素;使用基因集富集分析(GSEA)探讨CDCA5在胰腺癌中可能参与的信号通路。结果在GEPIA2数据库中, 胰腺癌组织中CDCA5 mRNA相对表达量较正常胰腺组织升高, 差异有统计学意义(P<0.05)。根据CDCA5 mRNA相对表达量的中位值将胰腺癌患者分为高表达组(89例)和低表达组(89例)(等于中位值者未分组), CDCA5 mRNA高表达的胰腺癌患者较低表达患者OS(P=0.024)和DFS...     

基于数据挖掘分析同源盒基因C9在胃癌中的表达及意义

目的通过数据挖掘分析同源盒基因C9(HOXC9)在人胃癌中的表达及其意义。方法利用TIMER、Fire Browse数据库分析HOXC9基因在不同肿瘤类型的表达情况;利用Oncomine、基因表达谱数据动态分析(GEPIA)、肿瘤基因组图谱(TCGA)、基因表达汇编(GEO)等数据库分析HOXC9基因在胃癌中的表达;Kaplan-Meier分析HOXC9基因高低表达与胃癌患者预后的关系;Ualcan数据库分析幽门螺杆菌感染与HOXC9基因表达的相关性;通过R软件包对HOXC9基因共表达的基因做共聚类微阵列数据分析;最后对胃癌中与HOXC9表达正相关的基因进行基因本体分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。结果TIMER、Fire Browse数据库的数据均提示HOXC9基因在绝大多数肿瘤组织中均有高表达趋势。Oncomine数据库中胃癌组织中HOXC9表达高于正常胃黏膜,并且TCGA、GEO数据库研究得到一致的结果。Kaplan-Meier Plotter数据库中231936-at芯片结果显示,HOXC9高表达组患者远期生存率下降。Ualcan数据库分析发现,幽门螺杆菌感染的胃癌HOXC9基因表达上调。胃癌中与HOXC9共表达的基因有HOXC6、HOXC8、HOXC10、HOXC11、HOXC13、HOTAIR等20个基因。GO分析发现胃癌中HOXC9富集在转录因子活性,与特定DNA序列结合、染色体结合、转录调控、细胞核、混合谱系白血病蛋白1复合体等相关的基因功能上;而KEGG富集分析发现HOXC9富集于钙离子信使通路、环磷酸鸟苷酸依赖性蛋白激酶信号通路、肿瘤的转录失调等9个通路。结论HOXC9在胃癌组织中呈高表达,与幽门螺杆菌感染相关,高表达患者的预后不良,有望成为胃癌治疗的新靶点。     

基于TCGA构建胃癌免疫相关基因预后风险模型及相关分析

目的 对TCGA数据库胃癌数据集进行分析,构建基于免疫相关基因的预后风险模型。方法 下载TCGA数据库中胃癌组织和癌旁组织中的基因表达数据及患者相关临床资料,进行数据整理、合并、表达差异分析。与ImmPort数据库取交集获得差异表达的免疫相关基因(IRGs),并进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。按照排除标准,将胃癌样本随机分为Train组(224例)、Test组(111例),利用Train组构建免疫相关基因预后风险模型并用Test组进行检验。将胃癌表达数据按照评估模型分为高、低风险2组,进行免疫浸润,分析2组免疫细胞表达水平的差异。观察2组免疫检查点表达差异及免疫治疗相关结果。结果 共得到238个差异表达的IRGs。GO功能富集分析结果示差异表达的IRGs主要参与免疫球蛋白生产、免疫反应分子介质的产生等生物学过程。KEGG通路富集分析结果示差异表达的IRGs主要参与细胞因子-细胞因子受体相互作用、神经活性配体-受体相互作用等通路。通过数据分析,得到6个IRGs(MPO APOH IGHD3-16 CGB5 GHR PRKCG)构建的预后风险模型。Train组和Test组中高风...     

基于数据挖掘分析SLC7家族在肺鳞状细胞癌组织中的表达及其临床价值

目的:探索氨基酸转运蛋白家族（SLC7）基因在肺鳞状细胞癌（lung squamous cell carcinoma,LUSC）组织中的表达及其临床价值。方法:利用GEPIA、cBioportal等生物信息学在线分析和可视化网站,分析公共数据库TCGA中的LUSC组织中SLC7家族基因表达和变异情况;通过Kaplan-Meier Plotter分析SLC7家族对LUSC的预后价值;通过STRING在线工具获得SLC7家族潜在的互作蛋白,并利用GO和KEGG对其进行功能和通路的富集分析,探索SLC7家族在LUSC中可能的调控机制。结果:SLC7A1、SLC7A5、SLC7A8和SLC7A11在LUSC组织中表达显著升高,SLC7A2、SLC7A6和SLC7A7在LUSC组织中表达降低;癌症基因组学分析显示,469例LUSC样本中SLC7基因家族总变异率为53.73%,主要以扩增为主（占32.2%）。SLC7家族的表达与预后关系分析结果显示,SLC7A2低表达和SLC7A5高表达的LUSC患者总体生存率降低,暗示SLC7A2和SLC7A5可能可以作为预后标志物。GO和KEGG分析发现SLC7家族蛋白及其潜在互作蛋白显著富集于蛋白消化吸收、癌症中心碳代谢和铁死亡相关通路。结论:SLC7A2和SLC7A5可能是LUSC潜在的预后标志物。     

LINC01215在结直肠癌组织中的表达及其临床意义

 目的 探讨LINC01215在结直肠癌（colorectal cancer,CRC）组织中的表达及其临床意义。方法 利用TCGA数据库分析LINC01215在CRC组织及其癌旁正常组织中的表达,并分析其与预后的关系;采用RT-qPCR检测2009年3月至2012年1月在广州医科大学附属第二医院诊治的137例CRC患者癌组织及其癌旁正常组织中LINC01215的表达水平,并分析其与患者临床病理特征的关系。通过MEM网站获取LINC01215靶基因并进行GO注释和KEGG分析。基于富集结果,对LINC01215进行单样本基因集富集分析（ssGSEA)和药物敏感性分析。结果 TCGA数据库分析结果显示,LINC01215在CRC组织中的表达水平低于癌旁正常组织（P<0.001）。临床标本验证结果显示,LINC01215在CRC组织中的表达水平低于癌旁正常组织（P=0.001）,且与组织分化程度相关（P=0.037)。TCGA数据库分析结果显示,LINC01215高表达组的中位总生存时间明显高于LINC01215低表达组［96个月（95%CI：80~113个月) vs 82个月（95%CI：70~95个月),P=0.002］。LINC01215低表达是CRC预后不良的危险因素（HR=1.69,95%CI：1.13~2.51,P=0.010)。GO和KEGG富集分析显示,LINC01215相关的靶基因主要参与蛋白质结合、T细胞受体等信号通路,ssGSEA显示LINC01215与28种免疫细胞相关（均P<0.05）。 药物敏感性分析显示LINC01215与Chelerythrine、Sapacitabine、Fenretinide、Hydroxyurea等药物敏感性有关（均P<0.05）。结论 LINC01215在CRC中低表达且与预后不良相关,其可能通过参与调节T细胞受体等信号通路影响CRC发生发展过程。     

睾素基因家族在卵巢癌组织中的表达及其临床意义的生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法分析睾素基因家族（sparc/osteonectin,cwcv and kazal-like domains proteoglycan,SPOCK）在卵巢癌组织中的表达及临床意义。方法:利用GEPIA和UALCAN数据库比较及验证SPOCK在正常卵巢组织及卵巢癌组织中的表达差异;利用GEPIA数据库评价SPOCK2表达对卵巢癌患者预后的影响;利用GeneMANIA网站预测SPOCK2的蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络;利用DAVID对SPOCK2及其关键的互作基因进行基因富集（gene ontology,GO）分析和通路富集（kyotoencyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析。结果:在GEPIA数据库中,与正常卵巢组织相比,SPOCK2在卵巢癌组织中显著上调,而SPOCK、SPOCK3无显著差异表达。通过CPTAC数据库进一步确认SPOCK2蛋白水平在卵巢癌组织中高表达;此外,SPOCK2高表达患者的总生存率（overall survival,OS）均明显低于SPOCK2低表达患者。蛋白质互作网络分析揭示了包括SPOCK3、PLXNB3在内的20个关键互作分子;GO分析和KEGG分析揭示了SPOCK2及其关键互作分子的潜在分子机制。结论:SPOCK2在卵巢癌组织中高表达,且与卵巢癌的发生、发展及预后密切相关,可以作为卵巢癌诊断、预后预测的标志物之一。     

基于生物信息学数据分析ATM在胃癌组织中的表达及其临床意义

目的：探讨幽门螺杆菌（Helicobacter pylori, Hp）感染对胃癌细胞共济失调毛细血管扩张突变（ataxia-telangiectasia mutated,ATM）基因表达的影响及其临床意义。方法：从TCGA数据库中获取胃癌相关RNAseq数据,比较ATM基因的表达差 异,分析ATM表达与患者临床病理参数的相关性及预后价值,用Kaplan-Meier法进行生存分析,LinkedOmics数据库分析ATM相 关基因,用R语言进行GO、KEGG富集分析。选用2019年3月至2019年12月贵州医科大学附属医院12例手术切除的胃癌及癌 旁组织标本,以及胃癌细胞系AGS和BGC823,用感染复数40∶1的Hp GZ7菌感染细胞,用免疫组织化学染色法检测胃癌组织中 ATM蛋白的表达,qPCR法检测胃癌组织和细胞中ATM mRNA的表达。结果：TCGA数据显示胃癌和Hp感染胃癌组织中ATM miRNA表达水平均显著高于癌旁组织（均P<0.01);胃癌组织中ATM miRNA表达与患者的T分期、AJCC分期等病理参数呈正相 关（均P<0.05),ATM 高表达时生存率显著降低(P<0.05)。实验检测显示,胃癌组织标本中ATM蛋白的表达水平明显高于癌旁 组织(P<0.01);Hp感染胃癌细胞中ATM miRNA 表达水平显著高于未感染胃癌细胞(P<0.01)。胃癌中ATM基因与NPAT等 12 461个基因呈正相关(P<0.05),与MIF等7 764个基因呈负相关(P<0.05)。GO、KEGG富集分析显示,ATM富集到DNA修复复 合体、癌症中的转录失调等信号通路。结论：ATM基因在胃癌组织中高表达,患者生存率随表达水平的增高而降低,其与患者的 T分期、AJCC分期等病理参数相关,且Hp感染引起ATM表达水平升高可能是Hp引起胃癌的原因之一。     

基于生物信息学分析METTL7B在胶质瘤组织中的表达及其临床意义

目的:探讨甲基转移酶样蛋白7B(METTL7B)在胶质瘤组织中的表达及其与患者临床病理特征和预后的相关性.方法:基于CGGA数据库胶质瘤数据和GTEx数据库正常脑组织数据,分析METTL7B基因在胶质瘤与正常脑组织中的表达差异,并用GEPIA数据库数据和免疫组织化学染色法进行验证.用Kaplan-Meier生存分析、单...     

膀胱癌中TFAP2C的表达及预后相关性分析

目的:应用生物信息学方法和实验验证确定转录因子TFAP2C在人类膀胱癌中的作用。方法:通过TCGA、Oncomine、GEPIA、The Human Protein Altas和Kaplan-Meier Plotter等数据库获得膀胱癌患者TFAP2C的转录信息和生存数据,分析TFAP2C在膀胱癌组织中的表达水平及与预后的关系。在si-TFAP2C转染膀胱癌5637细胞后,利用CCK8和划痕实验检验TFAP2C在膀胱癌细胞中的作用。用STRING数据库构建蛋白互作网络,用R软件对网络中的基因进行GO和KEGG富集分析,通过R软件将TFAP2C在TCGA膀胱癌样本中的表达情况进行GSEA富集分析并作免疫细胞浸润相关性分析。结果:TFAP2C在膀胱癌组织中高表达,且其高表达预示着膀胱癌患者的总体生存率较差（P＜0.05）。划痕和CCK8实验证明了TFAP2C可促进膀胱癌细胞的增殖和迁移(P＜0.05)。GSEA结果显示,TFAP2C的高表达样本富集于蛋白质分泌、有丝分裂纺锤体、PI3K/AKT/mTOR信号通路和mTORC1信号通路(FDR<0.1,|NES|>1,P＜0.05)。KEGG信号通路分析显示:TFAP2C与相关基因主要通路富集于ErbB信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性和膀胱癌等(P＜0.05)。GO功能富集分析显示:TFAP2C与相关基因的生物学过程主要富集于转录共激活因子活性、转录辅助调节因子活性和表皮生长因子受体结合等(P＜0.05)。结论:TFAP2C在膀胱癌中起促癌作用,表达水平上调和预后不良有关,TFAP2C可能是判断膀胱癌预后的生物标志物。     

基于生物信息学方法分析PTGIS基因在膀胱癌中的表达及临床意义

目的:利用Oncomine、GEPIA、LinkedOmics数据库分析前列环素合酶(prostacyclin synthase,PTGIS)在膀胱癌中的表达及与临床预后的关系。方法:应用Oncomine、GEPIA数据库中关于PTGIS研究的数据,对其在膀胱癌中的表达水平变化进行分析。采用GEPIA数据库分析PTGIS表达水平与膀胱癌患者生存预后之间的关系。LinkedOmics数据库分析PTGIS基因表达与膀胱癌临床病理特征的相关性。应用Genecards数据库收集与 PTGIS 基因有关的蛋白,并通过 STRING 绘制PTGIS有关蛋白网络图,分析蛋白富集的生理过程。结果:对Oncomine数据库、GEPIA数据库关于膀胱癌和膀胱正常组织中PTGIS基因差异表达的研究,结果显示膀胱癌组织中PTGIS 基因的表达显著低于膀胱正常组织（P＜0.05）。通过GEPIA数据库生存分析发现PTGIS 基因低表达患者的总体生存率明显高于高表达患者,低表达患者的预后更好（P＜0.05）。通过Genecards数据库收集到与PTGIS有关的蛋白有CYP51A1、PTGES、PTGDS、AKT1、TBXAS1等30个,其有关蛋白富集分析结果显示主要富集在前列腺素代谢、调节活性氧代谢、炎症反应等生理过程。结论:PTGIS基因在膀胱癌中低表达,其表达水平与生存预后相关,PTGIS基因可为膀胱癌的治疗提供参考,为其进一步深入研究提供理论基础。     

基于数据挖掘分析极光激酶A在食管癌中的表达及意义

目的：探讨极光激酶A（AURKA）在食管癌组织中的表达与功能，并分析其对患者生存预后的影响。方法：基于GEPIA及Oncomine数据库检索AURKA在食管癌组织与正常组织中的表达差异；通过STRING网络在线数据库构建有关AURKA的蛋白相互作用（PPI）网络，并将数据导入Cytoscape软件后采用CytoHubba分析插件筛选出核心基因；在GEPIA数据库中，基于TCGA和GTEx数据集分析AURKA与核心基因表达的相关性；采用DAVID网络分析工具对核心基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析；基于R2基因分析可视化平台分析AURKA的表达与食管癌患者生存预后的关系。结果：GEPIA、Oncomine数据库分析显示，AURKA在食管癌组织中的表达较正常组织明显升高（P < 0.05），但与患者肿瘤分期无关（P > 0.05）；AURKA与CDC20（r=0.78）、PLK1（r=0.83）等核心基因的表达呈显著正相关，其生物学功能主要富集于细胞分化、DNA损伤检测点、细胞增殖、负性调控细胞凋亡等；参与细胞周期调控、细胞衰老、P53以及FoxO等信号通路的调节；AURKA高表达组与低表达组患者相比预后较差，差异具有统计学意义（P < 0.05），且核心基因CCNB1、BUB1B、NEK2高表达组患者的生存率也显著低于低表达组（P均 < 0.05）。结论：AURKA在食管癌组织中表达升高，且高表达组患者预后不良；AURKA与CCNB1、NEK2等核心基因共同参与了肿瘤发生相关的功能与通路，AURKA有望成为食管癌患者早期诊断、治疗及判断预后的候选分子靶标。     

数据挖掘分析SLC7A11在食管癌中的表达及通过P53/ROS通路调节细胞铁死亡的意义

目的： 分析溶质运载蛋白7家族成员11（SLC7A11）在食管癌（ESCA）组织中的表达与功能，及对患者生存预后的影响。方法： 基于Oncomine及GEPIA数据库，检索SLC7A11在ESCA组织与正常食管组织中的表达差异；采用GeneMANIA数据库构建有关SLC7A11的蛋白互作网络（PPI），并进行功能注释分析其共同富集的生物学功能；通过KEGG Pathway数据库分析其参与的信号通路；利用R2基因分析可视化平台，绘制Kaplan-Meier函数曲线，分析SLC7A11的表达对患者生存预后的影响。结果： Oncomine及GEPIA数据分析显示，SLC7A11在ESCA组织中mRNA的表达水平较正常组织显著升高（P < 0.05），且高表达组患者生存预后较差，差异具有统计学意义（P < 0.05）；SLC7A11与SLC3A2、BSG、ASNS、PHGDH、TERT、CD44等20种蛋白相互作用，主要富集于氨基酸转运、修饰氨基酸的跨膜转运活性、白细胞游走、多肽抗原绑定等生物学功能；SLC7A11通过P53/ROS信号的活化介导细胞铁死亡信号通路（hsa04216）的调节。结论： SLC7A11在ESCA组织中表达升高，且高表达组患者预后不良；SLC7A11可能通过P53、ROS代谢通路参与细胞铁死亡，有望成为ESCA患者早期诊断、治疗及判断预后的分子靶标。